多耐药肺炎克雷伯菌获得性耐药基因检测及指标聚类分析

目的调查多耐药肺炎克雷伯菌中65种获得性耐药基因和7种可移动遗传元件遗传标记基因的存在状况,以及获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记基因的相关性。方法收集绍兴地区六家医院分离的肺炎克雷伯菌共20株,采用PCR的方法分析65种β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药基因和7种转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因,并用指标聚类分析(SPSS法)分析β-内酰胺类、氨基糖苷类和喹诺酮类获得性耐药基因与整合子、转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因的相关性。结果 20株肺炎克雷伯菌共检测到14种获得性耐药基因(包括6种β-酰胺类获得性耐药基因、6种氨基糖苷类获得性耐药基因、2种喹诺酮类获得性耐药基因)和6种可移动遗传元件遗传标记基因(包括1种整合子遗传标记基因、3种转座子和插入序列基因遗传标记基因、2种接合性质粒遗传标记基因),其余52种基因均未检测到。SPSS法将上述阳性检出基因分成两大簇群。结论绍兴地区六家医院的多耐药肺炎克雷伯菌菌株对抗菌药物的耐药表型与获得性耐药基因相关,且可移动遗传元件的水平转移使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播。获得性耐药基因与可移动遗传元件遗传标记基因的指标聚类分析显示:OXA-1、aac(6’)-Ⅰb、qnrB、IMP、aadA5、VEB、KPC、qnrS等基因与接合性质粒遗传标记traA相关,提示这些基因在F接合性质粒上;DHA、aph(3′)-Ⅰ等基因与转座子遗传标记tnpU、tnp513相关,提示它们位于转座子上;TEM-1、aac(3)-Ⅱ、qacE△1与接合性质粒遗传标记trbC相关,提示TEM-1、aac(3)-Ⅱ等基因和Ⅰ类整合子可能位于宽范围接合性质粒上;ant(3″)-Ⅰ、rmtB等基因与ISEcp1较为相关,提示这些基因位于插入序列上。     

大连市伤寒沙门菌耐药性及耐药基因分析

目的检测多重耐药伤寒沙门菌对抗菌药物的敏感性及其耐药基因携带情况,为伤寒沙门菌引起的腹泻治疗提供科学依据。方法采用微量肉汤稀释的方法测定大连地区临床分离的78株伤寒沙门菌对12种抗生素的敏感性;用PCR方法检测TEM型β内酰胺酶基因、catA和catB氯霉素乙酰基转移酶基因以及cmlA氯霉素外排泵蛋白基因、aac(6′)Ⅰb和aac3Ⅱ型氨基糖苷类修饰酶基因、qacEΔ1sul1耐消毒剂和磺胺基因、多重耐药外排基因acrB等8种耐药基因。结果78株沙门菌对12种药物有不同程度耐药(1.28%~74.35%)。得到9株多重耐药菌株,其中5株检出TEM型β内酰胺酶基因;7株耐氯霉素的伤寒沙门菌菌株中,2株仅检出catA基因,1株仅检出catB基因,1株仅检出cmlA氯霉素外排泵蛋白基因,2株同时检出catA基因和cmlA氯霉素外排泵蛋白基因;2株检出aac(6′)Ⅰb基因,1株检出aac3Ⅱ型氨基糖苷类修饰酶基因;4株检出耐消毒剂和磺胺基因qacEΔ1sul1;6株检出多重耐药外排基因acrB。结论大连地区临床分离的伤寒沙门菌存在严峻的耐药现象,多种耐药基因存在于耐药伤寒沙门菌中,可能是导致菌株对多种抗菌药物耐药的原因。     

