软体动物系统发育研究进展

软体动物是动物界仅次于节肢动物的第二大门类.长期以来,其系统位置及其系统发育关系一直争议颇多.简述了软体动物的分类及系统学研究概况,重点介绍了近年来18SrRNA和28SrRNA基因的分子系统学研究进展.同时就软体动物系统学研究中存在的问题和前景作了分析和展望.     

核基因序列在昆虫分子系统学上的应用

核基因中含有更加丰富的生物学信息,运用核基因序列或将核基因序列与线粒体基因序列相结合研究昆虫的系统发育正成为分子系统学领域的一种发展趋势.核糖体基因中18S rDNA、28S rDNA、ITS已在昆虫分子系统学中得到了广泛的应用.与核糖体基因相比,虽然编码蛋白的核基因应用于昆虫分子系统学的种类不少,但大部分都是应用于双翅目和鳞翅目昆虫的分子系统学研究中,能够成功地普遍用于多个目昆虫的系统学研究的核基因并不多.本文简要介绍了应用于昆虫分子系统学的核中核糖体基因和编码蛋白的核基因,并分析了核基因序列在分子系统学应用上的局限性和应用前景.     

DNA序列在蕨类分子系统学研究中的应用

在分子系统学研究中,目的基因或者基因片段的选择是最关键的一步,由于进化速率的差异,不同的DNA序列适用于不同分类阶元的系统发育研究.本文综述了目前蕨类分子系统发育研究中常用的DNA序列分析,它们分别来自叶绿体基因组、核基因组和线粒体基因组,着重阐明叶绿体基因在蕨类分子系统学研究中的应用.本文还简要介绍了分子系统学研究中常见的问题及解决方法(如内类群和外类群的选择.适宜DNA片段的选择策略),总结了目前蕨类植物分子系统学研究所取得的进展和研究现状,展望了当今国际蕨类分子系统学的研究趋势.     

植物分子系统学近五年的研究进展概况

本文综述了与分子系统学发展密切相关的4个因素：1.分子生物学方法的不断改进;2.基因组的全序列测定;3.用于分子系统学研究的基因种类不断增加,对这些基因进化规律的认识不断深入;4.化石DNA的研究。本文还阐述了核基因及叶绿体基因在系统学研究中的应用,例举了rbcL、matk、18s rDNA和ITS序列分析在植物系统发育研究中取得的重要成果,同时提出了分子系统学研究中应注意的一些问题。     

核基因在两栖爬行动物分子系统学中的研究进展

从DNA水平探索生物进化的理论、生物类群的演化历史具有重要的意义,应用DNA序列研究生物的系统发育和进化规律成为当前分子系统学研究的热点,与线粒体DNA相比,核基因由于包含有更加丰富的生物学信息,运用核基因序列或将核基因序列与线粒体基因序列相结合研究两栖爬行动物的系统发育,正成为分子系统学领域的新的发展趋势.Rag-1、Rag-2、tyrosinase、rhodopsin、C-mos等核基因已在两栖爬行动物分子系统学中得到了广泛的应用.由于目前的技术手段等诸多因素,限制了更多的核基因用于两栖爬行动物分子系统学研究.为此简要介绍了目前核基因在两栖爬行动物分子系统学方面的研究进展,并分析了核基因序列在分子系统学应用上面临的问题和应用前景.     

林跳鼠亚科的系统学研究述评

林跳鼠亚科分布在亚洲和北美洲,虽然种类及数量都不多,但对该亚科的分类和系统发育关系一直存在争议,近几年对林跳鼠哑科分子系统学的研究,产生了一些与形态学、生物地理学等研究不同的结果.本文对林跳鼠亚科系统学研究的一些工作加以述评,归纳出林跳鼠亚科在系统学方面还存在的问题,并对林跳鼠亚科系统学的进一步研究提出了一些建议.     

