中国主要鹅品种的线粒体DNA多态性与起源分化研究

运用19种限制性内切酶对中国11个家鹅品种138个样本进行了mtDNA的限制性片段长度多态性（RFLP）分析。在使用的19种内切酶中,有7个酶检测出多态。综合27种限制性态型（restrictionmorph）,可得到6种mtDNA单倍型（hopotype）。伊犁鹅与另外10个鹅品种没有共享的单倍型,遗传距离和UPGMA聚类分析也表明,伊犁鹅与这些品种具有不同的起源。EcoRV、HaeⅡ、HincⅡ和KpnⅠ4种酶的限制性态型可作为鉴别两种起源家鹅的母系遗传标记。起源于鸿雁的10个鹅品种群体内出现一定的遗传差异,其群体多态度（π）、单倍型间平均遗传距离（P）、品种间平均净遗传距离（δnet）分别为0．025％、0．266％和0．029％。白羽鹅品种在形成过程中经历过创立者效应（foUndereffect）。这10个鹅品种可能起源于两个不同地理区的鸿雁类群。     

小熊猫种群遗传结构和地理分化

本文采用分子系统地理学的研究方法 ,对我国小熊猫 (Ailurusfulgens)地理分布格局的形成原因进行了探讨。我们从四个地理单元的 32号样品中成功地扩增出了 371bp的线粒体DNA控制区片段 ,在所有可比较的 35 7bp的序列中 ,发现 2 9个变异位点 ,其中转换和颠换分别为 2 1和 8,没有插入 /缺失。在四个地理单元中 ,共有 16种线粒体DNA单倍型 ,且在各地理单元中都具有较高的单倍型的多态性。进一步分析表明 ,各单倍型之间的遗传距离平均为 1 6 0 % ,76 5 9%的遗传差异发生在地理单元间 ,仅 2 3 4 1%发生在单元内。分子变异分析和系统重建结果也表明 ,各地理单元之间不存在共享的单倍型 ,YN (云南地理单元 )与XL (相岭地理单元 )和QL (邛崃地理单元 )之间存在着显著的遗传分化 ,FST分别为 0 336和 0 35 1(P <0 0 0 1) ,其余地理种群之间分化不明显 (P >0 0 5 ) ,单倍型缺乏比较明显的地理分布格局 ,各地理单元中的单倍型相互散布在不同的分布群中。经Fs检验 (Fs=- 10 12 1) ,并结合化石资料 ,我们认为由于受第四纪气候和环境变化的影响 ,小熊猫种群在进化过程中曾经历种群暴发而不断扩散 ,从而形成今天的分布格局。     

云南4个地区高山姬鼠线粒体控制区种群遗传分化研究

对云南4个种群38个个体的线粒体控制区（D-loop）905 bp的核苷酸序列遗传变异进行分析,探讨了高山姬鼠种群遗传结构和分化。在905 bp D-loop基因的碱基序列中,共发现了57个变异位点（全变异的6.30%）,共定义了23个单倍型,其中有一个单倍型（Hap1）为横断山3个种群（中甸、丽江和剑川）所共享,其余22个单倍型均为各个种群所特有。分子变异分析（AMOVA）表明,种群间的遗传变异占33.7%,种群内的遗传变异占66.3%。FST统计结果表明,除昆明种群和横断山种群之间差异显著（P〈0.05）,其它地理种群间的差异均不显著（P〉0.05）,说明昆明种群与横断山种群之间出现了明显的遗传分化。     

新疆草兔的种群遗传结构和亚种分化

新疆草兔 (Lepus capensis) 的群体遗传结构至今无系统的研究报道,亚种水平的分类也长期存在争议.该文测定了形态分类上的新疆草兔3个亚种共87个个体的线粒体DNA (mtDNA)控制区(control region,D-Loop)592 bp的序列,经分析发现148个多态性位点,共定义了44个单倍型.新疆草兔的单倍型多样度(h,0.977 ± 0.005)和核苷酸多样度(π,0.064 ± 0.031)都较高,显示了较高的遗传多样性.分子变异分析(AMOVA)结果显示,4个地理群体间的显著分化可能是由地理隔离造成的.群体遗传结构分析显示,新疆草兔包含4个进化枝,并且每个进化枝都对应特定的分布区域,显示了明显的系统地理结构.该研究的结果支持形态分类上草兔西域亚种(L.c.lehmanni)的分类地位; 但中亚亚种(L.c.centrasiaticus)被分为两个独立的进化枝,提示可能存在两个亚种; 帕米尔亚种(L.c.pamirensis)与其他亚种间的遗传距离在13%以上,提示其可能已达到种的分化水平.     

