FUT1基因多态性及其与产仔性状的关联性研究

采用PCR-RFLP技术6个中外品种共245头猪的FUT1基因进行了研究, 结果表明, Hin 6Ⅰ位点上, 大白猪、长白猪和杜洛克猪3个外来猪种均存在多态, 且以敏感型(GG型和AG型)居多; 山西黑猪、太原花猪和马身猪3个本地猪种的所有检测样品都表现为GG型。用方差分析方法分析FUT1基因型、品种和胎次与产仔性状之间的关系, 基因型和品种对猪的总产仔数的影响显著, 胎次对总产仔数影响不显著。而基因型、品种和胎次对产活仔数影响均不显著。     

不同猪种E.coli F18受体基因的多态性

采用PCR—RFLP技术检测了大约克、长白、杜洛克、宁乡、沙子岭和大围子6个品种共867头猪的E.coli F18受体(ECF18R)基因座的遗传变异。结果表明：Hin6 Ⅰ-RFLP位点上,大约克、长白、杜洛克3个外来猪种均存在多态,且以敏感型(GG型和AG型)居多,平均占94％,3个外来猪种的G等位基因频率平均为0．76,AA抗性型个体占少数,平均为6％,猪群中M307处G→A的突变频率并不高。宁乡、沙子岭和大围子3个本地猪种的所有检测样品都表现为GG型,在该位点上均不存在G→A的突变。各猪种ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布X^2检验结果表明,每个外来猪种ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布与3个本地猪种的相比均差异显著或极显著,3个本地猪种间的ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布完全一致。外来猪种间只有长白与杜洛克各基因型的分布差异显著,其余均不显著。     

BsaH Ⅰ对猪激素敏感脂肪酶基因外显子Ⅰ的PCR-RFLP分析

以华北野猪、东北野猪和山西黑猪、长白猪、大白猪、马身猪共计287头猪作为研究对象,对其HSL基因外显子Ⅰ区域进行了PCR-RFLP多态性研究,发现不同品种猪间存在多态性。瘦肉型大白猪、长白猪全部表现为GG基因型;山西黑猪表现为AA、AG和GG三种基因型;脂肪型地方猪种马身猪为单一的AA基因型;华北杂种野猪、东北纯种野猪及杂种野猪表现为AG和GG两种基因型。等位基因A、G及三种基因型的频率在不同猪种中不同。该研究首次对华北及东北野猪HSL基因进行了多态性研究,丰富了国内外对野猪的分子生物学研究,为野猪遗传资源的合理开发利用提供了依据。     

广西巴马小型猪MCP-1、MMP-9基因启动子区SNP位点与动脉粥样硬化相关血清指标的关联分析

本研究目的是分析广西巴马小型猪MCP-1和MMP-9基因启动子区SNP位点与血清指标的关联性,筛选可能与动脉粥样硬化相关的高风险分子标记,为后续培育广西巴马小型猪动脉粥样硬化疾病模型易感家系打下基础。采用PCR-RFLP对90头正常饲喂的广西巴马小型猪的MCP-1和MMP-9基因启动子区SNP位点进行分型,统计该位点的基因型频率和等位基因频率,比较分析基因型频率与动脉粥样硬化相关血清指标的关联性。结果显示,广西巴马小型猪MMP-9基因-1267位点、-1287位点和MCP-1基因-1782位点均存在3种基因型:AA型、AG型和GG型。MCP-1基因-1782位点和MMP-9基因-1267位点以GG型为优势基因型,MMP-9基因-1287位点以AG型为优势基因型。MMP-9基因两个突变位点的各基因型个体的血清指标及其分析值之间差异均不显著。MCP-1基因-1782位点AG型个体血清LDL平均值和LDL/HDL比值均显著高于GG型个体(p0.05),AG型个体HDL和TC浓度均值、AI值稍高于GG型个体,但差异均不显著。MCP-1基因AG型个体患动脉粥样硬化疾病的风险高,可作为培育建模易感家系的分子标记。     

猪MyoG基因的PCR-RFLP多态性分析

以杜洛克、长白、大约克、南昌白、二花脸、梅山猪、玉山黑猪、乐平花猪、金华两头乌及上高两头乌等中外10个猪种共计561头猪为研究材料,采用3对引物（PCR1、PCR2、PCR3）分别扩增猪肌细胞生成素（MyoG）基因的不同区域,扩增产物经限制性核酸内切酶MspⅠ酶切后发现：（1）在PCR1 MspⅠ-RFLP位点上,外来品种杜洛克、长白、大约克及培育品种南昌白中极大多数个体表现为AA型,个别为BB型;而6个中国地方猪种除乐平花猪外均以BB型居多。（2）在PCR2 MspⅠ-RFLP位点上,6个中国地方猪种除一头玉山黑猪表现为MN型外,其余均为MM型;而外来品种以NN型占大多数,培育品种南昌白更趋向于外来品种。（3）在PCR3 MspⅠ-RFLP位点上,所有猪种均可得到扩增产物,但无MspⅠ酶切位点。（4）在梅山猪及与其亲缘关系较近的二花脸猪中,没有发现Soumillion等(1997)报道的梅山猪特异性MspⅠ多态性酶切位点。     

