抗黄矮病小麦-中间偃麦草易位系基因组可转化人工染色体文库的构建及初步筛选

利用抗黄矮病小麦 -中间偃麦草易位系HW6 4 2的细胞核DNA构建了一个可转化人工染色体 (transformation competentartificialchromosome,TAC)文库 ,文库由 2 .3× 10 6 克隆构成 ,重组率为 90 .4 8% ,平均插入片段大小为 2 2kb左右 ,约覆盖普通小麦单倍体基因组 2 .5倍 ,在该文库中分离得到单拷贝DNA序列的几率约是 95 .77%。文库保存在 2 4块 96孔板中 ,每个孔中约含有 10 0 0个不同的重组克隆 ,可以采用PooledPCR的方法对文库进行筛选。用来源于小麦的简单重复序列 (simplesequencerepeat,SSR)引物wms37扩增中间偃麦草、抗病易位系及感病材料 ,得到一条与抗性共分离的特异条带 ,约 4 5 0bp。将此特异标记条带转化为SCAR(sequencecharacterizedamplifiedregion)标记 ,用于筛选HW6 4 2基因组TAC文库 ,得到 12个阳性克隆。对阳性克隆进行了PCR Southern验证 ,以中间偃麦草基因组总DNA为探针与限制酶HindⅢ消化后的阳性克隆杂交 ,其中 10个阳性克隆分别有 1～ 6条杂交带 ,结果表明 ,这 10个阳性克隆可作为抗黄矮病相关基因筛选的候选克隆     

小麦背景下 BYDV抗性携带染色体的遗传行为

在鉴定遗4212中BYDV抗性携带染色体的染色体组起源以及被代换小麦染色体的基础上,研究了BYDV抗性携带染色体补偿小麦染色体的能力以及传递率等问题.结果表明,BYDV抗性携带染色体能较好补偿小麦第2、第5以及第7部分同源群的染色体;在二体代换系中,该染色体优先取代2D小麦染色体、而非2A、2B小麦染色体;(77-5433×遗4212)自交F2群体中共出现10种染色体组成类型,其中一种为非预期类型,染色体数目变异较大而结构变异较少;该染色体的传递率以及携带该染色体配子的传递率分别为56.3%和33%,低于理论值75%和50%;并结合遗4212染色体组成鉴定结果探讨了相关结果产生的原因.染色体原位杂交是研究小麦背景下外源染色体遗传行为快速而准确的方法.     

染色体特异DNA文库的构建与鉴定

为构建人类21号染色体特异DNA文库, 以应用于人类遗传疾病的鉴定和研究, 文章采用循环温度梯度法溶解释放微分离的人外周血细胞21号染色体DNA, 将其进行简并寡核苷酸引物PCR(Degenerate oligo nucleotide primer-PCR, DOP-PCR)扩增后, 利用100~500 bp和500~2 000 bp分段回收纯化的两种不同片段大小的DOP-PCR产物构建染色体特异DNA文库, 并分别采用荧光原位杂交(Florescence in situ hybridization, FISH)和斑点杂交对DOP-PCR产物的来源和随机取样的文库克隆进行检测以评估所构建DNA文库的特异性。结果表明: 循环温度梯度法能有效溶解释放微分离的21号染色体DNA; 通过对DOP-PCR产物的分段回收纯化和克隆, 增加了大片段DNA的连接效率; 利用FISH技术和斑点杂交双重鉴定实验证明了文库的特异性, 从而构建了21号染色体特异的DNA文库, 并建立了构建染色体特异DNA文库及检测其特异性的方法, 为21号染色相关遗传疾病的鉴定和研究奠定了基础。     

人类特定染色体DNA文库的建立和利用（续）

四、克隆 1.DNA分离和克隆:分选出的染色体(0.2—1.0×10~6)是克隆的原材料,在低浓度时还要离心浓缩。(Los Alamos实验室用多胺法分离染色体,浓缩容易丢失DNA,因此不进行这一步,而是在分选缓     