银鲴自然群体线粒体DNA的遗传分化

运用２１种限制性内切酶对银鲴自然群体进行了ｍｔＤＮＡ的限制性片断长度多态性（ＲＦＬＰ）分析。发现银鲴自然群体存在丰富的ｍｔＤＮＡ多态性,从４个群体３９个个体中,共检测到１２种单倍型,对这一现象的成成因进行了探讨。依据单倍型和群体的系统发育关系,结合地理分布的资料,对其现今分布区相互间的历史联系及其对银鲴起源和分化的影响进行了分析。     

马鹿阿拉善亚种遗传多样性和群体结构

马鹿阿拉善亚种（Cervus elaphus alashanicus）又称阿拉善马鹿,目前仅分布于贺兰山地区,是我国马鹿亚种分布范围最狭窄的一个隔离种群。为了解阿拉善马鹿的种群遗传多样性及遗传变异情况,以对该种群的保护提供科学参考,对在贺兰山采集的93个野生个体新鲜粪便样本的线粒体控制区部分序列（991 bp）进行扩增和分析,共检测到68个变异位点,定义16种单倍型,平均单倍型多样性为0.405,平均核苷酸多样性为0.00232,说明种群遗传多样性水平较低。中性检验和错配分布分析表明阿拉善马鹿曾出现过种群扩张,贝叶斯天际线分析（BSP）显示扩张时间约在末次冰盛期（0.028—0.010 Ma）。FST检验表明阿拉善马鹿种群内存在显著遗传分化,系统发育树和单倍型网络图分析表明群体间没有明显的系统地理格局。本研究表明阿拉善马鹿目前种群遗传多样性较低,建议加大对该亚种的关注和保护力度。       

中国圈养梅花鹿的遗传多样性和遗传结构

东北梅花鹿(Cervus nippon hortulorum)的野生种群已濒临灭绝,但其圈养种群遍布全国各地,是我国圈养梅花鹿的主要品种(亚种)。为了探讨圈养梅花鹿种群作为东北梅花鹿野外放归项目资源种群的可行性,测定了来自9个圈养种群45只梅花鹿个体的线粒体DNA控制区的部分序列,以此分析我国圈养梅花鹿种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明,我国圈养梅花鹿种群的遗传多样性并不贫乏,种群之间并没有发生显著的遗传分化。因此,东北地区的圈养梅花鹿种群可以作为野外放归项目的资源种群,而野外放归项目的建群者应来源于东北地区的多个圈养种群。     

地中海实蝇地理种群遗传分化研究

以mtDNA的CO Ⅰ基因的部分序列作为分子标记,研究了来自安哥拉、黎巴嫩、刚果共和国、尼日利亚、贝宁、多哥、加纳、科特迪瓦、南非、埃及、法国、约旦、秘鲁、智利、美国佛罗里达和美国夏威夷等16个国家和地区共75个个体的地中海实蝇Ceratitis capitaza地理种群序列特征和单倍型特征,并分析了各种群间的遗传分化水平和进化关系,结果表明,在供试的样品中发现单倍型的数目是29,其中有5种为共享倍型.地中海实蝇各地理种群的遗传多态性水平差异较大,总体遗传距离D等于0.007.非洲南撒哈拉区(安哥拉、刚果、尼日利亚、贝宁、多哥、加纳、科特迪瓦)的种群的单倍型数、单倍型百分比和群内遗传距离等遗传多态性参数值都高于其它供试地区,多样性明显较其他地区丰富.     

中国大陆部分地区Drosophila immigrans果蝇种群中mtDNA的遗传多态？…

选用１４种限制性内切酶分布在中国大陆部分地区的Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｉｍｍｉｇｒａｎｓ果蝇种群的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）进行了分析,在６个地理种群的４６例单雌系中仅检测到１１种限制性类型,表征种群内均一程度的Ｉ值平均为０．８３３,衡量种群间等同程度的Ｊ值平均为０．７９７,在整个种群中只有１６．８％（Ｇｓｔ）的变异是由种群间变异所引起的,说明分布在中国大陆部分地区的Ｄ     

