实时定量RT-PCR技术及在植物基因表达分析中的应用

近年来实时定量RT-PCR（real-time quantitative RT-PCR,qPCR）由于其具有敏感性,广阔的动力学范围,可靠性的特点,成为基因表达研究的标准方法。介绍了实时定量RT-PCR的原理和实验过程中的潜在问题,并且讨论了实时定量RT-PCR在植物基因表达研究中的应用。     

一步RT-PCR检测水仙黄条病毒

目的:建立用于快速检测水仙黄条病毒(Narcissus yellow stripe virus,NYSV)的一步RT-PCR方法。方法:根据已报道的NYSV基因序列设计特异性引物,采用一步RT-PCR建立了快速检测水仙黄条病毒的方法。结果:该方法具有良好的特异性,能够从感染水仙黄条病毒的水仙样品上扩增出预期大小的特异性目的片段,而与其他病毒无交叉反应;一步RT-PCR产物序列测定结果表明,该产物的序列与NYSV序列高度同源,同源性达99%;灵敏度测定结果显示,一步法RT-PCR与两步法RT-PCR的灵敏度相当,可以检测稀释到10-4倍的RNA。结论:应用建立的一步RT-PCR对一批水仙样品进行NYSV检测,结果与两步法RT-PCR完全相同,说明该方法可准确用于NYSV的检测。     

H5N1禽流感病毒实验室检测方法灵敏性比较

目的比对实验室常用的H5N1禽流感病毒检测方法灵敏性。方法增殖H5N1病毒,蚀斑技术定量待检病毒,应用细胞接种、血凝实验、RT-PCR、Real-time RT-PCR等方法检测稀释的病毒悬液,比较检测的最低滴度。结果细胞接种、Real-time RT-PCR、RT-PCR及血凝实验能检测病毒的最低滴度为10 PFU/mL、10 PFU/mL、103 PFU/mL及3.52×105 PFU/mL。结论几种检测方法比较而言,细胞接种与Real-time RT-PCR检测灵敏性最高;血凝实验用时最短,但灵敏性低,结果需要进一步确认;RT-PCR用时较较短,检测灵敏性较高。     

应用巢式RT-PCR检测血样中丙型肝炎病毒RNA

采用巢式RT-PCR(NT-PCR)检测HCVELISA阳性和阴性的全血标本,并与逆转录PCR(RT-PCR)的检测结果相比较。结果表明,采用巢式RT-PCR检测160例HCVELISA阳性标本HCVRNA的检出率为96.3±1.44,60例HCVELISA阴性标本HCVRNA的检出率为8.3±3.30;采用RT-PCR检测的检出率分别为58.8±5.08和1.7±6.70。结果提示,巢式RT-PCR是一种简便有效的提高RNA检测灵敏度的方法,适于临床血样中丙型肝炎病毒的RNA检测。     

人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1常规RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用比较

分别设计HCoV-NL63和HCoV-HKU1特异的引物与荧光标记探针,并合成含靶基因的模板RNA,建立常规RT-PCR方法与实时荧光定量RT-PCR方法,对其灵敏性、特异性和可重复性以及用于临床样本的适用性等进行平行比较评价.结果表明:这两种方法皆可对HCoV-NL63或HCoV-HKU1进行特异性诊断,其中荧光定量RT-PCR方法检测灵敏度均可达10拷贝/25μL反应体积,不同批次重复检测结果间的变异系数均小于5%.上述方法应用于158份临床鼻咽拭子标本,其中荧光定量RT-PCR方法检出6份HCoV-NL63阳性标本,5份HCoV-HKU1阳性标本,而常规RT-PCR方法则分别检出HCoV-NL63阳性与HCoV-HKU1阳性各3份.对常规RT-PCR方法获得的阳性样品进行序列分析证实上述方法的可靠性.本实验成功建立了可用于临床标本检测的人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1常规RT-PCR方法与实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步证实荧光定量RT-PCR检测方法检出率明显高于常规RT-PCR方法,这为开展HCoV-NL63和HCoV-HKU1的流行监测及临床早期诊断提供了有效技术手段.     