小麦6B染色体微切割及其不同片段的DNA文库构建

用Nd:YAG激光微束将处于丝分裂中期的小麦(Triticum aestivum L.)6B染色体微切割为四段,并用微细玻璃针将每个片段分别回收.将分离的染色体片段DNA用Sau3A接头介导的多聚酶链式反应(LA-PCR)分别扩增.Southem杂交证明4个特定区域的DNA确实来自于小麦基因组.用一系列(42对引物)位于6B染色体上的微卫星序列对微切割的染色体片段的PCR产物进行了验证.结果表明,获得的染色体片段的PCR产物来自于小麦6B染色体.将6B染色体4个片段的第二轮PCR产物克隆到pGET-vector中,建立了4个染色体特定区域的基因组文库,命名为R1、R2、R3和R4,分别包含2.1×105、2.74×105和2.93×105个重组子克隆.每个文库均随机挑选150个克隆进行质粒的小量制备和酶切验证.结果显示;插入片段大小在300～1800之间,平均大小为820～870bp,其中43%～48%的克隆为低/单拷贝序列,42%～47%为中/高拷贝序列.本研究为详细分析植物单染色体的不同片段的分子遗传学研究提供了基础.     

细菌人工染色体文库的构建及应用

细菌人工染色体（BAC）是第二代大片段DNA的克隆载体系统,具有容量大、嵌合率低、遗传特性稳定、转化效率高、插入片段易回收、操作简便等优点,因而被广泛应用于基因组较大的真核生物基因组研究中,并发挥着前所未有的重要作用。本文综述了BAC的发展,利用此载体构建基因组文库的程序和鉴定方法,及其在物理图谱构建、图位克隆、基因组测序、转基因技术等研究中的应用。     

小麦抗黄矮病相关基因cDNA-AFLP差异表达片段的验证

cDNA-AFLP技术是研究基因差异表达的有利工具,广泛用于植物抗病、抗逆和生长发育等研究领域.本研究以cDNA-AFLP技术分离的抗黄矮病小麦与感黄矮病小麦间差异表达片段为对象,利用反向Northern方法,从cDNA-AFLP技术筛选的46个候选抗黄矮病防御基因差异表达片段中,筛选出抗黄矮病相关防御基因片段6个;采用对回收的差异片段进行再扩增(延伸引物再扩增),再与原选扩产物一起进行PAGE电泳分析法,并结合半定量RT-PCR分析法,又验证了候选抗黄矮病相关基因表达片段3个.反向Northern方法以及对回收的差异片段进行再扩增(PAGE再分析法),结合(半)定量RT-PCR分析方法,可以比较准确地验证cDNA-AFLP所筛选出的基因差异表达片段.     

小麦6B染色体微切割及其不同片段的DNA文库构建

用Nd∶YAG激光微束将处于有丝分裂中期的小麦(Triticum aestivum L.)6B染色体微切割为四段,并用微细玻璃针将每个片段分别回收。将分离的染色体片段DNA用Sau3A接头介导的多聚酶链式反应(LA-PCR)分别扩增。Southern杂交证明4个特定区域的DNA确实来自于小麦基因组。用一系列(42对引物)位于6B染色体和其他染色体上的微卫星序列对微切割的染色体片段的PCR产物进行了验证。结果表明,获得的染色体片段的PCR产物来自于小麦6B染色体。将6B染色体4个片段的第二轮PCR产物克隆到pGEMT-vector中,建立了4个染色体特定区域的基因组文库,命名为R1、R2、R3和R4,分别包含2.1×10~5、2.74×10~5、2.45×10~5和2.93×10~5个重组子克隆。每个文库均随机挑选150个克隆进行质粒的小量制备和酶切验证。结果显示:插入片段大小在300～1800 bp之间,平均大小为820～870 bp,其中43％～48％的克隆为低/单拷贝序列,42％～47％为中/高拷贝序列。本研究为详细分析植物单染色体的不同片段的分子遗传学研究提供了基础。     

志贺氏菌属弗氏2a染色体基因文库的构建

以λ噬菌体EMBL3作载体,用体外包装技术构建了志贺氏菌属弗氏2a染色体基因文库。该体外包装系统的包装效率达1.6×10~2pfu/μg DNA,重组噬菌体的产量达2×10~6pfu/μg DNA。对重组噬菌体进行了遗传分析,即分别对7个标记(leu,pro,his,arg,thr,purIaroA)作了测定。测得当噬菌体母液的效价为8.7×10~8pfu/ml时,带有以上标记的重组噬菌体的效价为5×10~4-8.2×10~5pfu/ml。这个令人满意的结果为尔后克隆志贺氏菌属弗氏2a染色体上的与群抗原3,4和型抗原Ⅱ有关的基因打下了基础。     

DNA Methylation Analysis of Chromosome 21 Gene Promoters at Single Base Pair and Single Allele Resolution

