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代谢途径和调控网络的重建和比较研究是基因组功能预测的高级内容。运用多种生物信息学工具在基因组水平上重构了古核生物深海热球菌(Pyrcoccus abyssi)的ABC(ATP-binding cassette)转运体系,预测了它们的功能特性;并与另一古核生物詹氏甲烷球菌(M.jannaschii)的对应体系作了进化比较,发现M.jannaschii缺少负责短肽摄入的ABC转运体系,推测与二者分属不 相似文献
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基因组序列的长程关联 总被引:2,自引:2,他引:0
用快速付立叶变换的谱分析方法研究了多种类型的基因组序列的长程关联性质。结果表明,含有内含子的序列有明显的长程关联,cDNA和编码区则没有此种表现;人的20余种基因组序列的长程关联随着内含子含量的增长呈正关联,而内含子含量超过80%后呈负关联。内含子的序列位置对长程关联亦有效应。 相似文献
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生命的第三界——三界学说的新发展 总被引:3,自引:0,他引:3
1977年,Woese提出生命体系应划分为三界。第一界是真核生物,第二界是原核生物,第三界是Archaea(古核生物)。产甲烷球菌的全基因组序列测定为三界学说提供了可信的证据。 相似文献
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对几种百合科植物基因组大小的评价 总被引:5,自引:0,他引:5
利用孚尔根显微分光光度法测定了洋葱(AlliumcepaL.)、头(A.chineseG.Don,)、分葱(A.ascaloniumL.)和黄花(HemerocalliscitrinaBaroni)4种百合科植物根尖的细胞核DNA含量,并根据各自的核型得出了每个物种的基因组大小。它们分别为:洋葱18.16×109bp、头12.84×109bp、分葱10.44×l09bp和黄花7.48×109bp。由此认为,基因组是生物体维持其生存所需的全套基因。它反映了生物物种全部的、特定的遗传信息。与胞核DNA含量相比较,基因组大小更适合作为生物研究的特征参数。这不仅对细胞学、分类学和遗传学,而且对分子生物学亦有一定的意义。 相似文献
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苎麻疫霉激发蛋白基因断裂现象初探 总被引:4,自引:0,他引:4
苎麻疫霉可分泌具有诱抗作用的激发蛋白(α-elicitin),根据α-clicitin第24 ̄30和56 ̄63位保守区氨基酸推导的寡核苷酸引物序列,对苎麻疫霉基因组DNA进行特异PCR扩增反应,发现其扩增的DNA片段大于预计的片段。回收纯化的特异扩增DNA,并进行克隆和测序分析,结果表明特异扩增的clicitin基因亚克隆DNA为570bp,大于预计的117bp。在特异片段中,存在3个内含子将基因 相似文献
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以7种古菌、46种细菌和10种真核生物的基因组为样本,考虑碱基间的短程关联和长程关联作用,得到编码序列的密码对和基因间序列的三联体对中不同位点的二核苷酸频率,据此构建了基于编码序列和基因间序列的系统发生关系。无论是基于编码序列还是基因间序列对信息进行聚类,古菌或真核均被聚在一支上,表明聚类参数的选择是合适的;与基于氨基酸序列构建的系统发生关系进行两两比较,发现大部分硬壁菌的编码序列与基因间序列之间,以及编码序列与氨基酸序列之间的进化都存在较大差异。通过分析认为,只有综合考虑这三类序列的进化信息,才可能得到更自然的系统发生关系。 相似文献
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斜纹夜蛾核多角体病毒基因组的hr序列分析 总被引:2,自引:1,他引:1
对斜纹夜蛾核多角体病毒 (Spodopteralituramulticapsidnucleopolyhedrovirus,SpltMN PV)基因组进行全序列分析 ,发现共存在 1 6个非编码的同源性 (homologousregions,简称hr) ,长度介于 1 5 6~ 1 347bp之间 ,G C含量平均为 33.0 %。在这 1 6个hr中 ,存在两类的不完全回文重复 (imperfectpalindromicrepeat) ,即P I和P II。P I是一个 41bp的回文序列 ,无明显的保守侧翼区 (flankingregion)。除hr3… 相似文献
