鸡眼草根瘤菌的16S rDNA全序列分析

鸡眼草(Kummerowiastipulacea)是一类广泛分布于我国南北各省区的豆科植物.它可作为饲用牧草和绿肥,又可作为中药材,具有清热解毒、治疗腹泻之功效.在西北干旱半干旱地区的沙质土壤及山坡上都大量生长鸡眼草,它们在水土保持、防风固沙、绿化环境等方面起着重要作用[1].但目前,人们还未曾对与鸡眼草共生的根瘤菌作过系统分类研究.我们在该地区野生豆科植物根瘤菌资源调查的基础上,进行了数值分类、SDS-全细胞蛋白电泳分析和DN～DNA杂交,获得了一个新菌群[2].     

两个黄芪根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA序列分析

对黄芪根瘤菌两个新类群中心菌株CA8561和JL84进行了16S rDNA全序列测定,并进行了系统发育学分析。结果表明,CA8561位于Rhizobium分支中,JL84位于Sinorhizobium分支中。     

根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA全序列测定及其系统发育地位

用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium loti),华癸中慢生根瘤菌(M. huakuii)、天山中慢生根瘤菌(M. tianshanense)、地中海中慢生根瘤菌(M. mediterraneum)、鹰嘴豆中慢生根瘤菌(M. ciceri)共同构成一个分支,与各已知种的模式菌株16S rDNA相似性分别为:96.3％,96.4％,97.2％,95.1％,95.6％,均在95％以上,它们应归属于同一属。且分支内各种间DNA同源性低于70％,表明它们分别为不同的种,菌株SH2672代表着一个新的根瘤菌种。     

新疆地区盐湖的中度嗜盐菌16S rDNA全序列及DNA同源性分析

通过数值分类和16S rDNA PCR-RFLP分析,对分离自新疆地区的中度嗜盐革兰氏阴性菌进行研究,发现了一个新类群。在此基础上,进行了中心株AI－3的16S rDNA全序列分析,并与中度嗜盐菌已知种和相关种进行比较,得到系统发育树状图。在此树状图中,大多数参比菌株聚在一起,其16S rDNA全序列的同源性在96％以上,而AI－3与参比菌株的16S rDNA全序列相比,其相似性低于75％。但是,AI－3与Alcanivorax borkumensis^[1]的16S rDNA全序列的相似性为96％,与Halobacillus litoralis的16S rDNA全序列的相似性为99％,三者构成一个独立的发育分支。这说明在系统发育上,AI－3与参比菌株属于不同的分支,是一个新的类群。在新类群内,菌株之间的DNA同源性大于70％,而中心株AI－3与标准菌株伸长盐单胞菌（Halomonas elongata)的DNA同源性为44％,表明新分离的菌株可能构成一个新种群。     

木蓝根瘤菌的16S rDNA全序列分析及DNA-DNA杂交

通过数值分类、ＳＤＳ－全细胞蛋白电泳分析,对分离自西北黄土高原地区的木蓝根瘤菌进行了研究,获得了１个新类群。在此基础上,进行了中心菌株ＳＨＬ０４２的１６Ｓ ｒＤＮＡ全序列分析,得到系统发育树状图。 ＳＨＬ０４２与 Ｒ.ｔｒｏｐｉｃｉ Ａ、 Ｒ.ｔｒｏｐｉｃｉ Ｂ、 Ｒ.ｌｅｇｕｍｉｎｏｓａｒｕｍ、 Ｒ ｅｔｌｉ、 Ｒｈａｎａｎｅｓｉｓ、Ｒ. ｍｏｎｇｏｌｅｎｓｅ和Ｒ.ｇａｌｌｉｃｕｍ构成一个发育分支,其与这些种模式菌株 １６Ｓ　ｒＤＮＡ全序列的相似性分别为９５．４％、９５．５％、９６．３％、９５．８％、９６．３％、９７．９％和９７．７％,均大于９５％,应属于同一个属。新类群群内ＤＮＡ同源性大于８０％,而中心菌株ＳＨＬ０４２与分支内各已知种的ＤＮＡ同源性小于５０％,表明ＳＨＬ０４２代表１个新的根瘤菌菌种。     

甘草根瘤菌的16S rDNA全序列测定及系统进化分析

通过对西北干旱半干旱地区68株甘草根瘤菌的表型多样性和抗逆性分离研究,发现1个新类群和1个具有较高抗逆性的菌株。对其中心菌株CCNWGX022和高抗性菌株CCNWGX035进行16S rDNA全序列测定及系统进化研究。结果表明,CCNWGX022和CCNWGX035与中慢生根瘤菌属内参比菌株的16S rDNA相似性分别大于96．8％和98．3％,因此它们均属于中慢生根瘤菌属。     

