我国建成首个耐盐植物种质资源库

我国第一个以耐盐植物为主的种质资源数据库在山东省科学院生物所建成。该数据库涵盖了自1953年以来世界上各相关研究单位公开发表的耐盐植物信息,涉及99638个分类种。同时,与数据库相对应的,耐盐植物种质资源实体库正在建设中。     

中国专利基因数据库的创建

创建了中国专利基因数据库NASDAP(http://nasdap.generank.org/).整合了专利序列、专利微阵列、专利基序和专利单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)等专利对象,并实现对上述对象的BLAST检索或基序扫描服务.这为相关研究的立项、基因研发状态追踪以及基因专利申请和审批等工作提供了生物信息平台,并可为药物开发、疾病诊断和农业等生命科学相关研究的思路启发及知识产权战略制定等方面工作提供参考.     

中国植物名称数据库的建设及若干问题的探讨

中国植物物种信息数据库是中国科学院科学数据库参考型数据库,中国植物名称数据库（CPNI）是中国植物物种信息数据库最重要的组成部分,是中国植物物种信息数据库收录植物的目录和索引,也是其他数据库的参考和联系的桥梁。以《中国植物志》和《Flora of China》为基础数据来源,加上少量参考数据作为补充,设计建设了中国植物名称数据库,并从现有已建成同类数据库的评价、数据来源和数据组成,以及建库策略实现对中国植物名称数据库建设进行了分析和探讨。中国植物名称数据库是植物名称的参考型数据库,能够辅助植物学相关学科研究中关于植物名称的研究和利用。     

X射线损伤修复交叉互补基因1（XRCC1）单核苷酸多态性与神经胶质瘤易感性关系的meta分析

目的：采用meta 分析方法探讨X 射线损伤修复交叉互补基因1（XRCC1）单核苷酸多态性与神经胶质瘤易感性的关系。方法：研究检索了PubMed、EMBASE、ISI Web of sciences、ScienceDirect 及CNKI 数据库从建库至2012 年9 月关于XRCC1 基因多态性与神经胶质瘤相关性的相关文献。合并的OR 值及其95%CI用于评估不同基因模型与神经胶质瘤风险的关联强度。采用亚组分析和meta 回归分析来探索潜在的异质性来源。结果：研究最终纳入12 篇Arg399Gln、8 篇Arg194Trp 和5 篇Arg280HisXRCC1 位点多态性与神经胶质瘤关系文章用于meta 分析。Arg399Gln 位点多态性在所有基因模型下合并OR 值均有显著意义;Arg194Trp 位点多态性在纯合子基因模型和隐性基因模型下合并OR 值具有显著意义;未发现Arg280His 位点多态性与神经胶质瘤风险相关基因模型。亚组分析和meta 回归分析显示Arg399Gln 位点多态性的所有基因模型风险仅在亚洲人群当中具有显著意义,亚洲人群的风险显著高于白种人群。Arg194Trp对照组人群不符合Hardy-Weinberg平衡（HWE）可能高估了风险。结论：本研究结果显示XRCC1 Arg399Gln 基因多态性仅为亚洲人群的神经胶质瘤风险的候选基因,Arg194Trp 基因多态性的风险可能是由于对照组不符合HWE 的研究所导致的。     

X射线损伤修复交叉互补基因1(XRCC1)单核苷酸多态性与神经胶质瘤易感性关系的meta分析(英文)

