江苏无锡健康与肠病人群肠道脱硫弧菌数量及肠道菌群多样性

[目的]研究息肉、溃疡性结肠炎、直肠结肠癌和健康人群肠道中脱硫弧菌数量的差异,及不同人群肠道菌群的多样性,分析脱硫弧菌数量及肠道菌群多样性与肠道疾病之间的潜在关系.[方法]采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对58名受试者肠道脱硫弧菌的数量进行定量分析.采用PCR-DGGE技术,对不同人群的肠道脱硫弧菌和肠道菌群结构进行分析,结合16S rRNA V3区测序分析不同人群肠道菌群多样性的差异.[结果]RT-PCR分析显示,所有受试者均为脱硫弧菌阳性,其中息肉(2.9×106cfu/mL)和溃疡性结肠炎人群(1.2×106 cfu/mL)肠道中脱硫弧菌的数量明显高于健康人群(7.0×105 cfu/mL),直肠结肠癌人群(6.8×105 cfu/mL)肠道中脱硫弧菌的数量与健康人群无明显差异.DGGE图谱聚类分析结果表明,肠道疾病人群肠道中脱硫弧菌的菌群相似度较高,而与健康人群之间的差异较大.16S rRNA V3区基因测序显示肠道疾病人群与健康人群在肠道菌群多样性和优势菌群方面均有明显差异.[结论]通过RT-PCR与DGGE相结合的方法,说明肠道脱硫弧菌数量的增多是息肉和溃疡性结肠炎疾病的一个重要特征,且其菌群组成在肠道疾病人群与健康人群之间存在明显差异.与健康人群相比,肠道疾病人群的肠道微生物多样性升高,优势菌群发生偏移,菌群失衡.     

海拔高度对青藏高原放牧牦牛肠道菌群多样性的影响

[背景]肠道菌群与宿主健康及环境适应性密切相关,牦牛为青藏高原特有的草食性反刍动物,不同海拔高度如何影响牦牛肠道菌群组成及肠道菌群在牦牛适应高海拔生境中的作用尚不清楚.[目的]探究青藏高原放牧牦牛肠道菌群多样性及其与海拔高度间的关系.[方法]采集青海省玛沁县(海拔4220 m)和乐都县(2745 m)2个海拔高度放牧牦...     

藏猪小肠形态、消化酶及微生物多样性研究

[目的]肠道是动物的主要消化器官,同时也是机体抵抗外源病原菌的重要屏障,已有研究表明,动物的品种、饲养方式、生长阶段均会影响动物的肠道菌群结构,但对舍饲和放牧饲养条件下藏猪的肠道菌群结构,以及藏猪和长白、约克与杜洛克三元杂交猪(DLY猪)的肠道菌群结构是否有差异,尚未见报道.[方法]本研究选取6-7月龄的放牧藏猪、舍饲...     

基于高通量测序的树鼩不同肠道部位菌群结构分析

目的观察树鼩不同肠道部位菌群的多样性及构成。方法采集3只雄性树鼩回肠、盲肠、结肠内容物,提取DNA,利用Illumina PE250高通量测序平台扩增肠道菌16S rDNA V4区域,分析菌群结构和丰富度。结果树鼩回肠、盲肠、结肠菌群的优化序列数差异无统计学意义。α多样性分析,树鼩肠道3个部位菌群的Chao1指数、PD指数、Simpson指数、Shannon-Wiener指数差异无统计学意义,相对于回肠,盲肠与结肠菌群多样性的相似性较高。Rank-Abundance曲线显示,回肠菌群的丰富度较高且分布较均匀。β多样性分析,树鼩回肠菌群结构差异性较小,盲肠与结肠菌群结构差异较大。树鼩肠道菌群共检出26个门,17个门在3个组共存。互养菌门(Synergistetes)、Rokubacteria门、奇古菌门(Thaumarchaeota)、TA06门仅见于回肠;衣原体门(Chlamydiae)为盲肠中特有;迷踪菌门(Elusimicrobia)仅在结肠中发现。共获得414个属,结肠、盲肠、回肠中独有属分别为15个、7个、3个。共发现530个种,其中唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)丰富度最高。Random Forest分析结果显示,在树鼩回肠、盲肠、结肠中发现7个生物标记物。结论树鼩回肠、盲肠、结肠肠道菌群多样性差异无显著性,但相对于结肠与盲肠,回肠菌群丰富度较高且分布较均匀。树鼩3个肠道部位具有各自独特的菌群。     

