高通量测序方法分析两种草食性淡水螺肠道菌群多样性

淡水螺是水生态系统中重要的生物类群,也是多种寄生虫的中间宿主。肠道菌群在动物能量代谢和抵抗病原体方面起着重要作用。本文分析了耳萝卜螺Radix auricularia和三旋卷丽螺Planorbella trivolvis肠道菌群的多样性。结果表明:在门水平上,耳萝卜螺有23个菌门,以变形菌门(Proteobacteria,33.63%)、蓝细菌门(Cyanobateria,15.33%)、绿弯菌门(Chloroflexi,13.95%)和放线菌门(Actinobacteria,12.99%)为主;三旋卷丽螺有13个菌门,以变形菌门(54.88%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,28.49%)和放线菌门(7.65%)为主。属水平上,耳萝卜螺有厚皮藻属Pleurocapsa、硫网菌属Thiodictyon、纤毛菌属Leptotrichia及类诺卡氏菌属Nocardioides等445个属;三旋卷丽螺有Cloacibacterium、OM60NOR5_clade、假单胞菌属Pseudomonas及红杆菌属Rhodobacter等238个属。有93个菌属为两种螺的共...     

巴西固氮螺菌Yu62由水稻和烟草根部向茎、叶的迁移运动(英文)

巴西固氮螺菌(Azospirillum brasilence)是重要的植物促生内生菌之一。用gfp基因标记固氮螺菌后接种无菌的水稻和烟草幼苗的根部,限菌培养一定时间后,用共聚焦激光显微镜观察,结果表明:除了根内部有发荧光的螺菌定殖外,螺菌还分布在茎、叶的表皮细胞,皮层细胞和维管系统组织的细胞和细胞间隙。从根、茎、叶器官分离固氮螺菌,都存在有较高的螺菌群体密度。这一结果证明螺菌在植物内存在着从根部向茎、叶顶端的迁移现象。这一发现为研究巴西固氮螺菌在宿主植物体内的迁移运动的机制、与植物细胞间的分子相互作用及其对植物的促生作用奠定了生态学和细胞形态学的基础,也为实际应用提供了进一步的科学依据,具有重要的科学和实践意义。     

从生物固氮研究进展论“人工诱发固氮根瘤”的验证

生物固氮是自然界的一些微生物和蓝绿藻将大气中的不能被植物利用的氮气变成可利用的氮的过程。固氮生物种类有两种:一种是自生固氮生物,主要是由棕色固氮菌、克氏肺炎杆菌、巴氏梭菌、螺菌、绿硫菌等38个属的自生固氮细菌,其中包括异养型和利用光能的自     

哈特草螺菌食源性感染致脓毒症1例

为探讨实验室常规鉴定手段对哈特草螺菌临床分离株的鉴定能力,分析案例患者血液中哈特草螺菌的感染来源,本文使用自动生化鉴定系统、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometer, MALDI-TOF MS)、16S rRNA基因测序和RNA聚合酶的β亚基(rpoB)基因测序对哈特草螺菌进行鉴定,并对患者多部位标本进行哈特草螺菌检测。结果显示,自动生化鉴定系统将哈特草螺菌错误识别为洋葱伯克霍尔德菌,MALDI-TOF MS和16S rRNA基因测序无法鉴别哈特草螺菌、aquaticum草螺菌或camelliae草螺菌,rpoB基因测序可以准确将其鉴定为哈特草螺菌;除血液外,仅在患者粪便中检出少量哈特草螺菌,血液和粪便来源的哈特草螺菌肠杆菌基因间重复共有序列聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus polymerase chain reaction, ERIC-PCR)结果显示,两者的DNA...     

