Biolog微生物鉴定系统中接种液的替代

目的：采用市售试剂自行配制Biolog菌种鉴定接种液,代替Biolog公司的原装接种液,用以降低菌种鉴定成本。方法：用实验室自行配制的接种液和Biolog公司的接种液,对120株细菌和50株丝状真菌进行Biolog微生物系统鉴定,对比鉴定结果。结果：用2种接种液进行菌种鉴定时,鉴定板上部分孔的颜色反应不同,但鉴定结果一致。结论：自行配制的接种液可以满足菌株鉴定的要求,具有推广意义。     

VITEK2 Compact全自动微生物分析系统对牛乳中葡萄球菌的鉴定效果评价

【目的】评价VITEK2 Compact全自动微生物分析系统对牛乳中葡萄球菌属细菌鉴定效果。【方法】对从西宁、白银、西安三地乳样中分离的52株葡萄球菌通过VITEK2 Compact全自动微生物分析系统进行鉴定,并与革兰氏染色、触酶试验、血浆凝固酶试验以及16S r RNA基因序列分析结果进行比对;通过对凝固酶阴性葡萄球菌和凝固酶阳性葡萄球菌在不同麦氏浓度的鉴定,评价该系统的稳定性。【结果】VITEK2 Compact全自动微生物分析系统对葡萄球菌在"属"水平的鉴定结果符合率达96.15%,与血浆凝固酶结果对比,凝固酶阴性葡萄球菌属细菌鉴定结果符合率为92.86%,对凝固酶阳性葡萄球菌属细菌鉴定结果符合率为50%,但对具体种鉴定时,结果符合率仅为44.23%。在稳定性检测的试验中,鉴定符合率为100%,鉴定结果可靠性不随菌液浓度变化而变化。【结论】该系统可用于牛乳中葡萄球菌在"属"水平的鉴定。     

微生物鉴定系统在肠道病原菌检测中的应用

目的建立简便、快速、系统的病原菌生化检测方法。方法通过应用ATB微生物鉴定系统对112株可疑肠道病原菌菌株进行检测分析,并与国家标准法结合鉴定。结果ATB微生物鉴定系统在112株可疑肠道病原菌菌株中检测出肠道病原菌66株,鉴定结果与国家标准法结果一致,而对常规检测不能确定的37菌株也能给出明确的鉴定结果。结论该系统操作简便、快速,缩短了鉴定周期,提高了鉴定效率,检测范围广,可以作为肠道致病菌检测常规方法的辅助工具,有利于病原菌的快速检出。     

SYBR Green实时荧光定量PCR快速检测口腔幽门螺杆菌

目的建立一种快速、灵敏、特异的鉴定幽门螺杆菌实时荧光定量PCR方法。方法利用SYBR Green实时荧光定量PCR反应体系对口腔幽门螺杆菌进行检测。鉴定结果与临床常规鉴定方法相比较,评价其敏感度、特异度及重复性。结果通过48例样品的检测,结果显示实时荧光定量PCR法检测标本的鉴定结果与常规PCR鉴定方法的结果对比,特异度为100%,敏感度为100%;最小能检测到102个拷贝数的重组质粒;批内重复试验和批间重复试验结果均与常规鉴定方法结果相符。结论实时荧光定量PCR法鉴定口腔幽门螺杆菌,特异度和敏感度高,重复性好,且快速、简便。该方法有望成为检测口腔幽门螺杆菌感染的一种快速有效的方法。     

