系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。4.请严格按照下列具体要求写作[参见:微生物学报,2004,44(2):143.]     

系统发育树的构建方法北大核心CSCD

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下：1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

系统发育树的构建方法北大核心

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下： 1.将鉴定菌的16Sr RNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。 2．采用能反应分支长度的软件（如NJ法）,并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法北大核心CSCD

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16SrRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16SrRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16SrRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。4.请严格按照下列具体要求写作[参见:微生物学报,2004,44(2):143.]     

菌种1137116S rRNA序列分析及鉴定

通过PCR方法扩增菌种11371的16S rRNA基因并测序,将序列提交GenBank(登录号:DQ531606),并与其他链霉菌属种进行比较,通过DNAStar软件得到菌种16S rRNA基因序列进化树。同时采用插片法、显微镜观察等方法对株菌11371进行形态特征、培养特征、生理生化特征鉴定。结果表明,11371的16S rRNA序列与其他链霉菌具有一定的同源性,结合生理、生化指标鉴定结果,进一步确定菌种为不吸水链霉菌一株新亚种(Streptomyces ahygroscopicus subsp.wuzhouensis n.sub-sp.),菌株11371 16S rRNA序列为GenBank中首例Streptomyces ahygroscopicus的16S rRNA序列。     

曲额乳白蚁mtDNA-PCR鉴定

基于白蚁16S rRNA基因序列差异设计一对引物进行曲颚乳白蚁PCR鉴定,该引物可以与曲颚乳白蚁线粒体DNA进行PCR反应,特异性扩增约200bp目的DNA片断,成功构建以曲颚乳白蚁16S rRNA基因序列为基础的mtDNA-PCR鉴定体系。     

鼠三毛滴虫新疆灰仓鼠分离株形态学观察及其16SrRNA基因分析

目的：对从新疆实验动物研究中心饲养的封闭群灰仓鼠体内分离到的1株鞭毛虫进行形态学鉴定及基因鉴定。方法取灰仓鼠回盲部内容物进行直接涂片和常规姬姆萨染色后镜检观察,提取虫体总DNA,PCR扩增该鞭毛虫的16S rRNA基因,测序后与国外已报道的鞭毛虫进行核酸同源性分析,并应用MEGA5.22软件绘制系统发育进化树。结果形态学观察表明分离到的鞭毛虫为鼠三毛滴虫。测序后核酸同源性分析表明鼠三毛滴虫新疆灰仓鼠分离株16S rRNA序列与国外已报道的三毛滴虫高度同源。系统发育进化树表明鼠三毛滴虫新疆灰仓鼠分离株序列与已报道的鼠三毛滴虫16S rRNA（序列号AY886846.1）位于同一进化分支,与其他相关三毛滴虫亲缘关系较远。结论形态学鉴定和16 S rRNA基因分析表明,此次从新疆实验动物研究中心饲养的封闭群灰仓鼠体内分离到的鞭毛虫为鼠三毛滴虫。     

粪肠、屎肠球菌及相近种部分持家基因的系统发育分析

【目的】利用16S rRNA、clpX和recA基因分子标记研究Enterococcus faecalis、Enterococcus faecium及相近种间的种系发育关系,并比较这些基因序列对E.faecalis、E.faecium及相近种的区分能力。【方法】以分离自传统乳制品中的9株E.faecium和1株E.durans分离株为研究对象,以clpX和recA基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,结合已公布的近缘种相应序列构建系统发育树并与16S rRNA基因进行比较。【结果】在基于clpX和recA基因的进化树中,10株试验菌株与E.faecalis始终处于同一分支。与该物种这两个基因的平均相似性为99.6%和98.6%,与另一分支的Faecium-group(E.durans和E.faecium)的平均相似性仅为61.5%和33.5%。相近种E.durans和E.hirae间这两个基因的差异性为20.3%和39.0%;在基于16S rRNA基因的进化树中,试验菌株与Faecium-group(E.lactis、E.faecium、E.durans、E.hirae)处于同一分支。与这些成员间该基因的相似性大于99.6%,与E.faecalis基因的平均相似性可达98.4%。相近种间该基因相似性无明显差异。【结论】按照10株试验菌株clpX和recA基因的分析结果可将由传统生理生化和16S rRNA基因序列鉴定的9株E.faecium和1株E.durans归类为E.faecalis,clpX和recA基因可用于部分相近种的分类鉴定。     

利用16S rRNA基因同源性分析鉴定两株明串珠菌

从酸马奶中分离出2株明串珠菌KLDS 5.0301和KLDS 5.0302,对2株菌的16S rRNA基因经PCR扩增测序,将测序结果同该属内菌株的16S rRNA序列作多序列比较,并建立明串珠菌属的系统发育树.结果表明,KLDS 5.0301的16S rRNA序列同L. garlicum的同源性百分比为100%.KLDS 5.0302的16S rRNA序列同L.mesenteroides LM2菌株的16S rRNA序列的同源性百分比为99.9%.根据系统发育树的结果,将KLDS5.0301鉴定为L.garlicum,KLDS 5.0302鉴定为L.mesenteroides.菌株KLDS 5.0301和KLDS 5.0302的16SrRNA序列已经在GeneBank申请国际序列注册号,分别为DQ239691和DQ297412.     

16S rRNA基因和COI基因序列分析在石斑鱼物种鉴定中的应用

对台湾海峡常见的8种石斑鱼进行了16S rRNA基因和COI基因的序列测定,并通过GenBank和BOLD两个数据库进行鱼种鉴定.序列分析表明,COI基因较16S rRNA基因有更大的分辨率;两个基因序列在GenBank中的搜索结果和COI基因序列在两个数据库的搜索结果大部分一致,但仍有部分差异.建议同时使用COI和16S rRNA两种保守基因,进行序列测定,然后在GenBank和BOLD SYSTEMS数据库进行搜索,选择一致的鉴定物种作为鉴定结果.