基于线粒体matR基因序列初步探讨三白草科的系统发育

首次报道了三白草科3个种及其外类群齐头绒（Zippelia begoniaefolia Bl.）的matR基因序列。研究材料包括三白草科现丰孤所有6个种和两个选定外类群,分析软件是PAUP 4.0b 4a。分别采用最大简约法、距离法和最大似然法进行分析,都得到一个同样的系统发育树,只是支持率有所不同。结果显示三白草科是一个单系,Anemopsis是Houttuynia的姐妹群,并且,它们构成三白草科的第一个分支,是Gymnotheca-Saururus支的姐妹群。Gymnotheca和Saururus的姐妹群关系也被强烈支持。     

基于5.8SrDNA/ITS序列的内蒙古棘豆属植物分子系统学分析

对12种34个地理种群的内蒙古棘豆属植物核糖体ITS区段和5.8S基因序列进行比较分析,并采用Maximum Likelihood法构建系统发育树.结果表明:支持棘豆属植物为单系起源,支持《内蒙古植物志》将黄毛棘豆(Oxytropis ochrantha)、多叶棘豆(O.verticillaris)、二色棘豆(O.bicolor)和砂珍棘豆(O.racemosa)归入真棘豆亚属(Subgen.Euoxytropis)轮叶棘豆组(Sect.Baicalia Stell.ex Bunge)的观点.推测多叶棘豆和砂珍棘豆ITS2区段出现的C/T转换可能是其部分种群混杂在其他物种中的主要原因,但基因转换对于系统发育的影响仍尚未可知.研究不支持传统分类学上对鳞萼棘豆(O.squammulosa)与刺叶柄棘豆(O.aci ph ylla)的划分,系统发育树显示二者聚为一支,而非与传统分类学上界定的同组或同亚属植物形成一支;结合植物地理学研究结果,认为刺叶柄棘豆与鳞萼棘豆为地理替代种.推测刺叶柄棘豆可能为多系起源物种.线叶棘豆(O.fili formis)和东北棘豆(O.coerulea与真棘豆亚属物种构成姐妹群,而非单室棘豆亚属植物.研究认为在物种界定过程中,只将少数几个形态学特征作为主要分类依据欠妥.     

三白草(三白草科)花部器官发生

In the present study,floral organogenesis of Saururus chinensis was observed and compared with that of 5. cernuus. The two species share essentially similar patterns of floral initiation and stamen development. Their inflorescence produces "common primordia" in acropetal succession on the flanks of the inflorescence meristem. Each primordium bifurcates transversely to form a floral apex above and a bract primordium below. Six stamens arise in three pairs at the floral apex. The median sagittal pair arises first, the lateral distal pair second, and the lateral proximal pair arises last. On the contrary,the initiation of carpels is quite different from each other. In 5. cernuus, the median sagittal pair arises first, and the lateral pair next. In S. chinensis, however, the lateral pair arises first, and the median sagittal pair second. The present study also made a brief generalization using the data obtained from different fields on the relationship of the two species in the genus Saururus, which are dis     

论三白草科的系统演化和地理分布

根据细胞学、孢粉学、花器官发生和发育、花部维管结构、胚胎学、比较形态及解剖学等方面的证据,对三白草科４属６种的系统演化关系进行了详细论证。并联系古地理、古气候和古植物的有关史料对三白草科分布区的起源作了据理推论。三白草科大约起源于早白垩纪古北大陆东南部。它的原始类型可能与现代三白草属的形态大体相似,为一种多年生具根状茎的草本,花小、无被、具苞片。白垩纪末期三白草的原始类群已完成它在古北大陆的迁移和     

裸蒴属的核型及三白草科四属间系统关系的探讨

本文首次报道三白草科裸蒴属中华裸蒴(Gymnotheca chinensis Decne)和白苞裸蒴(G. involucrata Pei)的染色体数目。两个种的体细胞染色体数均为2n=18,染色体基数为x=9。三白草科原始祖先的染色体基数假定为x=11,裸蒴属可能是经非整倍减少演变而来。裸蒴属间期核型属球状或棒状前染色体型。本文根据三白草科染色体研究的结果和现代地理分布格局,结合其他分枝学科的研究资料,对科下四属间的系统发育关系提出了初步假设。     