木蓝根瘤菌的16S rDNA全序列分析及DNA朌NA杂交

通过数值分类、SDS-全细胞蛋白电泳分析,对分离自西北黄土高原地区的木蓝根瘤菌进行了研究,获得了1个新类群。在此基础上,进行了中心菌株SHL042的16S rDNA全序列分析,得到系统发育树状图。SHL042与R.tropici A、R.tropici B、R. leguminosarum、R. etli、R. hananesis、R. mongolense和R. gallicum构成一个发育分支,其与这些种模式菌株16S rDNA全序列的相似性分别为95.4%、95.5%、96.3%、95.8%、96.3%、97.9%和97.7%,均大于95%,应属于同一个属。新类群群内DNA同源性大于80%,而中心菌株SHL042与分支内各已知种的DNA同源性小于50%,表明SHL042代表1个新的根瘤菌菌种。     

木蓝根瘤菌的16S rDNA全序列分析及DNA—DNA杂交

通过数值分类,ＳＤＳ－全细胞蛋白电泳分析,对分离自西北黄土高原地区的木蓝根瘤菌进行了研究,获得了１个新类群。在此基础上,进行了中心菌株ＳＨＬ０４２的１６Ｓ ｒＤＮＡ全序列分析,得到系统发育树状图。ＳＨＬ０４２与Ｒ．ｔｒｏｐｉｃｉ Ａ、Ｒ．ｔｒｏｐｉｃｉ Ｂ、Ｒ．ｌｅｇｕｍｉｎｏｓａｒｕｍ、Ｒ．ｅｔｌｉ、Ｒ．ｈａｎａｎｅｓｉｓ、Ｒ．ｍｏｎｇｏｌｅｎｓｅ和Ｒ．ｇａｌｌｉｃｕｍ构成一个发育分支,其与这些     

一株[艹屈]高效降解菌的分离鉴定及其降解特性

以多环芳烃[艹屈] (Chrysene)为选择培养基的碳源, 从焦化污泥中筛选出一株[艹屈]的高效降解菌SQ-1, SQ-1可在以[艹屈]为唯一碳源的无机盐培养基中生长, 经过电镜形态学观察、生理生化和16S rDNA序列分析, 并基于16S rDNA序列结果, 构建了该菌株的系统发育树。最终确定菌株SQ-1为木糖氧化无色杆菌(Achromobacter xylosoxidans)。又考察了[艹屈]的初始浓度、投菌量、pH值对SQ-1菌株降解[艹屈]效果的影响, 确定了最佳降解条件。结果表明, 该菌对水中[艹屈]具有良好的降解特性, 在[艹屈]浓度为40 mg/L、接种量10% (V/V)、pH 7.0~7.5、温度30°C条件下, 接种5 d后对[艹屈]的降解效率达到80%以上。     

可降解TCE的甲烷氧化菌16S rDNA与pmoCAB基因簇序列分析

甲烷氧化菌可高效催化甲烷和多种氯代烃降解,开展甲烷单加氧酶的基因簇序列分析研究有助于深入了解催化机理,并提升其在污染物生物降解领域中的应用价值。以甲烷为唯一碳源富集分离甲烷氧化菌,取5种氯代烃作为共代谢基质考察其降解情况,利用MEGE5.05软件构建基于16S r DNA的系统发育树对所选菌株进行初步鉴定,用半巢式PCR法分段扩增菌株的颗粒性甲烷单加氧酶(p MMO)基因簇并进行T-A克隆测序,通过Ex PASy计算p MMO三个亚基的理论分子量。筛选到了一株甲基孢囊菌Methylocystis sp.JTC3,在三氯乙烯(TCE)初始浓度为15.64μmol/L条件下,反应5 d后降解率可达93.79%。经扩增、测序、拼接得到了3 227 bp的pmo CAB基因簇序列,包括771 bp的pmo C基因、759 bp的pmo A基因、1 260 bp的pmo B基因和2个非编码中间序列,所对应γ、β、α亚基理论分子量分别为29.1 k Da、28.6 k Da和45.6 k Da。通过Blast比对发现Methylocystis sp.JTC3的pmo CAB基因簇序列与Methylocystis sp.strain M的pmo CAB一致性较高,其中pmo A的序列相对保守。JTC3菌株可高效降解TCE,对pmo CAB基因簇序列的详细分析可为p MMO活性中心特征、氯代烃类底物选择性等方面的深入研究提供信息数据基础。     

