药用野生稻复合体ITS1和ITS2序列变异及其系统进化分析

通过PCR扩增并测序分析稻属药用野生稻复合体5个野生稻种基因组完整的ITS区及5.8S区,并与栽培稻ITS序列进行比较,构建分子系统进化树,探讨了稻属药用野生稻复合体内不同种间的亲缘关系和系统进化.结果表明,ITS1和ITS2均有较高的G/C含量,ITS1序列的长度多态性相对较高,ITS2序列的碱基突变频率较高.药用野生稻和高秆野生稻亲缘关系很近,而与栽培稻亲缘关系较远;短药野生稻、斑点野生稻、澳洲野生稻与药用野生稻亲缘关系渐近.处于进化的过渡阶段.     

ITS序列比较和核型分析

下面每个组内的酵母菌：Ⅰ)Candida aaseri和Candida butyri;Ⅱ)Candida boleticola,Candida laureliae和Candida ralunensis;Ⅲ)Candida zeylanoides和Candida krissii以及Ⅳ)Pichia farinosa和Candida cacaoi因具有相同或只有一个碱基差异的大亚基(26S)rRNA基因D1／D2区序列,而被认为属于同一个种。本研究对其ITS序列和电泳核型进行了比较分析。结果表明前3个组内的种具有完全相同的ITS序列,第Ⅳ组的两个种只有1个碱基差异,但是各组内的核型并不完全一致。第Ⅳ组内的两个种具有完全相同的核型,证实他们属于同一个种。第Ⅱ组内的C.laureliae和C.ralunensis也具有完全相同的核型,可以肯定二者也属于同一个种,该组内的C.boleticola的核型与前二者不完全一样,但染色体分子量范围相似,也可能与前二者属于同一个种。第Ⅰ和Ⅲ组内各种的核型具有明显差异,对组内种间的同物异名关系未提供支持。     

大血藤的rDNA ITS序列分析

采用PCR直接测序法,对大血藤科植物大血藤9个样品和单叶血藤1个样品进行nrDNA ITS序列测定和分析。研究结果发现大血藤和单叶血藤ITS的长度为634～635bp;其中ITS1为233bp,5.8S为163bp,ITS2的长度为238～239bp。以串果藤为外类群构建最大简约树,大血藤和单叶血藤的10个样品构成一个单系类群,并且得到了自展值100%的支持。根据大血藤在中国的分布情况,单叶血藤在陕西的出现,以及分子数据的分析结果,华中区系可能是大血藤的现代分布中心,而且大血藤分布呈华中区系、华东区系、西南区系地带性的分化。这种地带性分化,更多的跟其地理、气候、环境等协同进化有关。陕西宁陕县的大血藤和单叶血藤这两个样品,ITS长度均为635bp,核苷酸差异值只有0.0032。与其他样品相比,单叶血藤与大血藤(陕西)在ITS2的一个信息位点同时发生了颠换,并且都有碱基插入现象,表现出地理特异性。单叶血藤与大血藤其它9个样品的核苷酸差异值仅在0.32%～2.31%之间,远小于大多数被子植物属下种间的核苷酸差异值1.2%～10.2%。分子数据支持将单叶血藤合并到大血藤中去。     

锁阳ITS序列遗传多样性分析

为阐明锁阳(Cynomorium songaricum)的遗传结构与遗传多样性, 以甘肃省河西走廊地区及青海省共18个居群的188个锁阳个体为研究对象, 利用现代分子生物学技术, 采用序列分析方法从核-质基因方面对遗传结构进行了分析。结果显示, 锁阳ITS序列总长度为687 bp, 含有7个变异位点, 定义9个单倍型, 整体单倍型多态性H_d=0.294 20, 核苷酸多样性π=0.000 49。在整个单倍型网络中介图中, 单倍型H1位于中心位置, 并在所有的居群中均有分布, 为核心的古老单倍型。分子方差分析结果显示, 锁阳种群变异主要来源于种群内。根据ITS序列得到的群体间遗传分化系数以及Mantel检验结果, 锁阳种群间的遗传距离与地理距离之间不存在相关性, 表明现存的锁阳居群是相对近期发生生境片段化的产物。中性检验结果表明, 锁阳拒绝中性进化, 群体历经扩张或者基因座位受到负选择作用, 其中性零假说不能被排除。该研究为锁阳的系统分类、资源鉴定以及保护措施的制定提供了分子证据。     