三白草科的比较胚胎学研究

研究了裸蒴（ＧｙｍｎｏｔｈｅｃａｃｈｉｎｅｎｓｉｓＤｅｃｎｅ）胚胎的发育,同时对三白草（Ｓａｕｒｕｒｕｓｃｈｉｎｅｎｓｉｓ（Ｌｏｕｒ）．Ｂａｉｌｌ）和蕺菜（ＨｏｕｔｔｕｙｎｉａｃｏｒｄａｔａＴｈｕｎｂ．）的胚胎也进行了观察,并对三白草科（Ｓａｕｒｕｒａｃｅａｅ）各属间的胚胎学特征进行比较,以探讨三白草科的内的系统关系。裸蒴具腺质绒毡层。小孢子同时型,极少数小孢子弱细胞的减数分裂ＩＩ不进行,形成有壁     

蹄盖蕨科的系统发育: 叶绿体DNA trnL-F区序列证据

蹄盖蕨科Athyriaceae是蕨类植物中一个复杂的大科,由于属间关系不甚清楚,该科分类系统还有一些问题,比如新蹄盖蕨、拟鳞毛蕨属、假冷蕨属、肠蕨属、短肠蕨属和菜蕨属的系统位置常有争议。根据蹄盖蕨科34种植物和3种外类群植物的叶绿体DNA trnL-F区序列建立了系统发育树,结果显示:1.trnL_F区序列分析的结果与rbcL基因序列分析的结果几乎一致。2.新蹄盖蕨属Neoathyrium Ching&Z.R.Wang不应成立,该属应与角蕨属Cornopteris Nakai合并。3.假冷蕨属Pseudo     

基于ITS与 trn L-F序列探讨槭树科的系统发育

报道了槭树科41种(其中槭属39种)植物的 trn L-F和ITS序列(其中部分种的ITS序列为重新测定),以期通过分子手段对槭树科内部尤其是复杂的槭属的系统发育关系进行重建.以无患子科和七叶树科为外类群,基于对57个种单独的ITS序列(包括从GenBank下载的16种的序列)、41种 trn L-F序列及41种两者序列的联合数据,分别采用最大简约法(Maximum Parsimony Method)和邻接法(Neighbor-Joining Method)对槭树科的系统发育进行了分析.结果显示,整个槭树科为一单系类群;金钱槭位于槭树科的基部;但由于云南金钱槭( Dipteronia dyerana )聚在了槭属内部,认为金钱槭属和槭属均可能是非单系类群;槭属内组间关系的支持率普遍较低,但多数组的组内关系得到了较好的支持.将两个片段结合比单独的ITS或 trn L-F分析能更好地解决槭属内部的系统关系,其中sect.Palmata 和sect.Microcarpa ,sect.Platanoidea 、sect.Lithocarpa 和sect.Macrophylla ,sect.Integrifolia 、sect.Trifoliata 和sect.Pentaphylla ,以及sect.Acer 、sect.Goniocarpa 和sect.Saccharina (sensu Ogata)的组间亲缘关系得到了一定的支持,但对其中部分组的划分可能应做进一步调整.重新评价了徐廷志系统中对sect.Rubra 和sect.Saccharodendron 的处理.     

Phylogeny of Saururaceae based on mitochondrial <Emphasis Type="Italic">matR</Emphasis> gene sequence data

DNA sequences of matR gene from three species of Saururaceae and the selected outgroups, Chloranthus holostegius and Zippelia begoniaefolia, are reported. All DNA sequences of six species in four genera of Saururaceae and the two outgroups are analyzed on PAUP 4.0 8b to reconstruct the phylogeny. A single matR gene tree is generated from parsimony, distance, and likelihood analyses, respectively. The three trees with the same topology are slightly different in bootstrapping support for some clades. The result indicates that Saururaceae is monophyletic. Anemopsis is sister to Houttuynia, and the two genera form the first diverging lineage of the family. The sister group relationship between Saururus and Gymnotheca is also supported by a relatively high bootstrap value. The result is different from all the former phylogenetic opinions on Saururaceae based on morphology, but it is supported by the evolution of flower-bract stalk in Saururaceae. In addition, some characteristics of the matR gene are analyzed. The MatR gene is a relatively better tool to reconstruct the molecular clock because the base substitution bias greatly decreases in the gene. Received: January 19, 2001 / Accepted: October 22, 2001     

Phylogeny of Saururaceae Inferred from matR Sequence Data

基于线粒体matR 基因序列初步探讨三白草科的系统发育 孟少武¹ 陈之端²李德铢¹梁汉兴¹      

Phylogeny of coral-inhabiting barnacles (Cirripedia; Thoracica; Pyrgomatidae) based on 12S, 16S and 18S rDNA analysis