降解烟碱的YC-68菌株16SrDNA序列分析及鉴定

从烟叶调制过程中温度达68℃阶段的叶片上分离得到一株能降解烟碱的菌株,编号为YC-68,该菌经常规的形态、生理生化分析,确定为芽孢杆菌。根据该菌16 S rDNA恒定区的保守性设计了一对通用引物,扩增其16 S rDNA序列,将扩增的产物进行回收后进行测序,把测序后的结果提交到GenBank利用BLAST进行序列同源性分析。经过分析鉴定YC-68菌株为芽孢杆菌属的蜡状芽孢杆菌。     

苯酚降解菌phen8的分离筛选及其16SrDNA序列分析

为筛选高效苯酚降解菌株 ,从炼油厂排污废水中分离筛选到 1株苯酚降解菌 phen8。利用PCR方法和琼脂糖凝胶电泳技术检测到 phen8菌中苯酚羟化酶基因片段的特异性条带 ,从基因水平上证实了 phen8菌的苯酚降解功能的遗传基础。应用PCR技术克隆到 16SrDNA片段 ,其核苷酸序列分析结果表明 ,该菌株的 16SrDNA全序列与斯氏假单胞菌DSM 5 0 2 2 7和DSM 5 0 2 38的同源性为 98% (在GenBank中的登记号为AF 2 8476 4)。初步确立了该菌在微生物系统发育学上的地位 ,暂定为假单胞菌 (Pseudomonassp .) phen8。     

一株产纤维素酶细菌的筛选、鉴定及产酶条件优化

目的：筛选1株产纤维素酶的细菌。方法：通过对从腐烂朽木及其附近土壤中得到的样品进行富集培养、分离纯化得到16株纤维素分解菌,经刚果红染色鉴定和液体发酵培养后对其进行了菌种初步鉴定及产酶条件的初步优化。结果：获得1株纤维素酶分泌量较高的细菌LT3。结论：LT3为革兰氏阳性菌,菌体成杆状,经发酵优化培养后,较适产酶条件为甘蔗渣20g/L,pH7.0、30℃培养120h,CMC酶活为71.17U/mL,滤纸酶活为33.37U/mL。通过克隆其16S rDNA序列,对其进行系统进化分析,鉴定为蜡状芽孢杆菌。     

菌株F12-11-1-2的16S rDNA序列分析及其生理生化性质研究

菌株F12-11-1-2是一株从中国东海浙江海域200m的海泥中分离得到的,具有抗稻瘟霉(Pyricularia oryzae)活性。通过对菌株的形态、培养特征、生理生化特征的研究以及16S rDNA序列分析,结果表明它是一株适应了海洋环境的芽孢杆菌属(Bacillus)的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。     

甲烷氧化菌Methylomonas sp.GYJ3中甲烷单加氧酶基因与16S rRNA序列分析

甲烷氧化细菌中的关键酶系甲烷单加氧酶是一个含双核铁的多组份氧化酶,常温、常压下能够催化甲烷转化为甲醇。对甲烷氧化细菌Methylomonas sp.GYJ3中溶解性甲烷单加氧酶基因和16SrDNA进行了测序与分析。利用已知相关基因数据库信息,设计了PCR引物和测序引物,获得了满意的测序结果。全长的溶解性甲烷单加氧酶基因为5690bp,部分16S rDNA的序列长度为1280bp。与已发表的甲烷氧化细菌中甲烷单加氧酶进行了比较,结果表明MMOX组份中氨基酸序列的同一性为78%到99%,基因序列的同一性为71%到97%,6个组份中orfY片段的同一性相对较低。MMOX氨基酸序列的多序列联配表明,MMOX序列具有高度保守性,特别是在双核铁中心区域。16S rDNA进化分析显示Methylomonas sp.GYJ3与γ蛋白细菌是相关联的,基于MMOX氨基酸序列的进化分析证明,与Methylomonas sp.GYJ3最近似的菌株是Ⅰ型甲烷氧化细菌Methylomonas sp.KSWⅢ。综合分析表明,菌株GYJ3属于Ⅰ型甲烷氧化细菌Methylomonas sp.属。这个结果为Ⅰ型甲烷氧化细菌也能表达溶解性甲烷单加氧酶提供了新的证据。羟基化酶的理论等电点是6.28,理论分子量为248874.41Da。     

