鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系

采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用ClustalW排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明:鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。     

Zhao科鱼类细胞色素b基因片段的序列测定及其系统发育的初步研究

从９种Ｚｈａｏ科鱼类的福尔马林标本中获得了３３３ｂｐ的细胞色素ｂ基因片段的序列。这９个种分别代表Ｚｈａｏ科鱼类的８个。３３３ｂｐ的ＤＮＡ序列经ＭＵＳＴ软件排序后,有１０１个变异位点,其中有３９个信息位点。序列在成对物各间的距离为８－４８。平均遗传距离为２．４－１４．４％,简约分析产生了晨在简约系统树。其步长是１６２。在该系统树上,Ｂａｎｇａｒｉｕｓ是最原始的属,并与所有其他形成的物种姊妹群。其余８     

基于线粒体matR基因序列初步探讨三白草科的系统发育

首次报道了三白草科3个种及其外类群齐头绒（Zippelia begoniaefolia Bl.）的matR基因序列。研究材料包括三白草科现丰孤所有6个种和两个选定外类群,分析软件是PAUP 4.0b 4a。分别采用最大简约法、距离法和最大似然法进行分析,都得到一个同样的系统发育树,只是支持率有所不同。结果显示三白草科是一个单系,Anemopsis是Houttuynia的姐妹群,并且,它们构成三白草科的第一个分支,是Gymnotheca-Saururus支的姐妹群。Gymnotheca和Saururus的姐妹群关系也被强烈支持。     

我国的大银鱼

我国的大银鱼秦伟（江苏省苏州蚕桑专科学校２１５１５１）大银鱼Ｐｒｏｔｏｓａｌａｎｘｈｙａｌｏｃ。ｎｉｕｓ（Ａｂｂｏｔｔ）隶属鲑形目、银鱼科、大银鱼属。是我国的名贵食用经济鱼类和出口创汇的重要渔业产品。大银鱼分布很广,见于我国的渤海、黄海、东海沿岸以及...     

基于rbpL片段对瑞香科沉香基原植物系统发育研究

以NCBI数据库中瑞香科植物叶绿体rbpL基因为目标片段,构建该科植物的系统发育关系树,并结合已报道的沉香基原植物对瑞香科中潜在结香树种进行探讨。研究明确了结香树种在瑞香科系统发育关系中的地位,同时也获得与结香树种亲缘关系较近的种属(Octolepis、Lethedon、Arnhemia、Daphnopsis、Solmsia、 Deltaria),为扩大结香树木种质资源提供依据。     

基于matK基因和ITS序列探讨大叶藻科的系统发育关系

比较分析了15种大叶藻的matK基因和ITS片段的核苷酸序列, 结果发现胞嘧啶(C)在两个目的片段上含量均较低。ITS基因片段检测到228处核苷酸替换, 表现出丰富的遗传多态性; matK基因片段上有249处核苷酸替换, 且大部分替换来自于第三密码子的同义替换, 种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于matK基因和ITS片段, 利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树结果基本一致, 明显分为4大支, 大叶藻亚属、异叶藻属、拟大叶藻亚属和虾形藻属分别构成一支。大叶藻亚属和拟大叶藻亚属的核苷酸差异值在29.09%-35.51%, 超过了屈良鹄等提出的大部分被子植物ITS属间核苷酸差异值(9.60%-28.80%), 在分子数据上两亚属都达到了属的水平。研究结果支持Tomlinson和Posluszny对大叶藻科的划分结果, 建议将大叶藻科分为4个属。       

象甲科线粒体基因组特征及系统发育分析

昆虫线粒体基因组广泛应用于系统发育关系的重新建立、分子进化、谱系地理学及物种诊断等领域。为揭示象甲科昆虫线粒体全基因组序列的主要结构特征,探究其系统发育相关信息,为进化遗传学研究和分子标记选取等提供参考依据,本研究利用比较基因组学和生物信息学方法,对NCBI上已公布的35种象甲科物种线粒体全基因组序列进行了分析。结果显示:(1)象甲科tRNA基因存在排序及数目异常情况,不同物种中蛋白质编码基因和2种rRNAs排列相同,线粒体全基因组具有明显AT偏向;(2)COX1、ATP6、ND5、ND4、ND4L和ND1基因除标准三联密码子外,还存在特殊的起始密码子AAT、TTG和GTG;(3)13种蛋白质编码基因的进化速率顺序为COX3ATP8ND2ND5ND1ND4ND6ND4LND3ATP6CytbCOX1COX2;(4)13个蛋白编码基因和rRNAs基因中,ND5、rrnL、ND4和ND2基因变异位点数较高,可作为备选的分子标记;(5)各亚科的系统发育关系可能为(((小蠹亚科Scolytinae+长小蠹亚科Platypodinae)+(隐喙象亚科Cryptorhynchinae+魔喙象亚科Molytinae+象虫亚科Curculioninae)+((孢喙象亚科Cyclominae+粗喙象亚科Entiminae)+(隐颏象亚科Dryophthorinae+长小蠹亚科))),为象甲科的系统发育分析有提供参考。     

