从拟南芥表达文库中筛选钙调素结合蛋白cDNA克隆

以生物素标记的钙调素为探针,筛选拟南芥λZAPⅡ表达文库,分离得到9个阳性克隆。融合蛋白的Western印迹分析表明,这些阳性克隆确是编码钙调素结合蛋白的（图2,3）,并且其中Y9等8个克隆编码的融合蛋白与钙调素有依赖于钙离子的结合（图3B）;而唯独Y7编码的融合蛋白与钙调素的结合,与CaM BP－10一样,不依赖于钙离子的存在（图3A）。     

大肠杆菌中一种对NF-IL63′UTR专一的结合蛋白

在大肠杆菌ＴＧ１ 中, 发现了一种与人白介素６ 核转录因子ｍＲＮＡ 的３′非翻译区专一结合的蛋白, 其Ｎ端氨基酸序列为ＡｌａＴｈｒＡｒｇＩｌｅＧｌｕＰｈｅＨｉｓＧｌｙＣｙｓｓ（ ？）Ｇｌｙ。对数据库检索未发现完全同源的蛋白。对于在大肠杆菌中发现真核ｍ ＲＮＡ专一结合蛋白的意义做了讨论。     

从拟南芥表达文库中筛选钙调素结合蛋白cDNA克隆

以生物素标记的钙调素为探针,筛选拟南芥λZAPⅡ表达文库,分离得到9个阳性克隆。融合蛋白的Westem印迹分析表明,这些阳性克隆确是编码钙调素结合蛋白的(图2,3),并且其中Y9等8个克隆编码的融合蛋白与钙调素有依赖于钙离子的结合(图3B);而唯独Y7编码的融合蛋白与钙调素的结合,与CaMBP-10一样,不依赖于钙离子的存在(图3A)。     

双链RNA结合蛋白与双链RNA结合域

双链RNA(double stranded RNA,dsRNA)能引发细胞的抗病毒机制,其产生效应是因为作用于含有dsRNA结合域(dsRNA·binding domain,DRBD)的酶类和其他功能蛋白质,这些蛋白质能够特异性地识别并结合dsRNA,从而引起细胞应答.已有的资料表明DRBD不仅与dsRNA结合,还能与DNA或其他形式的RNA分子结合,而且有些蛋白质的DRBD不与任何核酸分子结合,仅起调节作用.另外,同种蛋白质的不同DRBD之间以及不同蛋白质的DRBD之间也能相互作用,从而形成复杂的蛋白质一蛋白质复合体,参与多种细胞代谢途径.因此,DRBD及其含有这些结构域的蛋白质可能具有多种功能.     

RNA结合蛋白RBM6的研究进展

RBM6(RNA binding motif protein 6)是一种RNA结合蛋白,存在5种可变剪接体.以往的研究发现:与正常组织相比,这些剪接体在肺癌和乳腺癌等肿瘤组织中的表达均有显著变化,但其功能尚不清楚.越来越多的研究显示,RBM6可能是肿瘤进展中的一个重要的调控因子.该文将从RBM6的基因与蛋白结构、作用机...     

cDNA克隆p14－6肿瘤抑制功能的分子机制

本文探讨了具有肿瘤抑制功能的ｃＤＮＡ克隆Ｐ１４－６（即人白细胞介素６核转录因子ＮＦ－ＩＬ６的３’非翻译区）的ＲＮＡ转录物与回复相关蛋白ＢＮＦ的相互作用,发现该ＲＮＡ与ＢＮＦ的相互作用位点为其３’侧的富Ｕ序列内的１个２４核苷酸片段;并发现ＢＮＦ系一群蛋白质,它们可能先相互结合成１个蛋白质复合物,然后再与ＲＮＡ位点作用．其中可能只有１个蛋白质（Ｒ６２）直接与该ＲＮＡ结合。     

噬菌体6肽随机表面表达文库的构建

体外合成编码６肽的随机ＤＮＡ片段以及用于随机ＤＮＡ片段扩增了一对ＰＣＲ引物,再经ＰＣＲ扩增,ＢｇＩＩ酶切扩增产物,获得编码６肽的随机ＤＮＡ克隆片段,并利用已构建的噬菌体表面表达载体,经抗性和插入复活筛选,获得１．６×１０＾８个独立克隆,构成库的克隆经酶切,ＰＣＲ扩增,斑点杂交,序列测定,亲和素富集等方法的综合鉴定和评定,以及６肽随机克隆体外增殖和表达特性观察,结果均表明,我们成功构建了编码６肽的     

绞股蓝核糖体失活蛋白家族编码基因的5个 cDNA及其下游非编码区

通过3'RACE克隆策略获得绞股蓝(Gynostemma pentaphyllum)核糖体失活蛋白(ribosome-inactivating protein,RIP)Gynostemmin的5个cDNA序列gynostemmin Ⅰ～Ⅴ及其下游非编码区(3′untranslated region,3′UTR).它们的编码区长度除gynostemmin Ⅱ为825 bp外,其余均为831 bp.其下游非编码区的长度分别为279、174、170、161和171 bp.在3′UTR中,gynostemmin Ⅰ比另外4个多了两个小的茎环结构和一富含AU的不稳定子元件,其mRNA的稳定性可能因此受到影响.     