MALDI-TOF MS对临床侵袭性丝状真菌的快速鉴定技术的研究

目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术在临床常见丝状真菌鉴定中的应用价值。方法收集2017年4月—2019年7月本院各种类型临床标本中分离培养的65株丝状真菌,以及某三甲医院惠赠的26株丝状真菌。这91株丝状真菌通过传统形态学鉴定、DNA测序及MALDI-TOF MS鉴定方法后,以DNA测序结果为标准,与另外2种方法的鉴定结果进行统计学比较,评价MALDI-TOF MS在临床丝状真菌鉴定上的应用。结果在28℃和35℃条件下培养的菌株经质谱仪鉴定后,χ~2检验显示P0.05,提示培养温度差异对结果的影响无统计学意义;以DNA测序结果为金标准,传统形态学方法的正确鉴定率为81.3%(74/91),而基于MALDI-TOF MS技术的正确鉴定率可达97.8%(89/91);研究中,使用"甲酸乙腈提取法"提取蛋白后,丝状真菌质谱鉴定的正确率为90.1%(82/91),而"磁珠研磨法"提取蛋白后的质谱鉴定率则为97.8%(89/91)。结论临床常规工作中使用质谱仪鉴定常见丝状真菌时,培养温度不会影响质谱鉴定结果;改良"磁珠研磨法"提取蛋白后质谱仪鉴定的正确率优于质谱仪推荐"甲酸乙腈提取法";MALDI-TOF MS技术在常见丝状真菌的鉴定上,相比于传统形态学鉴定,该技术更快速、客观、高效及准确。     

茄子种质资源青枯病抗性鉴定及分子标记研究

利用分子标记结合人工接种鉴定评价41份茄子材料的青枯病抗性。试验结果表明,41个材料中,人工接种鉴定为抗病材料有38份,感病的3份,与分子标记鉴定结果基本吻合。综合人工接种与分子鉴定结果得出,只含有一个特异标记或不含特异标记的材料表现为感病。在3个分子标记鉴定结果中,有8份材料不完全一致,原因可能是各标记所连锁的抗性位点不同;另外,不同的材料在试验环境中基因表达很可能存在差异。因此,在茄子抗青枯病育种中,人工接种鉴定和分子标记辅助鉴定都是重要的。     

蛋白质组研究中离子阱串联质谱数据搜库结果解释方法

基于离子阱串联质谱仪的鸟枪法是一种高通量的蛋白质鉴定方法。得到的数据一般使用软件SEQUEST搜索蛋白质序列数据库,得到肽段鉴定列表以及相应的打分。为了得到蛋白质鉴定列表,还需要进行肽段鉴定结果的过滤和假阳性率的计算,然后根据肽段鉴定结果组装蛋白质列表。这两个问题目前还没有很好地解决。对已有的方法进行总结和比较,可以给搜库结果解释方法的选择提供参考,对数据质量控制方法的改进也有所帮助。     

梅里埃VITEK 2全自动微生物鉴定药敏分析系统性能评估

评价梅里埃VITEK 2全自动微生物鉴定药敏分析系统的性能。选取卫生部室间质评菌株20株，统计分析鉴定结果的正确性、药敏结果。结果：鉴定重复率为100%，正确率为100%，药敏结果符合率为100%。梅里埃VITEK 2比VITEK 2 COMPACT全自动微生物鉴定及药敏分析系统操作更便捷、更准确率，微生物检测质量更佳。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术作为常见益生菌菌种鉴定辅助工具的研究

目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术用于常见益生菌菌株鉴定及潜在益生菌菌株筛选的可行性。方法利用16S rDNA序列分析在方法学上对MALDI-TOF MS技术的鉴定能力进行研究;通过MALDI-TOF MS技术对现有保藏菌株的鉴定结果研究MALDI-TOF MS技术的鉴定准确性及优越性。结果 MALDI-TOF MS技术具备较16S rDNA序列分析更高的菌株鉴定能力;MALDI-TOF MS技术的鉴定结果准确、稳定。结论 MALDI-TOF MS技术可以作为准确、快速、廉价及可高通量操作的菌株鉴定方法应用于常见益生菌菌株的鉴定及潜在益生菌菌株的筛选。     