巴西固氮螺菌Yu62由水稻和烟草根部向茎、叶的迁移运动

巴西固氮螺菌(Azospirillrm brasilence)是重要的植物促生内生菌之一.用gfp基因标记固氮螺菌后接种无菌的水稻和烟草幼苗的根部,限制培养一定时间后,用共聚焦激光显微镜观察,结果表明:除了根部有发荧光的螺菌定殖外,螺菌还分布在茎、叶的表皮细胞,皮层细胞和维管系统组织的细胞间隙.从根、茎、叶器官分离固氮螺菌,都存在有较高的螺菌群体密度.这一结果证明螺菌在植物内存在着从根部向茎、叶顶端的迁移现象.这一发现为研究巴西固氮螺菌在窠主植物体内的迁移运动的机制、与植物细胞间的分子相互作用及其对植物的促生作用奠定了生态学和细胞形态学的基础,也为实际应用提示了进一步的科学依据,具有重要的科学和实践意义.     

固氮螺菌氢代谢与固氮作用的关系II．苯环类化合物对固氮螺菌吸氢与固氮作用的影响

本文报道了苯环类化台物对固氮螺菌的固氮及吸氢作用的影响。试验结果表明,固氮螺菌能利用苯作为碳素营养,在无其他碳源存在的情况下,生长在含有50和500m肘浓度苯的培养基中,固氮螺菌表现出固氮和吸氢活性。0.5mM的苯酚对固氮螺菌的固氮和吸氢活性略有刺激作用,而I．OmM即表现较强的抑制作用。固氮螺菌完全不能利用对硝基苯酚和2,{一二硝基苯酚作为碳源,即使是0．1mM的浓度对螺菌的固氮和吸氢活性均产生抑制作用。     

螺类感染蠕虫幼虫后的病理损害

螺类属软体动物门腹足纲,在自然界分布广泛、数量庞大。螺类除了具有重要的经济价值外,某些种类是危害极大的寄生蠕虫的中间宿主,这些寄生虫所致疾病严重危害了人畜的生命健康,阻碍了社会经济的发展。这些螺传寄生虫病已日益受到人们的重视,但有关寄     

肺炎克氏杆菌nifA基因在巴西固氮螺菌固氮基因表达的铵调节中的作用

固氯螺菌(Azospirillum)是一类仅在限铵和微好氧条件下固氮的微生物,它可与许多禾本科作物联合共生⑴,具有较大的应用潜力。铵作为固氮作用的调节信号,在固氮螺菌的实际应用中是首要的限制因素。在固氯螺菌中,铵不但具有与肺炎克氏杆菌(Klebsiella pneumoniae)相似的阻遏固氮酶合成的作用,而且还对已合成的固氮酶进行活性调节⑵。研究表明,其固氮酶翻译后活性调节的机制类似于深红红螺菌(Rhodospirillum rubrum)⑶,即在有铵条件下其固氮酶铁蛋白的一个亚基被共价修饰而丧失活性,这一过程是可逆的。由于铵在固氮螺菌中双水平地调节固氮作用,使得在野生菌株中研究其固氮基因表达水平上的调节较为困难。Zhang等⑷利用区域定位诱变技术获得了巴西固氮螺菌Sp7（A．Brasilense Sp7)的draT-突变株,在该突变株中铵不再影响固氮酶的活性,这为其固氮基因表达调节的研究提供了一个良好的材料。本文将组成型表达的肺炎克氏杆菌nifA基围引入该突变株中,通过分析讨论铵对巴西固氮螺菌固氮基固表达的调节作用方式。     

溃疡性结肠炎小鼠肠道黏膜和盲肠内容物菌群差异比较

了解溃疡性结肠炎(UC)小鼠肠道黏膜菌群的构成及其与盲肠内容物菌群的差异, 探讨肠道菌群在UC小鼠发病中的作用。

12只C57BL/6N雄性小鼠随机分为正常组、治疗组和模型组, 每组4只。采用葡聚糖硫酸钠盐(DSS)进行造模, 采用柳氮磺胺吡啶灌胃进行治疗, 造模第8天处死全部小鼠。采用16S rRNA基因高通量测序法对肠道黏膜和盲肠内容物菌群进行测序分析。