多重耐药伤寒沙门菌耐药基因的研究

目的 检测多重耐药伤寒沙门菌对抗菌药物的敏感性及其耐药基因定位。方法 随机选取实验室保存的5株耐药菌和1株敏感菌,用纸片扩散法检测对12种抗菌药物的敏感性。用利舍平抑制试验检测菌株是否存在药物外排系统。PCR法检测TEM型β-内酰胺酶基因、aac(6′)-Ⅰb和aac3-Ⅱ型氨基糖苷类修饰酶基因、qacEΔ1-sul1耐消毒剂和磺胺基因、catA和catB氯霉素乙酰基转移酶基因以及cmlA氯霉素外排泵蛋白基因等7种耐药基因。结果 5株多重耐药菌对氨苄西林、哌拉西林、头孢呋辛、头孢西丁、卡那霉素、庆大霉素、复方磺胺甲噁唑及氯霉素等8种抗菌药物全部耐药,对美罗培南、头孢哌酮、头孢吡肟全部敏感;对头孢噻吩中度敏感。1株无质粒pRST98的菌株对上述药物全部敏感。利舍平抑制试验均为阴性。4株耐药菌TEM型β-内酰胺酶基因检测为阳性。全部耐药菌株aac3-Ⅱ、qacEΔ1-sul1、catA基因均为阳性,而aac(6′)-Ⅰb、catB和cmlA基因均为阴性。 结论 多重耐药伤寒沙门菌质粒pRST98上同时存在多种耐药基因, 是导致菌株同时对多种结构各异的抗生素耐药的原因。     

产AmpC酶肺炎克雷伯菌对氨基糖苷类抗生素的耐药性分析

目的了解本地区质粒介导的耐药机制在产AmpC酶肺炎克雷伯菌多重耐药中的作用、氨基糖苷修饰酶(AMEs)基因类型及转移方式。方法头孢西丁三维试验方法,检测产AmpC酶菌株;采用接合转移试验了解肺炎克雷伯菌耐药基因转移方式。采用K-B纸片测定产AmpC接合子对4种氨基糖苷类抗生素的敏感性,并采用PCR技术检测AMEs基因。结果临床分离的820株肺炎克雷伯菌共筛选出108株疑产AmpC酶菌株,阳性率为13.17%。经接合转移试验、AmpC酶表型确认试验共获得53株产AmpC接合子。其中67.9%的接合子(36/53)检出氨基糖苷修饰酶基因,aac(3)-I和aac(6′)-II未检出,对4种常用氨基糖苷类抗生素(阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、奈替米星)耐药率分别为37.7%、68.0%、43.4%和62.3%。结论本地区质粒介导AmpC酶是肺炎克雷伯菌产生多重耐药的重要原因,产酶株对氨基糖苷类高度耐药,其耐药性与AMEs密切相关,耐药基因质粒的转移可导致耐药性的传播扩散。     

多重耐药肺炎克雷伯菌获得性耐药相关基因和可移动遗传元件检测与指标聚类分析

目的 探讨一组多重耐药肺炎克雷伯菌(MDR-KPN)中获得性耐药相关基因和可移动遗传元件遗传标记的存在状况以及二者的相关性.方法 收集2008年8月至2010年5月浙江省杭州市和湖州市6所医院共47株MDR-KPN,采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析74种获得性耐药基因和24种可移动遗传元件遗传标记,并用指标聚类分析(SPSS法)分析获得性耐药相关基因和可移动遗传元件遗传标记的相关性.结果 47株MDR-KPN共检出5种β-内酰胺类获得性耐药基因、6种氨基糖苷类获得性耐药基因、3种喹诺酮类获得性耐药基因、6种其他获得性耐药基因、1种整合子遗传标记、2种转座子遗传标记、4种插入序列遗传标记、2种接合性质粒遗传标记和1种噬菌体原标记;指标聚类分析(SPSS法)将上述阳性检出基因分成A、B两大簇.结论 指标聚类分析提示获得性耐药相关基因和可移动遗传元件密切相关;由Ⅰ类整合子( intI1)、插入序列(IS26、ISEcp1、ISKpn6)、耐药质粒(trbC)介导的TEM-1和KPC是本组菌株的特征.在肺炎克雷伯菌中做指标聚类分析为国内首次报道.     