家鹅线粒体DNA tRNApro和tRNAthr基因序列与结构分析

采用PCR和DNA测序技术测定了6个中国家鹅品种和2个欧洲鹅品种25个个体线粒体tRNApro(69 bp)和tRNAthr(68 bp)基因的完整序列,通过对家鹅线粒体基因组的研究,首次报道了家鹅线粒体tRNApro和tRNAthr基因的结构,对鸿雁、灰雁、白额雁(Anser albifrons,序列号为AF363031)雁属种间tRNApro和tRNAthr基因的二级结构及序列的变异特征进行了分析,并通过家鸡(Gallus gallus domesticus,序列号为NC001323)与鸿雁家鹅间tRNApro和tRNAthr基因二级结构的比较,初步进行了鸡形目与雁形目两个目间tRNApro和tRNAthr基因二级结构及序列变异的分析.结果表明:家鹅tRNApro和tRNAthr基因均可折叠成标准的三叶草形二级结构; 2个tRNA基因三叶草结构的氨基酸臂、反密码子环在鸿雁、灰雁和白额雁种间以及鸡形目与雁形目两个目间没有变异,具有高度的保守性.本研究的结果将为进一步探讨家鹅线粒体DNA tRNApro和tRNAthr基因序列与结构、功能的关系奠定基础.所测的序列已登录GenBank数据库,序列号为AY427800～AY427805和AY427812～AY427814.     

家鹅品种细胞色素b基因序列分析及其系统发育关系

测定了15个中国家鹅和2个欧洲家鹅品种44个个体线粒体细胞色素b基因全序列（1143 bp）,并结合GenBank中的野生种白额雁序列比较分析表明,检测到31个可变位点和4种单倍型,没有发现缺失或插入,核苷酸多样度和单倍型多样度分别为0.00648和0.45,密码子第三位点G碱基的含量较低（14.2%）,A、T和C的含量极相似,第一、二位点的偏倚度（0.057和0.223）低于第三位点（0.492）,转换数明显高于颠换数(Ts/Tv＝9.5～19),密码子第三位点的转换数最高。系统发育分析结果支持中国家鹅的两个不同起源学说。     

利用微卫星标记分析不同鹅种的遗传变异

应用微卫星标记技术以6个品种鹅(东北白鹅、籽鹅、皖西白鹅、豁眼鹅、莱茵鹅、朗德鹅)为实验材料分析不同品种鹅的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离D_S, 结果表明: 7个微卫星位在6种鹅群体中均表现为高度多态性, 可作为有效的遗传标记来分析各鹅群体的遗传多样性和系统发生关系。实验各群体的杂合度均较高, 平均杂合度在0.6617(莱茵鹅)~0.8814(籽鹅)之间。各品种的PIC值变动大小在0.6145(莱茵鹅)~0.7846(籽鹅)这与杂合度的高低一致。依据D_S遗传聚类进行UPGMA聚类分析结果6个品种被分为2类: 国内地方品种东北白鹅、籽鹅、豁眼鹅及皖西白鹅为一类; 外来鹅种莱茵鹅与朗德鹅为一类。表明微卫星标记可准确地反映6个品种的亲缘关系及其所在地域分布上的差异, 适宜于群体遗传结构及遗传关系的研究, 是畜禽遗传多样性研究与保护的有效分析手段。     

Phylogenetic lineages of Monopterus albus (Synbranchiformes: Synbranchidae) in China inferred from mitochondrial control region

Phylogenetic inference of mitochondrial control region (501 bp) of 167 individuals from 12 regional populations revealed that Chinese swamp eels fell into five genetic lineages, Lineage A, B, C, D and E. Lineage A was speculated to share the same mitochondrial ancestors with the populations from Taiwan Island. Lineage C harboured most of the haplotypes (39/60) of populations and may have experienced population expansion. The distribution pattern of Lineage C from east to west regions may have resulted from the occurrence of the major glaciation and inter‐regional introduction. Lineage A, B and E inhabiting coastline regions were immune from the expansion of Lineage C due to isolation from inland areas blocking gene flow between inland and coastal populations. On the other hand, Chinese swamp eels were revealed to be maintaining substantially differentiated population structures, while three populations from the Sichuan basin (MY, LC and YA) were genetically closely related. This was attributed to the geographical isolation of Sichuan populations from other populations, facilitating gene flow among the three populations from the Sichuan basin.     

Genetic diversity and population structure of selected lacustrine and riverine populations of African catfish,Clarias gariepinus (Burchell, 1822), in Kenya

Determining the genetic characteristics of natural fish stocks is useful for conservation and aquaculture programs. For African catfish, Clarias gariepinus, genetic characterization could help identify populations suitable as brood stock for culture, and those in need of conservation. This study determined the genetic diversity, population structure, and demographic history of C. gariepinus from Lakes Victoria (LV), Kenyatta (LKE), Kamnarok (LKA), and Rivers Nyando (NR), Tana (TR) and Sosiani (SR) in Kenya. Using 128 DNA sequences of D-loop control region, 34 haplotypes were recovered, of which 79.4% were singletons. Only 7 haplotypes were shared between sites, implying little gene flow between sites. Number of haplotypes was highest in LKE and NR populations and lowest in SR. Haplotype diversity was highest in LV, and lowest in SR, while, nucleotide diversity was highest in LKA and lowest in LV. Phylogenetic analyses revealed five clusters: Lakes Victoria, Kamnarok and Kenyatta, and Rivers Tana and Nyando, from both maximum likelihood tree and minimum spanning network. This, together with significant F _ST values among the sites imply population differentiation. Mismatch distributions were multi-modal in LKA, LKE, NR and TR, signifying demographic equilibria. Neutrality tests Tajima`s D values for the sampled populations were negative and significantly different, suggesting stable populations. These results show the existence of genetically distinct populations of C. gariepinus that require spatially explicit management actions such as reducing fishing pressure, pollution, minimizing habitat destruction and fragmentation for sustainable utilisation of stocks.     

