白念珠菌细胞壁相关基因和蛋白的研究进展

随着真菌深部感染率的上升,细胞壁作为真菌中特有和必须的细胞结构,又因其不存在于哺乳动物细胞中,已逐步成为重要的药物作用靶点。以白念珠菌为例,参与其细胞壁构成、分泌、表达等相关的结构功能基因和蛋白已逐步发现和证实,这为发现抗真菌药物新靶标、设计新型抗真菌药物奠定理论基础。     

HCV抗原表位预测

应用网络生物信息资源查找丙型肝炎病毒基因组全序列,用软件Lasergene中的EditSeq将来自中国河北株mRNA序列翻译为氨基酸序列,尔后用程序Protean进行氨基酸序列分析,对HCV各区段的B细胞抗原指数进行预测。同时又在两个网站对中国汉族人中频率较高的HLA基因型进行CD8和CD4T细胞表位预测。B细胞和T细胞抗原表位预测结果对于HCV诊断试剂和疫苗研制有重要的指导意义。     

镰刀菌细胞壁蛋白抗原模拟表位的筛选和鉴定

镰刀菌不仅能侵染小麦、大麦、玉米等粮食作物,造成作物产量严重降低,谷物中存留的镰刀菌毒素还能引发人、畜中毒,严重威胁人、畜健康。本研究以镰刀菌细胞壁蛋白特异单链抗体CWP2为靶标,淘选噬菌体随机12肽库,筛选获得两种与抗体CWP2特异结合的短肽,多肽1(YLNPPCDLYACA)和多肽2(YQSVFFTDPHEF)。竞争性酶联免疫吸附实验证实,多肽1更好的模拟了镰刀菌细胞壁蛋白的抗原表位。这是首次对镰刀菌细胞壁蛋白模拟肽的报道,为探寻CWP2所结合抗原表位的编码基因,进一步阐明CWP2介导的抗镰刀菌分子机理提供了信息和材料。同时,获得的模拟肽可直接用于家畜疫苗以及作为粮食安全检测标准品。     

汉坦病毒结构蛋白抗原表位的研究进展

汉坦病毒结构蛋白抗原表位的研究对于阐明该病毒结构蛋白的结构与功能及其基因工程疫苗研制至关重要,本文综述了近年来汉坦病毒抗原表位研究中应用的各种生物新技术以及汉坦病毒结构蛋白B细胞表位和T细胞表位的最新进展。     

生物信息学方法预测病原体抗原蛋白序列中多肽疫苗候选表位

根据病原体抗原基因中具有免疫原性的表位氨基酸序列,通过化学合成技术可制备该病原体的多肽疫苗.相较于灭活和减毒疫苗,多肽疫苗因成分简单、特异性强、安全性高、易于保存等优点成为疫苗研发的重点.然而,特异有效的疫苗候选表位的预测和筛选,仍是限制多肽疫苗设计与研发的一个重要因素.本研究综合多个生物信息学工具,构建了一个可用于预...     

SARS-CoVN蛋白抗原表位的筛选和鉴定

利用噬菌体展示的线性12肽库从马抗SARS-CoVIgG筛选SARS-CoV的抗原表位。经生物淘洗富集的噬菌体克隆被测序。获得两个共有序列:DXXDP和TXTLL。它们分别与SARS-CoVN蛋白341-345和392-396位氨基酸序列高度同源。含共有序列的克隆在ELISA竞争抑制试验中与SARS-CoVN蛋白竞争结合马抗SARS-CoVIgG。将两个共有序列肽通过基因重组技术成功展示到大肠杆菌鞭毛,获得重组菌F1和F2。用重组菌F1和F2免疫接种试验Balb/c小鼠产生的血清均能与SARS-CoVN蛋白特异结合。说明DXXDP和TXTLL是SARS-CoVN蛋白的两个连续抗原表位。     

猪水疱病病毒外壳蛋白的二级结构和抗原表位预测

以SVDV外壳蛋白基因序列为基础,采用Chou-Fasman法、Garnier-Robson 法和Karplus-Schulz法预测蛋白质的二级结构;按Kyte-Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测SVDV外壳蛋白的B细胞表位。预测结果表明,SVDV外壳蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋和β-折叠区段;SVDV外壳蛋白的VP1、VP2和VP3上均有多个区域为B细胞优势表位,其中,VP1蛋白的B细胞表位优势区域比VP2和VP3蛋白的多,与已鉴定的B细胞表位相比较,该方法预测的结果有较高的准确度。为实验确定SVDV外壳蛋白的B细胞表位和反向疫苗学设计提供理论基础。     

