生物软件在序列分析过程中的运用

介绍了组合使用BLAST、FASTA/BLASTScan3.2,或用多序列比对软件,从数据库中快速提取大数量目标序列,最后用MEGA4快捷编辑整理大数量序列的方法。还介绍了一种生成核酸序列与其氨基酸序列相似性百分率整合表格的方法。简述了对引物设计的基本认识并介绍了多重引物兼容性筛选软件;对构建系统发育树的认识并引出分子进化树构建软件MEGA4的使用和PAUP 4.0常用建树命令模块。期望这些方法和软件的使用能解决生物序列分析过程的常见问题。     

安捷伦推出汉化版ChemStation分析实验室软件

日前，安捷伦科技公司推出第一个汉化版ChemStation软件，用于分析实验室中进行仪器控制、数据采集和数据分析。中国、香港、台湾和新加坡的客户可以选择购买汉化版或英版ChemStation软件。     

狂犬病疫苗株病毒aG株全基因序列测定及特征分析

对我国狂犬病疫苗生产株aG株进行全基因序列测定分析,为完善aG株毒种的质量控制提供数据支持。将aG株病毒全基因组RNA分成8段进行RT-PCR分段扩增,其中基因组5′末端采取5′RACE方法,将PCR扩增产物分别克隆入pGEM-T载体中,测定序列并拼接获得病毒全基因序列;用DNAStar软件包中的相应软件对基因全序列进行分析,并与国内外主要狂犬病疫苗生产株进行基因同源性分析和主要抗原位点比较。aG株病毒基因组序列全长11 925bp(GenBank登录号为JN234411),属基因Ⅰ型狂犬病病毒;各疫苗株生物信息学分析表明,各株病毒存在同源性差异。本研究获得了aG株病毒全基因组序列,对aG株基因特征进行了分析并将其与国内外疫苗株进行了比较,为完善其质量控制提供了参考和数据支持。     

动脉套管使用的改进方法

动脉套管使用的改进方法用直接法测量动物血压时要用到动脉套管（图１）。传统的方法是：先在该动脉上用剪刀剪一个刚好能使管口插入的小口，然后插入套管。这种方法有不足之处：①剪口大小很难控制，剪口。小套管插不进去，剪口大容易使动脉断裂。②即使剪口大小合适，要...     

谈谈用计算机绘制植物图

长期以来,我们都是手工绘制植物图。而随着计算机技术的深入普及,利用计算机辅助制图已是相当普遍了。通常用计算机绘制植物图也因为不断开发的软件而有了可能,我在手工绘制植物图的同时,也尝试用计算机绘制植物图,取得了较好的效果。目前我选用的软件是Win－dows95。Windows95的彩绘天地是运用鼠标器点选相应的功能键在屏幕上绘制图形的。这种绘图方法,无论是从整体布局、画面层次及结构,以及线条的刻划均有其独到之处。我们用这种方法绘制一些内容较粗护的几何图形或内容较简洁的示意图形,非常简便而且得心应手。但是,要想用它…     

水稻化感材料控制稗草的基因定位研究

利用中156／谷梅2号建立的重组自交系(RILs)所构建的包括168个DNA标记,全长为1447．9cM。基本覆盖水稻基因组12条染色体的连锁图,用差时播种共培法的改进方法对134个该群体的株系及其亲本对无芒稗进行了化感作用评价,用无芒稗的植株干重作为表型定位水稻化感控制稗草的基因,用QTL Mapper 1．01b软件进行区间作图,检测到1个与化感作用有关的主效应QTL。该QTL位于第7条染色体上,解释了32．30％的表型变化;检测到6对上位QTL,解释了47．83％的无芒稗干重抑制的变化,主效应和上位效应QTL共解释了80．13％的表型变化。     

基于USB数据采集器的膜片钳系统软件设计

为了控制新的基于USB总线的数据采集器进行膜片钳实验,设计和实现了能应用于Windows 2000／XP操作系统的膜片钳系统软件。软件运用面向对象程序设计方法和统一建模语言,实现了封接测试．电压门控和配体门控等实验模式。实验结果表明,该系统软件能够精确控制数据采集器进行高速数据采集,满足细胞生理实验的要求。     

灰背栎遗传多样性和遗传结构的AFLP指纹分析

用AFLP方法对灰背栎 (Quercussenescens) 8个居群进行了遗传多样性、居群遗传结构研究。TFPGA软件分析两组引物组合共产生 12 5个位点 ,其中 94个为多态位点 ,多态位点百分率为 75 2 % ,发现灰背栎居群的遗传变异水平有随着海拔升高而遗传多样性下降的趋势。Arliquin 2 0 0 0中的AMOVA分析表明灰背栎居群间分化大 ,分化指数达 φst=0 2 95 6。用PAUP软件对所有个体间的遗传关系进行了聚类分析     

