一种单个胚胎的DNA模板制备方法

建立了一种简单处理单个卵子和早期胚胎制备DNA模板的方法——KOH/DTT-Triton X裂解法,并与TE-蛋白酶K法比较了PCR扩增效率。结果,采用KOH/DTT-Triton X裂解法处理单个卵子或2-细胞胚、8-细胞胚、桑椹胚、囊胚后,作为DNA模板直接进行PCR扩增线粒体DNA片段,3对引物的PCR扩增总成功率为100%（70/70）,而TE-蛋白酶K法处理的单个卵子的PCR扩增总成功率为92.9%（65/70）,二者差异显著（P<0.05）。但两种方法所制备模板的PCR假阳性率均为0。实验设计的KOH/DTT-Triton X裂解法是一种有效的单个早期胚胎的DNA模板制备方法,经一次PCR扩增即能获得清晰的目的DNA条带,能够满足早期胚胎遗传物质检测的需要。     

一种gRNA快速合成及检测方法的建立

目的建立一种gRNA快速合成及检测的方法。方法设计引物并利用PCR技术迅速扩增gRNA的DNA模板片段,然后通过体外转录纯化得到gRNA;最后通过体外反应迅速对gRNA和Cas9酶切效率及特异性进行检测。结果体外合成的gRNA特异性强,活性高,在靶点上成功切开DNA双链。结论成功建立gRNA快速合成及检测的方法,为后续转染或显微注射筛选有活性gRNA节约了时间。     

不同方法制备大鼠肝脏脱细胞支架及其免疫原性研究

目的:肝脏脱细胞支架(decellularized liver bioscaffold,DLB)在组织工程研究中具有良好前景,但对DLB的免疫原性尚未见探讨.本研究利用不同方案制备大鼠DLB,检测支架成分和体内重塑反应,为制备出低免疫原性的DLB提供改进依据.方法:选取文献报道的三种方案(分别以SDS,Triton X-100和NP-40为主要洗脱成分),制备F344大鼠DLB,进行HE和Masson染色,检测DLB中DNA、氨基葡聚糖(GAG)以及羟脯氨酸(HYP)含量;再将DLB埋植于C57BL/6小鼠的背部皮下,于术后第3、7和14天取出后进行形态学观察和组织学评分.结果:三种方案均成功制备出符合脱细胞标准的大鼠DLB;形态学结果提示TritonX-100和NP-40方案较SDS方案能更好地保护肝脏超微结构;成分检测结果发现NP-40方案去除DNA的能力显著强于SDS和Triton X-100方案(P＜0.05),而对GAG含量的洗脱作用最弱(P＜0.05);异种体内埋置实验提示NP-40方案制备的DLB引起的免疫反应强度明显弱于SDS和Triton X-100方案,体内重塑结局评分显著高于SDS和Triton X-100方案.结论:与SDS和TritonX-100方案相比,NP-40方案能更有效地去除肝脏DNA,较好地保留GAG,诱导移植受体对DLB的良性重塑反应,为进一步的体内研究提供更优化的支架.     

一种快速高效获取丝状真菌PCR反应模板的方法

建立一种快速高效获取丝状真菌PCR反应模板的方法,提高丝状真菌PCR鉴定效率。通过单因素法对机械破壁联合微波法进行条件优化,利用优化后的方法获取13株不同种属丝状真菌的PCR反应模板,同时与Chelex-100法、机械破壁法作对比,以试剂盒抽提法作为阳性对照,进行ITS序列扩增,琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果。机械破壁联合微波法获取丝状真菌PCR反应模板的最佳条件为40 Hz机械破壁1 min、微波700 W高温裂解3 min,采取该法与试剂盒抽提法获得的模板均成功扩增13株不同种属丝状真菌ITS序列,且PCR鉴定结果一致;Chelex-100法获得的模板成功扩增6株丝状真菌ITS序列;机械破壁法获得的模板虽成功扩增9株丝状真菌ITS序列,但扩增效果欠佳。机械破壁联合微波法能够有效获取丝状真菌PCR反应模板,与试剂盒抽提法相比具有操作简便、快速高效的优点,提高丝状真菌PCR鉴定效率。     

单细胞RT-PCR研究方法及其应用

在单细胞水平对基因表达进行研究,可有效地避免多细胞水平研究的诸多局限。可借助膜片钳电极所形成的吸收通道,或借助其它方法,获取单个细胞,对其进行单细胞水平的分子生物学研究。采用嵌套PCR方法,或三元尾端PCR扩增方法,对单细胞mRNA进行RT－PCR扩增,可收获足量,可靠和稳定的产物。单细胞RT－PCR可应用于受体研究,离子通道研究等方面。     

肺癌循环肿瘤细胞的单细胞EGFR基因突变检测

循环肿瘤细胞（Circulating tumor cells,CTCs）是从肿瘤原发病灶脱落并侵入外周血循环的肿瘤细胞。由于CTCs存在较大的异质性,其与癌症发展转移密切相关,但目前尚缺乏有效的CTCs单细胞异质性检测方法。鉴于此,本文发展了在单细胞层面对CTCs进行基因突变的检测方法并用于单个肺癌CTC的EGFR（Epidermal growth factor receptor）基因突变检测。首先用集成式微流控系统完成血液中稀有CTCs的捕获,接着将CTCs释放入含有多个微孔的微阵列芯片中,得到含有单个CTC的微孔,通过显微操作将单个CTC转入PCR管内完成单细胞基因组的放大,并进行单细胞的EGFR基因突变检测。以非小细胞肺癌细胞系A549、NCI-H1650和NCI-H1975为样本,通过芯片与毛细管修饰、引物扩增条件（复性温度、循环次数）的优化,结果显示在复性温度59℃、30个循环次数的条件下,引物扩增效果最优。利用该方法成功地对非小细胞肺癌（Non-small cell lung cancer, NSCLC）患者的血液样本进行了测试。从患者2 mL血液中获取5个CTCs,分别对其EGFR基因的第18、19、20、21外显子进行测序,发现该患者CTCs均为EGFR野生型。研究结果证明此检测方法可以灵敏地用于单个CTC基因突变的检测,在临床研究上具有重要的指导意义。     