嗜热厌氧纤维素降解细菌的分离、鉴定及其系统发育分析

利用纤维素降解细菌和纤维素粘附的方法分别从新鲜牛粪、高温堆肥和本实验室保存的纤维素降解富集物中分离得到4株嗜热厌氧纤维素降解细菌。分离菌株为革兰氏染色阴性,直的或稍弯曲杆菌,菌体大小为0.4μm～0.6μm×3μm～15μm,严格厌氧,不还原硫酸盐,形成芽孢。多数芽孢着生于菌体顶端。分离菌株能利用纤维素滤纸、纤维素粉Whatman CFII、微晶纤维素、纤维素粉MN300和未经处理的玉米秆芯、甘蔗渣、水稻秸杆。分离菌株在pH6.2～8.9、温度45℃～65℃范围内利用纤维素,最适pH为7.0～7.5,最适温度为55℃～60℃,发酵纤维素产生乙醇、乙酸、H2和CO2。分离菌株还可利用纤维二糖、葡萄糖、果糖、麦芽糖、山梨醇作为碳源。部分长度的16S rDNA序列分析表明,分离菌株EVAI与Clostridium thermocellum具有99.8%相似性。     

蝗总科部分种类16S rDNA的分子系统发育关系

将自测的我国直翅目蝗总科8科8个种和从互联网GenBank中检索到相关物种的线粒体基因组：16S rDNA序列片段进行同源性比较,计算核苷酸使用频率,并构建分子系统树。在获得的480bp的序列中。A T约占70．7％,G C为29．3％,颠换取代(transversion)的速率大于或接近转换取代(transition)的速率,其中188个核苷酸位点存在变异。研究结果表明：在直翅目蝗总科有差异的188bp中,属内种间的碱基序列差异仅为1．5％,科内属间为3．5％～3．6％,科间差异为4．8％～15．8％,亚目间差异达到15．2％～25．6％。分子系统树表明：科内的属和属内的种均优先聚在一起;蝗总科8科的起源关系为：锥头蝗科→瘤锥蝗科→癞蝗科→斑翅蝗科→剑角蝗科→网翅蝗科和槌角蝗科→斑腿蝗科;锥头蝗科与瘤锥蝗科关系较近,是蝗总科内最原始的类群;槌角蝗科和网翅蝗科互为姐妹群,与最进化的斑腿蝗科关系较近;蚤蝼科为独立的一支,最先分出,似为一个亚目,与现用的分类系统有明显差别;哈螽科(螽嘶总科)和蟋蟀科聚在一起为剑瓣亚目(Ensifera),蚱科和蝗总科的8科组成短瓣亚目(Caehfera),同现用的分类系统。     

基于16S rDNA和28S rDNA D2基因序列与形态特征联合分析的中国角顶叶蝉亚科系统发育研究（半翅目： 叶蝉科）

首次在国内利用28S rDNA D2区段和16S rDNA基因序列,结合50个形态特征对角顶叶蝉亚科(Deltocephalinae)［半翅目（Hemiptera）: 叶蝉科（Cicadellidae）］19个属进行系统发育分析研究。从无水乙醇浸泡保存的标本中提取基因组DNA并扩增了19个内群和1种外群Typhlocybinae［半翅目(Hemiptera): 叶蝉科(Cicadellidae)］种类的28S rDNA D2基因片段并测序,同时扩增了16S rDNA基因片段并测序11条,采用了GenBank中1个种类的16S rDNA同源序列。采用PAUP*4.0和MrBayes3.0两个分析软件和3种建树方法,利用同源28S D2 rDNA和16S rDNA两个基因序列与形态特征结合进行系统发育分析研究。分析结果表明,二叉叶蝉族Macrostelini是一个单系,并在角顶叶蝉亚科的系统发育中处于基部的位置,是内群中最原始的族;角顶叶蝉族Deltocephalini中除了纹翅叶蝉属Nakaharanus,其余各属构成单系;殃叶蝉族Euscelini内属的归属比较混乱,可能是一个并系群,属间差异有待进一步研究。隆额叶蝉族Paralimnini与顶带叶蝉族Athysanini是姐妹群。带叶蝉属Scaphoideus与纹翅叶蝉属Nakaharanus是姐妹群,二者与木叶蝉属Phlogotettix的关系最近,三者构成一个单系,建议将三者归为带叶蝉族Scaphoideini。研究结果还表明,小眼叶蝉族Xestocephalini和Balcluthini的系统发育位置不明,有待进一步研究。