大肠杆菌中一种对NF—IL63‘UTR专一的结合蛋白

在大肠杆菌ＴＧ１中,发现了一种与人白介素６核转录因子ｍＲＮＡ的３’非翻译区专一结合的蛋白,其Ｎ－端氨基酸序列为Ａｌａ－Ｔｈｒ－Ａｒｇ－Ｉｌｕ－Ｐｈｅ－Ｈｉｓ－Ｇｌｙ－Ｃｙｓｓ（？）－Ｇｌｙ。对数据库检索未发现完全同源的蛋白。对于在大肠杆菌中发现真核ｍＲＮＡ专一结合蛋白的意义做了讨论。     

酵母tRNA结合蛋白(43kD蛋白)羧端cDNA的克隆及其序列测定

为了研究酵母分子量为 4 3kD的tRNA结合蛋白的基因来源 ,通过溴化氰部分化学裂解此蛋白 ,产生的 18kD肽段经过蛋白质氨端序列测定 ,测得 18kD肽段氨端部分序列为AFTFKK .针对序列AFTFKK设计简并引物 ,利用简并PCR方法和cDNA的 3′末端的快速扩增方法 (3′RACE) ,成功克隆 4 3kD蛋白mRNA的 3′端序列 .DNA序列测定结果表明 ,该序列位于 3 磷酸甘油酸激酶 (PGK1)基因 10 0 3位— 170 0位 ,长度为 6 98bp ,编码 3 磷酸甘油酸激酶羧基端的 180氨基酸残基以及 3′端非翻译区 .结果证实 ,4 3kD蛋白的基因就是PGK1酶的基因     

应用改进的多聚组氨酸标签T7表达载体构建肺癌cDNA文库

应用噬菌体C端展示系统构建的cDNA文库缺乏开放阅读框筛选机制,文库中多数噬菌体克隆展示框外非天然短肽,给后期蛋白质的筛选带来了不便. 为实现噬菌体的ORF筛选功能,利用PCR技术对已有载体T7Select10-3b进行改造,在MCS处外源cDNA插入位点的3′端引入6聚组氨酸筛选标签,经包装后挑取成功表达的单克隆构建肺癌cDNA文库. 经镍柱亲和层析后,收集文库中表达组氨酸的克隆,利用化学发光免疫试验进行筛选效果鉴定. 结果显示,改造的新型载体可成功表达组氨酸标签,以此构建的肺癌cDNA文库经筛选后,含ORF插入的克隆由筛前的6 %提高至70 %,本研究为提高cDNA文库的质量提供了一种简便可行的方法.     

利用重组系统构建大容量噬菌体抗体库

噬菌体抗体库技术是获得人源抗体的重要方法,此文探讨大容量天然噬菌体抗体库在筛选人源抗体中的实际应用价值。从正常人外周血分离淋巴细胞,通过基因工程方法获得抗体基因并且构建到含有重组位点的载体pDF中获得初级噬菌体抗体库,初级库在重组系统中重组之后获得了容量为9×1010的天然Fab噬菌体抗体库,通过序列测定和重组蛋白筛选来对抗体库的质量进行初步鉴定。对随机挑取的96个克隆测序序列分析表明各种型别比例基本合适;用四种抗原筛选有明显的富集,并且获得了针对其中一种抗原的阳性抗体克隆。     

在肽库中筛选抗磷脂抗体的小肽抑制剂

β２糖蛋白Ⅰ（ｂｅｔａ－２－ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ⅰ,β２ＧＰＩ）是一分子量为５０ ｋＤ的糖蛋白．从抗磷脂抗体综合症（Ａｎｔｉｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｓｙｎｄｒｏｍ ,ＡＰＳ）患者身上获得的抗体可直接与β２ＧＰＩ作用．以β２ＧＰＩ为目标分子,在噬菌体十五肽库中筛选抗β２糖蛋白Ⅰ抗体的小肽抑制剂．通过四轮亲和性筛选,噬菌体的回收率从１．２６×１０－ ４％ 增加到３．１９×１０－ ２％ ．随机挑取噬菌体克隆测定其与β２ＧＰＩ的结合活性及其对β２ＧＰＩ与自身抗体结合的抑制活性,其中部分噬菌体克隆表现出４０％ 的抑制活性．经ＤＮＡ 序列测定,得到一组相关序列．该结果为研究β２ＧＰＩ的抗原表位奠定了良好的基础．     

Construction of a Plant Transformation-ready Expression cDNA Library for Thellungiella halophila Using Recombination Cloning

Salt cress （Thellungiella halophila）, a close relative of the model plant Arabidopsis thaliana L., is an extremophile that is adapted to harsh saline environments. To mine salt-tolerance genes from this species, we constructed an entry cDNA library from the salt cress plant treated with salt-stress by using a modified cDNA synthesis and an improved recombinationassisted cDNA library construction method that is completely free of manipulations involving restriction enzymes and DNA ligase. This cDNA library construction procedure is significantly simplified and the quality of the cDNA library is improved. This entry cDNA library was subsequently shuttled into the destination binary vector pCB406 designed for plant transformation and expression via recombination-assisted cloning. The library is plant transformation ready and is used to transform Arabidopsis on a large scale in order to create a large collection of transgenic lines for functional gene mining.     