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斜纹夜蛾核多角体病毒基因组全序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
已完成斜纹夜蛾核多角体病毒 (Spodopteralituramulticapsidnucleopolyhedrovirus,SpltMNPV)基因组全序列测定。SpltMNPV基因组全长 1 39341bp ,碱基组成中G C含量为 42 .7% ,与已发表的Spodopteraexiguamulticapsidnucleopolyhedrovirus (SeMNPV) (44 % )和Bombyxmorinucleopolyhedrovirus (BmNPV) (40 % )相似 ,而与Lymantriadisparmulti capsi… 相似文献
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斜纹夜蛾核多角本病毒(SpltNPV)基因组4.73Kb片段的?… 总被引:2,自引:0,他引:2
报道了斜纹夜蛾核多角体病毒(Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus,SpltNPV)基因组EcoRI-E片段中长4730bp的序列分析结果。该序列上含有完整的SpltNPV odv-e66基因,一个开入读码框ORF 1086(AcMNPVORF109的同源区)和一类似亮氨酸拉链蛋白的基因(命名为p34基因)。序列比较分析表明,SpltNPV odv-e66基因 相似文献
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携带p53基因的重组腺病毒的构建及对肿瘤细胞抑制的研究 总被引:4,自引:0,他引:4
1 材料与方法11 质粒pCMVp53BAM由美国约翰·霍普金斯肿瘤中心BertVogelstein教授赠送[5];pRSetA购于Invitrogen公司;pCA13和pBHG11为MicrobixBiosystemInc.产品。pBHG11包含腺病毒Ad5基因组36kb中的约34kb序列,但Ad5E1区188bp至1339bp缺失,代之以氨苄青霉素抗性基因和复制起始位点。pBHG11缺少包装信号φ(22bp至342bp)和Ad5E3区(27865bp至30995bp序列)。pCA13… 相似文献
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大蒜花叶病毒外壳蛋白基因cDNA的克隆和序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
我们从自然发病的大蒜中分离得到了大蒜花叶病毒。以其基因组RNA为模板合成了3'末端部分cDNA。从中选出一批插入片段在2.0kb以上的重组克隆,经Northern点杂交分析证实了所选克隆与基因组RNA同源。通过对若干个克隆的插入片段两端部分序列的测定,选出一个克隆pGM495,其插入片段的长度约为2.4kb,3′末端存有一个Poly(A)结构,它应包含了编码该病毒外壳蛋白全部序列。序列测定的结果表明,这个cDNA片段全长为2379bp,其中含有与酶切图谱分析结果相符的EeoRI、PstI及BamHI酶切位点。第一个终止密码子TAA与3′g末端相距264bp,我们根据碱基序列推定的氨基酸序列与其它已发表的Potyvirus的外壳蛋白氨基酸序列以及外壳蛋白翻译后加工的蛋白酶专一切点相比较后推测,编码该病毒外壳蛋白序列可能起始于3′末端上游的1170bp处,共编码302个氨基酸,其分子量为36kD,略大于SDS-PAGE所测定的33kD,非编码区域长264bp,富含AT,并有多个终止密码子的存在。趾3′末端32~27bp处有一个AATAA序列。 相似文献
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根据拟南芥(arabidopsisthahliana)GPA1的保守区段A设计一对特异引物(5′ctggggaatctggaaaatc3′,5′cacagctgtacacctcaaac3′)通过PCR从丝瓜核基因组中扩增植物的三聚体G蛋白α亚基编码基因,获得了2个片段(LFG1,LFG2),并已克隆和测序(已在EMBL数据库中登记,登记号为:y15270,y15271).序列分析表明LFG1和LFG2分别由1515bp和732bp构成,都含有三聚体G蛋白α亚基编码基因的保守区段A,但也都含有内含子.根据片段的大小及PCR的特性,LFG1可能是丝瓜三聚体G蛋白α亚基编码基因上的片段. 相似文献
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几种生物的基因组分析 总被引:1,自引:0,他引:1