蚜蝇科昆虫线粒体基因组特征及系统发育研究

蚜蝇科昆虫是一类重要的资源昆虫,目前GenBank数据库共收录64种蚜蝇科昆虫线粒体全长基因组序列,涉及蚜蝇亚科(Syrphinae) 3族26种,管蚜蝇亚科(Eristalinae) 5族38种。本文总结了蚜蝇科昆虫线粒体基因组的基本特征,概述了线粒体全基因组在蚜蝇科昆虫系统发育研究中的应用,同时基于线粒体全基因组序列重建了蚜蝇科系统发育关系,并提出今后蚜蝇科昆虫的线粒体基因组学研究重点。     

(鱼兆)科鱼类细胞色素b基因片段的序列测定及其系统发育的初步研究

从9种(鱼兆)科鱼类的福尔马林标本中获得了333 bp的细胞色素b基因片段的序列.这9个种分别代表(鱼兆)科鱼类的8个属.333 bp的DNA序列经MUST软件排序后,有101个变异位点,其中有39个信息位点.序列在成对物种间的距离为8～48.平均遗传距离为2.4%～14.4%.简约分析产生了最大简约系统树,其步长是162(CI=0.735,RI=0.494).在该系统树上,Bagarius是最原始的属,并与所有其他的物种形成姊妹群.其余8个属形成一个单系类群并分为二个姊妹群.尽管在形态上具有13个离征,但在分子系统树上,(鱼宴)(鱼兆)鱼类并未形成一个单系类群.可能的原因是333 bp序列中的星系信息位点太少;另外单从福尔马林浸制标本获得的DNA序列的可靠性尚有待进一步验证.     

中国新银鱼属NEOSALANX的初步整理及其一新种

中国的新银鱼属至今尚无全面的总结。本文根据近年野外和室内工作所得资料进行初步整理。结果表明中国新银鱼属有效种共8个,其中包括1新种及1中国新纪录。     

基于12S rRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目5个科之间的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类7种mtDNA 12SrRNA基因全序列,并结合来自Genbank的鹳形目另外7个物种及原鸡的同源区序列,经Clustal W软件对位排列后共1 009位点,包含405个变异位点,其中多态性位点381个,260个简约信息位点.基于上述序列数据,以原鸡为外群,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目5科14种的系统发生树.重建的系统发生树显示,内群中的14个种聚合为4支:鹮科构成第一支,聚在系统树的基部;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支;鹭科和鹳科各自聚成一支.在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为:在鹳形目的系统发生中,鹮科可能是最早分化出的一支;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近.鹳形目5个科之间的系统关系可以表示为:(鹮科,(鹭科,鹳科,(锤头鹳科,鲸头鹳科))).     

沙鳅亚科鱼类线粒体DNA控制区结构分析及系统发育关系的研究

对沙鳅亚科鱼类3属14个代表种的线粒体DNA控制区序列的结构进行了分析。通过与鲤形目鱼类的控制区序列进行比较,将沙鳅亚科鱼类的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区三个区域。同时识别了沙鳅亚科中一系列保守序列,并给出了它们的一般形式。以胭脂鱼为外类群,对比条鳅亚科、花鳅亚科、以及平鳍鳅科的代表性种类,采用NJ、MP和ML法构建沙鳅亚科的分子系统树。分子系统发育分析表明,沙鳅亚科为一单系,包括3个属:沙鳅属、副沙鳅属和薄鳅属,各属均构成单系。根据分子系统学、形态学的结果及地理分布推断,沙鳅亚科中沙鳅属可能为最为原始的属,副沙鳅属其次,而薄鳅属最特化。       

中国蚌科线粒体16S rRNA序列变异及系统发育

首次测定了中国淡水贝类———蚌科 (Unionidae) 1 3个属代表种类的线粒体 1 6SrRNA部分序列。用Clustal X排序软件进行 1 6SrRNA序列的对位排列 ,序列总长度为 30 5— 32 0bp。通过Mega 2 0软件对所得线粒体 1 6SrRNA片段序列进行比较 ,共发现 1 0 8个碱基存在变异 ,其中包括 77个简约信息位点 ,并用“Pairwisedistance”计算了各属间的相对遗传距离。以贻贝为外类群 ,采用Mega 2 0软件中的“Neighbore Joining”法得到惟一一个分子系统树 ,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1 0 0 0循环检验。结果表明 :分布于中国的蚌科形成三个明显的类群 ,第一个类群 ,包括帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 ;第二个类群 ,由矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属组成 ;第三个类群只包括无齿蚌和冠蚌两个属。由此可以看出 ,它们有可能分别隶属于三个不同的亚科 ,即小方蚌亚科 (帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 )、无齿蚌亚科 (无齿蚌属和冠蚌属 )和珠蚌亚科 (矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属 ) ,由此证明小方蚌亚科在中国的存在 ,并且 ,对几个属的分类位置作了调整。其中鳞皮蚌属和蛏蚌属原来属于无齿蚌亚科 ,根据线粒体 1 6SrRNA的结果 ,前者应该放     