Construction of a Plant Transformation-ready Expression cDNA Library for Thellungiella halophila Using Recombination Cloning

Salt cress(Thellungiella halophila),a close relative of the model plant Arabidopsis thaliana L.,is an extremophile that isadapted to harsh saline environments.To mine salt-tolerance genes from this species,we constructed an entry cDNA libraryfrom the salt cress plant treated with salt-stress by using a modified cDNA synthesis and an improved recombination-assisted cDNA library construction method that is completely free of manipulations involving restriction enzymes andDNA ligase.This cDNA library construction procedure is significantly simplified and the quality of the cDNA library isimproved.This entry cDNA library was subsequently shuttled into the destination binary vector pCB406 designed for planttransformation and expression via recombination-assisted cloning.The library is plant transformation ready and is used totransform Arabidopsis on a large scale in order to create a large collection of transgenic lines for functional gene mining.     

噬菌体短肽库的构建及其随机短肽的多样性

噬菌体短肽库是将随机合成的寡核苷酸序列通过与单链噬菌体外壳蛋白基因融合,从而将随机短肽表达于噬菌体的表面。将体外随机化学合成的寡聚核苷酸序列重组到单价噬菌体表达载体,构建了噬菌体短肽库,证明其库容为２×１０￣７集落形成单位（ｃｆｕ）,重组率为９３％。同时将１１个随机克隆进行序列测定,证实其寡聚核苷酸序列和氨基酸的分布几乎是完全随机的,其多样性可以满足特异性短肽筛选的要求。     

Screening E3 Substrates Using a Live Phage Display Library

Ubiquitin ligases (E3s) determine specificity of ubiquitination by recognizing target substrates. However, most of their substrates are unknown. Most known substrates have been identified using distinct approaches in different laboratories. We developed a high-throughput strategy using a live phage display library as E3 substrates in in vitro screening. His-ubiquitinated phage, enriched with Ni-beads, could effectively infect E. coli for amplification. Sixteen natural potential substrates and many unnatural potential substrates of E3 MDM2 were identified through 4 independent screenings. Some substrates were identified in different independent experiments. Additionally, 10 of 12 selected candidates were ubiquitinated by MDM2 in vitro, and 3 novel substrates, DDX42, TP53RK and RPL36a were confirmed ex vivo. The whole strategy is rather simple and efficient. Non-degradation substrates can be discovered. This strategy can be extended to any E3s as long as the E3 does not ubiquitinate the empty phage.     

天然兔源噬菌体单链抗体库的构建与鉴定

目的:构建天然兔源噬菌体单链抗体库。方法:采用RT-PCR法从未免疫的兔子脾脏中克隆得到抗体重链可变区(VH)与轻链可变区(VL)基因,重叠PCR将VH和VL拼接成scFv片段,将scFv连接到噬菌粒pComb3XSS上,电转入XL1-Blue菌中,得到单链抗体库,并用此抗体库筛选抗肌酸激酶抗体。结果:构建了容量为4×108,基因重组率95%的单链抗体库,DNA指纹图谱显示抗体库多样性良好。以肌酸激酶为抗原,从该库中筛到3株抗肌酸激酶的抗体。结论:分析表明构建的天然兔源单链抗体库质量良好,可用于快速筛选、制备多种单链抗体。     

构建噬菌体展示抗体库过程中电穿孔法的条件优化

目的：确定稳定且高效的电转化实验方案以达到构建高库容噬菌体展示抗体库的目的。方法：探索电压、脉冲时间、噬菌粒DNA质量与浓度、TG1大肠杆菌的生长周期、重悬洗涤缓冲液及培养基优化等方面对TG1大肠杆菌电转化效率的影响。结果：当电转杯电极间距为2mm时,设定电转仪参数为3kV、25μF、5ms、200Ω;外源DNA经纯化后加入感受态菌液中使终浓度为1ng/μl;培养基中加入20mmol/L的MgCl₂,并将TG1的生长阶段调控在OD₆₀₀=0.8,用无菌超纯水重悬及洗涤细胞,将感受态细胞浓度调整为4×10¹⁰个/ml。在上述条件下,电转化效率可达到4.9×10⁹CFU/μg DNA。结论：通过多种条件优化,提高了电转化效率,为构建高库容噬菌体展示抗体库建立了基础。