ISAAA信息

<正>古大麦病毒RNA序列揭示了十字军东征路径英国华威大学已成功完成从750年历史大麦颗粒提取的大麦条纹病毒(BSMV)的RNA序列绘制工作。这个大麦颗粒是在现代埃及尼罗河区域附近发现的。这个远古的RNA序列之前从未进行测序,原因是RNA较DNA降解速度更快。然而,在极端干燥环境下,例如Qasr Ibrim或Lower Nubia等大麦发现地,RNA得以完整保存。     

大麦条纹花叶病毒新疆株(BSMV-XJ)RNA2 3′端结构分析

本文利用双脱氧序列分析法对我国大麦条纹花叶病毒新疆株(BSMV-XJ)RNA2 cDNA的3′端进行序列分析,证明XJ株RNA2 3′端239个核苷酸与国外典型株3′端相应部位有高度的序列同源性。通过序列分析及使用寡核苷酸定位裂解法和分子杂交确定,在紧邻239个核苷酸的上游有一个Poly(A)结构,3′终端为一个类tRNA结构,亦与国外典型株相同。经分析认为BSMV-XJ3个基因组RNA具有相同的3′端结构。     

卫星病毒和卫星RNA研究近况

在RNA植物病毒中,有些病毒包含两种相关的,但在抗原上又完全不同的病毒颗粒,一种是它本身的较大的颗粒,另一种是较小的病毒颗粒;有些病毒的病毒粒子中,除包含它的基因组RNA外,还含有一种与病毒基因组一起包壳的小分子RNA。这些小病毒颗粒的RNA或与病毒基因组一起包壳的小分子RNA与各自有关的病毒基因组或寄主基因组核苷酸序列没有同源性,也不能单独侵染和复制,必须依赖它们有关的病毒复     

中国大麦叶绿体DNA和核糖体RNA基因限制性片段长度多型性

本文报道了我们对我国不同大麦区80份大麦品种叶绿体DNA和核糖体RNA基因限制性片段长度多型性的研究。结果表明:rDNA间隔序列长度存在丰富的多样性,80份材料中出现了8种长度变异炎型共组成8种表现型。长度变异类型及其表现型在地理分布上存在着明显的区域性。推测这种分布上的地区性与植物对环境的适应性有关。所用的两个叶绿体DNA克隆片段未检测到限制性片段长度多型性,说明栽培大麦叶绿体DNA变异程度低。     

戊型肝炎病毒亚基因组RNA的研究

本文利用同位素代谢标记在HEV感染85～10.5,6.5～7.5h分别检测到1及2个亚基因组RNA,而感染21h后及在成熟的病毒颗粒内未能检测到亚基因组RNA。通过杂交实验,发现HEV的亚基因组RNA具有典型的共3′端的半套式结构,且基因组RNA与亚基因组RNA的5′端不存在共同的引导序列。通过紫外转录图谱发现HEV的亚基因组RNA是通过独立转录的方式产生的。利用引物延伸反应发现两种亚基因组RNA的转录起始位点分别位于RNA聚合酶区及非结构区、结构区的基因间序列。     

美国成立了一家核酸序列银行

这家银行实际是一种核酸序列的显示系统,该系统备有一台计算机数据库,文献记载的有关DNA和RNA序列,约有20多万个残基,目前都储存在这个数据库内。     

噬菌体phi29 pRNA载体在RNA干扰中的初步应用研究

RNA干扰是在细胞胞质中双链RNA(dsR-NA)介导的序列特异性mRNA的降解[1]。这个过程是由21~25个被称为小干扰RNA(si RNA)形成的dsRNA完成[2]。目前,这一技术已经广泛应用于研究基因的功能,病毒感染治疗等方面。但是,si RNA在体内容易降解,干扰作用持续的时间不长。新的研究表明枯     

RNA结合蛋白与神经退行性疾病

神经退行性疾病是一类导致神经元细胞退化、功能丧失的疾病。随着RNA结合蛋白TDP-43和FUS被发现与神经退行性疾病渐冻人症(amyotrophic lateral sclerosis,ALS)密切相关,人们越来越多地关注RNA结合蛋白与神经退行性疾病的关系。大多数RNA结合蛋白都存在一个类似于prion的结构域,这个结构域使其容易发生积聚,并与神经毒性的产生相关。RNA结合蛋白参与应激颗粒的形成,应激颗粒的形成可能与神经退行性疾病相关,这进一步揭示了RNA结合蛋白在这类疾病中可能发挥作用。     