米尔顿姬小蜂rDNA ITS1和ITS2的序列分析及其分子鉴定

本研究测定了米尔顿姬小蜂Anselmella miltoni Girault的rDNA ITS1和ITS2序列,以探讨其分子鉴定方法。米尔顿姬小蜂的ITS1和ITS2侧翼区（18S和5.8S）序列相对稳定,ITS1和ITS2序列存在种间差异。根据18S rDNA部分序列,利用DNAMAN的Maximum Likelihood方法构建了与膜翅目其它科的系统发育树。根据米尔顿姬小蜂ITS1和ITS2序列设计了特异性引物,应用特异性引物对样品进行了PCR扩增,扩增效果理想,采用上述特异性引物可从单头米尔顿姬小蜂稳定地扩增出明显的目的DNA条带。因此,可以采用ITS1和ITS2区的特异性对米尔顿姬小蜂进行快速的分子鉴定。     

荔枝nrDNA ITS序列多态性分析

为了解荔枝nrDNA ITS序列多态性,对荔枝4个品种的nrDNA ITS序列进行克隆测序,分析其序列特征、核苷酸多态性、遗传距离、5.8S保守基序、二级结构最小自由能、系统发育树及rRNA二级结构等。结果表明,荔枝nrDNA ITS序列在品种间、品种内均存在多态性,同时包含假基因序列,表明其ITS序列逃离了致同进化。分子方差分析（AMOVA）显示,荔枝nrDNA ITS序列遗传变异主要来源于品种内。自然杂交可能是荔枝ITS序列产生多态性的主要原因。     

基于rbcL-a和ITS的枸杞鉴别、遗传关系分析及ITS假基因的发现

利用rbcL-a及ITS序列作为分子标记,对14个枸杞种或品种及1个伪品白刺进行了真伪鉴别及遗传关系分析。CTAB法提取总DNA,用通用引物对rbcL-a和ITS序列扩增、克隆、测序及分析,T克隆解决部分样品ITS无法成功测序问题。rbcL-a和ITS序列通用引物可在所有样品中成功扩增,rbcL-a序列全长643 bp,在14个枸杞种或品种中完全一致,与白刺具有45bp(7%)的碱基变异。ITS序列在14个枸杞种或品种中长度变异范围为513-692 bp。采用UPGMA法构建系统树,可区分白刺与枸杞,黑果枸杞和宁夏枸杞各品种分别聚为两支,云南枸杞、韩国枸杞及黄果枸杞则聚在宁夏枸杞大分支内。rbcL-a序列可有效进行枸杞真伪鉴别,ITS序列可用于枸杞品种鉴定及遗传关系分析。此外,本研究首次揭示了枸杞品种及个体内的ITS多态性,发现在枸杞中存在ITS假基因这一现象,为未来利用ITS序列进行枸杞系统进化研究提供一些新的参考。     

水稻籼粳亚种间rDNA的ITS(internal transcribed spacer,ITS)序列分析

为探讨水稻亚种间的遗传背景及亲缘关系,运用PCR技术扩增并测序了水稻籼亚种的南京11号,9311、广陆矮4号三个品种和粳亚种的秋光、日本晴、爪哇稻三个品种的完整ITS区（包括5.8S区）。供试材料的5.8S rDNA的长度和G/C含量完全一致。ITSI的长度为193-195bp、G/C含量为72.31%-74.38;ITS2的长度为224-232bp,G/C含量为74.46%-76.86%。序列的相似性为94.4%-99.3%。CLUSTAL.W软件排序及分析表明;1）存在4个信息位点把6个品种分为籼粳两大类群;2）籼稻之间的ITS序列的同源性小于粳稻之间的同源性,由此可见,水稻核糖体DNA的ITS序列的变化规律与其传统的分类具有高度的一致性。     

云南美味牛肝菌ITS区域结构特点

利用ITS的通用引物（ITS5-ITS4）对云南的美味牛肝菌（Boletus edulis）子实体的DNA进行PCR扩增,扩增产物回收后直接测序。序列的聚类分析表明,在ITS1—5．8S rDNA-ITS2区域,云南的美味牛肝菌与欧洲的夏牛肝菌（B．aestivalis）和铜色牛肝菌（B．aereus）同源性较高,但在ITS2区域夏牛肝菌和铜色牛肝菌分别有一段美味牛肝菌没有的大小分别为73bp和26bp的特征序列。     

云南美味牛肝菌ITS 区域结构特点

利用ITS 的通用引物(ITS5-ITS4) 对云南的美味牛肝菌( Boletus edulis) 子实体的DNA 进行PCR 扩增, 扩增产物回收后直接测序。序列的聚类分析表明, 在ITS1-5 . 8S rDNA-ITS2 区域, 云南的美味牛肝菌与欧洲的夏牛肝菌( B. aestivalis) 和铜色牛肝菌( B . aereus) 同源性较高, 但在ITS2 区域夏牛肝菌和铜色牛肝菌分别有一段美味牛肝菌没有的大小分别为73 bp 和26 bp 的特征序列。     

