古核生物ABC转运体系的重构及其基因组比较

代谢途径和调控网络的重建和比较研究是基因组功能预测的高级内容。运用多种生物信息学工具在基因组水平上重构了古核生物深海热球菌（Ｐｙｒｃｏｃｃｕｓ ａｂｙｓｓｉ）的ＡＢＣ（ＡＴＰ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｃａｓｓｅｔｔｅ）转运体系,预测了它们的功能特性;并与另一古核生物詹氏甲烷球菌（Ｍ．ｊａｎｎａｓｃｈｉｉ）的对应体系作了进化比较,发现Ｍ．ｊａｎｎａｓｃｈｉｉ缺少负责短肽摄入的ＡＢＣ转运体系,推测与二者分属不     

基因组序列的长程关联

用快速付立叶变换的谱分析方法研究了多种类型的基因组序列的长程关联性质。结果表明,含有内含子的序列有明显的长程关联,ｃＤＮＡ和编码区则没有此种表现;人的２０余种基因组序列的长程关联随着内含子含量的增长呈正关联,而内含子含量超过８０％后呈负关联。内含子的序列位置对长程关联亦有效应。     

生命的第三界——三界学说的新发展

１９７７年，Ｗｏｅｓｅ提出生命体系应划分为三界。第一界是真核生物，第二界是原核生物，第三界是Ａｒｃｈａｅａ（古核生物）。产甲烷球菌的全基因组序列测定为三界学说提供了可信的证据。     

对几种百合科植物基因组大小的评价

利用孚尔根显微分光光度法测定了洋葱（ＡｌｌｉｕｍｃｅｐａＬ．）、头（Ａ．ｃｈｉｎｅｓｅＧ．Ｄｏｎ,）、分葱（Ａ．ａｓｃａｌｏｎｉｕｍＬ．）和黄花（ＨｅｍｅｒｏｃａｌｌｉｓｃｉｔｒｉｎａＢａｒｏｎｉ）４种百合科植物根尖的细胞核ＤＮＡ含量,并根据各自的核型得出了每个物种的基因组大小。它们分别为：洋葱１８．１６×１０９ｂｐ、头１２．８４×１０９ｂｐ、分葱１０．４４×ｌ０９ｂｐ和黄花７．４８×１０９ｂｐ。由此认为,基因组是生物体维持其生存所需的全套基因。它反映了生物物种全部的、特定的遗传信息。与胞核ＤＮＡ含量相比较,基因组大小更适合作为生物研究的特征参数。这不仅对细胞学、分类学和遗传学,而且对分子生物学亦有一定的意义。     

苎麻疫霉激发蛋白基因断裂现象初探

苎麻疫霉可分泌具有诱抗作用的激发蛋白（α－ｅｌｉｃｉｔｉｎ）,根据α－ｃｌｉｃｉｔｉｎ第２４￣３０和５６￣６３位保守区氨基酸推导的寡核苷酸引物序列,对苎麻疫霉基因组ＤＮＡ进行特异ＰＣＲ扩增反应,发现其扩增的ＤＮＡ片段大于预计的片段。回收纯化的特异扩增ＤＮＡ,并进行克隆和测序分析,结果表明特异扩增的ｃｌｉｃｉｔｉｎ基因亚克隆ＤＮＡ为５７０ｂｐ,大于预计的１１７ｂｐ。在特异片段中,存在３个内含子将基因     

基于编码序列、基因间序列和氨基酸序列构建的系统发生关系比较

以7种古菌、46种细菌和10种真核生物的基因组为样本,考虑碱基间的短程关联和长程关联作用,得到编码序列的密码对和基因间序列的三联体对中不同位点的二核苷酸频率,据此构建了基于编码序列和基因间序列的系统发生关系。无论是基于编码序列还是基因间序列对信息进行聚类,古菌或真核均被聚在一支上,表明聚类参数的选择是合适的;与基于氨基酸序列构建的系统发生关系进行两两比较,发现大部分硬壁菌的编码序列与基因间序列之间,以及编码序列与氨基酸序列之间的进化都存在较大差异。通过分析认为,只有综合考虑这三类序列的进化信息,才可能得到更自然的系统发生关系。     