目的:采用meta分析方法探讨X射线损伤修复交叉互补基因1(XRCC1)单核苷酸多态性与神经胶质瘤易感性的关系。方法:研究检索了PubMed、EMBASE、ISIWeb ofsciences、ScienceDirect及CNKI数据库从建库至2012年9月关于XRCC1基因多态性与神经胶质瘤相关性的相关文献。合并的OR值及其95%CI用于评估不同基因模型与神经胶质瘤风险的关联强度。采用亚组分析和meta回归分析来探索潜在的异质性来源。结果:研究最终纳入12篇Arg399Gln、8篇Arg194Trp和5篇Arg280His XRCC1位点多态性与神经胶质瘤关系文章用于meta分析。Arg399Gln位点多态性在所有基因模型下合并OR值均有显著意义;Arg194Trp位点多态性在纯合子基因模型和隐性基因模型下合并OR值具有显著意义;未发现Arg280His位点多态性与神经胶质瘤风险相关基因模型。亚组分析和meta回归分析显示Arg399Gln位点多态性的所有基因模型风险仅在亚洲人群当中具有显著意义,亚洲人群的风险显著高于白种人群。Arg194Trp对照组人群不符合Hardy-Weinberg平衡(HWE)可能高估了风险。结论:本研究结果显示XRCC1 Arg399Gln基因多态性仅为亚洲人群的神经胶质瘤风险的候选基因,Arg194Trp基因多态性的风险可能是由于对照组不符合HWE的研究所导致的。     

基因多态性及核受体对磺基转移酶代谢功能的调节

目的本研究主要探讨磺基转移酶的基因多态性与癌症药物治疗之间的关系以及核受体调节对磺基转移酶代谢功能的影响,期望为临床个体化治疗提供借鉴和指导。方法通过查找pubmed数据库和国内相关文献,分析近年来有关磺基转移酶的代谢功能与基因多态性和核受体调节关系的研究进展。结果磺基转移酶对维持体内激素平衡有重要作用,与肿瘤的易感性和药物治疗效果有密切关系,其代谢功能的强弱很大程度上取决于基因多态性以及核受体的调节。结论磺基转移酶的遗传药理学研究内容将对临床药师今后的个体化治疗工作产生重要影响。     

中国朱鹮DNA多态性研究进展

朱鹮是我国四大国宝之一,世界极濒危级鸟类。朱鹮的遗传多样性保护研究将成为生物多样性保护研究中的热点。本文主要介绍了朱在蛋白质多态、随机扩增多态DNA、微卫星多态性、随机扩增微卫星多态性和线粒体DNA序列多态性方面的研究结果,表明中国朱群体遗传多态性的贫乏,并据此阐述了DNA多态性保护的相关对策。     

单核苷酸多态性技术在鸡遗传变异中的研究及应用

单核苷酸多态性(SNP)是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记,通常呈双等位基因多态。本文从SNP的特点、SNP的发现与检测、SNP数据库、SNP的频率及其与表型的关系等方面简述了SNP在鸡遗传变异中的研究及应用进展。     

15,665个黄瓜EST-SSR位点的引物设计及多态性检测

目前,国际公共数据库中黄瓜EST序列数量的迅速增加为SSR标记的开发提供了极为便利的资源。本研究从葫芦科基因组数据库下载513,801条黄瓜EST,经EST-trimmer软件和CD-HIT程序预处理,共获得381,022条非冗余EST。利用Perl程序MISA搜索到SSR位点15,665个,检出率为4.11%。利用Primer3软件成功设计了9,145对黄瓜EST-SSR引物,随机抽取10对引物对5个黄瓜品种进行多态性分析发现,其中仅2对引物能检测到多态性。该数据为下一步开发新的黄瓜EST-SSR标记奠定了一定的基础。     

豚鼠基因组26个多态性微卫星标记的筛选

目的筛选豚鼠基因组的多态性微卫星标记,为豚鼠遗传质量控制及基因定位等工作奠定基础。方法采用磁珠富集法和豚鼠基因组数据库筛选法获取微卫星位点序列,通过分析和初步筛选,挑选部分候选位点,根据其序列设计引物,对5种不同来源的豚鼠基因组DNA标本进行PCR扩增,以期获得多态性分子标记。结果本实验采用磁珠富集法共获得微卫星序列304个,设计引物125对,最终获得多态性位点1个,暂未发现多态性的特异性位点17个;用数据库筛选法共获得微卫星序列292个,设计并合成相应引物178对,最终发现多态性位点25个,暂未发现多态性的特异性位点28个。结论本实验获得26个多态性微卫星标记,45个潜在的候选标记,为微卫星标记在豚鼠遗传质量监测及突变基因定位等工作的应用奠定了基础。     