"中国植物系统学百年回顾"学术交流会纪要

"中国植物系统学百年回顾"学术交流会于2005年2月25日至27日在深圳仙湖植物园召开.会议由仙湖植物园和<植物分类学报>编委会联合主办.来自国内外植物系统学研究领域的专家学者共90余人参加了此次会议.他们共同回顾了中国植物系统学研究近百年来所取得的卓越成就,展望了未来的光辉前景.     

蚂蚁群落研究方法

综述了蚂蚁群落常见抽样方法和分析方法,总结了陷阱法、样方法、诱饵法、枯落物抽样法、手拣法、杀虫剂击倒法、精细抽样法及样地调查法等抽样方法的优点及不足,分析了不同抽样方法采集蚂蚁的效率,介绍了国际上通用的地表蚂蚁抽样方法ALL草案及蚂蚁功能群研究,比较了物种累积曲线、相对多度、物种丰富度和多样性指数等在蚂蚁群落分析中的运用.指出了当前蚂蚁群落研究中存在研究方法不够规范的问题,提出了运用ALL草案在全国范围内进行蚂蚁群落调查,在高度异质性的生境开展抽样方法比较研究,加强对蚂蚁群落物种累积曲线及相对多度的分析,通过它们来进行科学的物种丰富度估计的建议.     

《植物系统学：系统发育方法》一书简介

Ｗ .Ｓ .Ｊｕｄｄ等著的《植物系统学 :系统发育方法》(ＰｌａｎｔＳｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ:ＡＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃＡｐｐｒｏａｃｈ)一书将维管植物按照分支分类学研究结果分门别类进行了介绍。该书 1999年出版 ,全书共 8章。第 1章植物系统学 ,介绍植物系统学定义及其研究的重要性 ;第 2章生物系统学的方法与原则 ,解释如何根据系统学证据重建系统发育关系 ;第 3章有花植物的分类与系统 :历史背景 ,概述在系统发育历史背景下应如何看待分类群 ;第 4章分类学证据 :形态结构与生化性状 ;第 5章分子系统学 ,介绍植物系统学的主要证据 ,侧…     

苔藓植物分子系统学研究概况

结合同工酶分析技术及随机扩增多态性DNA(RAPD)、限制性片段长度多态性(RFLP)和DNA序列测序3种分子生物学技术,对苔藓植物的分子系统学研究概况进行了介绍,并指出了在苔藓植物分子系统学研究中存在的一些问题.     

菌物分子系统学研究进展

分子生物学技术的发展以及计算机的广泛使用给菌物系统学在分子水平上带来了革命性变化,本文简要回顾了菌物分子系统学研究现状与分析方法,并就目前菌物分子系统学中存在的问题以及该研究的发展方向提出了一些看法。     

The evolution of plant development

The last decade has witnessed a resurgence in the study of the evolution of plant development, combining investigations in systematics, developmental morphology, molecular developmental genetics, and molecular evolution. The integration of phylogenetic studies, structural analyses of fossil and extant taxa, and molecular developmental genetic information allows the formulation of explicit and testable hypotheses for the evolution of morphological characters. These comprehensive approaches provide opportunities to dissect the evolution of major developmental transitions among land plants, including those associated with apical meristems, the origins of the root/shoot dichotomy, diversification of leaves, and origin and subsequent modification of flower structure. The evolution of these major developmental innovations is discussed within both phylogenetic and molecular genetic contexts. We conclude that it is the combination of these approaches that will lead to the greatest understanding of the evolution of plant development.     

分子系统学原理及其在林木上的应用

综述了林木分子系统学的是新研究进展,分析了现代分子生物学方法的不断改进给林木系统学研究带来的革命性进展,阐述了RAPD,cpDNA,rDNA等在林木分子系统学研究中的应用及取得的成果,评述了各种不同分子标记的适用范围以及对相关基因进化规律的认识,同时提出了这些分子标记在分子系统学研究中应注意的一些问题。     