The traditional phylogeny of the coral-inhabiting barnacles, the Pyrgomatidae, is based on morphological characteristics, mainly of the hard parts. It has been difficult to establish the phylogenetic relationships among Pyrgomatidae because of the apparent convergence of morphological characteristics, and due to the use of non-cladistic systematics, which emphasize ancestor-descendant relationships rather than sister-clade relationships. We used partial sequences of two mithochondrial genes, 12S rDNA and 16S rDNA, and a nuclear gene, 18S rDNA, to infer the molecular phylogeny of the pyrgomatids. Our phylogenetic results allowed us to reject previous classifications of Pyrgomatidae based on morphological characteristics. Our results also suggested the possibility of paraphyly of the Pyrgomatidae. The hydrocoral barnacle Wanella is not found on the same clade as the other pyrgomatids, but rather, with the free-living balanids. The basal position of Megatrema and Ceratoconcha is supported. The archeaobalanid Armatobalanus is grouped with Cantellius at the base of the Indo-Pacific pyrgomatines. Fusion of the shell plate and modification of the opercular valves are homoplasious features that occurred more than three times on different clades. The monophyly of the "Savignium" group, comprising four nominal genera, is also not supported, and the different taxa are placed on different clades.     

基于18S rDNA与ITS-5.8S rDNA对 重庆地区网状车轮虫的种内分化研究

本研究基于形态和分子数据对采自重庆地区5个地理株系的网状车轮虫(Trichodina reticulata)进行了比较研究及重描述。研究结果表明,网状车轮虫不同株系表现出不同的表型分化,含形态略有不同的齿体及有或无中央颗粒,因而具有明显的种内形态多样性。不同地理株系网状车轮虫的18S rDNA序列相似度在99.0%~100%之间,遗传距离为0.000~0.008,并在三大变异区(V4、V5与V7)均具一致的二级结构,表明不同株系的18Sr DNA相似度与遗传距离均属种内水平。综合18SrDNA和ITS-5.8S rDNA的变异位点和系统发育对种内分歧的研究分析显示,来自不同地理分布和宿主的网状车轮虫株系皆因相同的变异位点而聚为一枝,以此推断网状车轮虫的种内分化主要受其基因的影响,地理分布与宿主差异等环境影响在目前的种群分化阶段暂未突显。此外,本研究进一步验证了中央颗粒不能作为网状车轮虫的主要鉴别性特征的观点。     

蝗总科部分种类16S rDNA的分子系统发育关系

将自测的我国直翅目蝗总科8科8个种和从互联网GenBank中检索到相关物种的线粒体基因组：16S rDNA序列片段进行同源性比较,计算核苷酸使用频率,并构建分子系统树。在获得的480bp的序列中。A T约占70．7％,G C为29．3％,颠换取代(transversion)的速率大于或接近转换取代(transition)的速率,其中188个核苷酸位点存在变异。研究结果表明：在直翅目蝗总科有差异的188bp中,属内种间的碱基序列差异仅为1．5％,科内属间为3．5％～3．6％,科间差异为4．8％～15．8％,亚目间差异达到15．2％～25．6％。分子系统树表明：科内的属和属内的种均优先聚在一起;蝗总科8科的起源关系为：锥头蝗科→瘤锥蝗科→癞蝗科→斑翅蝗科→剑角蝗科→网翅蝗科和槌角蝗科→斑腿蝗科;锥头蝗科与瘤锥蝗科关系较近,是蝗总科内最原始的类群;槌角蝗科和网翅蝗科互为姐妹群,与最进化的斑腿蝗科关系较近;蚤蝼科为独立的一支,最先分出,似为一个亚目,与现用的分类系统有明显差别;哈螽科(螽嘶总科)和蟋蟀科聚在一起为剑瓣亚目(Ensifera),蚱科和蝗总科的8科组成短瓣亚目(Caehfera),同现用的分类系统。     

大叶醉鱼草内生真菌LL3026菌株杀虫活性及ITS-5.8S rDNA序列分析

从大叶醉鱼草的叶子中分离得到一株内生真菌LL3026,以卤虫模型测稀释后发酵液的杀虫活性,结果表明LL3026发酵液杀虫活性较强,且温度、光照及紫外照射对LL3026发酵液杀虫活性影响不显著;采用分子生物学方法对LL3026菌株rDNA的ITS基因(ITS-5.8S rDNA)进行PCR扩增、测序,构建系统发育树。ITS基因显示其属于刺盘孢属真菌。     