实验用鱼遗传质量控制及标准化

在遗传学及其他生命科学研究领域, 实验用鱼已成为一类应用越来越广的实验动物, 但是尚缺少标准化的质量控制标准和监管。在我国, 实验动物实行严格的许可证制度和质量监督制度。实验用鱼遗传质量控制标准是实验用鱼质量控制的基础。为了规范实验用鱼的遗传质量, 避免实验用鱼种质退化、遗传漂移, 导致实验结果误差, 开展了本标准的研究。依据《实验动物管理条例》, 参考国内外实验用鱼遗传学相关的研究成果, 结合我国实验用鱼生产和使用的实际情况, 在全面收集、分析实验数据和广泛征询专家意见的基础上, 以实验用斑马鱼和剑尾鱼遗传质量控制为规范对象, 研究制定了实验用鱼遗传质量控制标准, 供科研工作者参考、讨论。本标准对实验用斑马鱼和剑尾鱼的遗传分类及命名原则、实验用鱼的繁殖方法、近交系和封闭群的遗传质量监测进行了规范。新标准将为实验用鱼的使用和管理提供理论支撑。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

恢复东湖水生生态系统途径初探

借鉴国内外其他湖泊的治理经验 ,讨论了如何恢复东湖水生生态系统的一些途径 ,其中探讨了①物理方法 :截污 ,清淤与引水冲污 ;②化学方法 :化学除磷与抑藻或杀藻 ;③生物方法 :用生物量输出氮磷与用生物方法对小型浮游藻类进行控制。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

菟丝子指纹图谱研究新进展

本研究旨在建立菟丝子药材的高效液相色谱（HPLC）指纹图谱．为科学评价及有效控制菟丝子药材质量提供可靠方法。采用高效液相色谱法,以乙醇提取加水提取作为提取方法制备样品。分析了10批不同采摘时间的菟丝子药材,建立了菟丝子药材的HPLC指纹图谱,确立了10个共有峰,并且利用“中药色谱指纹图谱相似度评价软件”对不同样品之间的相似度进行计算。结果表明该方法准确可靠．重复性好,可为菟丝子药材的质量控制提供科学准确的依据。     

叶菜类蔬菜害虫生态控制系统组建及其效益评价

运用种群系统控制的原理与方法,组建了叶菜类蔬菜主要害虫生态控制体系,用环境经济学方法评价了系统中生态控制技术应用于生产的实际效果,并与化学防治条件下的效益进行了比较。结果表明,采用生态控制的方法,其经济效益、社会效益和环境效益远远高于化学防治。     

巨龙竹种下不同变异类型的RAPD分析

巨龙竹 (Dendrocalamussinicus)其种下具有 2个明显不同的变异类型 ,即“通直型”和“歪脚型”。本文利用 2 0个随机引物对 5 6份巨龙竹材料进行RAPD标记。首先用RAPDis tance软件计算各个体间的相似性系数 ,再用NTSYS软件对巨龙竹 5 6个样品以UPGMA方法进行聚类 ,聚类图中有 2个明显的分枝 ,一为“通直型” ,一为“歪脚型” ,结果表明巨龙竹表型的差异与遗传因素密切相关。同时用POPGENE软件和AMOVA软件分析表明 :巨龙竹种下不同变异类型的遗传变异较大 ,具有丰富的遗传多样性 ;歪脚类型的遗传多样性高于通直类型 ;巨龙竹变异类型群体之间及群体之内均出现显著的分化。     

可兴奋细胞CHAY模型的混沌控制

对可兴奋细胞的Ｃｈａｙ模型的混沌解进行控制。控制的方法为：（１）参数周期扰动;（２）周期激励;（３）周期脉冲（拍）激励。用这三种方法都实现了把混沌转化为周期运动。     

高亏格膜泡形状

溶液中流体相磷脂膜泡的平衡形状是由其弯曲弹性能决定的。我们用Surface Evolver软件找到了一个具体的模拟稳定膜泡形状的方法,对亏格为2的膜泡进行了研究。我们提供了具体的计算结果。     

卵巢癌相关长链非编码RNA的生物信息学挖掘

探讨卵巢癌中差异表达的长链非编码RNA,从NCBI基因芯片数据库GEO下载卵巢癌基因芯片数据GSE14407,用SAM软件输出差异表达的基因,对其进行重注释并筛选出其中的长链非编码RNA,用Gene Cluster和Tree View软件验证SAM软件分析结果。针对该芯片数据,筛出133个在卵巢癌中表达有差异的长链非编码RNA,其中112个上调,21个下调,且这些长链非编码RNA的表达倍数均2或0.5,差异有统计学意义(q值0.05)。用生物信息学方法挖掘普通基因芯片中卵巢癌相关长链非编码RNA是十分有效的方法,可为卵巢癌相关长链非编码RNA的探索提供新途径。     

微生物检测用培养基、试剂质量控制方法研究

全面分析微生物检测用培养基、试剂质量控制方法,从培养基的购置、验收、储存、使用等方面进行分类研究,明确培养基的质量控制方法途径,对微生物实验室培养基质量控制工作提供系统指导,提高微生物检测结果的准确性.     

创造不依赖抗菌剂的环境——研究用培养装置清扫技术

培养装置是生物技术领域的常用装置，但由于多种原因，培养装置时常发生杂菌污染的问题。虽然可以采取在试验样品中加入抗菌剂的方法控制杂菌繁殖，但并不能从根本上杜绝杂菌的产生。以下将介绍培养细菌与病毒的“研究用培养装置（培养箱）”的清扫技术。