分子分类的若干问题

本文简要介绍了分子分类学中的几个重要问题：即,（１）分子分类法的优点及其局限性;（２）分子树和物种树的关系;（３）分子种与分子分类法的关系;（４）核酸序列数据与蛋白质序列数据之比较;（５）ＭＰ、ＮＪ和ＭＬ法之比较;（６）分子树的可靠性。另外还简要介绍了两个分子分类软件,ＰＨＹＬＩＰ和ＣＬＵＳＴＡＬＶ。     

基因序列在蚤蝇科分子系统学研究中的应用

概述基因序列在双翅目蚤蝇科分子系统学研究中的应用。对蚤蝇科已测序的分类单元和基因序列进行了总结,12S rDNA和16S rDNA应用最广泛,涉及蚤蝇科17个属;获得基因序列最多的是Melaloncha属。蚤蝇科分子系统学研究内容为高级阶元系统发育分析、物种鉴定和隐存种发现。今后蚤蝇科分子系统学研究应增加蚤蝇标本的种类与数量,选择标准化基因。     

植物遗传多样性和系统学研究中的等位酶分析*

本文对“等位酶”概念、等位酶分析方法在植物遗传多样性和系统学研究中应用的范围（包括种上和种下）进行了介绍和讨论,并对其优点和缺点进行了评论。认为等位酶分析是研究生物遗传多样性的重要方法,并为系统学和进化研究进入分子水平开辟了广阔而实用的前景,但使用分子资料并不意味着可以抛弃形态、细胞等其他方面的资料,它们的关系是互相补充,而决不是互相代替。     

分子遗传标记技术在蜻蜓目昆虫研究中的应用

分子生物学技术应用于昆虫系统学研究在近些年发展相当迅速。目前已出现了几十种分子遗传标记。该文简述了酯酶同工酶电泳、核酸序列分析以及AFLP、RAPD、核酸探针等分子生物学技术在蜻蜓目昆虫研究中的应用情况。     

The progress of DNA analyzing techniques and its impact on plant molecular systematics

Recent advances in manipulating nucleic acids have opened a new research field called plant molecular systematics. This short review provides an overview of molecular techniques which have been used in the analysis of DNA molecules for the study of plant systematics, with a special emphasis on PCR. The early application of DNA analysis, DNA/DNA hybridization, has not become popular with plant systematists, because of several disadvantages inherent in the method. The survey of restriction fragment length polymorphisms (RFLPs), on the contrary, has become one of the preferred methods used by plant molecular systematists, since the method is relatively easy to perform. Although unambiguous data can be obtained by both long-range restriction mapping and nucleotide sequencing, these approaches may have limited use in plant molecular systematics because of their laborious experimental procedures relying on conventional molecular cloning techniques. To date, PCR based analyses of the DNA molecule seem to be the most suitable experimental approach for plant molecular systematics. Several advantages of the method have changed both the quality and quantity of the DNA data. Further application of PCR to plant molecular systematics will open up a new era in the field. The present paper is based on the contribution which was read in a symposium entitled “Organellar DNA Variations in Higher Plants and their Taxonomic Significance”, at the 50th Annual Meeting of the Botanical Society of Japan in Shizuoka on October 2, 1990, under the auspices of the Japan Society of Plant Taxonomists.     

Molecular systematics: A synthesis of the common methods and the state of knowledge

The comparative and evolutionary analysis of molecular data has allowed researchers to tackle biological questions that have long remained unresolved. The evolution of DNA and amino acid sequences can now be modeled accurately enough that the information conveyed can be used to reconstruct the past. The methods to infer phylogeny (the pattern of historical relationships among lineages of organisms and/or sequences) range from the simplest, based on parsimony, to more sophisticated and highly parametric ones based on likelihood and Bayesian approaches. In general, molecular systematics provides a powerful statistical framework for hypothesis testing and the estimation of evolutionary processes, including the estimation of divergence times among taxa. The field of molecular systematics has experienced a revolution in recent years, and, although there are still methodological problems and pitfalls, it has become an essential tool for the study of evolutionary patterns and processes at different levels of biological organization. This review aims to present a brief synthesis of the approaches and methodologies that are most widely used in the field of molecular systematics today, as well as indications of future trends and state-of-the-art approaches.