头孢西丁耐药肺炎克雷伯菌AmpC基因和ESBLs检测及耐药性分析

目的了解深圳地区头孢西丁耐药肺炎克雷伯菌头孢菌素酶(AmpC酶)基因型分布、产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的情况及其耐药特点。方法收集深圳地区三家大型综合医院临床标本分离对头孢西丁耐药的肺炎克雷伯菌73株。用碱裂解法提取菌株的质粒,采用多重PCR扩增AmpC基因,应用DNA测序确定其基因型。并对所有菌株进行ESBLs表型确证试验;用K-B法对其进行药物敏感试验。结果 48株(65.8%)AmpC基因扩增阳性,经DNA测序显示,其中46株为DHA-1型,1株为CMY-2型,1株同时产DHA-1和CMY-2型;73株肺炎克雷伯菌中49株ESBLs阳性,其中36株AmpC基因和ESBLs均为阳性。AmpC和(或)ESBLs阳性菌株对多数药物的耐药率高于AmpC和ESBLs均阴性者。结论本地区头孢西丁耐药肺炎克雷伯菌质粒AmpC酶检出率高,基因型主要为DHA-1,同时产AmpC酶和ESBLs菌株较常见。     

对一株铜绿假单胞菌22种耐药基因的研究

目的研究铜绿假单胞菌多重耐药情况和相关机制。方法采用聚合酶链反应（PCR）法对一株多重耐药铜绿假单胞菌进行β-内酰胺酶基因、氨基糖苷类修饰酶（AMEs）基因、喹诺酮类耐药基因、耐消毒剂基因（qacE△1-sul1）和整合酶基因检测,并对VIM基因进行了测序。结果PCR扩增结果显示该菌株aac（6′）-Ⅰb、blaCARB、gyrA、oprD2、ant（2″）-Ⅰ、qacE△1-sul1、blaIMP-I、blaTEM、blaVEB、aac（3）-Ⅱ、ant（3″）-Ⅰ、intⅠ1、blaVIM基因均为阳性,而aac（3）-Ⅰ、aac（6′）-Ⅱ、blaGES、blaGIM、blaOXA-10群、blaPER、blaSPM、blaSHV、blaDHA基因均为阴性,VIM基因扩增产物测序后经BLAST同源性分析表明为VIM-2型。结论铜绿假单胞菌存在多重耐药基因。管壁涂有季胺类、双胍类消毒剂和磺胺的II代导管的抑菌效果需重新评价。     

I类整合子与产ESBLs肺炎克雷伯菌多重耐药关系的研究

目的了解产ESBLs肺炎克雷伯菌的整合子存在状况。方法用PCR方法扩增Ⅰ类整合酶基因,经电泳后检测扩增产物。结果72株产ESBLs肺炎克雷伯菌中检测出Ⅰ类整合子67株,检出率为93．0％,Ⅰ类整合子阳性菌对氨基糖苷类、喹诺酮类及头孢菌素类药物表现出较高的耐药,其多重耐药率明显高于Ⅰ类整合子阴性菌株（P〈0．05）。结论Ⅰ类整合子广泛地存在产ESBLs肺炎克雷伯菌中,Ⅰ类整合子对细菌多重耐药性的产生和传播起着重要作用。     

血流感染肺炎克雷伯菌耐药机制及传播机制研究

目的了解血流感染肺炎克雷伯菌的耐药机制及其耐药传播机制,为临床医院感染控制提供理论依据。方法收集南昌大学第一附属医院2012年3月至2013年9月住院患者的血液培养标本中分离获得的肺炎克雷伯菌86株,应用PCR扩增方法检测耐药基因,MLST和质粒接合试验分析其耐药传播方式。结果超广谱β-内酰胺酶基因中有26株KPC基因阳性,2株IMP基因阳性,4株VIM基因阳性,1株NDM-1基因阳性;整合子基因中有4株int基因阳性,int基因阳性的4株整合子可变区基因均为阳性;氨基糖苷类耐药基因中有22株acc6′-Ib基因阳性;喹诺酮类耐药基因中有48株qnrA基因阳性,20株qnrS基因阳性,8株qnrB基因阳性。MLST结果显示34株(39.5%)为ST395型,是主要基因型。氨基糖苷类耐药基因阳性菌株接合成功7株;喹诺酮类耐药基因阳性菌株接合成功15株。结论血流感染肺炎克雷伯菌主要以携带耐碳青霉烯酶基因和耐喹诺酮类基因为主,耐药传播机制多种,包括克隆传播和质粒介导传播。     