盔甲鱼亚纲(无颌类)的系统发育关系

基于对53个形态学特征的讨论,首次开展了无颌类儒甲鱼亚纲的简约性分析,获得了3 个最简约的分支图,其步长为126,一致性指数为0．508,保留指数为0．801。在此基础上,修订了盔甲鱼亚纲的分类。研究结果表明,志留纪兰多维列世至温洛克世的汉阳鱼类、修水鱼类和大庸鱼类属于盔甲鱼亚纲的基干类群。在其余盔甲鱼类中,识别出3个大的单系类群, 分别是真盔甲鱼目、多鳃鱼目和华南鱼目。在盔甲鱼亚纲中,头甲背窗的起源至少发生了两次,一次在多鳃鱼目支系中,另一次在华南鱼目支系中。基于背窗特征而建立的大窗鱼类并不是一个单系类群。盔甲鱼类的年代分布指示该类群的两次辐射演化,分别是兰多维列世特列奇期基干盔甲鱼类和真盔甲鱼目的辐射演化,和早泥盆世洛霍考夫期多鳃鱼目和华南鱼目的辐射演化。     

露螽属四种昆虫Cyt b基因序列及系统进化研究(直翅目,露螽科)

研究了露螽属4种昆虫线粒体细胞色素b基因(Cyt b)的部分序列,分析了核苷酸序列组成与变异及氨基酸差异.在得到的432bp序列中,A T约占66.9%,其中102个核苷酸位点发生了变异(约23.8%),从每个氨基酸密码子来看,第3位点的A T含量较高,为79.7%.Cyt b基因编码的144个氨基酸由19种氨基酸组成,有12个发生了变异,占氨基酸总数的8.33%,其中亮氨酸(Leu)与苯丙氨酸(Phe)的含量较高,谷氨酸(Glu)、赖氨酸(Lys)与精氨酸(Arg)的含量较低,无半胱氨酸(Cys).以日本纺织娘和中华螽斯为外群构建的NJ分子系统树显示,镰尾露螽与齿尾露螽是分化较晚的类群,其次是瘦露螽,黑角露螽是分化较早的类群.     

隼形目鹰科四种鸟类线粒体DNA研究

本实验采用ＡｐａＩ,ｆＢａｍＨＩ,ＢｇｉＩＩ,ＥｃｏＲＩ,ＥｃｏＲＶ,ＨｉｎｄⅢＨｐａＩ,ＫｐｎＩ,ＰｓｔＩ,ＰｒｕＩＩ,ＳａｌＩ,ＳｃａＩ,ＸｂａＩ和ＸｈｏＩ１４种限制性内切酶,对鹰科４种鸟类即雀鹰（Ａｃｃｉｐｉｔｅｒｎｉｓｕｓ）,松雀鹰（Ａ．ｖｉｒｇａｔｕｓ）苍鹰（Ａ．ｇｅｎｔｉｌｉｓ）和灰险鹰（Ｂｕｆｔａｔｕｒｉｎｄｉｃｕｓ）ｍｔＤＮＡ限制性片段长度多态分析。结果表明,４种鸟类中雀鹰和松１主     

基于第二代测序技术兰州鲇线粒体基因组全序列测定与分析

研究采用高通量第二代测序技术,构建获得兰州鲇（Silurus lanzhouensis）线粒体基因组全序列,并对全序列特征和结构进行了分析。研究结果表明,兰州鲇线粒体基因组全序列长度为16523 bp,碱基组成具有高A+T低G+C含量的偏向性,具有脊椎动物典型的结构组成。13个PCG基因中存在2种启动子（ATG、GTG）、3种终止子（TAG、TAA和T或TA）。除tRNA-Ser（AGN）基因二级结构中DHU臂缺失,其余21个tRNA基因可折叠成典型三叶草结构。12S rRNA二级结构由45个茎环结构组成4个结构域,16S rRNA由54个茎环结构组成6个结构域。含有关键序列标签的控制区（CR）可分为3个不同的结构域:终止序列区（TAS1、TAS2）、中央保守区（CSB-F、CSB-E和CSB-D）和保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3）。非编码区含有一段保守的控制轻链复制起始的序列区（O_L）。基于线粒体基因组全序列和通用标签COX1基因标记可区分兰州鲇同其他鲇形目鱼类种质进化关系。