猪胸膜肺炎放线杆菌ApxIIA基因的序列分析及其B细胞表位预测

为了进一步研究猪胸膜肺炎放线杆菌(Actionobacillus pleuropneumoniae,App)ApxIIA基因的结构和功能,选取GenBank中6株不同App分离株,采用生物信息学方法对其ApxIIA基因及其编码氨基酸序列进行同源性比对,并选择其中AY232288.1菌株(湖北分离株)ApxIIA基因为研究对象,分析该基因所编码蛋白质的理化性质,并对其可能形成的二级结构及B细胞表位进行预测和分析.结果表明,6株不同App分离株ApxIIA基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为65.56﹪和88.42﹪,在AY232288.1菌株ApxIIA蛋白的肽链中,745～751和801～807区段可能是其B细胞表位优势区.本研究首次利用生物信息学方法对ApxIIA基因及其蛋白质结构进行了分析和预测,为ApxIIA基因功能的深入研究及APP多表位疫苗的设计奠定了基础.     

金黄色葡萄球菌肠毒素A蛋白的B细胞表位的预测

目的预测金黄色葡萄球菌肠毒素A蛋白（SEA）的B细胞表位。方法以金黄色葡萄球菌合肥乳源分离株M3基因组DNA为模板,PCR扩增SEA基因并进行序列测定与分析。应用DNAstar protean软件对SEA蛋白的二级结构、柔性、亲水性、表面可能性和抗原指数等多参数进行综合分析,预测其B细胞表位。结果M3分离株的SEA基因全长774bp,编码由257个氨基酸组成的相对分子量为29．67kDa的SEA蛋白,M3分离株SEA基因与标准株的核苷酸序列与氨基酸序列同源性分别为98．7％和98．4％。SEA蛋白的优势B细胞表位位于肽链的第64—68、100～107、138—141、156—160、166～173、213～217和237～244区段。结论预测出SEA蛋白的7个优势B细胞表位,为进而克隆表达表位蛋白,制备针对SEA表位的单克隆抗体奠定了基础。     

拟态弧菌溶血素基因的克隆测序与生物信息学分析

目的对拟态弧菌安徽分离株HX4(V.mimicusHX4株)的全长溶血素基因(vmh)进行克隆测序和生物信息学分析,为表达溶血素蛋白(VMH)奠定基础。方法采用PCR法扩增V.mimicusHX4菌株全长vmh基因,将其克隆至pMD18-Tvector并进行测序,应用生物信息学软件分析vmh基因的同源性及其编码蛋白的分子特征。结果V.mimicusHX4菌株vmh基因全长序列2235 bp,编码由744个氨基酸组成的分子量约为82.85 kDa的VMH蛋白。V.mimicusHX4菌株vmh基因的核苷酸序列和氨基酸序列与参考株相应序列的同源性分别介于98.9%~99.1%和96.6%~97.3%。VMH蛋白N端前25个氨基酸组成信号肽,7~27位氨基酸之间存在一个跨膜区域,蛋白二级结构中无规卷曲含量最高,达39.52%,其次为α-螺旋和β-折叠,分别占25.81%和26.75%,β转角含量最低,仅占7.93%。VMH蛋白含有多个T细胞和B细胞抗原表位,同时存在T、B细胞抗原表位的区域最有可能位于肽链第86~95、193~211、419~440和459~501位区段。结论拟态弧菌VMH蛋白是一种高度保守的毒素蛋白,对HX4菌株vmh基因及其编码蛋白信息特征的了解,有助于进一步表达VMH蛋白。     

22株猪圆环病毒2型安徽分离株全基因组遗传进化分析

为了解安徽地区猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学及流行毒株遗传变异情况,本研究应用DNA Star软件,针对22株PCV2安徽分离株和26株GenBank登录的PCV2参考毒株,进行全基因组核苷酸序列、ORF1和ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列的同源性分析,并运用MEGA 6.0软件构建系统进化树.结果显示,22株PCV2安徽分离株基因组全长均为1 767 bp,相互之间的核苷酸序列相似度为94.6％～99.8％,与GenBank登录的26株PCV2参考毒株之间的核苷酸序列相似度为92.4％～99.8％.PCV2安徽分离株的ORF1核苷酸序列及其推导的氨基酸序列与参考毒株之间的相似度分别为94.3％～100％和85.4％～100％,ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列相似度分别为85.9％～99.9％和76.9％～100％.ORF2编码的Cap蛋白氨基酸序列在8～30、44～91、121～140及190～224几个区域存在突变,且有部分变异位点位于抗原表位区.22株PCV2安徽分离株分布于两个基因亚型,8株属于PCV2b,14株属于PCV2d.结果表明,PCV2安徽分离株的全基因组核苷酸序列较稳定且彼此间亲缘关系密切.ORF2的变异程度远高于ORF1,PCV2d基因亚型己经逐渐过渡成为安徽地区的主要流行毒株.Cap蛋白氨基酸序列在免疫反应区域内的变异可能影响PCV2的免疫原性.本研究结果丰富了安徽地区猪圆环病毒病的分子流行病学资料,同时也为有效防控该病提供了一定的参考依据.     