不同单细胞全基因组扩增方法的比较及MALBAC在辅助生殖中的应用

单细胞全基因组扩增(whole genome amplification, WGA)是指在单细胞水平对全基因组进行扩增的新技术,其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增,获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序,用于揭示细胞异质性。目前,WGA方法主要包括引物延伸预扩增(primer extension preamplification PCR, PEP-PCR)、简并寡核苷酸引物PCR (degenerate oligonucleotide primed PCR, DOP-PCR)、多重置换扩增(multiple displacement amplification, MDA)、多次退火环状循环扩增(multiple annealing and looping-based amplification cycles, MALBAC)等。本文对不同的单细胞WGA方法的原理及应用情况分别进行了阐述,并对其扩增效率进行评价和比较,包括基因组覆盖度、均一性、重现性、SNV (single-nucleotide variants)和CNV (copy number variants)检测力等。综合对比不同单细胞WGA方法后发现,MALBAC的扩增均一性最高、等位基因脱扣率最低、重现性最好,且对于CNV和SNV的检测效果最好。本文还阐述了MALBAC技术在人类单精子减数重组、非整倍体分析以及人类卵细胞基因组研究中的应用。     

应用激光显微切割技术检测单个结肠细胞的基因表达

目的：探讨检测单个结肠细胞的基因表达的方法。方法：应用激光显微切割技术(1aser micmdissection)从冰冻切片上将单个结肠细胞切下,提取总RNA,将RNA逆转录成cDNA,采用巢式逆转录聚合酶链反应(nested RT—PCR)检测mRNA的表达。结果：在显微镜下用紫外激光显微切割机,将单个结肠细胞成功切下,提取RNA后,逆转录成cDNA,经过巢式RT—PCR扩增后,扩增产物在琼脂糖凝胶上清晰可见。结论：联合应用激光显微切割和巢式RT—PCR可以检测单个结肠细胞的基因表达。     

三种快速制备含重复序列质粒PCR模板的方法

为了探索含重复序列质粒PCR模板的快速简易制备方法,分别利用高速离心法、TE煮沸法和TE/SDS煮沸法处理过夜培养的含重组质粒大肠杆菌菌体,制备模板后进行PCR扩增发现,均能得到比较清晰的目的条带,可以用于含重复序列质粒的初步鉴定。相比较而言,高速离心5 min、TE煮沸3 min、TE/SDS煮沸2.5 min制备的样品PCR扩增后效果较好。这3种方法快速、简便、费用低、无污染,简化了PCR模板制备的过程,为重组质粒大量筛选鉴定的研究奠定了基础。     

肿瘤特异的sea基因真核表达质粒的构建及在肺癌细胞中的功能研究

构建Survivin启动子调控的葡萄球菌肠毒素A(SEA)的真核表达质粒,检测其在人肺腺癌A549细胞中的特异性表达以及表达产物的超抗原活性.以PCR法扩增sea基因,以含有Survivin启动子为调控序列的pGL-S-RED质粒为基础,构建pGL-S-SEA真核表达质粒.用脂质体转染A549细胞,以RT-PCR法检测sea基因表达水平.制备健康献血者PBMC,用pGL-S-SEA质粒转染A549细胞的上清液和细胞裂解液进行PBMC刺激试验,以MTT法检测其促细胞增殖效应.结果显示,成功构建Survivin启动子调控的真核表达质粒pGL-S-SEA.重组质粒在A549细胞中启动了sea基因的表达,其转录强度为内参(GADPH基因)的65.96%,在对照MRC-5细胞中无明显表达.该质粒转化A549细胞的裂解液具有促进人PBMC增殖活性、上清液无明显促PBMC增殖作用,裂解液组、上清液组和PHA阳性对照组的刺激指数分别为1.29、0.95和1.58.结论成功构建pGL-S-SEA质粒,其在A549细胞的表达产物具有诱导人PBMC增殖的超抗原活性,为下一步将其作为基因疫苗治疗肺癌奠定了基础.     

System of the class Holothuroidea

Various interpretations of the holothurian system and phylogeny are critically reviewed and the main characters that form the basis of the existing systematics of this group are analyzed. A system of holothurians based on thorough analysis of their morphology and anatomy is proposed. Four subclasses are recognized in the class Holothuroidea: Arthrochirotacea, Synaptacea, Elpidiacea, and Holothuriacea. The subclass Arthrochirotacea includes the extinct Paleozoic order Arthrochirotida. The subclass Synaptacea includes the order Synaptida with two suborders and three families. The subclass Elpidiacea includes the order Elasipodida with four families. The subclass Holothuriacea includes four orders: Aspidochirotida with five families; Dendrochirotida with 15 families (14 extant and one extinct); Molpadiida with three families; Gephyrothuriida with one family and two genera Gephyrothuria and Hadalothuria. The order Gephyrothuriida is re-established. The order Dactylochirotida Pawson et Fell, 1965 is synonymized under the order Dendrochirotida. A new suborder Cucumariina and new family Mesothuriidae are described. The family Vaneyellidae is synonymized under the family Cucumariidae. Four subfamilies are classified as families: Cladolabidae, Sclerothyonidae, Monilipsolidae, and Thyonidiidae.