基于线粒体16S rDNA基因的天牛科部分种类分子系统学研究(鞘翅目:天牛科)

研究测定了天牛科3亚科9种昆虫线粒体16S rDNA基因约500bp的序列,对序列的碱基组成和遗传距离进行分析。并基于16S rDNA基因序列数据,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)分析天牛科3亚科分子系统发育关系。研究结果表明,2种方法得到的分子系统树其分支结果一致,可将内群分为2个分支,第1个分支包括沟胫天牛亚科和天牛亚科;第2个分支包括花天牛亚科。16SrDNA基因对天牛科亚科间系统发育的研究是有价值的。     

烟粉虱内共生菌16S rDNA的特性研究

对烟粉虱内共生菌16SrDNA的酶切结果及部分生物体16SrDNA的(G C)%分析结果表明:烟粉虱初生内共生菌的16SrDNA能够被EcoRI酶切成两个片段、而不能够分别被BamHI与SacI酶切;烟粉虱次生内共生菌的16SrDNA没有BamHI内切酶位点、而能够分别被EcoRI或Sac I酶切成大小不同的两个片段。(G C)mol%与菌的分类地位有关,同时还与菌的可培养能力有关。Proteobacteriaγ亚纲的烟粉虱初生内共生菌与α亚纲的Rickettsia、线粒体的16SrDNA相似,富含(A T)mol%,具低的(G C)mol%。而γ亚纲的次生内共生菌及大肠杆菌与β亚纲的mealybugs初生内共生菌的16SrDNA相似,富含(G C)mol%。说明初生内共生菌可能与烟粉虱同时发生,并且形成一种非常紧密的共生关系,次生内共生菌与烟粉虱关系松散一些,其特性近似于自由生活的细菌,更有可能获得纯培养体。16SrDNA的系统进化树表明,烟粉虱次生内共生菌属于Proteobacteriaγ-3亚纲,而初生内共生菌属于Proteobacteriaγ亚纲的另一分支。     

短裙竹荪和白鬼笔18S rDNA部分序列及其系统学意义

以短裙竹荪 [Dictyophoraduplicata(Bosc.)Fisch.]和白鬼笔 (PhallusimpudicusL.:Pers)作为鬼笔目 (Phal lales)的代表种 ,将其部分 1 8SrDNA序列与担子菌门 (Basidiomycota)其他科目 1 2个代表种已知的相关序列进行对比分析 ,以接合菌总状毛霉 (MucorracemosusFres.)为外类群构建系统树 ,探讨鬼笔目在系统分类学中的地位及其亲缘关系。结果表明 ,鬼笔目中竹荪属 (Dictyophora)与鬼笔属 (Phallus)的关系最为密切 ;其次它们与笼头菌科 (Clathraceae)的三叉鬼笔属 (Pseudocolus)关系较近 ,这与传统形态学分类系统一致。此外 ,鬼笔目与J櫣ｌｉｃｈ分类系统中的钉菇目 (Gomphales)、高腹菌目 (Gautieriales)、枝瑚菌目 (Ramariales)及鸡油菌目 (Cantharel lales)的关系较其他目更为密切 ,而与牛肝菌目 (Boletales)和腹菌类的马勃目 (Lycoperdales)及硬皮马勃目 (Scle rodermatales)的亲缘关系则相对较远。这一结果支持了Kirk等将钉菇目、高腹菌目和枝瑚菌目划为鬼笔目的分类观点。     

Phylogeny of the genus Azospirillum based on 16S rDNA sequence

Abstract The 16S rDNA of 17 strains of Azospirillum , 14 assigned to one of the known species A. amazonense A. brasilense A. halopraeferens A. irakense and A. lipoferum , and the other three of uncertain taxonomic position, was sequenced after polymerase chain reaction amplification and analysed in order to investigate the phylogenetic relationships at the intra-generic and super-generic level. The phylogenetic analysis confirms that the genus Azospirillum constitutes a phylogenetically separate entity within the a subclass of Proteobacteria and that the five species are well defined. A. brasilense and A. lipoferum are closely related species and form one cluster together with A. halopraeferens ; the pair of species A. amazonense and A. irakense forms a second cluster in which Rhodospirillum centenum is also placed.