中国1995～2004年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株膜蛋白基因的遗传变异分析

应用RT-PCR方法扩增到了我国1995～2004年20株IBV现地分离株的膜蛋白(Membrane,M)基因片段.序列测定表明,20株IBV分离株M基因开放阅读框由672～681bp组成,编码由223～226个氨基酸残基组成的多肽.与我国分离株LX4相比,M基因推导氨基酸序列的变异主要发生在2～17位、221～223位,其中4～6位存在氨基酸的插入和缺失,导致IBV毒株间M蛋白糖基化位点的差异.与GenBank中34株IBV参考毒株M蛋白基因推导氨基酸序列进行比较和分析,系统进化关系显示54株IBV毒株分属于5个进化群.我国IBV分离株M基因在进化关系上较为独立,主要分布在第Ⅱ群和第Ⅳ群,其中第Ⅱ群分离株和中国台湾毒株进化关系密切.此外,参考IBV国内分离株S1基因及N基因系统发育进化树的研究结果,并与M基因进行比较,表明我国IBV也存在着基因重组现象,尤其是疫苗毒和流行毒之间的重组.     

鲤春血症病毒中国分离株糖蛋白基因和氨基酸序列的初步解析

2002～2004年间从国内养殖鲤科鱼类和观赏鱼类中分离出8株鲤春血症病毒(SVCV)。根据SVCV参考株 全序列,设计引物,用逆转录聚合酶链式反应扩增出8株SVCV糖蛋白编码基因片段,并对扩增产物进行了克隆和 序列测定。用生物信息学方法对测得的序列进行分析,结果8个国内分离株的糖蛋白基因序列与参考株的基因序 列相似性均在92％以上,8个国内分离株之间基因序列相似性均在97．7％以上;8个国内分离株之间糖蛋白推导 出的氨基酸序列相似性均在94．5％以上,与参考株氨基酸序列相似性在92．9％-94．9％之间。系统发育树分析结 果表明,SVCV国内分离株与USA株、980451株、980528株和970469株的进化方向一致,与其它SVCV毒株在进 化方向上不同。8个毒株有19个共同的酶切位点,推导出的氨基酸序列中有10个亲水区、10个可能的抗原位点 和10个跨膜蛋白区域,其峰值基本一致。对SVCV国内分离株的糖蛋白6个功能位点(天冬酰胺糖基化位点、精 氨酸-甘氨酸-天冬氨酸序列、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪氨酸磷酸化位点和肉豆蔻酰 基化位点)进行了初步分析。     

致犊牛脑膜炎大肠杆菌新疆分离株ibeB基因的特性分析北大核心CSCD

【目的】分析致犊牛脑膜炎大肠杆菌分离株ibeB基因的分子生物学信息。【方法】以自脑炎死亡犊牛脑组织、肝组织分离鉴定的O161-K99-STa致病性大肠杆菌牛-EN株和牛-EG分离株为材料。根据GenBank中公布的脑膜炎大肠杆菌K1株RS218 ibeB基因序列设计1对引物,采用PCR方法,从分离株中成功克隆ibe B基因,比较分离株ibeB基因与不同来源大肠杆菌ibeB基因的部分生物信息学特性。【结果】分离株ibeB基因序列全长1500 bp,包含1371 bp开放阅读框,共编码457个氨基酸;生物信息学分析显示,牛-EN株与致人脑膜炎大肠杆菌K1 RS218的核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%和96.9%,牛-EG株与大肠杆菌K12的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.4%和100.0%;ibeB蛋白为亲水性蛋白,分子质量为50.26 kDa,理论等电点为6.05;该蛋白无跨膜区,但具有信号肽序列;亚细胞定位显示,分泌信号通路位点(SP)占比例为0.939,说明该蛋白属于分泌型蛋白。【结论】从致脑膜炎大肠杆菌分离株中成功克隆ibeB基因,该基因与致人脑膜炎大肠杆菌K1 RS218 ibeB基因有较高的同源性,均有相似的生物学特性,属肠外致病性大肠杆菌。     

