焦磷酸测序测定SNP的常见问题与解决方法

目的:探讨焦磷酸测序技术对单核苷酸多态性分型因测序图谱中存在的一些典型问题而导致分型结果不准确的解决方法。方法:以VKORC1基因1639 GA位点、CYP2C19基因636 GA位点及UGT1A1基因TA重复序列(TA)6(TA)7的多态性检测为例,分别采用优化PCR条件、改变测序时dNTP的加入顺序以及设立外标校正的方法来解决上述问题,从而提高焦测序对SNP分型的准确性。结果:通过升高PCR退火温度,可以显著提高VKORC1基因的扩增特异性,降低了测序图谱中非特异性信号峰强度;通过优化测序时dNTP的加入顺序,CYP2C19基因636 GA位点的准确分型结果可通过观察测序图谱中相关信号峰的有无而简单获得,避免了比较信号峰的相对强度;通过比较待测样本与已知基因型的外标样本的测序图谱来确定待测样本的基因型,提高了对UGT1A1基因TA重复序列(TA)6(TA)7多态性的分型准确性。结论:本文针对焦测序在测定SNP时的常见问题所提出的相应解决方法不仅简单、经济有效,而且在临床应用方面具有可靠性。     

TNFa-308基因启动子多态性与新疆维吾尔族人乙型肝炎易感性的相关性研究

目的：研究TNF-α基因单核苷酸多态性（SNP）308G—A位点与新疆地区维吾尔族人乙型肝炎之间的关系。方法：以聚合酶链式反应－限制性内切酶长度多态性（PCR-RFLP）技术,对120例乙肝患者和120例正常对照者TNF—α基因SNP308多态性位点进行基因分型。结果：SNP308多态性位点G／G基因型和G／A基因型频率在病例组为77％和23％,正常对照组为88％和12％,2组基因型和等位基因频率分布差异有显著性（p〈0．05）。结论：TNF—α基因启动子308多态性位点与新疆维吾尔族人乙肝有明显相关性。     

中国云南汉族群体VKORC1基因多态性研究

目的：探讨云南汉族人群维生素K环氧化物还原酶亚单位1（VKORC1 ）基因多态性,并与国内外群体进行比较。方法：采集280云南汉族心瓣膜置换术病人外周血,获得基因组DNA,用PCR-RFLP 方法分析VKORC1-1639G/A,1173C/T,3730A/G 的基因多态性。结果：对于VKORC1-1639G/A,共检出222 (79.3%)名AA纯合子,8(2.8%)名GG纯合子,50(17.9%)名AG杂合子;对于VKORC1-1173C/T,检出224 (80.0%) 名纯合子TT,56 (20.0%)名杂合子CT,未检出CC 基因型;对于VKORC1 3730 A/G,共检出30(10.7%)名AA 基因型,205 (73.2%)名GG 基因型,45 (16.1%)名AG 基因型。与不同群体相比,各位点差别不一。结论：与其他 群体相比,云南汉族人群VKORC1-1639G/A,1173C/T,3730A/G 基因位点具有自己的遗传多态性,其基因多态性在临床药物应 用（如华法林）治疗中具有非常重要的意义。     

应用SNPstream技术检测MASP2基因的多态性

目的：应用一种高通量单核苷酸多态性（SNP）检测方法——SNPstream技术检测甘露聚糖结合凝集素相关丝氨酸蛋白酶-2（MASP2）基因的多态性。方法：收集北京汉族人群SARS病例96例和正常对照96例,用SNPstream技术检测样本的MASP2基因多态性,并用PCR产物直接测序技术对其中一个位点rs2273346进行分型,以验证SNPstream技术的准确性。结果：192例样本的MASP2基因rs2273346位点SNPstream技术分型结果与测序结果完全相符,2种方法的基因型分型结果具有很好的一致性。结论：SNPstream技术是高通量SNP检测的良好工具,准确性高,所需样本量低,在大规模人群SNP筛检中具有良好的发展前景。     