贡嘎蝠蛾幼虫肠道细菌多样性分析

[目的]对实验室养殖条件下的重要经济昆虫冬虫夏草寄主-贡嘎蝠蛾(Hepialus gonggaensis,Hg)幼虫肠道微生物群落的多样性进行了研究.[方法]采用常规分离培养与分子鉴定的方法和基于16S rRNA作为分子标记的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)的方法.[结果]用常规分离与分子鉴定方法获得8个属的细菌类群,其中肠杆菌属(Enterobacter)是优势菌群,肉食杆菌属(Carnobacterium)是次优势菌群.对通过DGGE方法得到的11条16S rRNA优势条带序列进行了比对和系统进化树分析,结果表明肉食杆菌属(Carnobacterium)的丰度最高,是肠道细菌中主要的优势菌群,芽孢杆菌属(Bacillus)是次优势菌群.DGGE图谱还显示Hg幼虫不同虫龄肠道细菌菌群的结构存在差异,推测可能与其发育生理状态的差异有关系.[结论]结合常规分离法与DGGE法能够更有效的分析肠道微生物的多样性,获得更多更全面的微生物多样性信息.     

灌喂植物乳杆菌和干酪乳杆菌增加仔猪肠道菌群多样性及短链脂肪酸生成

【目的】研究断奶前给仔猪饲喂植物乳杆菌和干酪乳杆菌对断奶前、后肠道菌群组成、数量和短链脂肪酸(SCFA)浓度的影响,分析仔猪生长性能与肠道形态、微生物菌群及SCFAs的相关性,探讨测试菌株缓解仔猪断奶应激的可能机制。【方法】选取15窝7 d龄杜长大仔猪,随机分为3组,分别灌喂2 mL去离子水(对照组)、0.5×10~9 CFU/mL植物乳杆菌(LP组)或干酪乳杆菌(LC组)的菌液,每组以窝为单位5个重复,于21 d(断奶)、24 d和35 d屠宰,采集回肠和结肠食糜,分析菌群组成和数量的变化,测定SCFAs浓度。【结果】测试菌株均能显著提高断奶2周后回肠、结肠菌群多样性(P0.05),促进乳酸杆菌和双歧杆菌增殖;显著促进断奶前回肠和结肠中乙酸、丙酸、丁酸和总SCFA生成,促进断奶后乙酸和总SCFA产生;相关分析显示,测试菌株组仔猪腹泻率下降与SCFAs浓度上升、回肠绒毛高度增加和总菌数量上升显著相关,日增重提高与结肠乙酸和TSCFA浓度增加显著相关。【结论】测试菌株促进乳酸杆菌、双歧杆菌等有益菌增殖,增加肠道菌群多样性,促进肠道SCFAs生成。     

新生期大鼠补充罗伊乳杆菌DSM 17938 对肠道菌群及肠道发育的影响

目的探讨新生期应用罗伊乳杆菌DSM 17938对大鼠肠道菌群的影响。方法 24只自然分娩出生的新生SD大鼠随机分为对照组和益生菌组(每组12只),益生菌组大鼠在生后2 d(PND2)开始予罗伊乳杆菌DSM 17938[1×10~6 CFU/(g·bw),1次/d]灌胃,至出生后第6天(PND6),对照组同期予等量生理盐水灌胃。PND7及PND42时,两组分别处死6只SD大鼠,留取空肠、结肠黏膜及其肠内容物标本,采用16S rDNA V4区二代测序法检测空肠、结肠菌群构成;采用Image Pro Plus 6.0测量空肠、结肠绒毛长度及隐窝深度。结果益生菌组和对照组大鼠的体质量增量差异无统计学意义(t值分别为0.410、0.856,均P0.05),PND42时两组大鼠空肠、结肠黏膜绒毛长度及隐窝深度差异均无统计学意义(t值分别为1.796、0.115、1.122和0.715,均P0.05),两组大鼠空肠和结肠菌群的α多样性及β多样性差异在PND7及PND42时差异均无统计学意义(均P0.05),不同组间的肠道菌群LEfSe分析显示PND7及PND42时益生菌组和对照组大鼠肠道菌群组成无差异。结论自然分娩出生的健康SD大鼠生命早期添加罗伊乳杆菌DSM 17938不影响生命早期、远期肠道菌群的总体组成及远期肠道上皮组织结构的发育。     