四十年来中国人活体测量研究的历程

自1980年开始,在吴汝康、吴新智、席焕久的持续推动下,中国人体测量学得到了长足发展。四十年来,中国体质人类学工作者对中国各地民族的体质表型做了大量的活体测量工作。目前取得的成果为中国人体数据库的建设奠定了基础,其中在头面部特征、体部特征、体质类型、体型、肥胖、体成分等研究方向都取得了较为丰硕的研究成果。今后,中国人体测量学工作者须继续开展中国人的活体测量工作,利用体质大数据对活体测量学各个领域开展更加综合的研究,同时初步建成中国人体数据库,使中国人体质数据在医疗卫生、国民经济各个部门发挥应有的作用。     

从科研论文量看世界生命科学的发展

应用美国ESI基本科学指标数据库,对1993年至2003年世界科研产出成果进行统计分析,反映国内外生命科学重点研究领域和学科分布特点,揭示我国与国外相比存在的差距。从文献计量学角度,对我国生命科学的发展提出了建设性意见。     

Systematic review and meta-analysis from Chinese literature: the association between Helicobacter pylori eradication and improvement of functional dyspepsia

OBJECTIVES: To evaluate the effect of eradicating Helicobacter pylori on dyspeptic symptoms in patients with functional dyspepsia in China. DATA SOURCES: Randomized controlled trials conducted in China and those published between 1989 and April 2007. REVIEW METHODS: The articles were retrieved from Chinese biomedicine Web database and Chinese scientific Journals database using proper MESH headings and assessed by two independent investigators according to established inclusion criteria. The characteristics of chosen articles were displayed for further analysis, and summary odds ratio were calculated to determine the overall effect of H. pylori eradication. All the data were entered and analyzed using REVIEW MANAGER 4.1, and p < .05 was defined as statistically significant in all analysis. RESULTS: Seven qualified trials were enrolled, and the summary odds ratio for improvement in dyspeptic symptoms in patients with functional dyspepsia in whom H. pylori was eradicated was 3.61 (95%CI: 2.62, 4.98, p < .00001). The difference in the follow-up period did not influence the final outcomes. CONCLUSIONS: An improvement in dyspeptic symptoms occurred among Chinese patients with functional dyspepsia in whom H. pylori was eradicated.     

药用植物基因组及EST研究

以生物信息学数据库GenBank的生物信息为基础 ,对包括《中国药典》2 0 0 0年版一部、《新编中药志》第 1～ 3卷、《中国大百科全书》(中国传统医学分册 )、中国医学科学院药物研究所编写的《中草药现代研究》及《天然药物化学》第三版中所涉及的 2 30 0多种药用植物的基因组、蛋白质及表达序列标签 (EST)的注册情况进行了初步统计 ,就相关进展进行了综述。到 2 0 0 3年 9月底截止的数据分析表明 ,66%的药用植物没有核酸序列报道 ,77%的药用植物没有蛋白质序列注册。进行药用植物基因组研究的植物与国家十分有限 ,而进行药用植物EST研究的国家相对较多 ,涉及的植物也相对集中 。     

中国农业生态系统的生物量与生产力数据库及其管理系统的研建

在对中国农业生态系统的生物量、生产力研究资料的收集、整理基础上,建立了中国农业生态系统的生物量、生产力数据库,并实现了对该数据库信息的管理,该系统可进行数据录入、修改、系统维护、查询并生成子数据库,与ＳＡＳ软件结合对提取数据集可作进一步分析、研究．可广泛用于农业生态系统的生物量、生产力研究领域     