几种生物的基因组分析赵文会洪国藩(中国科学院国家基因研究中心,上海200233)关键词基因组分析E.coliM.jannaschi酵母基因组研究是当今世界生物学中投资最大的两大热点领域之一(另一个是艾滋病研究)。迄今已完成多种生物的基因组测序(表1)... 相似文献
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水稻矮缩病毒基因组第八号片段的cDNA克隆序列分析及在大肠杆菌中的表达 总被引:6,自引:0,他引:6
从水稻矮缩病毒(RDV)中国福建分离物中分离出基因组第八号片段dsRNA,经逆转录合成cDNA,应用聚合酶链式反应技术扩增了编码区cDNA,并克隆在pGEM3Zf(一)载体上。该片段编码病毒外层外壳蛋白。对重组子进行限制性内切酶分析,亚克隆及全序列测定,结果表明,克隆片段全长1356bp,含有一个1266bp的阅读框架,编码一个含421个氨基酸的多肽。与日本流行株相应片段比较,有核苷酸和氨基酸水平 相似文献
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以来自哈尔滨传染性法氏囊病病毒(IBDV)强素株(Harbin 毒株,H)的基因组RNA为模板,用反转录聚合酶链反应(RP-PCR)的方法得到了其A节段的全长cDNA片段,分5端(1659bp)和3端(1444bp)上下两段分别克隆到pGEMB-T载体上,测定了其核苷酸顺序,在长为3101bp中含有两个阅读枢ORF A1和ORF A2,分别编码1012个氨酸酸的前体蛋白(VP2-4-3)和145个 相似文献
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美国能源部资助的微生物基因组研究概况 总被引:2,自引:0,他引:2
自 1 995年 1 2月完成第一个微生物 (流感嗜血杆菌 )全基因组测序以来[1] ,微生物基因组学策略和技术提高很快 ,促进了其他生命形式 (包括人类 )的基因组学发展 ,开创了生物基因组计划新时代[2 ] 。短短几年内 ,互联网数据库中各种生物基因组数据迅速增长。 1 998年 2月 2 0日美国Science杂志评选的当年世界十大科技进展 ,将微生物基因组图谱的构建列为其中第六项 ,同年 3月 2 7日Science杂志编者指出 :生物基因组革命可以同工业革命和计算机革命所带来的变化相比 ,是“第三次技术革命”[3 ] 。微生物全基因组测序 ,不仅是人… 相似文献
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植物甜蛋白mabinlinⅡcDNA的克隆与序列分析 总被引:2,自引:0,他引:2
根据已由作者克隆的mabinlinⅡB亚基185bp的cDNA片段,设计合成系列引物.从马槟榔(CapparismasaikaiLévl.)种子提取总RNA并纯化mRNA,经反转录合成cDNA第一链.采用RACE方法,快捷克隆mabinlinⅡ全长cDNA.经序列测定与分析,该cDNA为583bp,其中编码序列长465bp,共编码155个氨基酸. 相似文献
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番茄抗病基因Cf9的3′UTR区含有内含子序列 总被引:2,自引:0,他引:2
从番茄(LycopersiconesculentumMil.)抗病品种“中杂9号”基因组DNA中扩增并克隆了番茄抗叶霉病基因Cf9。序列分析结果表明,该基因全长2751bp,含有一个编码863个氨基酸的开放阅读框架。在该基因的3′UTR区发现了一段未曾报道的内含子序列,长115bp,它所处的位置与番茄另一个抗叶霉病基因Cf2内含子的位置相似,其5′和3′边界序列为一重复序列,TCCAGG(T)ATTC,并与Cf2基因内含子边界序列高度同源。与已报道的Cf9的cDNA序列相比,它的第371位的核苷酸T突变成了C,从而使其编码蛋白的LRR区第121位的亮氨酸突变为脯氨酸。 相似文献
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以AcNPV凋亡抑制基因p35为探针,与LsNPVDNA的限制性片段和LsNPVDNAEcoRV片段杂交,发现EcoRV5.5kb片段有强烈的杂交信号。将此片段亚克隆后,测定了1244bp序列,发现一个完整的ORF,推导的302个氨基酸与AcNPVp35蛋白有70.4%的氨基酸同源性,证明所测ORF为LsNPV的p35基因。结构分析发现其5′端有早期基因启动子元件GC、ACGT和TATAbox。有22bp的顺向重复序列,包括由两个重叠的TATAbox和上下游两个ACGTmotif组成的两套启动子元件,这些结构特征与AcNPV的凋亡抑制基因十分相似。 相似文献