我国四株狂犬病毒M和P基因序列分析和所编码蛋白的分析

为了解我国狂犬病毒M、P基因序列和结构特点,用RT-PCR方法获得目的基因片段,测定核苷酸序列后,计算机分析核苷酸和氨基酸序列及其功能区位点结构。结果显示四株病毒M基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.9%～99.5%和93.1%～99%,四株狂犬病毒M蛋白上调节病毒RNA转录和复制功能的第58位氨基酸残基均为谷氨酰胺残基(E),与特异性细胞蛋白WW区域作用的PPxY结构序列均为PPEY保守序列;四株病毒P基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.6%～99.8%和87.2%～99%,P蛋白与胞浆动力蛋白轻链LC8相互作用的序列位于143～148位氨基酸残基,均为DKSTQT,四株病毒P基因与L蛋白、N蛋白作用位点序列显示未发生影响其生物学功能的变异。研究结果证实了这两种蛋白结构在病毒致病性中起重要作用的推论。     

新城疫分离毒HN蛋白的抗原性初步分析及分子特性研究

运用针对NDV囊膜糖蛋白(HN)的单克隆抗体(MAbs),对2005～2006年间自我国江苏和广西部分地区的20株NDV分离株进行排谱试验,初步分析了不同毒株之间HN蛋白的抗原表位差异;并应用RT-PCR技术成功扩增了其HN基因整个编码区,经克隆、测序最终获得13株鸡源NDV与7株鹅源NDV HN基因的编码区序列,分析测定核苷酸序列及推导的氨基酸序列,并将鹅源NDV与鸡源NDV相应序列进行了比较.结果单抗排谱试验表明,20株NDV分离株之间HN蛋白的抗原表位存在差异;测序结果表明,测定的HN基因的编码区长度皆为1716nt编码571个氨基酸;分离株中18株基因Ⅶ型NDV分离株之间HN基因编码区核苷酸序列具有较高的同源性,达94.8%～100%;与近几年国内流行的其它基因Ⅶ型NDV之间的核苷酸序列同源性为92.1%～99.6%.对其推导的HN蛋白一级结构中潜在的糖基化位点及HN蛋白细胞受体结合相关区域的氨基酸序列等进行了比较分析.结果显示,单抗排谱差异显著株在部分氨基酸位点发生了突变;同时揭示我国部分地区同期流行的鹅源NDV与鸡源NDV HN基因之间具有较近的亲缘关系.     

中国西藏小反刍兽疫病毒野生株China/Tib/Gej/07-30基质蛋白基因和融合蛋白基因的分子特征分析

对我国西藏小反刍兽疫病毒野生株China/Tib/Gej/07-30进行基质蛋白(M)和融合蛋白(F)基因序列测定,并进行分子生物学特征分析。首先应用逆转录聚合酶链式反应扩增出M和F基因片段,对聚合酶链式反应产物进行直接测序,然后对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析。China/Tib/Gej/07-30的M基因由1483个核苷酸组成,编码335个氨基酸,与其他分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.4%～97.7%和97.0%～98.2%。F基因由2411个核苷酸组成,编码546个氨基酸,与其他分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为85.5%～96.1%和94.3%～98.2%。China/Tib/Gej/07-30的F蛋白含有信号肽序列和跨膜结构域,序列高度变异。F蛋白第104～108位和第109～133位氨基酸位点分别是高度保守的裂解位点和融合肽结构域。F蛋白还含有序列高度保守的三个七肽重复区。China/Tib/Gej/07-30的M基因3′端的非编码区(UTR)长度为443个核苷酸,GC含量高达68.4%,与其他PPRV毒株的同源性为82.4%～93.5%。China/Tib/Gej/07-30的F基因5′UTR区长度为634个核苷酸,GC含量高达70.0%,与其他PPRV毒株序列相似性为76.2%～91.7%。     

槭属的系统演化与地理分布

槭属（Acer L．）属槭树科（Aceraceae）,200种,分布于亚、欧、北美和非洲北缘。本文研究了槭属的系统演化、地理分布、起源与扩散。认为：（1）槭树科与无患于科关系密切,槭属是槭树科2属中较进化的类群。（2）在原始而典型的槭属植物的基础上,槭属沿花的各部减少,有的器官甚至向完全退化的方向演化,但也有少数向增加数目的方向特化。（3）讨论了槭属4亚属23组的演化趋势,并绘制出其系统演化图。（4）槭属起源于侏罗纪的中国四川东部、湖北、湖南及其邻近地区,并向西、东北和南方扩散而进入西亚、欧洲、非洲北缘、北美洲和马来半岛至印尼。     

Flavonoids from Merrillia caloxylon

Three chalcones and three flavones isolated from the fruit of Merrillia caloxylon (Rutaceae) have been characterised. Two of the flavones and two of the chalcones are related structurally, i.e. 3′,4′,5,7-tetramethoxyflavone with 2′- hydroxy-3,4,4′,6′-tetramethoxychalcone and 3′,4′,5,5′,7-pentamethoxyflavone with 2′,3-dihydroxy-4,4′,6′- trimethoxychalcone. A minor constituent was tentatively characterized as 5-hydroxy-3′,4′,5′,6,7-pentamethoxyflavone and this is accompanied by 2-hydroxy-3,4,4′,5,6′-pentamethoxychalcone and 5-hydroxy-3′,4′,6,7-tetramethoxyfiavone.     