肺炎克雷伯菌超广谱β-内酰胺酶和AmpC酶基因检测及耐药性分析

目的 了解下呼吸道感染肺炎克雷伯菌超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）和质粒AmpC酶的产生情况及耐药性,研究AmpC酶的基因型别.方法 用纸片扩散确证法检测ESBLs;用酶提取三维试验检测AmpC酶,聚合酶链反应（PCR）扩增AmpC酶的基因,DNA序列测定检测AmpC酶的基因型;K-B法检测细菌耐药性.结果 58株下呼吸道感染肺炎克雷伯菌中ESBLs阳性21株,AmpC酶阳性5株,其中3株ESBLs和AmpC酶均阳性,5株AmpC酶阳性菌中,4株扩增出DHA基因,经测序均为DHA-1,1株扩增出MIR基因.产酶菌株的耐药性明显高于非产酶株.结论 肺炎克雷伯菌中ESBL＊s和AmpC酶均有较高的检出率,AmpC酶以DHA基因型为主.产ESBLs和AmpC酶是肺炎克雷伯菌耐药的主要原因.     

Antibiotics and the resistant microbiome

Since the discovery and clinical application of antibiotics, pathogens and the human microbiota have faced a near continuous exposure to these selective agents. A well-established consequence of this exposure is the evolution of multidrug-resistant pathogens, which can become virtually untreatable. Less appreciated are the concomitant changes in the human microbiome in response to these assaults and their contribution to clinical resistance problems. Studies have shown that pervasive changes to the human microbiota result from antibiotic treatment and that resistant strains can persist for years. Additionally, culture-independent functional characterization of the resistance genes from the microbiome has demonstrated a close evolutionary relationship between resistance genes in the microbiome and in pathogens. Application of these techniques and novel cultivation methods are expected to significantly expand our understanding of the interplay between antibiotics and the microbiome.     

Highly resistant regression and object matching

In many disciplines, it is of great importance to match objects. Procrustes analysis is a popular method for comparing labeled point configurations based on a least squares criterion. We consider alternative procedures that are highly resistant to outlier points, and we describe an application in electrophoretic gel matching. We consider procedures based on S estimators, least median of squares, and least quartile difference estimators. Practical implementation issues are discussed, including random subset selection and intelligent subset selection (where subsets with small size or near collinear subsets are ignored). The relative performances of the resistant and Procrustes methods are examined in a simulation study.     

Antibiotic resistant staphylococci

An antibiotic resistant staphylococcus with bacteriophage pattern 52/42B/80/81* is frequently responsible for infectious outbreaks in the newborn nursery. Some time after an outbreak had occurred in the University of California's hospital nursery, family members of the infants were found to be infected with this strain. Two families were studied in detail. In one of them, infection developed in six of the seven members within eight months after the infant's arrival. In the other, half of the family members had recurrent infections during a 13-month period.Infants who left the nursery as asymptomatic carriers were found as likely to transmit the infectious strain as those with clinical infection. Considerable time sometimes elapsed before infection developed in either the infant or the family members. In one instance the first familial infection occurred six months after the infant had left the nursery as an asymptomatic carrier. Newborn infants are quite likely to disseminate antibiotic resistant staphylococci which they may acquire from a hospital nursery. Infections developing among persons in contact with a young infant must be treated with the possibility of a resistant hospital staphylococcus in mind.