绵羊肺炎支原体DnaK B细胞抗原表位预测及其蛋白结构分析

以绵羊肺炎支原体(Mo)热休克蛋白Hsp70(DnaK蛋白)氨基酸序列为基础,运用DNAStar软件和在线服务器等生物信息学分析工具,在同源性分析的基础上,通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schulz法及Welling法分别预测其抗原指数、亲水性、柔韧性、表面可极性等参数,综合分析、预测了该蛋白的B细胞抗原表位,并进行了蛋白的二级结构预测和3D结构模拟。结果表明,Mo贵州分离株的Hsp70蛋白与其它可致羊发病支原体的Hsp70蛋白同源性较低,说明该蛋白具有良好的特异性;Mo Hsp70蛋白整体抗原性较好,同时呈现较规则的空间结构,其中以C末端较稳定,区域也最大(第394-598区段),为优势B细胞抗原表位区域。     

扁豆过敏原LenC3蛋白B细胞抗原表位预测及同源建模

目的：通过应用生物信息学软件模拟、分析预测扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构、性质及B 细胞抗原表位, 为探索基于扁豆过敏原Len c 3 抗原表位的改造提供依据。方法：从Uniprot 蛋白质数据库中得到扁豆过敏原Len c 3的氨基酸序列,通过生物信息学软件Swiss-Model及Swiss-PdbViewer 4.0 模拟和分析扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构,使用DNAStar软件对其B细胞抗原表位进行模拟、分析预测。结果：扁豆过敏原Len c 3蛋白为疏水性蛋白,在氨基酸残基第7-26 位有一跨膜区,Ramachandran 图评估扁豆过敏原Len c 3蛋白的三维结构显示其空间构象稳定,Len c 3蛋白潜在的B细胞抗原表位为35-36,48-50,66-71,87-90。结论：本研究通过对扁豆过敏原Len c 3蛋白进行生物信息学分析获得了该过敏原的结构、性质及潜在的B 细胞抗原表位,为进一步了解和掌握扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构功能以及抗原性改造、单克隆抗体制备、表位疫苗设计等提供重要的线索。     

白念珠菌CaCdc37的表达及功能分析

CDC37基因编码的产物是一个参与蛋白激酶折叠成熟的分子伴侣蛋白,存在于多种真核生物中。在利用酵母双杂交系统筛选白念珠菌蛋白激酶Crk1相互作用蛋白时,获得一个CDC37同源基因。该基因编码区全长1524bp,编码一含508个氨基酸的蛋白质。其氨基酸序列与酿酒酵母Cdc37蛋白的序列同源性达41%。该基因在酿酒酵母中的表达能回复cdc37-1突变株的温度敏感表型,表明它能互补ScCDC37的功能。该基因命名为CaCDC37。Northern杂交显示,该基因在白念珠菌中呈组成型表达,转录水平不受形态转变和生长条件的影响;在crk1缺失株和CRK1高表达菌株中或者在cph1efg1双缺失株中,CaCDC37基因的转录水平没有明显变化。利用酵母双杂交系统分析CaCdc37与另外两个预测的白念珠菌分子伴侣蛋白CaSti1和CaHsp90的相互作用,结果表明CaCdc37能与CaSti1相互作用,而与CaHsp90的相互作用未能检测到。根据这些结果推测了CaCdc37可能的作用机制。     

SARS-CoV N蛋白抗原表位的筛选和鉴定

利用噬菌体展示的线性12肽库从马抗SARS-CoV IgG筛选SARS-CoV的抗原表位.经生物淘洗富集的噬菌体克隆被测序.获得两个共有序列DXXDP和TXTLL.它们分别与SARS-CoV N蛋白341-345和392-396位氨基酸序列高度同源.含共有序列的克隆在ELISA竞争抑制试验中与SARS-CoV N蛋白竞争结合马抗SARS-CoVIgG.将两个共有序列肽通过基因重组技术成功展示到大肠杆菌鞭毛,获得重组菌F1和F2.用重组菌F1和F2免疫接种试验Balb/c小鼠产生的血清均能与SARS-CoVN蛋白特异结合.说明DXXDP和TXTLL是SARS-CoVN蛋白的两个连续抗原表位.     