UC小鼠肠道黏膜菌群与盲肠内容物菌群相比, OTU数量和多样性均降低; Beta多样性分析显示其黏膜和盲肠内容物菌群差异较正常小鼠更大。在门和属的分类水平上, UC小鼠黏膜菌群中变形菌门、疣微菌门、魏斯菌属和肠球菌属丰度较正常小鼠升高, 厚壁菌门和拟杆菌门丰度降低; 阿克曼菌属在UC小鼠黏膜和盲肠内容物菌群中增多, 颤螺菌属在治疗组小鼠黏膜和盲肠内容物菌群中均减少。此外, 黏膜菌群中脱铁杆菌门Mucispirillum菌属丰度较高; 盲肠内容物中拟杆菌属丰度较高。物种组成分析中, 颤螺菌属、Mucispirillum、志贺菌属、魏斯菌属和肠球菌属聚类在一起。

UC小鼠黏膜菌群与盲肠内容物菌群在群落组成、多样性、优势菌群等方面存在明显差异, 黏膜菌群在UC发病机制中可能发挥着主要的作用。

     

巴西固氮螺菌Yu62的EGFP标记及其在小麦体内的定殖研究

以质粒pEGFP-C1为模板,采用PCR方法特异性扩增增强型绿色荧光蛋白(EGFP)基因全长序列,将其与原核表达载体pVK-100连接,构建成重组载体pVK-EGFP.利用电转化法将重组载体导入巴西固氮螺菌Yu62中,得到EGFP标记菌株.用EGFP标记菌接种小麦'小偃107'种子,室内限菌条件下培养10 d后,用荧光显微镜观测标记菌在小麦体内的定殖规律并观察接菌植株的田间生长状况.结果显示,巴西固氮螺菌Yu62能定殖于小麦根毛区、茎组织的细胞间隙等部位,而且接菌小麦'小偃107'植株在根系发育、株高、分蘖数等方面比对照有较明显的优势.研究表明,巴西固氮螺菌Yu62能够定殖于小麦根茎内,并具有促进植物生长的作用.     

巴西固氮螺菌Yu62在玉米根的定植

将GFPmut2质粒中的gfp基因(编码绿色荧光蛋白)克隆到载体pVK100中,构建成重组质粒pVK1001。将pVK1001通过电转化方法导入到联合固氮菌巴西固氮螺菌Yu62中,获得GFP)标记的巴西固氮螺菌Yu62菌株。用标记菌株接种限菌培养条件下生长的玉米(农大3318)幼苗,在接种后8d、12d,用激光共聚焦扫描显微镜进行观测,结果表明巴西固氮螺菌Yu62菌株能定植于玉米根部皮层的薄壁细胞间隙。用扫描电镜和超薄切片电镜观察表明,大多数细菌主要定植于根表,少数菌可进入玉米根组织内。     

生物固氮

961447 肺炎克氏杆菌nifA基因在巴西固氮螺菌固氮基因表达的铵调节中的作用[中]/何路红…//生物工程学报.-1995,11(4).-385～388 按三亲交配法将pCK3转入巴西固氮螺菌UB3     

高产吲哚乙酸及高泌氨巴西固氨螺菌的筛选与鉴定

目的：从玉米根际和土壤中分离具有高产吲哚乙酸较强的泌氨能力的巴西固氮螺菌。方法：分别通过半固体NFb培养基、CR培养基、LB培养基分离培养固氮菌株,并经过一系列菌落菌体形态特征、生理生化特性和16S rDNA序列测定等试验对其进行鉴定。结果：经分离纯化获得10株固氮菌,并鉴定均为巴西固氮螺菌（Azospirillum brasilense）,其中菌株R7在甘油半固体培养基上能分泌约14mmol/L的氨,在添加了色氨酸的培养基中能够合成58.8μg/ml的吲哚-3-乙酸（IAA）。结论：成功筛选得到一株既高产吲哚乙酸又有较强的泌氨能力的巴西固氮螺菌。     