斜纹夜蛾核多角体病毒基因组的hr序列分析

对斜纹夜蛾核多角体病毒 (Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｌｉｔｕｒａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＭＮ ＰＶ)基因组进行全序列分析 ,发现共存在 1 6个非编码的同源性 (ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｒｅｇｉｏｎｓ,简称ｈｒ) ,长度介于 1 5 6～ 1 347ｂｐ之间 ,Ｇ Ｃ含量平均为 33.0 %。在这 1 6个ｈｒ中 ,存在两类的不完全回文重复 (ｉｍｐｅｒｆｅｃｔｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃｒｅｐｅａｔ) ,即Ｐ Ｉ和Ｐ ＩＩ。Ｐ Ｉ是一个 41ｂｐ的回文序列 ,无明显的保守侧翼区 (ｆｌａｎｋｉｎｇｒｅｇｉｏｎ)。除ｈｒ3…     

斜纹夜蛾核多角体病毒基因组全序列分析

已完成斜纹夜蛾核多角体病毒 (Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｌｉｔｕｒａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＭＮＰＶ)基因组全序列测定。ＳｐｌｔＭＮＰＶ基因组全长 1 39341ｂｐ ,碱基组成中Ｇ Ｃ含量为 42 .7% ,与已发表的Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｅｘｉｇｕａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ (ＳｅＭＮＰＶ) (44 % )和Ｂｏｍｂｙｘｍｏｒｉｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ (ＢｍＮＰＶ) (40 % )相似 ,而与Ｌｙｍａｎｔｒｉａｄｉｓｐａｒｍｕｌｔｉ ｃａｐｓｉ…     

斜纹夜蛾核多角本病毒（SpltNPV）基因组4.73Kb片段的？…

报道了斜纹夜蛾核多角体病毒（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｌｉｔｕｒａ ｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＮＰＶ）基因组ＥｃｏＲＩ－Ｅ片段中长４７３０ｂｐ的序列分析结果。该序列上含有完整的ＳｐｌｔＮＰＶ ｏｄｖ－ｅ６６基因,一个开入读码框ＯＲＦ １０８６（ＡｃＭＮＰＶＯＲＦ１０９的同源区）和一类似亮氨酸拉链蛋白的基因（命名为ｐ３４基因）。序列比较分析表明,ＳｐｌｔＮＰＶ ｏｄｖ－ｅ６６基因     

黄瓜线粒体DNA类质粒pC1的性质和核酸序列研究

津研四号黄瓜线粒体中除主环ＤＮＡ外,还有４种ＤＮＡ类质粒：ｐＣ１、ｐＣ２、ｐＣ３、ｐＣ４。将环形类质粒ｐＣ１ｌｐｋ ｇｃ ｐＵＣ１９的ＥｃｏＲⅠ位点上,克隆至Ｅ．ｃｏｌｉ ＪＭ１０９中。以克隆的ｐＣ１为探针,进行同源性检测,ｐＣ１与津研四号黄瓜的核基因组、叶绿体基因组、线粒体基因组和线粒体中其他类质粒不同源。对ｐＣ１进行序列测定和分析,ｐＣ１长度２ ８８９ｂｐ,含有多个正向和反向重复序列,有３个８     

携带p53基因的重组腺病毒的构建及对肿瘤细胞抑制的研究

１　材料与方法１１　质粒ｐＣＭＶｐ５３ＢＡＭ由美国约翰·霍普金斯肿瘤中心ＢｅｒｔＶｏｇｅｌｓｔｅｉｎ教授赠送［５］;ｐＲＳｅｔＡ购于Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ公司;ｐＣＡ１３和ｐＢＨＧ１１为ＭｉｃｒｏｂｉｘＢｉｏｓｙｓｔｅｍＩｎｃ．产品。ｐＢＨＧ１１包含腺病毒Ａｄ５基因组３６ｋｂ中的约３４ｋｂ序列,但Ａｄ５Ｅ１区１８８ｂｐ至１３３９ｂｐ缺失,代之以氨苄青霉素抗性基因和复制起始位点。ｐＢＨＧ１１缺少包装信号φ（２２ｂｐ至３４２ｂｐ）和Ａｄ５Ｅ３区（２７８６５ｂｐ至３０９９５ｂｐ序列）。ｐＣＡ１３…     