猪a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)M857位点遗传变异分析

肠毒素大肠杆菌 (ETEC) F18是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌, a-1岩藻糖转移酶(FUT1)基因是ECEC F18侵染猪小肠的受体蛋白基因。利用PCR-RFLP方法检测了1个野猪以及20个中外家猪猪种(群)共696个个体在FUT1基因开放阅读框架的857核苷酸位点的遗传变异, 结果表明: 在所有猪种中, 均未检测到抗性的AA型纯合子, 在外来猪种杜洛克和约克夏、国内猪种临高猪和杂交猪种中检测到AG型杂合子, 外来猪种中的皮特兰、长白猪以及除临高猪外的所有国内猪种和野猪均表现为极端的单态分布, 只有易感的GG基因型。研究结果提示, 中国地方猪种不具备抵抗ETEC F18大肠杆菌的遗传基础, 与外来猪种确实存在差异, 这种差异可能与各自不同的起源有关, ETEC F18抗性基因可能起源于欧洲野猪; 并推测猪种的生长速度与ETEC F18大肠杆菌病的发生具有密切的关系。     

BsaH I对猪激素敏感脂肪酶基因外显子I的PCR-RFLP分析

以华北野猪、东北野猪和山西黑猪、长白猪、大白猪、马身猪共计287头猪作为研究对象,对其HSL基因外显子I区域进行了PCR-RFLP多态性研究,发现不同品种猪间存在多态性.瘦肉型大白猪、长白猪全部表现为GG基因型;山西黑猪表现为AA、AG和GG三种基因型;脂肪型地方猪种马身猪为单一的AA基因型;华北杂种野猪、东北纯种野猪及杂种野猪表现为AG和GG两种基因型.等位基因A、G及三种基因型的频率在不同猪种中不同.该研究首次对华北及东北野猪HSL基因进行了多态性研究,丰富了国内外对野猪的分子生物学研究,为野猪遗传资源的合理开发利用提供了依据.     

不同品种猪HSL基因5′-UTR和外显子Ⅰ片段的克隆测序及多态性分析

激素敏感脂肪酶(Hormone sensitivelipase,HSL)是负责分解脂肪组织中甘油三酯释放游离脂肪酸的关键和限速酶,也是影响动物脂肪沉积的关键酶。将HSL基因作为影响猪脂肪代谢和沉积相关性状的候选基因,对不同品种猪HSL基因 5′ UTR和外显子Ⅰ片段进行了克隆测序并开展多态性与性状间的关系研究。序列比较发现,在测定的HSL基因靠近起始密码子(ATG)的 419bp中,杜洛克、梅山猪、大白猪和清平猪序列完全一致,与长白猪序列比较,在-13 ~-12bp位置存在GC→CG的碱基变异;梅山猪(3个体)、通城猪(3个体 )、长白猪 (3个体 )、大白猪(3个体)HSL基因外显子Ⅰ的 442bp位置有G→A碱基间的变异,G→A的转换改变了限制性内切酶BsaHⅠ酶识别位点,且导致了编码氨基酸Val→Ile的替换。经PCR RFLP分析,HSL基因外显子ⅠBsaHⅠ位点多态性有AA、AG和GG 3种基因型。“大白×梅山”F2 代资源家系猪BsaHⅠ位点不同基因型个体背膘厚、肌内脂肪等性状协方差统计分析发现,AG基因型和GG基因型在眼肌面积上存在显著差异。     

广西3个猪种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性及系统进化研究

本研究旨在了解广西石头猪、德保猪和隆林猪的起源、群体遗传结构和亲缘关系。通过PCR扩增和测序技术获得3个群体61个个体的线粒体D-loop序列,采用DNASP 5.0进行多态性分析,MEGA 6.0计算各品种间的遗传距离及构建系统发育树。结果显示,3个猪种mtDNA D-loop区全长1 124~1 325 bp,石头猪和德保猪的中间重复序列变异仅存在A型,隆林猪存在A型和B型;石头猪mtDNA D-loop区8个多态性位点归纳出10种单倍型,德保猪8个多态性位点归纳出5种单倍型,隆林猪11个多态性位点归纳出9种单倍型;3种猪单倍型多样度分别为0.857、0.81和0.917,核算多样度分别为0.002 29、0.002 9和0.002 83。石头猪和德保猪可能有相同的母源血统,隆林猪可能有2种母系起源;3个品种猪单倍型多样性较为丰富,但核苷酸多样性匮乏,亟需进行科学保护。     