CYP2C9 1061 A／C与VKORC1—1639 G／A基因多态性对华法林应用剂量的影响

目的探讨维生素K环氧化物还原酶复合物1基因（VKORC1）-1639G／A与细胞色素P450酶2C9基因CYP2C9 1061 A／C多态性对中国汉族人华法林应用剂量的影响。方法应用PCR—RFLP方法检测129例长期口服华法林的患者VKORC1—1639G／A及CYP2C9 1061 A／C多态性,并按基因型分组,分别比较VKORC1和CYP2C9不同基因型间平均华法林剂量。结果病例组检出VKORC1—1639AA、AG、GG型分别有96例（74．4％）、30例（23．3％）、3例（2．3％）,等位基因A和G频率分别为86％、14％,CYP2C91061;AA、AC、CC型分别有117例（90．7％）、11例（8．5％）、1例（0．8％）,等位基因A和c频率jj别为95％、5％;病例组与正常人组VKORC1—1639、CYP2C9 1061各基因型分布差异无统计学意义;VKORC1—1639不同基因型间患者所需华法林平均剂量AA型低于AG型,后者又要低于GG型;携带CYP2C9 1061 C等位基因的患者（AC和CC型）华法林平均剂量要低于AA型。结论华法林应用剂量偏低可能与VKORC1-1639G→A和CYP2C9 1061A→C转变有关,VKORC1-1639AA型占多数可能是中国汉族人群所需华法林剂量普遍较低的重要原因。     

三酶焦测序体系的建立及其在唐氏综合征快速诊断中的应用

为了避免四酶焦测序体系中由于三磷酸腺苷双磷酸酶(apyrase)造成的测序结果偏差, 文章建立了一种定量性能好的无三磷酸腺苷双磷酸酶的三酶焦测序体系。方法是将生物素修饰的DNA模板、荧光素酶和ATP硫酸化酶固定在磁性微球表面进行焦测序反应, 当加入一种dNTP进行焦测序反应完后, 采用磁性分离技术, 除去焦测序反应产生的ATP和剩余的dNTP, 然后加入另一种dNTP进行测序, 按同样的方法去除影响下一轮测序反应的成分, 实现循环测序。此体系能准确判读待测DNA的碱基序列, 且可定量测定单核苷酸序列多态性(SNP)中两种等位基因型的相对比值。文章成功检测了16例正常人和8例唐氏综合征患者样本中21号染色体上两个杂合率较高位点(rs1042917和 rs4818219)的等位基因型比值, 所得结果能够明确说明待测样本中来自于父方和母方的21号染色体数目是否相等。该法具有良好的定量性能, 适合于SNP等位基因型的定量分析, 可以用于唐氏综合征的快速检测。     

BRCA1基因启动子区SNPs与散发性乳腺癌易感性的相关研究（英文）

目的：探讨BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点单核苷酸多态性与散发性乳腺癌易感性的关系。方法：采用ASA-PCR方法对200例乳腺癌患者（均经病理确诊）及200例正常女性BRCA1基因启动子区rs11655505（A/G）、rs73625095（A/G）位点单核苷酸多态性（SNP）进行分析,并将其PCR产物进行测序。结果：乳腺癌患者BRCA1基因启动子区rs11655505位点的A/G基因型频率为75%,显著高于正常人的40%;A/A基因型频率为7%,G/G基因型频率为18%,分别低于正常人的30%、30%。此位点的A或G等位基因在乳腺癌病例组及对照组中均无差别（x2=2.427,P=0.119）;rs73625095位点的A/G基因型频率为68%,显著高于正常人的15%;G/G基因型频率为32%,低于正常人的84%;乳腺癌病例组中BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点的A/G基因型与淋巴结转移与否相比,差别均有统计学意义（x2=7.321,P=0.026、x2=4.782,P=0.029）。结论：BRCA1基因rs11655505位点、rs73625095位点的A/G基因型可能与散发性乳腺癌的发生相关,而且与有无发生淋巴结转移密切相关。rs73625095位点A和G等位基因可能为散发性乳腺癌发生的遗传危险因素。     