BD Phoenix^TM酵母菌鉴定板对临床分离酵母菌鉴定能力的评估

目的 评估BD Phoenix^TM酵母菌鉴定板对酵母菌的鉴定能力.方法 选取白念珠菌18株,热带念珠菌22株,光滑念珠菌19株,克柔念珠菌8株,近平滑念珠菌20株,新生隐球菌14株,季也蒙念珠菌4株,平常念珠菌1株,葡萄牙念珠菌1株,头状地霉2株,挪威念珠菌1株,链状念珠菌1株,乳酒念珠菌1株,希木龙念珠菌1株,解脂念珠菌3株,皱褶念珠菌1株,菌膜念珠菌3株,共计120株.借助Phoenix^TM 100全自动微生物鉴定仪,使用BD Phoenix^TM酵母菌鉴定板鉴定上述菌株.用真菌通用引物ITS1与ITS4对所有受试菌株的rDNA进行PCR扩增,对PCR产物进行序列测定、分析并作为金标准与BD Phoenix^TM酵母菌鉴定板的结果比较,同时使用MALDI-TOF MS质谱分析对试验菌株进行菌种鉴定.结果 BDPhoenix^TM酵母菌鉴定板除了对1株挪威念珠菌、1株平常念珠菌、1株解脂念珠菌、1株皱褶念珠菌未能鉴定以及1株链状念珠菌、1株克柔念珠菌、2株菌膜念珠菌、1株解脂念珠菌鉴定错误外其余试验菌株鉴定均正确,鉴定准确率为92.5％.所有鉴定结果均在17 h内获得,而白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌的鉴定时间均小于6h,并且不受推荐培养基的限制.所有菌株MALDI-TOF MS的鉴定结果与其rDNA ITS序列分析的结果完全一致.结论 BD Phoenix^TM酵母菌鉴定板对多数酵母菌能够快速准确地鉴定到种,但对某些少见酵母菌的鉴定能力有待进一步考证.     

应用基质辅助激光电离飞行时间质谱快速鉴定临床酵母菌

目的研究基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight MassSpectrometry,MALDI-TOF-MS)用于快速检测鉴定临床分离的酵母菌的可行性。方法应用Bruker MALDI-TOF-MS和VITEK 2-compact系统分别鉴定150株临床分离的酵母菌,结果不一致的菌株通过基因序列测定来鉴定。结果 MALDI-TOF-MS快速准确鉴定出了150株临床酵母菌,鉴定符合率在属水平上为100%,种水平上为94%。结论基于MALDI-TOF-MS鉴定方法具有很好的可重复性和准确性,并且其检测成本较低,实验准备时间很短,MALDI-TOF-MS可以用于临床分离的酵母菌的快速鉴定。     

拟南芥T-DNA插入突变体atsuc3的PCR鉴定

应用两种植物T-DNA插入突变体PCR鉴定方法,即“三引物法”和“双引物法”对拟南芥T-DNA插入突变体atsuc3（目的基因两条染色体均发生T-DNA插入的纯合突变体）进行鉴定和比较的结果表明,“三引物法”由于易产生非特异性扩增而无法得到PCR鉴定结果,从而导致鉴定失败;“双引物法”则可避免此种现象,得到可靠、有效的鉴定结果。     

抗花叶病烟草种质资源的鉴定与筛选

本研究以不同来源、不同类型的46个烟草品种为试验材料,进行抗烟草普通花叶病（TMV）特性的田间鉴定和分子鉴定,为筛选抗病烟草种质奠定基础。结果表明,22个品种的烟草抗TMV特性田间鉴定结果与前人鉴定结果基本相同,从24个前人未鉴定的烟草品种中初步筛选出14个中抗品种,8个中感品种和2个感病品种;通过抗TMV基因（CN）的特异引物进行扩增,36个烟草品种的基因组DNA具有特异性片段;通过分子鉴定和田间鉴定的结果比较,62.9%的具有CN或其同源基因的烟草品种田间鉴定表现为中抗或高抗,83.3%的具有CN或其同源基因的选育烟草品种田间鉴定表现为中抗或高抗;结合两种方法,初步确定了3个中感品种和11个中抗品种。     

黄腹山鹪莺和纯色山鹪莺性别的分子鉴定

黄腹山鹪莺Prinia flaviventris和纯色山鹪莺P. inornata共同体现出一个特点,其繁殖期尾羽短于其冬季尾羽,但由于两者的雄雌外形相似而难以野外鉴别.为此,我们采用CHD基因法对二者的性别进行鉴定,并通过解剖对鉴定结果进行验证.结果发现: 1) P2/ P8引物适用于这两个物种的性别鉴定,而2550F/2718R不适用; 2) 分子方法鉴定结果与解剖鉴定结果完全相符; 3) 使用非伤害性取样法拔取的羽毛中提取的DNA具有同样效果.为此,我们认为使用P2/ P8引物对这两个物种进行性别鉴定可靠,具快速鉴定的效果,而2550F/2718R引物可能不适用于莺科鸟类的性别鉴定.     