蛋白质抗原表位研究进展

本文综述了蛋白质抗原表位的种类及特性,回顾了近几年来实验确定和理论预测B细胞蛋白质抗原表位的常用方法,介绍了表位作图和表位疫苗的研究现状。     

结核分枝杆菌Rv1385的抗原表位预测分析

结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原。而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素。随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需克隆整个蛋白,具有简便、经济、特异性高等特点。因此,本研究应用生物信息学方法,预测结核分枝杆菌Rv1385蛋白的抗原表位并分析其优势表位,对了解Rv1385蛋白的免疫学特性及其与结核分枝杆菌致病的关系具有重要意义。首先,从NCBI数据库下载Rv1385的氨基酸序列,然后采用生物信息学软件PSIPRED Server预测蛋白质二级结构;BepiPred 1.0 Server和ABCpred预测该蛋白的B细胞抗原表位;BIMAS、SYFPEITHI及NetCTLpan 1.1 Server预测该蛋白的CTL表位;SYFPEITHI和NetMHCIIpan 3.2 Server预测该蛋白的Th细胞表位。最后综合分析预测结核分枝杆菌Rv1385的优势候选抗原表位。结果显示,Rv1385蛋白二级结构中,α螺旋占51.8%,β折叠占41.6%,无规卷曲占6.6%;共有4个B细胞抗原位点,位于109～124、152～169、178～192、198～209氨基酸区段;3个CTL表位,位于263～271、87～95、240～248氨基酸区段;5个Th表位,位于77～91、87～101、234～247、70～84、46～60氨基酸区段。生物信息学分析显示Rv1385含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,为该蛋白抗原表位的进一步研究及应用奠定了基础。     

埃及伊蚊表皮结构蛋白AaCPR100A的抗原表位的生物信息学预测

【目的】预测埃及伊蚊Aedes aegypti表皮结构蛋白AaCPR100A的抗原表位。【方法】通过DNAStar 8的Protean软件对埃及伊蚊表皮结构蛋白AACPR100A的二级结构和亲疏水性、表面可及性、柔韧性等特性进行分析,预测其潜在的B细胞抗原表位和潜在的T细胞抗原表位。【结果】AaCPR100A蛋白的二级结构以转角和不规则卷曲为主,表面可及性、柔韧性较强,存在7个潜在的B细胞抗原表位,位于18-29、32-42、47-82、87-98、111-178、194-248氨基酸残基或其附近,同时有11个潜在的T细胞抗原表位,位于20-24、35-39、44-48、51-53、79-82、103-106、109-112、146-148、150-152、185-203、224-235氨基酸残基或其附近。【结论】AaCPR100A蛋白潜在的B细胞抗原表位有7个,潜在的T细胞抗原表位有11个,综合后有3个潜在抗原表位,预测结果将为进一步研究AaCPR100A蛋白的免疫学特性和功能奠定基础,并为蚊虫的控制提供潜在的靶标。     

T细胞抗原表位预测的研究方法进展

确定T细胞所识别抗原分子上的短肽序列对T细胞表位进行定位,对于研究特异性免疫应答有着重要意义。综述了近年来实验确定和理论预测T细胞蛋白质抗原袁位的常用方法,以及T细胞抗原表位分析的研究方法。     

扁豆过敏原Len c 3蛋白B细胞抗原表位预测及同源建模

目的:通过应用生物信息学软件模拟、分析预测扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构、性质及B细胞抗原表位,为探索基于扁豆过敏原Len c 3抗原表位的改造提供依据。方法:从Uniprot蛋白质数据库中得到扁豆过敏原Len c 3的氨基酸序列,通过生物信息学软件Swiss-Model及Swiss-PdbViewer 4.0模拟和分析扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构,使用DNAStar软件对其B细胞抗原表位进行模拟、分析预测。结果:扁豆过敏原Len c 3蛋白为疏水性蛋白,在氨基酸残基第7-26位有一跨膜区,Ramachandran图评估扁豆过敏原Len c 3蛋白的三维结构显示其空间构象稳定,Len c 3蛋白潜在的B细胞抗原表位为35-36,48-50,66-71,87-90。结论:本研究通过对扁豆过敏原Len c 3蛋白进行生物信息学分析获得了该过敏原的结构、性质及潜在的B细胞抗原表位,为进一步了解和掌握扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构功能以及抗原性改造、单克隆抗体制备、表位疫苗设计等提供重要的线索。     

抗原表位的研究方法及口蹄疫病毒抗原表位的研究进展

本文综述了近几年来用于B细胞表位及T细胞表位研究的常用方法及其在口蹄疫病毒抗原表位研究中的应用,并介绍了口蹄疫病毒抗原表位的研究进展.     