模型动物中的肠道菌群分析及微生物组研究

正肠道菌群与多种疾病密切相关,从消化道疾病(如炎症性肠病)、心脑血管疾病(如动脉粥样硬化)到代谢类疾病(如II型糖尿病)和许多免疫性疾病(如风湿性关节炎),肠道菌群研究为诸多疾病研究和防治开辟了新的方向[1-3]。在肠道菌群研究领域,模型动物应用和实验结果的动物实验验证非常重要,本刊2016年第7期刊登的姬玉娇、孔祥峰等的论文"高、低营养水平饲粮对环江香猪结肠菌群结构及代谢物的影响"[4],通过对高、     

似鲇高原鳅肠道细菌组成、产酶能力及生长特性研究

[目的]为探讨黄河上游特有鱼类似鲇高原鳅(Triplophysa siluroides)肠道菌群组成、产酶能力及其生长特性.[方法]采用传统培养法分离似鲇高原鳅的肠道细菌,并通过16S rRNA序列分析对其肠道菌群种类进行鉴定,同时利用筛选培养基筛选产蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶的菌株,进而对产酶活性较强的菌株进行生长特性分...     

12周高强度间歇性训练对人体肠道菌群的影响

摘 要:[背景]肠道菌群和运动均与人体健康息息相关,但高强度间歇性训练对人体肠道菌群干预效果的认识还十分有限。[目的]探讨高强度间歇性训练对人体肠道菌群的影响,为全民体质健康及肠道菌群相关疾病的防治提供参考。[方法]招募68名志愿者进行每周3次、为期12周的高强度间歇性训练,运动前后分别获取新鲜粪便,利用16S rRNA基因高通量测序技术分析肠道菌群结构。[结果] 12周高强度间歇性训练后,肠道菌群Shannon指数显著提高(P≤0.001);主坐标分析显示,运动前后肠道菌群结构存在显著差异;运动后属水平上Faecalibacterium、Unclassified-f-Enterobacteriaceae、Lactobacillus、Unclassified-f-Pasteurellaceae、Acinetobacter和目水平上Enterobacteriales、Pseudomonadales及科水平上 Enterobacteriaceae、Lactobacillaceae、Moraxellaceae 丰度显著降低;运动后属水平上Ruminococcaceae-UCG-014、 Eubacterium-ruminantium-group、Lachnospiraceae-UCG-010、Tyzzerella-3、Unclassified-o-Bacteroidales和科水平上 Unclassified-o-Bacteroidales丰度显著提高。[结论]12周高强度间歇性训练可以有效地调节肠道菌群结构,但对男女生的调节效果有所差异。训练后肠道菌群丰度显著增加,有益菌群显著增多。     

凝结芽孢杆菌-乳果糖合生元对DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠肠道健康的影响

[目的]旨在探究凝结芽孢杆菌-乳果糖合生元对葡聚糖硫酸钠(dextran sodium sulfate,DSS)诱导的溃疡性结肠炎小鼠临床体征、肠道形态和肠道菌群结构的影响.[方法]选取24只初始体重为(22.96±1.87)g的7周龄雄性C57/BL6小鼠,随机分为4组,每组6只,即CON组、DSS组(连续5 d饮用...     

马齿苋‒肉桂颗粒剂制备 及对溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响

目的研究马齿苋-肉桂颗粒剂制备工艺及其对溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠肠道菌群的影响。方法蔗糖为辅料,膏料比按1∶2、1∶3、1∶4和1∶5制备颗粒,从外观性状、溶化性和粒度三方面对颗粒进行质量检查,从颗粒粘度、粒径和pH三方面对颗粒溶液及稀释液的物理化学参数进行考察;用5%葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导小鼠UC模型,灌胃125mg/kg柳氮磺胺吡啶为阳性对照,给药组分别灌胃各膏辅比颗粒溶液,观察小鼠给药前后的体症,进行疾病活动指数评分(DAI),并观察结肠组织形态、肠道菌群整体轮廓和菌群生物多样性的变化以及进行菌群物种注释及差异分析。结果综合物理化学参数测定结果和颗粒剂评价结果,膏辅比1∶3所制得颗粒各项参数较其他配比表现良好;给药治疗UC小鼠后,DAI评分表明小鼠体症有所改善,HE染色显示小鼠结肠黏膜上皮溃疡处有不同程度修复;肠道菌群轮廓和菌群生物多样性的变化以及菌群物种注释及差异分析结果说明给药后能一定程度上促进肠道菌群结构的恢复,药物可能通过促进肠道菌群结构的恢复从而减轻肠道炎症,LefSe分析结果显示双歧杆菌科的一些菌群对UC小鼠肠道菌群有调节作用。结论获得马齿苋-肉桂颗粒剂制备的最佳膏辅比。给药治疗UC小鼠后,从DAI、HE染色、肠道菌群变化方面得出马齿苋-肉桂颗粒剂对UC小鼠肠道菌群有一定的影响,为临床治疗UC提供了新思路。     