中国人群参考基因组及基因组变异图谱资源库

随着人类基因组计划和国际千人基因组计划的实施,已公开数百个中国人个体的全基因组数据。建立高精度的中国人群参考基因组序列,发现并解析中国人群特有的序列变异,是我国未来精准医学研究的基础。为满足未来精准医学研究中国人基因组数据持续增长的科学管理和深入研究的需求,中国科学院北京基因组研究所发展并建立了基于中国人群全基因组测序数据的虚拟中国人基因组数据库(Virtual Chinese Genome Database, VCGDB)和中国人群基因组变异数据库(Genome Variation Map, GVM),面向国内外用户提供数据检索、共享、下载和在线分析服务。本文重点介绍了这两个数据库的特点和功能,以及未来发展与应用前景,以期为中国人群参考基因组及基因组变异图谱资源库的推广使用、发展完善提供有益信息。     

中国鸡形目鸟类分布数据库及其应用

中国鸡形目鸟类分布数据库(The Site Record Database for Chinese Galliformes,SRDG)是以中国鸡形目鸟类分布点的有关信息为数据源的综合性资源数据库,于1996年初步建立,2005～2006年进行了更新维护和完善,由中国鸡形目鸟类物种代码库(WZDM)、中国鸡形目鸟类分布状况库(FBZK)和信息来源库(XXLY)三部分构成,包括中国鸡形目全部63个种的5859条分布信息和1027条相关文献记录。本数据库操作简单,各库之间通过共有字段相链接,具有信息查询、修改和维护等功能。本数据库的物种信息有助于加深对我国鸡形目鸟类资源的了解,可为中国鸡形目鸟类的研究和保护提供翔实的基础数据。在数据库基础上,可以进行有关我国鸡形目鸟类分布状况的分析,如鸡形目鸟类地理区划研究、分布区与占有面积的比较、物种濒危状况评估以及热点地区分析和GAP分析等。     

中国蚜虫类昆虫物种多样性与分布特点(半翅目,蚜总科)

研究了蚜虫类昆虫在中国的物种多样性、区系成分和分布特点.基于多年的标本采集记录和已发表文献,建立了中国蚜虫物种数据库和中国蚜虫地理分布数据库.应用GIS的空间分析功能对中国蚜虫的地理分布和分布密度进行了分析.结果表明中国记录蚜虫类昆虫268属1 099种/亚种,其中特有种518种,占中国蚜虫物种总数的47.1%.中国蚜虫的区系成分十分复杂,主要分为9种类型,其中以典型古北种、典型东洋种、跨古北界和东洋界分布的物种为主,同时与新北界、澳洲界的关系也较为密切.在自然地理区划上,蚜虫在中国东部地区的分布多于西部地区,中部地区多于南北两端.基于物种多样性和分布密度,确定了蚜虫在中国的5个多样性中心,即甘南山地、横断山区、天山山地、东部平原和台湾岛.     

TCM Database@Taiwan: the world's largest traditional Chinese medicine database for drug screening in silico

Rapid advancing computational technologies have greatly speeded up the development of computer-aided drug design (CADD). Recently, pharmaceutical companies have increasingly shifted their attentions toward traditional Chinese medicine (TCM) for novel lead compounds. Despite the growing number of studies on TCM, there is no free 3D small molecular structure database of TCM available for virtual screening or molecular simulation. To address this shortcoming, we have constructed TCM Database@Taiwan (http://tcm.cmu.edu.tw/) based on information collected from Chinese medical texts and scientific publications. TCM Database@Taiwan is currently the world's largest non-commercial TCM database. This web-based database contains more than 20,000 pure compounds isolated from 453 TCM ingredients. Both cdx (2D) and Tripos mol2 (3D) formats of each pure compound in the database are available for download and virtual screening. The TCM database includes both simple and advanced web-based query options that can specify search clauses, such as molecular properties, substructures, TCM ingredients, and TCM classification, based on intended drug actions. The TCM database can be easily accessed by all researchers conducting CADD. Over the last eight years, numerous volunteers have devoted their time to analyze TCM ingredients from Chinese medical texts as well as to construct structure files for each isolated compound. We believe that TCM Database@Taiwan will be a milestone on the path towards modernizing traditional Chinese medicine.