SIM1基因第8外显子的SNP对猪背膘厚的影响

采用PCR-SSCP方法检测了约克夏、杜洛克、皮特兰、长白猪、嘉兴黑猪和金华猪6个品种共169头猪的SIM1基因外显子8的SNP及其基因型频率。结果共发现CC、CT、TT 3种基因型, 其基因型频率在国内外猪品种之间具有较大差异。其中, 国内猪种嘉兴黑猪和金华猪只存在TT基因型, 而国外猪种约克夏、杜洛克、皮特兰、长白猪则都存在3种基因型。用最小二乘法分析SNP对长白猪、约克夏猪和杜洛克猪的背膘厚的效应的结果表明, 纯合基因型个体的背膘厚大于杂合基因型个体。SIM1基因型对国外猪种背膘厚有显著效应(P< 0.05), 并且不同部位效应不同。     

猪a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)在26个中外猪种中的遗传变异研究

肠毒素大肠杆菌F18(ECF18)是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌,a1—岩藻糖转移酶基因(FUT1)是ECF18侵染猪小肠的受体蛋白候选基因。通过采用PCR—RFLP方法检测了5个西方商业猪种以及21个中国地方猪种(群)1458个个体在FUT1基因开放阅读框架的307核苷酸位点的G-A点突变(M307^G-A)遗传变异。结果表明：5个外来猪种以及中国地方猪种中的临高猪在该FUT1基因位点存在多态性,其他中国地方猪种均表现为极端的单态分布,只有易感的GG基因型,没有多态性。由此提示：1)如果猪FUT1 M307^G-A点突变是决定猪小肠上ECF18受体表达与否的关键因素,则绝大部分中国地方猪种均不具备抵抗ECF18的遗传基础,这除了表明ECF18抗性基因有可能起源于西方猪种外,同时也表明对中国地方猪种中在这个位点惟一存在多态性的海南临高猪的品种资源保存具有非常重要的意义。2)一般而言,在中国的养猪生产实践中,中国地方猪种的仔猪抗水肿与腹泻病能力普遍强于外来猪种,研究的结果提示有必要对中国地方猪种所具备的上述遗传抗性做更深入的研究,寻找、定位其相应的QTL或／和抗性基因。     

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

利用12对AFLP引物组合检测了19个中国地方猪种（群）,1个培育猪种和4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异,根据AFLP分析结果计算了24个猪种（群）间的遗传相似系数,据此构建了UPGMA聚类关系图,结果表明,AFLP标记有着很高的多态检测效率（Ai),平均每个引物组合检测到17.3个多态标记,非常适合于猪种（群）遗传多样性分析和品种鉴定;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显,两类猪群间的亲缘关系较远;南昌白猪与大白猪,铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系,分别与其育成历史,地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种（群）的聚类分析结果与其形态学,地理分布和现行分类情况不相一致的原因进行了探讨。     

6个中国猪地方品种和3个瑞典猪DNA分子系统发育相关关系

线粒体DNA遗传多样性用于评价6个中国地方猪种和3个瑞典家猪系统发育关系。采用PCR和序列分析方法得到了来自9个品种140头猪的线粒体中控制区440bp和细胞色素b基因798bp核苷酸序列。系统发育分析结果表明：6个中国地方猪种起源于亚洲野猪。中国地方猪种和欧洲野猪的线粒体DNA核苷酸序列变异发生在413000－875000年以前,而亚洲紧猪的变异仅发生在7000－156000上以前,由于2000年以前或18世纪初中国猪种导入欧洲家猪,因此瑞典家猪既属于欧洲类也属于亚洲类。     

Genetic Diversity of Chinese Native Pigs Inferred from Protein Electrophoresis

We examined protein polymorphism of 20 nativepig breeds in China and 3 introduced pig breeds. Thirtyloci have been investigated, among which six loci werefound to be polymorphic. Especially, the polymorphismof malate dehydrogenase (MDH), adenylate kinase(AK), and two new alleles of adenosine deaminase (ADA)had not been reported in domestic pigs and wild pigs.The percentage of polymorphic loci (P), the meanheterozygosity (H), and the mean number ofalleles (A) are 0.200, 0.065, and 1.300, respectively.The degree of genetic variability of Chinese pigs as awhole was higher than that of goats, lower than thatof cattle and horses, and similar to that ofsheep. Using the gene frequencies of the 30 loci, Nei'sgenetic distance among the 20 native breeds in China and3 introduced pig breeds was calculated by theformula of Nei. The program NEIGHBOR in PHYLIP3.5c was chosen to construct an UPGMA tree and a NJtree. Our results show that, of the total geneticvariation found in the native pig breeds in China, 31%(0.31) is ascribable to genetic differencesamong breeds. About 69% of the total genetic variationis found within breeds. Most breeds are in linkagedisequilibrium. The patterns of genetic similaritiesbetween the Chinese native pig breeds were notin agreement with the proposed pig type classification.     