大蒜花叶病毒外壳蛋白基因cDNA的克隆和序列分析

我们从自然发病的大蒜中分离得到了大蒜花叶病毒。以其基因组ＲＮＡ为模板合成了３＇末端部分ｃＤＮＡ。从中选出一批插入片段在２．０ｋｂ以上的重组克隆,经Ｎｏｒｔｈｅｒｎ点杂交分析证实了所选克隆与基因组ＲＮＡ同源。通过对若干个克隆的插入片段两端部分序列的测定,选出一个克隆ｐＧＭ４９５,其插入片段的长度约为２．４ｋｂ,３′末端存有一个Ｐｏｌｙ（Ａ）结构,它应包含了编码该病毒外壳蛋白全部序列。序列测定的结果表明,这个ｃＤＮＡ片段全长为２３７９ｂｐ,其中含有与酶切图谱分析结果相符的ＥｅｏＲＩ、ＰｓｔＩ及ＢａｍＨＩ酶切位点。第一个终止密码子ＴＡＡ与３′ｇ末端相距２６４ｂｐ,我们根据碱基序列推定的氨基酸序列与其它已发表的Ｐｏｔｙｖｉｒｕｓ的外壳蛋白氨基酸序列以及外壳蛋白翻译后加工的蛋白酶专一切点相比较后推测,编码该病毒外壳蛋白序列可能起始于３′末端上游的１１７０ｂｐ处,共编码３０２个氨基酸,其分子量为３６ｋＤ,略大于ＳＤＳ－ＰＡＧＥ所测定的３３ｋＤ,非编码区域长２６４ｂｐ,富含ＡＴ,并有多个终止密码子的存在。趾３′末端３２～２７ｂｐ处有一个ＡＡＴＡＡ序列。     

丝瓜的三聚体G蛋白的初步研究

根据拟南芥（ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｈｌｉａｎａ）ＧＰＡ１的保守区段Ａ设计一对特异引物（５′ｃｔｇｇｇｇａａｔｃｔｇｇａａａａｔｃ３′,５′ｃａｃａｇｃｔｇｔａｃａｃｃｔｃａａａｃ３′）通过ＰＣＲ从丝瓜核基因组中扩增植物的三聚体Ｇ蛋白α亚基编码基因,获得了２个片段（ＬＦＧ１,ＬＦＧ２）,并已克隆和测序（已在ＥＭＢＬ数据库中登记,登记号为：ｙ１５２７０,ｙ１５２７１）．序列分析表明ＬＦＧ１和ＬＦＧ２分别由１５１５ｂｐ和７３２ｂｐ构成,都含有三聚体Ｇ蛋白α亚基编码基因的保守区段Ａ,但也都含有内含子．根据片段的大小及ＰＣＲ的特性,ＬＦＧ１可能是丝瓜三聚体Ｇ蛋白α亚基编码基因上的片段．     

几种生物的基因组分析

几种生物的基因组分析赵文会洪国藩（中国科学院国家基因研究中心,上海２００２３３）关键词基因组分析Ｅ．ｃｏｌｉＭ．ｊａｎｎａｓｃｈｉ酵母基因组研究是当今世界生物学中投资最大的两大热点领域之一（另一个是艾滋病研究）。迄今已完成多种生物的基因组测序（表１）...     

水稻矮缩病毒基因组第八号片段的cDNA克隆序列分析及在大肠杆菌中的表达

从水稻矮缩病毒（ＲＤＶ）中国福建分离物中分离出基因组第八号片段ｄｓＲＮＡ,经逆转录合成ｃＤＮＡ,应用聚合酶链式反应技术扩增了编码区ｃＤＮＡ,并克隆在ｐＧＥＭ３Ｚｆ（一）载体上。该片段编码病毒外层外壳蛋白。对重组子进行限制性内切酶分析,亚克隆及全序列测定,结果表明,克隆片段全长１３５６ｂｐ,含有一个１２６６ｂｐ的阅读框架,编码一个含４２１个氨基酸的多肽。与日本流行株相应片段比较,有核苷酸和氨基酸水平     

