基因差异表达研究方法的探讨--从DD-PCR到cDNA RDA

ＤＤ－ＰＣＲ和ｃＤＮＡ ＲＤＡ都是近年发展起来的新技术,它们被应用于生物及医学领域,在基因差异表达和筛选差异基因的研究中有着广泛的前景。本文论述了ＤＤ－ＰＣＲ及ｃＤＮＡ ＲＤＡ的基本技术策略,并对两者进行了比较分析。     

有序差异显示:一种基因表达谱系统比较法

系统研究具有同一基因组的各种细胞群之间基因的差异表达谱十分重要。目前,研究基因差异表达的技术大致有ｍＲＮＡ差异显示［１］、ＲＤＡ［３］、ＳＳＨ［４、５］和ｃＤＮＡ阵列［６］等。近几年,还发展了一些研究基因差异表达谱系统的技术,如ＲＬＣＳ（ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎｌａｎｄ－ｍａｒｋｃＤＮＡｓｃａｎｎｉｎｇ）［８］、ＧＥＦ（ｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓ－ｓｉｏｎｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ）［２］和ＲＮＡ指纹法［９］等。然而,这些技术或较为复杂,或灵敏度偏低。本文拟介绍一种有效的基因表达谱系统比较法——有序差…     

利用DDRT-PCR技术分析神经生长因子低亲和力受体诱导的细胞凋亡过程中基因表达的差异

转染了Ｐ７５ＮＧＦＲ的Ｒ２神经细胞系Ｒ２Ｌ１在去血清的培养时可以诱导细胞凋亡的发生．此凋亡可以被ＲＮＡ合成抑制剂放线菌素Ｄ和蛋白质合成抑制剂环己酰胺所抑制．利用ＤＤＲＴ－ＰＣＲ技术比较了去血清培养的发生凋亡的Ｒ２Ｌ１细胞与有血清培养的不发生凋亡的Ｒ２Ｌ１细胞以及去血清培养的不发生凋亡的Ｒ２Ｐ细胞基因表达的差异．克隆了数个特异或差异表达的短ｃＤＮＡ片段,经Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交证实其中两个片段ＬＩＡＲＥＳＴ－１和ＬＩＡＲＥＳＴ－２表达量在凋亡细胞中显著高于不发生凋亡的细胞中,ＧｅｎＢａｎｋ检索表明此二片段为新的ｃＤＮＡ序列并给予登录号Ｕ４７３１５和Ｕ４７３１６．另有一个ｃＤＮＡ片段ＬＩＡＲＣＤ－３在凋亡细胞中受到了明显的抑制,经检索为一已知的与前强啡肽原上游调控区结合的ＤＮＡ结合蛋白ｃＤＮＡ编码区的一部分,首次被证实它与Ｐ７５ＮＧＦＲ诱导的神经细胞凋亡调控关联     

hIL—5cDNA的克隆及在大肠杆菌中的表达

从人外周血中分离淋巴细胞,经ＰＭＡ和钙离子载体Ａ２３１８７诱导,通过ＲＴ－ＰＣＲ技术获得ｈＩＬ－５ｃＤＮＡ片段。扩增其编码成熟多肽的ｃＤＮＡ片段插入ｐＢＶ２２０,在大肠杆菌ＤＨ５α中诱导表达,未能得到预期１４ｋＤ的重组蛋白的表达,只有一个克隆高效表达约１０ｋＤ的小肽。对该克隆测序表明,其ｃＤＮＡ缺失一个Ａ,导致在８６位氨基酸处于开始移码,高效表达一个９３个氨基酸的小肽。     

PAI—2及其突变体的生物化学性质

为研究和比较纤深酶原激活剂抑制物２型（ｐｌａｓｍｉｎｏｇｅｎ ａｃｔｉｖａｏｒ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｔｙｐｅ ２,ＰＡＩ－２）及其突变体的生物化学性质,用ＰＣＲ、体外定点突变技术构建ＰＡＩ－２突变体ＰＡＩ－２ＣＤ和ＰＡＩ－２ＱｃＤＮＡ,将突变体ｃＤＮＡ与原核表达载体重组并转化怕杆菌。经诱导表达,ＳＤＳ－ＰＡＧＥ证实表达出相应蛋白质,均占全菌总蛋白的１４％。Ｗｅｔｅｒｎ印迹、溶圈抑制及纤维蛋白翻转板     

中国人r——干扰素cDNA在大肠杆菌中的高效表达

应用ＲＴ－ＰＣＲ技术从中国人淋巴细胞ｍＲＮＡ反转录产物中克隆了ＩＦＮ－ｒ－ｃＤＮＡ,序列分析证实了分子进化规律对ＩＦＮ－ｒｃＤＮＡ序列存在多态性的推论。在此基础上应用ＤＮＡ重组技术,将去信号肽中国人ＩＦＮ－ｒ ｃＤＮＡ克隆到原核表达质粒ｐＢＶ２２０ ＰＲＰＬ启动子下游,转化大肠杆菌ＤＨ５ａ,通过温度诱导表达,成功地在大肠杆菌中稳定、高效地表达了中国人ＩＦＮ－ｒ ｃＤＮＡ,其表达水平占全菌可溶性总     

中国对虾cDNA文库的构建

中国对虾ｃＤＮＡ文库的构建ＣＯＮＳＴＲＵＣＴＩＯＮＯＦｃＤＮＡＬＩＢＲＡＲＹＯＦＳＨＲＩＭＰＰＥＮＡＥＵＳＣＨＩＮＥＮＳＩＳ（ＣＲＵＳＴＡＣＥＡ,ＤＥＣＡＰＯＤＡ）关键词中国对虾ｃＤＮＡ文库构建ＫｅｙｗｏｒｄｓＰｅｎａｅｕｓｃｈｉｎｅｎｓｉｓ,ｃＤＮ...     