土家药三颗针对溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响CSCD

本研究旨在探讨土家药三颗针对葡聚糖硫酸钠(dextran sodium sulfate,DSS)诱导的溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)小鼠肠道菌群的影响,为其开发利用提供科学依据。60只c57BL/6J小鼠随机分为空白组、模型组、美沙拉嗪组以及三颗针低、中、高剂量组,自由饮用7 d 2.5%的葡聚糖硫酸钠溶液构建小鼠UC模型,同时给予药物干预,连续10 d,记录小鼠体重变化、疾病活动指数(disease activity index,DAI)。采用苏木精-伊红染色观察小鼠结肠病理变化,基于16S rRNA基因测序技术分析三颗针对UC小鼠肠道菌群的组成和多样性的影响。结果显示,与模型组相比,三颗针组DAI评分显著降低(P<0.05),结肠病理损伤减轻,肠黏膜结构较完整,炎性细胞浸润减少。三颗针改善了溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群结构和多样性,且趋近于正常组。本实验揭示了调节肠道菌群多样性及菌群结构可能是三颗针干预UC的重要途径之一,通过肠道菌群的角度为三颗针的临床用药提供理论依据。     

不同生长性能苏姜猪保育猪肠道菌群差异分析

【背景】苏姜猪是优质瘦肉型新品种猪,断奶仔猪受到多方面应激影响会出现生长性能差异。【目的】研究不同生长性能的苏姜猪保育猪肠道菌群结构的异同。【方法】试验选取了同日龄、体重相近、健康情况良好的的保育仔猪100头,在相同的饲养条件下饲养42 d,试验结束选取体重较轻的为弱仔猪,3头弱仔猪体重为18.43±2.37kg;体重较大的为健康仔猪,3头健康仔猪体重为27.37±1.36 kg。屠宰后,采集其空肠和盲肠内容物,提取微生物基因组DNA进行高通量测序分析其菌群结构。【结果】苏姜猪仔猪空肠和盲肠在菌群丰度、多样性上有极显著的差异(P<0.01)。苏姜猪仔猪空肠菌群优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)假单胞菌属(Pseudomonas)的非致病性菌株,占比超过90%。苏姜猪仔猪盲肠优势菌门依次为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)。门水平组成结构存在差异,弱仔猪厚壁菌门丰度低于健康仔猪、变形菌门丰度高于健康仔猪。苏姜猪盲肠中普雷沃氏菌属(Prevotella)、疣微菌科UCG-005 (Rumi...     

肠道菌群及其代谢产物 与结肠腺瘤性息肉相关性的研究进展

结肠癌(colorectal cancer,CRC)是常见的消化道恶性肿瘤,其发病率和病死率都极高。从结肠息肉发展到结肠癌一般需要10～15年,且大多遵循息肉-腺瘤-癌症的发展过程,结肠腺瘤性息肉(colorectal adenomatous polyps,CAP)被认为是结肠癌的癌前病变。有研究显示肠道菌群的改变与肠道腺瘤性息肉样变及癌症的发生发展有密切的相关性。根据肠道菌群在不同病理状态下的富集程度,可以进一步分析其与结肠病变之间的关系。本文就肠道菌群的构成,CAP患者粪便和腺瘤组织中肠道菌群富集的改变,以及肠道菌群代谢产物对CAP患者的影响等内容进行综述,为结肠腺瘤性息肉的早期诊断和治疗提供依据。     