新生儿CYP2E1基因5′端RsaⅠ位点多态性和PON2基因148位点多态性与早产的关系

为探讨新生儿细胞色素P450 2E1(CYP2E1)基因多态性和对氧磷酶2(二乙基对硝基苯磷酸酯酶2)基因(PON2)148位点多态性对早产的影响,采用横断面调查方法,使用统一的调查表,由安庆市各县医院对入院分娩孕妇及其单胎、活产、早产和对照新生儿进行调查,共得到有效样本209个母亲-新生儿对。单因素分析结果显示：CYP2E1野生纯合子基因型( ／ )与突变纯合子基因型(-／-)／杂合子基因型( ／-)比较,对早产的影响不具有统计学意义。而PON2 Alal48Ala纯合子基因型与G1y148G1y纯合子基因型／Ala148 Gly杂合子基因型比较,对早产的影响具有显著的统计学意义。进一步分析CYP2E1基因5′端RsaⅠ位点多态性和PON2基因148位点多态性是否存在交互作用,结果显示：CYP2E1野生纯合子基因型和PON2 Ala148Ala纯合子基因型这一组合与参照组比较,对早产的影响有显著的统计学意义。基因CYP2E1 5′端Rsa I位点多态性与新生儿早产不相关,但基因PON2 148位点多态性与新生儿早产相关,且CPY2E1 5′端Rsa I位点多态性和PON2 148位点多态性之间对早产的影响存在交互作用。     

中华鳖GHRL基因SNPs的筛选及生长性状的关联分析

为探究GHRL基因多态性对中华鳖(Pelodiscus sinensis)生长性状的影响, 采用直接测序法在GHRL基因上检测到14个单核苷酸多态性位点C289T、G501T、T738C、G776T、A841G、T885C、T2960C、A2987T、G3390A、A3857C、G4718A、T4820C、A4850C、T4979C。随机选取同批繁殖的120只中华鳖用飞行时间质谱法进行SNPs位点的分型, 并分析与生长性状的相关性。检测结果显示, 所有SNP位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。方差分析结果显示, C289T位点CT、CC基因型的5项生长数据均显著高于TT基因型(P<0.05)。S2位点AB基因型的体重、背甲长、背甲宽和裙边宽4项数据均显著高于AA基因型(P<0.05)。G3390A位点AG基因型的背甲长、背甲宽2项数据显著高于AA基因型(P<0.05)。G4718A位点AG基因型的背甲长、背甲宽、裙边宽3项数据显著高于AA基因型(P<0.05)。在GHRL基因上获得的SNP位点可能影响着中华鳖的生长性状或与之紧密连锁, 可为中华鳖分子辅助育种提供助力与参考。     

应用寡核苷酸芯片并行检测CYP1A1和 GSTM1基因多态性

利用寡核苷酸芯片检测方法分析CYP1A1单核苷酸多态性 (SNP)和GSTM1缺失与否 ,实验结果证明了寡核苷酸芯片技术可并行、准确、高效地检测基因的单核苷酸多态性和其他类型的基因多态型 ,可为疾病遗传易感性及单体型的研究提供强有力的研究工具。采用该寡核苷酸芯片 ,检测了 84份正常人的血液DNA样本 ,其中GSTM1基因缺失率达到 4 7 6 % ,接近报道数值。统计分析发现 ,CYP1A1m1 m2的 3种基因型组合TT AG、TT GG和TC GG的发生频率都为 0 ,而根据实验得到的m1和m2各自基因型数据计算 ,它们的发生频率应是11 4 %、2 6 %和 3 1% ,所以推测在所检测的样本中没有T(m1位点 )和G(m2位点 )的连锁组合 ,即m1和m2位点的组合只有 3种单体型 :T A、C A和C G ,其发生频率分别是 6 9 6 %、7 7%和 2 2 6 %。     

应用基于适配器连接介导的等位基因特异性扩增法检测LRRK2基因的单核苷酸多态性

目的：应用基于适配器连接介导的等位基因特异性扩增法（Adapter Ligation—mediated Allele-specific Amplification,简称ALM-ASA）技术,检测与帕金森病（PD）发病相关的LRRK2基因中的4个SNP位点（6055G〉A,7153G〉A,4321C〉T和2264C〉T）,探讨该法用于筛查帕金森病相关SNP位点的可行性,研究多个SNP住点同时检测的准确性和可靠性。方法：运用ALM—ASA法原理,改进使用多重PCR法代替单一预扩增法,使用4对引物在单管中预扩增含所待测SNP位点的四段片段,通过酶切、酶连和PCR特异性扩增检测判断SNP的类型。经PCR体外定点突变实验制备的相应位点的突变阳性片段,检验方法的准确性和可靠性。结果：采用该法成功测定了20名PD病人和20名健康中国人的LRRK2基因中最受关注的4个SNP位点的多态性。并随机对其中10分样本的检测结果以测序法检测进行验证,结果完全一致。结论：ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性,是一种准确、可靠,且费用低廉的SNP筛查方法,可推广应用于临床和实验室进行与PD有关的单核苷酸多态性的筛查检测。     