巴西固氮螺菌Yu62在玉米根的定植

将GFPmut2质粒中的gfp基因 (编码绿色荧光蛋白)克隆到载体pVK100中,构建成重组质粒pVK1001.将pVK1001通过电转化方法导入到联合固氮菌巴西固氮螺菌Yu62中,获得GFP标记的巴西固氮螺菌Yu62菌株.用标记菌株接种限菌培养条件下生长的玉米(农大3318)幼苗,在接种后8 d、12 d,用激光共聚焦扫描显微镜进行观测,结果表明巴西固氮螺菌Yu62菌株能定植于玉米根部皮层的薄壁细胞间隙.用扫描电镜和超薄切片电镜观察表明,大多数细菌主要定植于根表,少数菌可进入玉米根组织内.     

巴西固氮螺菌的周质蛋白与宿主相关性的研究

本文报道用一种微量的方法研究从小麦、玉米、水稻、谷子等作物根系分离到的30株巴西固氮螺菌的周质蛋白。结果表明:尽管经形态、生理生化等多项指标鉴定确认它们同属于Azospirillum brasilcnse (巴西固氮螺菌),但是来源于不同植物根表的菌株间的周质蛋白扫描图谱有明显的差异,而来自同一种作物根表的菌株间的周质蛋白图谱却很相似。从而表明,巴西固氮螺菌具有宿主特异性。     

迂回螺菌的富集培养及其混合培养物的保存

本文报道用光合细菌富集培养物富集培养迂回螺菌,以及用Pringsheim氏土壤培养基增殖并长期保存迂回螺菌混合培养物的实验方法。     

嗜麦芽假单胞菌对藻胶的降解作用

许多学者认为嗜麦芽假单胞菌(Pseudomonas maltophilia)是一种与医院感染有关的机会致病菌,但它广泛地存在于自然界,而它在其中的作用仍不清楚。研究嗜麦芽假单胞菌对藻胶的降解作用,不仅为了阐明该菌的某些生态学特性,尤其是它在自然界物质循环中的作用,有理论上的意义,而且在生产实践     

巴西固氮螺菌的周质蛋白与宿主相关性的研究*

本文报道用一种微量的方法研究从小麦、玉米、水稻、谷子等作物根系分离到的30株巴西固氮螺菌的周质蛋白。结果表明:尽管经形态、生理生化等多项指标鉴定确认它们同属于Azospirillum brasilcnse (巴西固氮螺菌),但是来源于不同植物根表的菌株间的周质蛋白扫描图谱有明显的差异,而来自同一种作物根表的菌株间的周质蛋白图谱却很相似。从而表明,巴西固氮螺菌具有宿主特异性。     

含脂刚螺菌固氮能力的测定

共生固氮菌对农业生产作出的贡献,已众所周知,而自生固氮菌尽管研究已近百年,但至今未对生产起什么作用。七十年代初期,Dbereiner等提出含脂刚螺菌(Spirillum lipoferum)与禾本科植物联合固氮的概念以后,引起了人们广泛的注意。有报道估算含脂刚螺菌在玉米地的固氮潜力每公顷每天可达2公斤氮     

越冬沼气池中甲烷螺菌的分离及其系统分类学分析

通过改进的亨盖特(Hungate)厌氧技术,从越冬猪粪发酵沼气池中分离到1株产甲烷菌菌株SH01。该菌呈弯曲杆状,革兰氏阴性,有运动性,形成淡黄色菌落,能利用二氧化碳和甲酸钠作为碳源,但不能利用甲醇、乙酸钠和三甲胺。该菌最适生长pH为6.8～7.2,最适生长温度为35～40℃,最适Na 浓度低于0.1mol/L。通过生理、形态结构特征与16S rDNA序列的同源性分析,表明菌株SH01是甲烷螺菌属中的一个成员,为亨氏甲烷螺菌(Methanospirllum hungatei)。