薄层色谱法鉴定天麻胶囊中的天麻素

为了建立天麻胶囊中主要有效成分天麻素的快速鉴定方法,根据天麻素的理化特性,使用乙醇和甲醇提取天麻胶囊中的天麻素,使用薄层色谱法进行鉴定,并与高效液相色谱法的分析结果进行比较。结果表明,薄层色谱法的鉴定结果与高效液相色谱法的检测结果一致,能较准确地鉴别天麻胶囊的真伪。本研究结果表明薄层色谱法能快速简便、准确灵敏地检测天麻胶囊中的有效成分,可作为法定鉴定方法的补充,对天麻胶囊实施快速初筛。     

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。     

纳米孔测序技术在实蝇类害虫检疫鉴定中的应用

【目的】纳米孔测序技术是单分子实时测序技术的一种,正在被广泛应用于临床快速诊断及微生物检测等领域。本研究以实蝇这一类重要的检疫性有害生物为例,探究该技术在昆虫检疫鉴定中应用的可行性,为昆虫检疫鉴定提供新方法。【方法】分别采用一代测序技术和纳米孔测序技术,对14种经形态学鉴定的实蝇成虫进行DNA条形码测序,通过BOLD和NCBI数据库对测序结果进行比对分析,并比较2种测序技术所得序列结果准确性的差异。【结果】通过纳米孔测序,14个实蝇样品在44 min内获得181 Mb bases,每个样品平均得到11280条reads,单个reads的准确度为92.10%~94.53%;经一致性序列校正,所有实蝇样品均可得到与一代测序结果完全一致的序列,序列分析结果与形态学鉴定结果完全一致。【结论】采用本研究的实验流程和数据分析方法,纳米孔测序技术可以应用于实蝇类害虫的检疫鉴定,测序结果准确、高效;本研究提供的实验方案同样适用于基于扩增子测序的物种鉴定,满足大规模样品的高通量精准鉴定需求。     

模式小鼠总DNA三种提取方法比较

目的：建立简便、快捷、经济的模式小鼠总DNA提取方法,以快速鉴定大批量模式小鼠基因型。方法采用苯酚抽提法、异丙醇沉淀法、鼠耳煮沸法提取同种模式小鼠总DNA,对比DNA纯度、得率、耗费时间,并比较基因型鉴定结果。结果苯酚抽提法得率最高,异丙醇沉淀法最低;而纯度则按照苯酚抽提法、异丙醇沉淀法、鼠耳煮沸法顺序递减;在耗时上鼠耳煮沸法最短。三种方法提取的DNA均可做模版用于基因型鉴定。结论鼠耳煮沸法操作简单、成本最低,快速、基因型鉴定结果可靠,可用于规模化的基因型鉴定实验中。     

利用RAPD分析鉴定花椰菜杂种纯度

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)分析方法,鉴定花椰菜F1代杂种纯度。筛选出20个10bp随机引物对杂种F1代和父母本基因组DNA进行RAPD分析,共获得扩增片段124条,分子量在0.3-3kb之间,其中2个引物S120和S174可用来鉴定杂种纯度。RAPD分析结果与田间形态鉴定结果基本一致,表明RAPD分析方法适用于花椰菜杂种的纯度鉴定。     

多普勒B超鉴定中国大鲵性别

首次报道了从影像学水平上鉴定中国大鲵性别的研究结果。采用多普勒B超,常规方法直接扫描雌雄中国大鲵腹部,并记录大鲵的精巢或卵巢的形状、内部回声。实验结果表明,雌雄中国大鲵的检测结果存在明显的差畀,在雄性中国大鲵的腹部,可检测到精巢组织;在雌性中国大鲵的腹部,可检测到为卵巢组织和卵泡。初步分析了实验结果,并认为将多普勒B超鉴定法与泄殖孔法鉴定相结合可以作为中国大鲵性别鉴定的可靠方法。