PIK3CA基因突变的MassARRAY分子量阵列分析

目的：利用MassARRAY分子量阵列分析系统检测胃癌组织PIK3CA基因突变。方法：从胃癌石蜡包埋组织中提取基因组,PCR反应扩增目的基因片段,MassARRAY分子量阵列分析系统检测PIK3CA基因突变;焦磷酸测序验证检测结果。结果：中国西部地区144例胃癌组织样本中PIK3CA_E542K（1624G〉A）突变携带率为77．6％,PIK3C_LIE545K（1633G〉A）突变携带率为84％。MassARRAY分子量阵列分析系统检测结果与焦磷酸测序结果达到100％吻合。结论：建立了MassARRAY分子量阵列分析系统检测基因突变的方法,初步建立了中国西北地区汉族人群胃癌组织PIK3CA基因PIK3CA_E542K（1624G〉A）PIK3CA_E545K（1633G〉A）位点突变频数。     

β-LG基因外显子2多态性对荷斯坦牛乳成分的影响

目的：为了研究中国荷斯坦奶牛的β乳球蛋白（β-lactoglobulin,β-LG）基因外显子2多态现象对乳产量及成分影响。方法：本实验采用单链构象多态（PCR-SSCP）技术对中国荷斯坦奶牛β-LG基因（NCBI登录号：DQ489319）外显子2进行克隆及多态性研究。结果：8种SSCP带型：ab,abc,abed,abd,abe,abcde,abce和abde型,带型频率分别为：0．14,0．10,0．27,0．23,0．05,0．04,0．11和0．06（P〈0．05）;6个单核苷酸位点：位点1C〉T,位点2T〉C,位点3C〉T,位点4C〉G,位点5C〉A,位点6A〉T或C,且它们的遗传多态信息含量处于中度或高度多态（PIC〉0．25）。结论：中国荷斯坦奶牛β-LG基因外显子2区具有单核苷酸多态,单个核苷酸的改变影响奶牛的生产性能（牛乳产量、乳蛋白和脂肪含量等）。     

β2-AR基因5’-调控区-654位与-1429位单核苷酸多态性与新疆哈萨克族原发性高血压关系的研究

目的：检测β2-肾上腺素能受体（β2-AR）基因5’-调控区部分序列单核苷酸多态性（SNPs）,并探讨这些SNPs与新疆哈萨克族原发性高血压的关系。方法：应用MALDI-TOFMS方法测定β2-AR基因5’-调控区-654位与-1429位单核苷酸多态性确定SNP类型,并进行基因分型。结果：β2-AR基因5’-调控区-654位与-1429位单核苷酸多态性分别为-654位G→A、-1429位T→A碱基变异。2种SNPs基因型频率在正常人群分布符合Hardy-Weinberg平衡。其中-654位SNPs基因型GG、GA、AA频率在正常血压和高血压人群间的分布没有显著性差异（x2=1.26,df=2,P〉0.05）,位于-1429bp处SNPs基因型在2组人群中分布差异无显著性（x^2=1.85,df=2,P〉0.05）。结论：β2-AR基因-654位与-1429位SNPs可能仅为基因多态性标志。     

脑源性神经营养因子基因多态性与注意缺陷多动障碍的关联性研究

目的：探讨脑源性神经营养因子（Brain-derivedneurotrophicfactor,BDNF）G196A、C270T及Val66Met3个单核苷酸多态性（SNP）位点与注意缺陷多动障碍（ADHD）的关系。方法：选取无亲缘关系的ADHD患者共114例,健康对照共96例。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）技术检测G196A、C270T和Val66Met3个多态性位点的多态性,采用HaploView4.0及SPSS13.0软件进行连锁不平衡分析并比较两组基因型分布和等位基因频率。结果：BDNF三个多态性位点基因型及等位基因频率分布均符合Hardy-Weinberg定律。ADHD组G196A和C270T多态性位点分布与正常对照组比较差异无统计学意义,而BDNF基因Val66Met位点的基因型及等位基因频率分布在ADHD组与对照组存在显著性差异（p〈0.05）,ADHD组Val66Met位点的等位基因G（Val）频率显著高于正常对照组。结论：BDNF基因Val66Met多态性可能与ADHD发病有关,携带有Val66Met多态性位点G等位基因的个体可能更容易产生ADHD。     