奥利亚罗非鱼DMO和DMT蛋白二级结构和B细胞抗原表位的预测

以DMO和DMT氨基酸序列为基础,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测蛋白质的二级结构;按Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法预测DMO和DMT蛋白的B细胞抗原表位。预测结果表明：在DMO蛋白N-端第80～112,144～147,193～194,251～255,260～269区段和279～283区段,DMT蛋白N－端61～86,98～105,140～146,239～241区段和第269～273区段,可能是α-螺旋中心;DMO蛋白N-端第59～61,69～70,148～150区段和383～390区段,DMT蛋白的N-端第125～129,207～213,255～264区段和第281～284区段,可能是β-折叠中心;在DMO蛋白分子N-端40～41, 44～45,50～51,128～129,189～192,204～207,216～222,226～233,244～246,298～299区段和第323～326区段和DMT蛋白分子N-端第12～13,26～27,43～44,58～60,93～95,115～120,136～139区段和第149～151区段具有较柔软的结构,这些区段有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的三级结构。DMO蛋白N-端第1～5,41～51,65～67,86～89,98～110,154～170,183～203,205～248,258～264,284～291,293～298,270～375,389～392,402～410区域和DMT蛋白N-端第1～9,17～28,77～84,114～123,131～139,157～184,196～207区域可能是B细胞表位优势区域。以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数,亲水性参数和可及性参数预测DMO和DMT蛋白的B细胞表位,为DMO和DMT蛋白单克隆抗体的制备提供了线索,为系统研究奥利亚罗非鱼DMO和DMT基因的性别调控机理研究提供参考。     

乳房链球菌GapC蛋白的表达及其B细胞抗原表位的预测与鉴定

乳房链球菌Streptococcus uberis的GapC蛋白是一种位于该菌表面的具有甘油醛-3-磷酸脱氢酶活性的蛋白,其参与细胞活动,表现出多种生物学活性,此外还具有良好的抗原性。文中旨在对乳房链球菌GapC蛋白可能的B细胞抗原表位进行预测,分析和验证候选表位肽的免疫原性。利用S. uberis分离株RF5-1克隆gapC基因,构建重组表达质粒pET-28a-GapC,诱导表达GapC重组蛋白,并以纯化蛋白免疫家兔,获得抗GapC多抗。利用生物信息学软件预测并分析GapCB细胞抗原表位的三维结构和空间位置及对GapC蛋白及表位的同源性比较。结果表明,表达纯化了44kDa的GapC蛋白具有良好的反应性。利用表位预测软件筛选并合成针对S.uberisGapC蛋白的6个线性和3个构象优势B细胞表位多肽,三维结构的分析显示,筛选的多肽具有良好的抗原表位形成条件。以纯化的S.uberis GapC蛋白免疫家兔制备多抗,通过间接ELISA对抗原表位进行鉴定。ELISA检测结果显示,9条抗原表位肽均可不同程度地与抗GapC多抗反应,其中表位266AANDSYGYTEDPIVSSD282与多抗反应...     

猴痘病毒CrmB蛋白的结构特征及其抗原表位分析

为深入了解猴痘病毒(Monkeypox virus, MPXV)的CrmB(cytokine response modifier B)蛋白的结构特征和抗原表位，运用ORF Finder、ExPaSy、SignalP 6.0、TMHMM 2.0、Cell-Ploc、Conserved Domains、 SOPMA、SWISS-MODEL、NetNGlyc 1.0、NetPhos 3.1、IEDB、SYFPEITHI、Clustalx、MEGA 11.0、Prankweb、DrugBank等多种生物信息学方法，分析CrmB蛋白的开放阅读框、理化性质、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、结构域、糖基化/磷酸化位点、二级/三级结构、B/T细胞抗原表位、抗原决定簇、蛋白同源性、配体结合位点、小分子抑制药物等。CrmB蛋白是由349个氨基酸组成的不稳定蛋白质，相对分子量为38 308.75;理论等电点为6.24,分子式为C₁₆₂₁H₂₅₅₀N₄₆₀O₅₅₀S₃₂;二级结构以不规则卷曲为主，有信号肽...