绒毛烟斑驳病毒卫星RNA的一种突变体的初步研究

用电泳检测VTMoV88感染绒毛烟后病毒特异性核酸组份,发现核酸的小分子RNA(卫星RNA)组成发生变化。提纯的病毒通过电镜观察及血清学鉴定并与VTMoV加以比较,证明两者在颗粒形态、大小及血清学关系上一致。以克隆的VTMoV—RNA3 cDNA片断为探针检测VTMonV与VTMoV88卫星RNA分子之间的核苷酸序列同源性,结果显示出两种毒源的卫星RNA具有高度同源性。据此,推测VTMoV88可能是卫星RNA发生变异的突变体,并对VTMoV 83卫星RNA突变体形成机制进行了初步探讨。     

大麦条纹花叶病毒新疆株血清学及基因同源性检测

在我国新疆从小麦上分离到的大麦条纹花叶病毒(Barley stripe mosaic Virus,BSMV),可以侵染大麦、小麦、玉米等重要粮食作物。主要以带毒种子传播病毒。大麦、小麦种子带毒率达70％以上。BSMV曾一度使世界主要的大麦产区减产25～30％,是影响农业生产的重要病毒。从预防病害流行和探索该种子传RNA病毒作为植物基因工程载体的可     

乙型肝炎核心抗原C端154截短颗粒的三维结构

利用冷冻电子显微镜三维重构技术获得了分辨率为7.8?的乙型肝炎核心抗原于C端154aa处截短颗粒(HBcAg-154)的三维结构.结构显示,该颗粒主要由α螺旋组成,蛋白质折叠与核心抗原C端149截短颗粒(HBcAg-149)极其相似.而且二者内部均很难观察到RNA的电子密度,近乎是空的.导致该结果的原因可能是由于150~154aa的短肽仅含5个氨基酸,序列太短以致不能结合足够的RNA分子,可见核心蛋白C端的155~183aa区域对于颗粒的核酸包裹更为重要.     

甲状腺激素受体在扬子鳄卵巢中的免疫组织化学定位和不同繁殖时期的mRNA表达水平变化检测

目的研究扬子鳄甲状腺激素受体(thyroid hormone receptor,TR)基因的系统进化关系和在卵巢组织中的定位,分析成年扬子鳄在不同繁殖活动期卵巢组织中甲状腺激素受体的动态变化规律。方法通过Clustal W软件对扬子鳄和其它脊椎动物TRs氨基酸序列进行序列比对,使用MEGA 6.0软件构建NJ系统发育树;应用q RT-PCR方法检测TRα和TRβm RNA在不同繁殖时期卵巢组织中的表达水平差异;应用免疫组织化学法对扬子鳄卵巢卵泡中TR进行组织定位。结果系统发育分析显示扬子鳄与鸟类亲缘关系较近;扬子鳄卵巢中TR的m RNA表达水平在繁殖期最高,在繁殖前期和繁殖后期相对较低;免疫组织化学染色显示,TR阳性反应主要位于卵泡的颗粒层细胞、卵泡膜、卵母细胞质和卵母细胞核中,其中颗粒层细胞阳性反应最明显。结论 TR基因的进化时间较早,因此序列保守性较高;TRα和TRβ对扬子鳄卵泡发育成熟具有重要作用;颗粒层细胞是TRs的功能作用主要位点。     

基于量子进化算法的RNA序列-结构比对

多序列比对是计算分子生物学的经典问题,也是许多生物学研究的重要基础步骤．RNA作为生物大分子的一种,不同于蛋白质和DNA,其二级结构在进化过程中比初级序列更保守,因此要求在RNA序列比对中不仅要考虑序列信息,更要着重考虑二级结构信息．提出了一种基于量子进化算法的RNA多序列-结构比对程序,对RNA序列进行了量子编码,设计了考虑进结构信息的全交叉算子,提出了适合于进行RNA序列-结构比对的适应度函数,克服了传统进化算法收敛速度慢和早熟问题．在标准数据库上的测试,证实了方法的有效性．     

RNA解旋酶和应激颗粒

应激颗粒（stress granules, SGs）是细胞在环境压力刺激下停止蛋白质翻译后,mRNA与多种细胞蛋白组装而成的胞质颗粒结构.RNA 解旋酶家族作为生物体内普遍存在的一类高度保守的蛋白质酶类,参与了RNA代谢各个环节,近年来其家族成员被陆续发现是一类新的SG重要组分.本文综述了RNA解旋酶参与应激颗粒形成过程,RNA解旋酶家族蛋白的结构和其参与应激颗粒形成的研究进展.     