Combined test for UGT1A1 -3279T-->G and A(TA)nTAA polymorphisms best predicts Gilbert's syndrome in Italian pediatric patients

Gilbert's syndrome is a common hereditary chronic or recurrent, mild unconjugated hyperbilirubinemia. Polymorphisms in the bilirubin uridine diphosphate glucuronosyl transferase gene (UGT1A1) causing a decreased enzyme activity are associated with susceptibility to the syndrome. Homozygosity for TA(7) allele of the A(TA)(n)TAA promoter polymorphism is found in the majority of Caucasian patients. We sought to investigate the role of three UGT1A1 polymorphisms (A[TA](n)TAA, -3279T-->G, and G71R) in the susceptibility to Gilbert's syndrome in 53 Italian pediatric subjects compared to 83 unaffected controls. Carriage of two TA(n) risk alleles (TA(7) and TA(8)) and -3279G homozygosity were similarly associated with hyperbilirubinemia (odds ratio [OR] = 11.59, 95% confidence interval [CI] = 4.80-27.98; p < 0.001, and OR = 11.51, 95% CI = 5.06-26.19; p < 0.001, respectively). Homozygosity for both TA7 and -3279G was associated with the highest relative risk estimate (OR = 19.23, 95% CI = 7.34-50.4; p < 0.001), but a significant association was found also for TA7 heterozygosity combined with -3279G/G genotype (OR = 7.98, 95% CI = 2.54-25.06; p < 0.001). The G71R variant was found only in two controls. Our results demonstrate that genotyping of both UGT1A1 A(TA)(n)TAA and -3279T-->G polymorphisms best defines genetic susceptibility to Gilbert's syndrome in Caucasian pediatric patients, and the TA7 heterozygous genotype combined with homozygosity for the -3279G allele can also be associated with pediatric mild hyperbilirubinemia.     

UDP-glucuronosyltransferase 1A1 (UGT1A1) gene haplotypes and their effect on serum bilirubin concentration in healthy Indian adults

The aim of the present study was to investigate the allele and genotype frequencies and haplotype structures of the variants in the UGT1A1 gene and their association with serum bilirubin levels in healthy adults. Total serum bilirubin levels were measured in 300 healthy adults (normal hematology and liver function test) and genotyping of seven SNPs was performed by PCR-RFLP, Gene Scan analysis and direct sequencing on the ABI Prism 310 Genetic Analyzer. Of the seven SNPs, four were found to be polymorphic and the frequencies of minor alleles were 0.336, 0.431, 0.353 and 0.066 for − 53(TA)7, − 3279G, − 3156A and 211A respectively. Individuals who carried the − 53(TA)7, − 3279G and − 3156A mutant alleles in homozygous or heterozygous states had significantly higher mean serum bilirubin levels. Five major promoter haplotypes were observed: − 53(TA)6/− 3279T/− 3156G was the most common haplotype, followed by − 53(TA)7/− 3279G/− 3156A, − 53(TA)6/− 3279G/− 3156G, − 53(TA)6/− 3279G/− 3156A and − 53(TA)7/− 3279T/− 3156G with an estimated frequency of 0.445, 0.230, 0.083, 0.065 and 0.050 respectively. Furthermore, the mutant haplotype (− 53(TA)7/− 3279G/− 3156A) was found to have a significant effect on bilirubin concentrations. Promoter polymorphisms and a common haplotype of the UGT1A1 gene are associated with serum bilirubin concentrations and could be a genetic risk factor for hyperbilirubinemia in Indians.     

新疆维吾尔族人2型糖尿病患者AMPKα2基因多态性的分析研究

目的：研究腺苷酸活化蛋白激酶（AMP-activated protein kinase,AMPK）单核苷酸多态性（SNPs）rs2143754位点与新疆地区维吾尔族人2型糖尿病之间的关系。方法：以聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性（polymerase chain reaction-restriction flagmerit length polymorphism,PCR-RFLP）技术,对150例2型糖尿病和150例正常对照者AMPK-rs2143754位点进行基因分型。结果：AMPKet2位点T／T、G／T和G／G基因型频率在病例组为（40％,51％和9％）,正常对照组为（28％,49％和29％）,两组基因型和等位基因频率分布差异有显著性（P〈0．05）。结论：AMPKα2多态性与新疆维吾尔族人2型糖尿病有明显相关性。