Differential DNA methylation is an essential epigenetic signal for gene regulation, development, and disease processes. We mapped DNA methylation patterns of 190 gene promoter regions on chromosome 21 using bisulfite conversion and subclone sequencing in five human cell types. A total of 28,626 subclones were sequenced at high accuracy using (long-read) Sanger sequencing resulting in the measurement of the DNA methylation state of 580427 CpG sites. Our results show that average DNA methylation levels are distributed bimodally with enrichment of highly methylated and unmethylated sequences, both for amplicons and individual subclones, which represent single alleles from individual cells. Within CpG-rich sequences, DNA methylation was found to be anti-correlated with CpG dinucleotide density and GC content, and methylated CpGs are more likely to be flanked by AT-rich sequences. We observed over-representation of CpG sites in distances of 9, 18, and 27 bps in highly methylated amplicons. However, DNA sequence alone is not sufficient to predict an amplicon's DNA methylation status, since 43% of all amplicons are differentially methylated between the cell types studied here. DNA methylation in promoter regions is strongly correlated with the absence of gene expression and low levels of activating epigenetic marks like H3K4 methylation and H3K9 and K14 acetylation. Utilizing the single base pair and single allele resolution of our data, we found that i) amplicons from different parts of a CpG island frequently differ in their DNA methylation level, ii) methylation levels of individual cells in one tissue are very similar, and iii) methylation patterns follow a relaxed site-specific distribution. Furthermore, iv) we identified three cases of allele-specific DNA methylation on chromosome 21. Our data shed new light on the nature of methylation patterns in human cells, the sequence dependence of DNA methylation, and its function as epigenetic signal in gene regulation. Further, we illustrate genotype–epigenotype interactions by showing novel examples of allele-specific methylation.     

快生型大豆根瘤菌基因库的构建

本文报道了用柯斯质粒(cosmid)pLAFRI 作为载体,通过 EcoRI 部分酶切快生型大豆根瘤菌的全部 DNA,获得“目的”DNA 片段,用大肠杆菌 ED8767作为受体菌株,我们构建了一株快生型大豆根瘤菌——B52菌株的基因库。插入的基因片段大小为20～30kb,所获得的抗性菌落数为3.9×10~4,其中外源基因插入频率为70%,重组子数超过“理论”值,达到了希望的建库要求。     

Construction and Some Characterization of a Yeast Artificial Chromosome Library from DNA of a Tomato Line Having Four Disease Resistance Traits

We have constructed a YAC library containing over 5000 clones of tomato (Lycopersicon esculentum Mill. cv. VFNT) DNA with an average insert size of 320 kb, which were equivalent to two haploid genomes. The tomato used here has four disease resistance traits. Therefore the library constructed should be useful for isolating genes of such traits by map-based cloning.     

细菌人工染色体基因组文库构建方法的改进

目的:建立一种改进的更简便、易操作的细菌人工染色体(BAC)文库构建方法。方法:在构建猪霍乱沙门氏菌基因组大片段DNA的BAC文库时,对改进的基因组BAC文库构建方法和常规的BAC文库构建方法进行比较。结果:利用改进的方法可简便快速地构建猪霍乱沙门氏菌基因组BAC文库。结论:使用2种方法构建BAC文库,其转化效率,以及在BAC克隆中插入的DNA片段的大小和BAC克隆的稳定性等都相同,从而表明改进的方法更简单、更方便,它能使BAC文库的构建更为高效。     

检测大麦抗BYDV的蚜虫获毒的酶联免疫吸附法

检测大麦抗ＢＹＤＶ的蚜虫获毒的酶联免疫吸附法刘常宏（陕西省植物保护研究所,陕西杨陵７１２１００）Ｓ．Ｈａｂｅｒ（ＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅＣａｎａｄａ,ＷｉｎｎｉｐｅｇＲｅｓｅａｒｃｈＳｔａｔｉｏｎ,Ｃａｎａｄａ）关键词酶联免疫吸附法,大麦,大麦黄矮病毒...     

可转化人工染色体文库的构建与鉴定

随着人类和植物基因组计划的实施,能容纳大片段的人工染色体载体发展迅速。而用YAC、BAC和PAC等基因组文库进行目的基因的筛选,在获得候选克隆后,通常要进行亚克隆,然后对每个亚克隆逐一进行基因功能互补试验,不仅工作量大,而且有遗漏目的基因的危险。TAC载体含P1质粒和Ri质粒的复制子,可直接转化植物,大大加速了工作进程。概括性的叙述了TAC载体的发展,TAC文库构建的程序及文库鉴定的问题。