MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用--系统发生分析(五)

MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于系统发生分析的综合环境,它能利用数据库资源,方便获取DNA/蛋白质序列数据,所有操作简单高效,结果可视化程度高。在工具箱提供的开放环境里,用户还可以根据自己的目标来设计和利用分析工具。本文介绍MATLAB7.X生物信息工具箱在构建系统发生树方面的应用,以人科线粒体基因序列作为分子标记构建一株人科系统发生树为例,说明在MATLAB环境下对系统发生树的分析和处理。     

蛋白质组图谱数据库的建立

中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心与蛋白质组研究中心将公布我国第一个蛋白质组图谱数据库。数据库由物理层、链路层、交互层三层构架组成 ,数据库开发全面采用Java技术 ,具有完全的平台无关性。用户可以方便地对数据库中的图谱进行浏览 ,还可以使用数据库提供的多种检索工具获得感兴趣蛋白质的具体信息     

电子通讯与生物大分子序列分析

交互网络(Internet)的发展为联网的计算机用户之间进行信息交流提供了有效途径.就分子生物学家而言,他们不仅可以利用电子邮件系统发送和接收信息,而且更重要的是能够存取大量的分子生物学数据库和软件.利用Internet可以开展多种序列分析作业,包括序列数据库的类似性检索、基因编码区鉴定和蛋白质二级结构分析等.一个数据库,例如GenBank,可以通过多种方式来存取:a.电子邮件文件服务器,b.文件传送协议(FTP),c.Gopher,WAIS或WWW等服务器-客户机(Server-Client)系统.专为分子生物学家设计的BIOSCI电子公告牌为研究人员开展学术讨论、寻求别人帮助和与数据库人员交流提供了极大的方便.     

“农作物害虫数据库”的开发研究

开发研究了把数字技术应用到农业生产以及农业教育中,并结合农业生产实际,建立了“农作物害虫数据库”。该数据库包括鳞翅目、鞘翅目、半翅目、同翅目、双翅目、膜翅目、直翅目、蜱螨目和缨翅目等149种新疆主要农作物害虫,812幅原色图和害虫防治技术信息,用户可通过8种检索途径,采用9种检索方法方便地查询相关信息。     

宁夏野生经济植物信息系统的结构和功能

本文简介了宁夏野生经济植物数据库信息系统的建库目标 ,系统结构和功能。本库对宁夏野生经济植物按基本信息和经济利用信息设计了方便的检索查询和编辑系统 ,并且利用Internet/Intranet技术实现植物信息资源的共享。     

宁夏野生经济植物信息系统的结构和功能

本文简介了宁夏野生经济植物数据库信息系统的建库目标,系统结构和功能。本库对宁夏野生经济植物按基本信息和经济利用信息设计了方便的检索查询和编辑系统,并且利用Internet/Intranet技术实现植物信息资源的共享。     

系统发育信息学及网络资源

系统发育信息学是近年来形成的新的学科方向,是系统学研究领域的一个新兴生长点。系统发育信息学是存贮、管理、注释、开发和加工系统树及其相关生物学信息的交叉学科。它的方法是基于计算机和网络技术,包括大型系统树及其相关生物学数据库的建立,系统树数据库网络的构架,系统树的可视化显示,小系统树的联合与超树的建立、用户查询、搜索和下载等,最终目的是要建立一个囊括地球上所有生物的系统树及其相关信息的数据库,将各种生物在树上精确定位,并进一步通过对系统发育信息的查询、搜索、联合与分析,从中获取生命进化的知识和进行生物学的预测。目前可用的系统发育网络资源主要有CIPRes和系统发育软件(PhylogenyPrograms)网站,已建立的系统发育信息学数据库包括TreeBASE,TreeofLife,Species2000,NCBITaxonomy数据库等。     

为生物技术学家服务的CD-ROM专利数据库

一种新的专门为生物技术学家应用的CD-ROM 数据库已由Micro Patent 创建,该公司是CD-ROM专利信息的主要商业发布机构。Biotech Patent Images 以传真形式定期向用户提供美国生物技术专利文献的最新信息源。因覆盖该领域内所有最新发展结果,所以Biotech Patent Images 的专利内容广泛并易于使用。12     

上海农作物种质资源数据库的设计和构建

随着农作物种质资源数量的不断增加,种质资源交流的日益频繁以及种质资源利用的逐步深入,农作物种质资源数据库的建设对农作物的应用研究和基础性研究至关重要。上海市农业生物基因中心借助于本中心保存的近21万份种质资源的信息,开发了一套上海农作物种质资源数据库,本文主要阐述了该数据库设计和构建的目的、原则和数据库的架构、运行环境以及主要功能模块。上海农作物种质资源数据库采用了B/S结构,平台系统利用多层逻辑架构实现了对农作物种质资源数据信息的收集、存储、查询、统计分析等功能。外部用户通过浏览器即可访问平台系统,浏览查询种质资源信息。内部管理员可使用平台的受限功能,需要认证成功后才可使用后台管理功能,实现对整个平台数据的管理。注册用户还可通过基因资源数据库提交引种申请,管理员结合管理信息系统实现对外供种全流程的网络化,借此可提高工作效率,增加工作流程的透明度。     