Inositol angelates from Inula cappa

The aerial parts of Inula cappa afforded four inositol tetra angelates.     

高山金粉蕨的黄酮类成分

从高山金粉蕨(Onychiumcontigqum)地上部分的甲醇抽提物中分到8个成分:高山金粉蕨甲甙(1),高山金粉蕨乙甙(2),金粉蕨素(3),反式桂皮酸(4),瓦利甙(5),β-谷甾醇(6),胡萝卜甙(7)和蔗糖(8)。高山金粉蕨甲甙和乙甙是新成分,反式桂皮酸系首次从金粉蕨属中分到。化学结构用一维和二维核磁共振技术确定。     

Characterization of chromophoric peptides from C-phycocyanin.

Three chromophoric peptides have been isolated and characterized from tryptic digests of the α subunit of C-phycocyanin from $\text{Oscillatoria}$,$\text{agardhii}$. The amino acid sequences revealed that one phycocyanobilin was ester bond by a tyrosine residue, and another was most probably attached by a thioether linkage. Structural studies of the third chromophoric peptide gave no evidence of how the phycocyanobilin was attached.     

Predicting plant invasiveness from native range size: clues from the Kashmir Himalaya

Aims In view of the growing interest in modelling the potential spread of invasive species, prediction of plant invasiveness on the basis of native range size holds considerable promise. Our objective was to use a simple model to evaluate whether a wider native range predisposes plant species to become invasive in non-native regions and to easily identify potential invaders on this basis. The Kashmir Himalayan alien flora, of which a large proportion is native to Europe, was used to test this model.Methods The Kashmir Himalayan alien flora comprises 436 species of vascular plants at different stages of invasion. We focussed on plant species at two critical invasion stages (sensu Colautti and MacIsaac 2004), i.e. Stage II (species that are just at the earliest phase of introduction) and Stage V (species that are widespread and dominant in the invaded region and are thus considered invasive). We used the territorial distribution in Europe (number of countries) as a surrogate for the native range size of plants of European origin.Important findings Using a subset of 88 species, for which information on the native European range was available, we showed that a large proportion (68%) of Stage II species growing in the Kashmir Valley had a relatively restricted European range (present in ≤20 countries); on the other hand, 77% of Stage V species had an extensive native range (present in>20 countries). We consequently hypothesized that 14 Kashmir Himalayan Stage II species of European origin that are distributed in>20 European countries are at risk of becoming future invaders in Kashmir. On the other hand, those Kashmir Himalayan Stage II species of European origin distributed in ≤20 European countries are less likely to become invasive. Although this analysis is quite simple, the data suggest that a wider native range is a good predictor of plant invasiveness and could be used as a simple and low-cost early warning tool in predicting potential invasive species.     

Antimicrobial agents from higher plants: two dimethylbenzisochromans from Karwinskia humboldtiana

Two new antimicrobial dimethylbenzisochromans were isolated from the roots of Karwinskia humboldtiana together with the known 7-acetyl-6,8-dimethoxy-3-methyl-l-naphthol. The structures and absolute configurations were determined by spectroscopic examination and by chemical transformation to the known quinones eleutherin and 7-methoxyeleutherin.     

Sequence Maneuverer: tool for sequence extraction from genomes

The availability of genomic sequences of many organisms has opened new challenges in many aspects particularly in terms of genome analysis. Sequence extraction is a vital step and many tools have been developed to solve this issue. These tools are available publically but have limitations with reference to the sequence extraction, length of the sequence to be extracted, organism specificity and lack of user friendly interface. We have developed a java based software package having three modules which can be used independently or sequentially. The tool efficiently extracts sequences from large datasets with few simple steps. It can efficiently extract multiple sequences of any desired length from a genome of any organism. The results are crosschecked by published data.

Availability

URL 1: http://ww3.comsats.edu.pk/bio/ResearchProjects.aspxURL 2: http://ww3.comsats.edu.pk/bio/SequenceManeuverer.aspx     

黑枸杞花青苷的研究进展

黑枸杞分布在我国西北部地区,其成熟的浆果中含有丰富的花青苷。黑枸杞花青苷具有抗氧化、抗衰老、降血脂等功效。本文主要综述了黑枸杞花青苷的化学组成及性质、分离纯化方法、药理活性研究和黑枸杞花青苷的应用,为进一步开发和利用黑枸杞花青苷资源提供依据。