江西井冈山地区灰胸竹鸡的遗传多样性研究

灰胸竹鸡Bambusicola thoracica是我国特有鸟类.本文采用聚合链式反应和直接测序的方法测定井冈山地区灰胸竹鸡3个种群线粒体DNA(mtDNA)控制区1142 bp的序列,分析其序列变异和种群遗传多样性.30个样本共发现16个变异位点和10种单倍型,其中hapl广泛分布,占所分析样本的23.33%,是其祖先单倍型.3个种群的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.815和0.00243.青原区种群与其它两个种群遗传分化显著,基因交流受限制.受隔离影响,青原区种群遗传多样性最低.在系统发生树上,10种单倍型形成两支,井冈山种群和永新县种群聚在一起,与其地理位置相一致.     

21个野生,培育及地方猪种免疫及生化遗传标记基因位点的遗传分化研究

分析了亚,欧,美,非２１个野生,培育及地方猪种４个免疫遗传标记基因位点（Ｅ,Ｆ,Ｇ,Ｌ系统）和３人生化遗传标记基因位点（Ｃｐ,Ａｍ和Ｔｆ）的遗传多态性,认为Ｅ＾ａｅｇ,Ｆ＾ａ,Ｔｆ＾ｃ基因在亚洲猪种与欧美猪种间存在显著差异,是亚洲猪种３个重要的遗传标记基因,根据Ｆ＾ａ基因频率在亚,欧,美,非猪种的变化规律分析了其基因流向特点,证明欧美猪的育种过程中利用了中国地方猪种的血缘,计算了所测猪种间的Ｎｅｉ     

家养双峰驼线粒体DNA遗传多样性的研究

利用Ａｐａｌ、Ａｖａｌ、ＢａｍＨ、Ｂｃｌ１、Ｂｇｌ、、Ｂｇｌ２、Ｄｒａ１、ＷＥｃｏＲ１、ＥｃｏｒＶ、Ｈｉｎｄ３、Ｋｐｎ、、Ｐｕｖ２、Ｓａｅ１、Ｓｅａ１、Ｓｍａｌ、Ｘｂａ１、Ｘｈｏ１１８种限制制性内切酶的ｍｔＤＮＡ限制睛段长度多态（ＲＦＬＰ）分析,对我国双峰驼３个类群的遗传多样性及其亲缘关系进行了研究。结果表明,在双峰驼ｍｔＤＮＡ蝇未发现长度变异和个体内异质现象,从３个类群的８７个个体中,共检出了３     

中国部分黄牛品种mtDNA遗传多态性研究

对我国8个黄牛品种22个个体的mtDNA D-loop区910bp全序列进行了分析。结果表明：8个黄牛品种D-loop区序列中,A T平均含量为61．65％;经比对,共检测到66个核苷酸多态位点,约占核苷酸总数的7．25％;D-loop全序列突变类型有5种,即转换、颠换、插入、缺失及转换与颠换共存,它们分别占核苷酸多态位点的81．82％、6．06％、7．57％、3．03％及1．52％。以欧洲牛mtDNA D-loop全序列为标准,8个黄牛群体D-loop的平均核苷酸变异率分3个层次：西镇牛、蒙古牛、黑白花牛及秦川牛的核苷酸变异率最低,分别为0．37％、0．44％、0．52％和0．66％;南阳牛与郏县红牛的核苷酸变异率居中,分别为1．91％和2．02％;晋南牛与岳阳牛的核苷酸变异率最高,分别为4．47％和4．73％。中国黄牛品种内D-loop区序列歧异度为0．55％～5．39％,品种间序列歧异度为1．21％～6．59％。在所测黄牛个体中,mtDNA D-loop序列由19种单倍型组成,单倍型比例为86．36%,说明中国黄牛mtDNA遗传多态性很丰富。由此构建了中国8个黄牛品种的NJ分子系统树,聚类分析表明：所测黄牛的mtDNA D-loop序列表现为3个单倍型组,从而揭示中国黄牛可能有3个母系起源,以普通牛起源和瘤牛起源为主。