中文生物医学文献信息数据库分析

本文从生物医学数据库用户角度,浅析了中文生物医学文献信息服务的特点和数据库建库的一些要求。     

分子生物学数据库及相关软件的开发利用

生物大分子序列和结构测定技术的完善和应用,使核酸及蛋白质序列数据库及蛋白质结构数据库迅速增长。面对不断增长的分子生物信息,很多生物学工作者又在此基础上构建了具有特殊生物学意义和专门用途的二次数据库,使得数据库的内容和种类更加丰富和具体,为生物学各个领域的深入研究提供了坚实的信息基础。由法国生物信息研究中心Ｉｎｆｏｂｉｏｇｅｎ提供的生物数据库目录ｄｂｃａｔ〔１〕可以使用户对目前世界各地提供的分子生物信息数据库有一个详尽的了解。ｄｂｃａｔ本身也是一个具有一定数据格式的数据库,按ＤＮＡ、ＲＮＡ、蛋白质…     

中文生物医学文献信息数据库分析

本文从生物医学数据库用户角度,浅析了中文生物医学文献信息服务的特点和数据库建库的一些要求。     

云南菌种资源信息系统的开发与应用*

应用程序设计语言与数据库引擎,开发了“云南菌种资源信息系统”。信息系统包含了云南大学微生物所菌种资源库保藏的1万余株菌种的信息及相关资料,系统的开发不仅为菌种资源库的管理提供了方便,还能为有关科研工作及应用开发提供科学准确的资料。     

植物DNA条形码与生物多样性数据共享平台构建

DNA条形码基于较短的DNA序列实现物种的快速、准确鉴定, 不仅加快了全球生物物种的鉴定和分类步伐, 也为生物多样性的管理、保护和可持续利用提供了新思路和研究方法。植物DNA条形码标准数据库的不断完善, 将使植物多样性信息的快速获取成为可能; 将不同类型数据资源整合、共享和利用, 构建植物DNA条形码数据共享平台, 是满足公众对物种准确鉴定和快速认知的重要支撑。本文介绍了近年来植物DNA条形码的研究进展; 植物DNA条形码参考数据库的研发现状和存在的问题。结合上述问题, 围绕“大数据”时代背景, 对如何管理和使用好海量的植物信息, 如何构建数据共享平台提出了一些设想: (1)数据共享平台的元数据应尽可能翔实、丰富、准确和多关联; (2)数据标准应统一规范; (3)查询入口方便、迅速、多样, 易于管理, 便于实现更大程度的数据共享和全球化的合作交流。     

微生物基因组注释系统MGAP

利用生物信息学方法和工具开发了微生物基因组注释系统（Microbial genome annotation package, MGAP）,并用于蓝细菌PCC7002的基因组注释。该系统由基因组注释系统和基于Web的用户接口程序两部分组成。基因组注释系统整合多个基因识别、功能预测和序列分析软件;以及蛋白质序列数据库、蛋白质资源信息系统和直系同源蛋白质家族数据库等。用户接口程序包括基因组环状图展示、基因和开放读码框在染色体上的分布图,以及注释信息检索工具。该系统基于PC微机和Linux操作系统,用MySQL作数据库管理系统、用Apache作Web服务器程序,用Perl脚本语言编写应用程序接口,上述软件均可免费获得。     

生物信息处理中心的建立

本文提出了一套生物信息处理中心的建立方案,具有实用、建设成本低廉、构建方便、全面共享和可扩展性强等特点。生物信息处理中心以数据库相似性搜索、数据库资源检索和生物序列分析为主线,建立了软硬件环境和应用程序及数据库,能够满足绝大多数科研人员的生物信息学分析需求。     

IBM PC机上的核酸顺序数据库及其检索方法

我们在微型电脑IBM PC机上开发了一个核酸顺序数据库及其管理和分析系统。该库数据丰富且能更新,管理和分析软件系统功能强,结构设计合理、灵活,检索和管理比较方便。本文介绍了该库的作用及其各种检索方法。分析程序系统NASA(Nucleic Acid Sequence Analysis)将另文发表。     

lBM Pc机上的核酸顺序数据库及其检索方法

我们在微型电脑IBM PC机上开发了一个核酸顺序数据库及其管理和分析系统。该库数据丰富且能更新,管理和分析软件系统功能强,结构设计合理、灵活,检索和管理比较方便。本文介绍了该库的作用及其各种检索方法。分析程序系统NASA(Nucleic Acid Sequence Analysis)将另文发表。     

观察骨髓多染性红细胞微核的简便方法

本文以小鼠骨髓为材料,建立了一种显示骨髓多染性红细胞微核的简便可靠方法。该法具有结果准确,误差小;且条件简单,操作方便,易于掌握等优点。     

植物标本标签设计的原则及R程序包herblabel

植物标本是分类学、生态学和分子生物学最重要的凭证之一。标本的采集和鉴定信息需清晰、准确、美观地展示和保存于标本标签中, 不能有歧义以及拼写错误。在标签的制作过程中, 数据输入的方式要简单、直接, 标签文件生成过程中最好能自动分析错误, 且在打印之前要便于修改和调整。本文探讨了打印植物标本标签的若干原则以及注意事项, 并介绍了用R语言编写的herblabel程序包生成植物标本标签以及鉴定标签的过程。herblabel程序包基于Darwin Core和CVH5.0数据交换标准, 可快速批量生成几种样式的RTF标签, 且标签简洁、美观, 易于编辑。herblabel程序包具有检查地点完整程度, 学名拼写和接受状态, 科、属在APG等新系统下的对应关系等功能, 可有效减少数据录入过程中产生的错误。此外, 本程序包在打印标签时使用的是基于Darwin Core标准保存的标本数据库, 不仅方便统计和管理, 也可以直接用于全球生物多样性信息网络(GBIF)数据共享或者数字植物标本馆的建设。该程序包可显著提高植物标本馆标本制作、管理和信息录入的工作效率, 减轻工作人员的负担, 并在植物生物多样性编目中发挥重要作用。