黄瓜花叶病毒山东株（CMV—SD）RNA2全和cDNA克隆的构建及全序列分析

分别利用５’ＲＡＣＥ和３’ＲＡＣＥ确定了ＣＭＶ－ＳＤＲＮＡ２的５’和３’未端序列,在此基础上,利用ＲＴ－ＰＣＲ得到了ＲＮＡ２的５’端一半的ｃＤＮＡＤＱ ＢＴＧ Ｐｃ２５和３’端一半的ｃＤＮＡ克隆ＰＣ２３,并通过拼接构建了ＲＮＡ２全长ｃＤＮＡ克隆ＰＣ２Ｆ。     

产气肠杆菌α—乙酰乳酸脱羧酶基因的克隆和表达及影响重组酶活性？…

用ＰＣＲ方法从产气肠杆菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）中克隆出０．９ｋｂ的ＤＮＡ片段,经ＤＮＡ测序证明是α－乙酰乳酸脱羧酶（α－ａｃｅｔｏｌａｃｔａｔｅ ｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ,α－ＡＬＤＣ）基因。将α－ＡＬＤＣ基因重组到质粒,ｐＢＶ２２０后,转化大肠杆菌,经筛选获得的高效表达的重组子菌株。     

一个新的水稻MADS—box基因的克隆及表达分析

根据ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因保守区结构,设计简并性引物,利用３＇ＲＡＣＥ从水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）中克隆了１个新的水稻ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因的ｃＤＮＡ片段,同时利用５＆ＲＡＣＥ获得了全长ｃＤｎＡ命名为ＦＤＲＭＡＤＳＳ。序列分析表明,该ｃＤＮＡ全长１４０６ｂｐ,开放阅读框共编码２３３个到,具有典型的植物ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因的结构。推测的氨基酸序列与拟南芥的ＭＡＤＳ－ｂｏｘ基因,ＡＧＬ１４同     

核基质结合区(MARs)与植物转基因的表达

基质结合区 (ｍａｔｒｉｘａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｒｅｇｉｏｎｓｏｒｍａｔｒｉｘａｔｔａｃｈｍｅｎｔｒｅ ｇｉｏｎｓ,ＭＡＲｓ)亦称核骨架结合区 (ｓｃａｆｆｏｌｄａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｒｅｇｉｏｎｓｏｒｓｃａｆｆｏｌｄａｔｔａｃｈｍｅｎｔｒｅｇｉｏｎｓ,ＳＡＲｓ) ,是真核基因组中能与核基质特异紧结合的ＤＮＡ序列。核基质与生物体内许多重要生命活动相联系 ,而结合的ＭＡＲｓ序列 ,参与ＤＮＡ复制 ,基因转录 ,基因表达调控[1 ] 和基因边界定位[2 ] 等过程。ＭＡＲｓ通过将染色质锚定在核基质上而使染色质形成拓扑学限制性Ｄ…     

鼻咽癌中差异表达基因的分析和克隆

为了验证通过ＣＤＮＡ代表性差性分析法（ｃＤＮＡ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎａｌ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ,ｃＤＮＡ ＲＤＡ）分离的ＣＤＮＡ序列在鼻咽癌活给组织中的差异表达,并进一不克隆鼻咽癌差异表达基因,采用ＲＴ－ＰＣＲ方法并结合Ｎｏｔｔｈｅｒｎ杂交确定其转录本的大小,进而充分利用生物信息学对有差异表达ＣＤＮＡ全长进行克隆,并对其基因产物进行了结构和功能预测。结果显示,ＡＦ０９１５     

稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)诱导的水稻早期反应基因ER1的5' 端cDNA片段克隆及序列分析

研究高等生物基因表达与调控的一个重要方面是分离基因的编码区及其上游的调控序列（ＤｅＶｅｅｒ等１９９７）,这需要获得一个基因的ｃＤＮＡ全长及从植物基因组获取全基因。在前文（周建明等１９９９）中曾经分离了稻瘟病菌侵染诱导的水稻早期反应基因ＥＲ１的ｃＤＮＡ片段,但是运用ｍＲＮＡ差异显示技术分离的ｃＤＮＡ片段往往只有近ｍＲＮＡ３’端的一部分,难以反映基因的结构及功能特点,因此,必须进一步分离其５’端的部分才有可能比较全面地了解此基因的特点。ＲＡＣＥ（ｒａｐｉｄａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｃＤＮＡｅｎ…     

用差异显示法从人胎脑基因文库分离一个编码序列

人１８周、２２周胎儿脑、肝肾组织总ｍ ＲＮＡ 用ＤＤＲＴ－ＰＣＲ显示出差异的条带,回收胎脑和肝肾特异性表达的４８７条电泳条带．其中某些条带用３种组织的ｃＤＮＡ 探针作点杂交,筛选只对胎儿脑总呈阳性的ＤＮＡ 片段．以其中某一条带ＤＮＡ 为探针,从胎儿脑ｃＤＮＡ 文库筛选阳性克隆,得到ＧＣ５８．经Ｎｏｒｔｈｅｒｎ 杂交和ＤＮＡ 测序,表明它是人脑表达的序列,与数据库中ＫＩＡＡ０５１５有同源性,并编码一个有２７４个氨基酸的蛋白质,该蛋白质序列尚未见报道．探讨了ＤＤＲＴ－ＰＣＲ的条件和假阳性问题．     

RAPD技术在水稻上的应用

ＲＡＰＤ技术在水稻上的应用李文海（浙江农业大学核农所,杭州３１００２９）１ＲＡＰＤ的原理及特点ＲＡＰＤ是随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ）的简写,系１９９０年由美国科学家Ｗｉｌｉａｍｓ和Ｗｅｌｓｈ几乎...     

随机扩增多态性DNA技术在林业中的应用

１ＲＡＰＤ的原理随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ,ＲＡＰＤ）系１９９０年由美国科学家采用ＰＣＲ技术发展起来的。在发现ＲＡＰＤ多态性的同时,也证明了ＲＡＰＤ标记的分离符合孟德尔独立分配规律,从而确立了ＲＡ...     

RT—PCR测定mRNA的荧光定量分析

利用反转录毛细管ＰＣＲ技术,可合成代表特异ｍＲＮＡ的双链ＤＮＡ。在一定循环数内,ＰＣＲ产物的量与其模板ｃＤＮＡ即反转录中相应ｍＲＮＡ的浓度有关。溴乙锭嵌入ＤＮＡ双螺旋后,其荧光量子产率大为增加,因此可通过利用处在适当ＰＣＲ循环数中的ｃＤＮＡ浓度与在优选的激发光谱发现射波长下其荧光强度的线性关系,计算出所检测的ｍＲＮＡ表达量。     

几种差别表达基因显示技术及其在植物方面的应用

９０年代以来,先后出现了ＤＤ,ＲＤＡ,ｃＤＮＡ－ＲＤＡ,ＳＡＧＥ,ＧＥＦ,ＲＦＤ,ＳＳＨ以及ＡＴＡＣ－ＰＣＲ等数种未知产物的差别表达基因显示技术,本文对这些技术的异同。各自的优缺点以及它们在植物方面的应用现状和前景作了简单综述。     

抗真菌蛋白Rs—AFPs基因在大肠杆菌中的表达

将抗真菌蛋白Ｒｓ－ＡＦＰ１和Ｒｓ－ＡＦＰ２全长ｃＤＮＡ插入表达质粒ｐＥＴ－２２ｂ／ＮｃｏＩ＋ＳａｃＩ位点,构建成融合蛋白表达载体ｐＲＡＦ１和ｐＲＡＦ２．将不含信号肽编码序列的Ｒｓ－ＡＦＰ１和Ｒｓ－ＡＦＰ２ｃＤＮＡ分别插入ｐＥＴ－２２ｂ／Ｎｃｏｌ＋Ｓａｃｌ和ｐＥＴ－２２ｂ／Ｎｄｅｌ＋ＳａｃＩ位点,构建成不含信号肽序列的融合蛋白表达载体ｐＲＡＦ３、ｐＲＡＦ４和非融合蛋白表达载体ｐＲＡＦ５和ｐＲＡＦ６．将构建的上述各种表达载体转化Ｅ．ｃｏｌｉＢＬ２１,挑菌落培养,ＩＰＴＧ诱导,使Ｒｓ－ＡＦＰｓ基因得到表达,并用体外抑菌试验检测表达产物的活性,结果表明,各种表达载体的表达产物均具有不同程度的抑菌活性,其中,ｐＲＡＦ３和ｐＲＡＦ４表达产物的抑菌活性较明显．     

t-PA cDNA的克隆及其在毕赤酵母中的表达

应用ＰＣＲ方法,在ｔ－ＰＡ ｃＤＮＡ５＇端引入合适的限制酶位点和酵母分泌信号肽,与酵母表达载体ｐＰＩＣ９重组,构建表达质粒ｐＳＴＥ－Ｙ,利用ＬｉＣｌ转化法转化酵母菌ＹＳ１０８,在ＭＭ和ＭＤ平板上筛选表型,ＰＣＲ筛选ｔ－ＰＡ ｃＤＮＡ与酵母染色体整合而形成的阳性克隆,阳性克隆经甲醇诱导表达后,用ＳＤＳ－ＰＡＧＥ证明表达产物的分子量为６ｋＤａ左右,用酪蛋白板溶圈法测定ｔ－ＰＡ的活性。Ｍｕｔ＾ｓ表型菌表