21个野生,培育及地方猪种免疫及生化遗传标记基因位点的遗传分化研究

分析了亚,欧,美,非２１个野生,培育及地方猪种４个免疫遗传标记基因位点（Ｅ,Ｆ,Ｇ,Ｌ系统）和３人生化遗传标记基因位点（Ｃｐ,Ａｍ和Ｔｆ）的遗传多态性,认为Ｅ＾ａｅｇ,Ｆ＾ａ,Ｔｆ＾ｃ基因在亚洲猪种与欧美猪种间存在显著差异,是亚洲猪种３个重要的遗传标记基因,根据Ｆ＾ａ基因频率在亚,欧,美,非猪种的变化规律分析了其基因流向特点,证明欧美猪的育种过程中利用了中国地方猪种的血缘,计算了所测猪种间的Ｎｅｉ     

Single nucleotide polymorphism analysis on melanocortin receptor 1 (MC1R) of Chinese native pig

Thecoatcolorisanimportantcharacteristicofapigbreed,andcanbeclassifiedintomanytypes.Thecolorvariationsareeitherduetothedistributionofmelanocytesintheskinortotheabilityofmelano-cytestoproducemelaningranules.Thesynthesisofmelaninoriginatedfromtheformationofneuralcrest-derivedcells,whichhavetwomigrationroutes[1,2].Themelanocytesaretheramificationswhiletheneuralcrest-derivedcellsmigrateviadorsalroute[3].Andtheyprovidethefactoryformelaninsynthesis.Al-thoughtherearemanykindsofpigmentsinvertebralanim…     

Single nucleotide polymorphism analysis on melanocortin receptor 1 (<Emphasis Type="Italic">MC1R</Emphasis>) of Chinese native pig

Melanocortin receptor 1 (MC1R) gene, one of the important candidate genes for coat color trait, was used to analyze the single nucleotide polymorphism (SNP) in Chinese native pig breeds by PCR-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP). The study had also taken 3 imported pig breeds as control. The results showed that the three mutations G284A, T309C and T364C found in Chinese native pigs were consistent to the mutation found in the European Large Black individuals. However, 68CC or C492T and G728A were only found in the imported individuals, which were obviously different from the Chinese native pigs. Accordingly, we presumed that the coat colors of Chinese native pigs belonged to dominant black color system, which was completely distinct to that of imported pig breeds. Thus it was implied thatMC1R gene was not the principal factor affecting the coat color differences of Chinese native pig breeds, but could be used to trace the molecular evolution of pig breeds.     

Assessment of genetic diversity of Korean native pig (Sus scrofa) using AFLP markers

In order to assess the genetic diversity and genetic relationships among the six commercial pig breeds including the Korean native pig, we performed an amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis. Applying the three EcoRI/TagI primer combinations to 54 individual pig samples out of six breeds, a total of 186 AFLP bands were generated, 67 (36%) of which were identified as polymorphic bands. From these polymorphic bands, the three estimates (percentage of polymorphic loci, Neis heterozygosity and Shannon index) of genetic diversity, G(ST) estimates, Neis unbiased genetic distance and two indices of genetic similarity were calculated. From all the calculations of genetic diversity, the lowest genetic diversity was exhibited in the Korean native pig, and the highest in the Chinese Yanbian pig. Given the mean G(ST) value (G(ST) = 0.390) across all pigs examined, levels of apparent breed subdivision were considerable. A UPGMA tree of individuals based on Jaccards similarity index showed that the Korean native pig formed a distinct cluster from the other five pigs. In addition, the tree displayed that all the individuals except for six individuals were grouped into their breeds. Principal component analysis based on the binary data matrix of either presence or absence confirmed the distinctness of the Korean native pig from the other pigs. Our results indicate that the Korean native pig has a low level of genetic diversity and is distinct from the five pig breeds, confirming the results from previous microsatellite data. The findings also suggest that AFLP analysis may be a valuable tool for revealing genetic relationships and genetic diversity among different pig breeds.