传染性法氏囊病病毒中国强毒株节段cDNA基因的克隆和序列分析

以来自哈尔滨传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）强素株（Ｈａｒｂｉｎ 毒株,Ｈ）的基因组ＲＮＡ为模板,用反转录聚合酶链反应（ＲＰ－ＰＣＲ）的方法得到了其Ａ节段的全长ｃＤＮＡ片段,分５端（１６５９ｂｐ）和３端（１４４４ｂｐ）上下两段分别克隆到ｐＧＥＭＢ－Ｔ载体上,测定了其核苷酸顺序,在长为３１０１ｂｐ中含有两个阅读枢ＯＲＦ Ａ１和ＯＲＦ Ａ２,分别编码１０１２个氨酸酸的前体蛋白（ＶＰ２－４－３）和１４５个     

美国能源部资助的微生物基因组研究概况

自 1 995年 1 2月完成第一个微生物 (流感嗜血杆菌 )全基因组测序以来[1] ,微生物基因组学策略和技术提高很快 ,促进了其他生命形式 (包括人类 )的基因组学发展 ,开创了生物基因组计划新时代[2 ] 。短短几年内 ,互联网数据库中各种生物基因组数据迅速增长。 1 998年 2月 2 0日美国Ｓｃｉｅｎｃｅ杂志评选的当年世界十大科技进展 ,将微生物基因组图谱的构建列为其中第六项 ,同年 3月 2 7日Ｓｃｉｅｎｃｅ杂志编者指出 :生物基因组革命可以同工业革命和计算机革命所带来的变化相比 ,是“第三次技术革命”[3 ] 。微生物全基因组测序 ,不仅是人…     

植物甜蛋白mabinlinⅡcDNA的克隆与序列分析

根据已由作者克隆的ｍａｂｉｎｌｉｎⅡＢ亚基１８５ｂｐ的ｃＤＮＡ片段,设计合成系列引物．从马槟榔（ＣａｐｐａｒｉｓｍａｓａｉｋａｉＬéｖｌ．）种子提取总ＲＮＡ并纯化ｍＲＮＡ,经反转录合成ｃＤＮＡ第一链．采用ＲＡＣＥ方法,快捷克隆ｍａｂｉｎｌｉｎⅡ全长ｃＤＮＡ．经序列测定与分析,该ｃＤＮＡ为５８３ｂｐ,其中编码序列长４６５ｂｐ,共编码１５５个氨基酸．     

番茄抗病基因Cf9的3′UTR区含有内含子序列

从番茄（ＬｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎｅｓｃｕｌｅｎｔｕｍＭｉｌ．）抗病品种“中杂９号”基因组ＤＮＡ中扩增并克隆了番茄抗叶霉病基因Ｃｆ９。序列分析结果表明,该基因全长２７５１ｂｐ,含有一个编码８６３个氨基酸的开放阅读框架。在该基因的３′ＵＴＲ区发现了一段未曾报道的内含子序列,长１１５ｂｐ,它所处的位置与番茄另一个抗叶霉病基因Ｃｆ２内含子的位置相似,其５′和３′边界序列为一重复序列,ＴＣＣＡＧＧ（Ｔ）ＡＴＴＣ,并与Ｃｆ２基因内含子边界序列高度同源。与已报道的Ｃｆ９的ｃＤＮＡ序列相比,它的第３７１位的核苷酸Ｔ突变成了Ｃ,从而使其编码蛋白的ＬＲＲ区第１２１位的亮氨酸突变为脯氨酸。     

粘虫核型多角体病毒凋亡抑制基因的定位,序列和启动子结构

以ＡｃＮＰＶ凋亡抑制基因ｐ３５为探针,与ＬｓＮＰＶＤＮＡ的限制性片段和ＬｓＮＰＶＤＮＡＥｃｏＲＶ片段杂交,发现ＥｃｏＲＶ５．５ｋｂ片段有强烈的杂交信号。将此片段亚克隆后,测定了１２４４ｂｐ序列,发现一个完整的ＯＲＦ,推导的３０２个氨基酸与ＡｃＮＰＶｐ３５蛋白有７０．４％的氨基酸同源性,证明所测ＯＲＦ为ＬｓＮＰＶ的ｐ３５基因。结构分析发现其５′端有早期基因启动子元件ＧＣ、ＡＣＧＴ和ＴＡＴＡｂｏｘ。有２２ｂｐ的顺向重复序列,包括由两个重叠的ＴＡＴＡｂｏｘ和上下游两个ＡＣＧＴｍｏｔｉｆ组成的两套启动子元件,这些结构特征与ＡｃＮＰＶ的凋亡抑制基因十分相似。