基于高通量测序技术研究色胺酮对溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响

目的研究色胺酮对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠肠道菌群的影响。方法用3%DSS自由饮用7 d诱导昆明种小鼠UC模型,灌胃125 mg/kg柳氮磺胺吡啶作为阳性对照,色胺酮组以78 mg/kg水溶液灌胃给药,观察小鼠给药前后的体征,进行疾病活动指数(DAI)评分,观察结肠组织形态变化;ELISA法检测小鼠血清中IL-6、IL-8、IL-10、IL-1β和TNF-α水平变化;每组收集5个粪便样本,利用Illumina MiSeq测序平台采用细菌的16S rRNA进行V4-V5区高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果色胺酮和阳性药干预后,DAI评分表明小鼠体征有所改善,HE染色显示UC小鼠结肠组织损伤有一定程度修复,炎性细胞减少;ELISA检测显示小鼠血清中促炎性细胞因子IL-6、IL-8、IL-1β和TNF-α水平下调,抑炎性细胞因子IL-10水平上升;测序后菌群物种注释及生物多样性分析显示色胺酮干预后UC小鼠失调的厚壁菌门/拟杆菌门比例得到一定程度恢复,菌群多样性有一定程度回调,菌群结构向正常状态恢复;肠道菌群LEfSe组间差异显著性分析结果表明4个菌属Erysipelotrichaceae_UCG_003、Sellimonas、Rikenellaceae_RC9_gut_group和Tyzzerella丰度可能与色胺酮对UC治疗作用相关。结论色胺酮治疗UC小鼠后,小鼠体征、结肠组织病理结构、细胞因子水平及肠道菌群变化等结果均表明色胺酮对UC小鼠肠道微生态具有调节作用,为色胺酮抗UC作用机制研究提供了新思路。     

广东本地及移民学龄儿童饮食结构和肠道菌群差异分析

[目的]探究广东本地及移民学龄儿童的饮食结构及肠道菌群分布的差异.[方法]以广东深圳为采样点,随机抽样选取48名广东本地儿童和34名移民儿童,进行膳食问卷调查和晨便采集.采用Mann-Whitney U test分析本地及移民儿童饮食因子摄入频率的差异,并使用Illumina Miseq高通量测序技术对儿童的肠道菌群进...     

苏×香F_1代JHDM1A基因多态性与生长性能相关性分析

为了解苏太猪(♂)×香猪(♀) F1代JHDM1A基因与生长性状的相关性。试验采用61头苏×香F1代杂交猪为研究对象,应用PCR扩增及PCR-RFLP技术对杂交猪JHDM1A基因的3'-UTR区多态性进行生长相关性分析。结果表明,JHDM1A基因3'-UTR区的g.244CG位点与体长、臀腿围、体重、胸围和体高均存在显著(p0.05)或极显著(p0.01)相关,CG基因型生长性能优于CC基因型,C等位基因频率高于G等位基因。因此,该位点多态性可作为猪生长性能相关基因进行考察。     

基于16S rDNA扩增子测序技术揭示真胃左方变位对奶牛粪便微生物的影响

[目的]本试验旨在测定产后健康奶牛和罹患真胃左方变位(left displacement of the abomasum, LDA)奶牛粪便中微生物菌群的变化,以期探讨LDA发生与菌群的关联性,评估其对机体代谢的潜在影响.[方法]采用16S rDNA高通量测序技术,测定10头健康奶牛(Health)、10头真胃左方变位...     

饲养方式对藏猪结肠消化酶活性、菌群结构及短链脂肪酸含量的影响

【目的】为探究饲养方式对藏猪结肠消化酶活性、菌群结构和短链脂肪酸含量的影响。【方法】研究分别选取5头相同月龄的放养藏猪和舍饲藏猪。屠宰采集结肠粪便样品,分别利用酶联免疫吸附法(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)试剂盒、高通量测序技术和气相色谱仪测定放养藏猪和舍饲藏猪结肠消化酶活性、菌群结构和短链脂肪酸含量。【结果】同一月龄下,放养藏猪的日增重显著低于舍饲藏猪(P<0.05)。放养藏猪结肠中纤维素酶和半纤维素酶的活性均显著高于舍饲藏猪(P<0.05);2种饲养方式藏猪结肠的6种α多样性指数均无显著差异(P>0.05),且主成分分析(principal component analysis, PCA)得到放养藏猪和舍饲藏猪结肠菌群存在一定的相似性。在门和科分类水平上,相较于舍饲藏猪,放养藏猪结肠中疣微菌门、黄杆菌科、月形单胞菌科、浮霉状菌科和伊格尔兹氏菌科的相对丰度显著升高,而链球菌科、韦荣氏球菌科、假单胞菌科、红环菌科、红螺菌科、乳杆菌科、理研菌科和巴斯德氏菌科的相对丰度显著降低(P<0.05);在属和种分类水平上,...