黄地老虎颗粒体病毒cDNA文库的构建

以感染黄地老虎颗粒体病毒（Agrotis segetum ganulosis virus,AsGV)黄地老虎幼虫为材料提取总RNA,分离mRNA,并反转录合成cDNA ,构建了包括黄地老虎（Agrotis segetum,As)幼虫和黄地老虎颗粒体病毒的cDNA 文库。用Eco RI和HindⅢ限制性内切酶酶切AsGV基因组DNA,制备地高辛探针,与上述总RNA,mRNA,cDNA 杂交,从文库中筛选出AsGV的阳性克隆1081个,经cDNA测序,cDNA 编码序列与基因组编码序列相符。并根据基因组阅读框序列合成引物,PCR扩增出59个阅读框的编码基因,也完全与基因组序列相符。     

黄地老虎颗粒体病毒cDNA文库的构建

以感染黄地老虎颗粒体病毒(Agrotis segetum ganulosis virus,AsGV)的黄地老虎幼虫为材料提取总RNA、分离mRNA,并反转录合成cDNA,构建了包括黄地老虎(Agrotis segetura,As)幼虫和黄地老虎颗粒体病毒的cDNA文库.用EcoR Ⅰ和HindⅢ限制性内切酶酶切AsGV基因组DNA,制备地高辛探针,与上述总RNA、mR-NA、cDNA杂交,从文库中筛选出AsGV的阳性克隆1081个,经cDNA测序,cDNA编码序列与基因组编码序列相符.并根据基因组阅读框序列合成引物,PCR扩增出59个阅读框的编码基因,也完全与基因组序列相符.     

大麦1H特异性SAPs标记和ASA标记的创制

选取大麦1H染色体的STS标记MWG913特异性扩增小麦,把得到的片段进行克隆。用Taq Ⅰ酶切分类并测序,把得到的序列同大麦的序列进行比较,依据比较结果,选取对大麦特异的内切酶,用该酶来酶切大麦、小麦、黑麦、长穗偃麦草、中间偃麦草、簇毛麦的MWG913扩增产物,获得对大麦1H染色体特异的CAPs标记。同时,依据酶切位点碱基的差异设计引物对扩增的产物进行第二次扩增,得到该位点的一对染色体特异性ASA标记。     

三种快速提取植物DNA改良方法的比较

DNA是生物遗传信息的载体,快速提取高分子量、纯净的DNA是进行核苷酸序列测定、基因文库构建和遗传转化等研究的重要步骤。研究以水稻、小麦、大麦、大豆、豌豆和紫云英等为材料,比较了三种改良法提取植物DNA的效果。结果表明,三种改良后的方法不仅保留了原法的许多优点,而且方法简单,不经CsCl_2密度梯度离心能较干净地去除蛋白质及RNA,获得较纯净的、大分子的双链DNA,在不同程度上满足了各种植物提取DNA的需要。     

RNA 的拼接

RNA的拼接（(splicing）作用是指一种新 的RNA加工过程。自从1977年以来,几个实 验室同时报道了一些病毒和真核细胞基因的编 码序列是被非编码序列间隔开的。就是说,在 真核细胞中存在着割裂基因（(splite gene).这 样一个真核细胞基因割裂现象曾经引起了极大 的震动。编码序列叫做外显子（exon),作为其 间隔的非编码区叫做内含子（intron)。整个 DNA,包括外显子和内含子全部被转录为RNA 序列片段。这段RNA经过剪接,除去内含子 区, 将几段外显子区拼接为一个完整的RNA 的过程叫做RNA的拼接过程。如血红蛋白, 它的夕链基因就是一个由两段内含子插人外显 子之间构成的‘ii0 内含子又被称作基因的插人 序列(intervening sequence)。也就是说,成熟 的RNA序列是从相应于分割开的DNA序列 的片段装配起来的。所以,RNA拼接过程就 是割裂基因表达时RNA序列的重组过程。 在真核细胞中这种基因割裂现象是非常普 遍的。无论是细胞核、线粒体或是叶绿体的基 因中都存在割裂基因。这些基因中既有编码结 构蛋白质的,也有编码调节蛋白的。插人序列 的数目也不等。从一个基因完全没有插人序列 到一个基因被割裂50次以上。内含子的大小 范围也很不一样,可以从10个碱基对（例如在 t RNA基因中）到几万个碱基对（例如果蝇中的 homeotic基因）fai0真核细胞百分之九十以上的 非编码区中插人序列的部位千变万化。许多迹 象表明这些部位对基因表达的调节有着重要的 作用。所以研究真核细胞RNA的拼接对于了 解真核细胞基因表达的调控规律是很重要的。 RNA的拼接与生物的分化过程和发育过程都 有着极为密切的关系,它是当前分子生物学中 研究得最为活跃的课题之一。 下面我们将分两部分来介绍RNA的拼接 作用。