侧耳属主要种类ITS序列分析

对侧耳属16个种的38个菌株进行了ITS序列测定,统计分析种内和种间序列趋异度。结果表明,16个种的ITS序列种内趋异度很小,为0-0.007,其中Pleurotus djamor不同地理来源的3个菌株的趋异度为0.007。在16个种的种间ITS序列趋异度中,P.rattenburyi和P.djamor之间趋异度最大,为0.282;P.ostreatus和P.cornucopiae之间的趋异度最小,为0.003。利用ITS序列能够对侧耳属的大多种类进行有效鉴定。ITS序列差异2%-3%作为伞菌中种的鉴定临界值在侧耳属中并不合适。而对于P.ostreatus和P.cornucopiae的准确鉴定,仍需开发新的分类鉴定标记。以香菇为外群,用贝叶斯法构建的侧耳属系统发育树表明,系统发育树的部分节点十分可靠,后验概率值为0.96-1.0。     

NEW MATERIAL OF AZYGOGRAPTIDAE AND ITS SIGNIFICANCE

Among the graptolites collected by Unit 734 from the Lower Ordovician Qiaotingzi Formation (corresponding to the Ningkou Formation) at Xiayanzhai of Jishou, Hunan, more than ten specimens particularly chosen from the collection were handed over to the writer for. study. These spe cimens preserved as mere carbonaceous films in grey green slate belong to one new genus and the same new species named by the writer Jishougraptus mui gen. et sp. nov. in association with Didymograptus cf. praenuntius     

贵州桐梓何首乌rDNA ITS序列分析

以改进的CTAB法对何首乌总基因组DNA进行提取,采用通用引物对不同来源的何首乌rDNA ITS序列进行PCR扩增、测序和序列分析.结果表明,何首乌rDNA完全序列片段长度共约652 bp,其中ITS1的长度为202 bp,5.8S的长度为161 bp,ITS2长度为232 bp,与其近缘种ITS序列间存在明显差异.其rDNA ITS序列在分子水平上为鉴别何首乌提供了参考依据.     

樟属植物ITS序列多态性分析

对樟科樟属(Cinnamomum Schaeffer) 17个代表样本的核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA ITS)进行克隆测序。对获得的87条不同ITS序列的长度变异、GC含量、5.8S区二级结构的稳定性、遗传距离、进化模式以及系统发育关系进行了相关分析。研究结果显示, ITS序列在樟属植物内存在明显的多态性, 87条序列中的22条序列被鉴定为假基因序列, 其余65条序列为功能基因序列; 假基因序列采用中性进化模式, 变异明显大于功能序列。ITS序列在樟属植物中出现一致性进化不完全和假基因现象也可能发生在樟科其它类群中, 这可能是导致樟科植物ITS序列直接测序方式成功率低的重要原因。     

天麻rDNA ITS区的PCR-RFLP分析

对来源于贵州大方（DF）、黎平（LP）、台江（TJ）、雷山（LS）、乌当（WD）及云南（YN）的鲜品天麻进行核糖体DNA内转录间隔区（ITS）的PCR扩增,并用限制性内切酶BamHI、HincⅡ,HeaⅢ进行酶切分析的结果显示,天麻ITS区长度约为750bp,PCR产物经HeaⅢ酶切后YN、DF和WD株的RFLP图谱基上一致,TJ2、LP和Ls株的RFLP图谱基本上一致,而TJ1株则显著不同;经BamHI酶切后,LP、TJ和LS株的RFLP图谱相同,除DF3外,YN、DF1、DF2和WD株的RFLP图谱基本上一致;经HincⅡ酶切后,除DF3和TJ1 RFLP的图谱显著不同外,其余样本RFLP图谱均表现一致。表明天麻的遗传变异特征与其地域分布有一定的联系。     

杂草稻nrDNA ITS序列的测序分析

杂草稻nrDNAITS序列的直接测序和克隆测序比较结果表明直接测序和克隆测序均能得到准确的杂草稻nrD-NAITS序列。尽管直接测序方便和经济,但它的峰图差,有叠峰出现。杂草稻的ITS序列在587-589bp之间,其中ITS1长度为193-194bp,ITS2的长度为230-232bp,而5.8S均为164bp。与已公布的部分稻属的ITS进行多重比较,该序列蕴含了大量的系统学信息,可在分子水平为杂草稻的发生机理提供证据。