适合原位RT-PCR的石蜡切片制作方法

石蜡切片是原位RT-PCR中常用一种生物制片技术,简要阐述原位RT-PCR的原理以及适合于原位RT-PCR的石蜡切片的制作流程,对其易出现的问题和解决办法作了简要的概述。     

黄热病毒的一步RT-PCR法检测

自不同稀释度的乳鼠脑病毒悬液中制备总RNA,在自制缓冲液条件下,进行一步RT-PCR法检测。对一步RT-PCR法与常规RT-PCR的敏感性进行比较,并且以基孔肯亚病毒和登革1-4型病毒RNA为模板进行特异性观察。结果表明,本研究建立的一步RT-PCR法可检出2.8×10~3PFU的病毒,敏感性比常规RT-PCR法高10倍,且与基孔肯亚病毒、登革病毒1-4型无交叉反应,具有良好的特异性和敏感性,适用于黄热病毒的病原学检测。     

应用套式RT-PCR检测SARS患者血液样品中SARS冠状病毒

建立了套式RT-PCR方法检测SARS患血液样品中SARS冠状病毒的方法,并检测血液样品257份。同时将RT-PCR与ELISA检测IgG、IgM的方法进行了比较。结果RT-PCR方法的总检出率为72％,IgG总检出率为68％,IgM总检出率为43％。     

基于VP6和VP7基因猪轮状病毒RT-PCR检测方法的建立与比较

为建立并比较不同靶基因猪轮状病毒(Po RV)快速检测方法,针对Po RV VP6和VP7基因设计2对RT-PCR特异性引物,通过优化退火温度和引物浓度,分别建立了Po RV VP6基因和VP7基因RT-PCR快速方法,并对其特异性与2种方法检测差异性进行检测分析。结果显示,2种RT-PCR方法最适退火温度为53℃,以VP6基因建立的RT-PCR最适引物浓度为8μmol/L,以VP7基因建立的RT-PCR最适引物浓度为4滋mol/L。2种方法均具有良好的特异性,对临床102份样品进行检测,二者阳性检出率无差异性(p0.05)。表明所建2种RT-PCR方法均可应用于Po RV快速检测,以期为贵州省猪轮状病毒病的综合防控提供理论依据。     

牛流行热病毒LUX~(TM)荧光RT-PCR检测方法的建立

采用LUXTM荧光PCR技术原理,以牛流行热病毒(BEFV)糖蛋白抗原G基因保守序列为模板设计特异荧光PCR扩增引物,建立BEFV LUXTM实时荧光RT-PCR快速检测方法。试验结果显示,所建立的荧光RT-PCR可特异检测牛流行热病毒RNA,而对蓝舌病病毒、牛病毒性腹泻-粘膜病病毒、水泡性口炎病毒、口蹄疫病毒、牛白血病病毒以及与BEFV同种属的狂犬病病毒核酸检测呈阴性反应。敏感性试验表明LUXTM荧光RT-PCR对BEFV RNA的检测敏感性比常规RT-PCR方法提高达100倍以上。该LUXTM荧光RT-PCR的批内检测变异系数0.64%-1.17%,批间检测变异系数均小于2%,表明检测体系稳定、重复性好。通过人工添加灭活病毒液的方法制备30份模拟感染牛血清样品,采用上述所建立的BEFV LUXTM荧光RT-PCR方法检测均呈阳性。     

应用RT—PCR检测流产胎儿组织中猪繁殖与呼吸综合征病毒

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒（ＰＲＲＳＶ）美洲型膜蛋白和核衣壳蛋白基因序列,设计了一对含有ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ酶切位点的引物,用ＲＴ－ＰＣＲ对四个流产猪场的病料进行了检测,扩增出约９１８ｂｐ的基因片段。通过病毒分离、酶切鉴定和序列分析证实为ＰＲＲＳＶ感染。结果说明应用所设计的引物进行ＲＴ－ＰＣＲ快速检测ＰＲＲＳ是可行的,为我国快速特异诊为ＰＲＲＳ和ＰＲＲＳＶ强毒株的深入研究奠定了基础。     

Differentiation of velogenic, mesogenic and lentogenic strains of Newcastle disease virus by multiplex RT-PCR

A multiplex RT‐PCR technique has been developed for differentiation of velogenic, mesogenic and lentogenic pathotypes of Newcastle disease virus (NDV), using a set of three oligonucleotide primers designed from NDV genomic RNA (P1, P2 and P3). The primer pair P1 and P2 generated a RT‐PCR product of 204 bp, only with RNA from velogenic and mesogenic strains, whereas the P1 and P3 generated a 364 bp product only with RNA from mesogenic and lentogenic strains. Thirty four NDV strains, including some reference strains (known pathotypes), NDV field isolates and NDV vaccine strains, as well as other avian virus strains, were tested with multiplex RT‐PCR. All reference strains tested were differentiated in agreement with their intracerebral pathogenicity index (ICPI) values or with the pathotypes known in previous reports. The nucleotide sequence analysis of RT‐PCR products for four NDV strains was fully in agreement with the RT‐PCR characterisations of these strains. The RT‐PCR results of other avian RNA viruses further confirmed the reliability and specificity of this technique. However, the RT‐PCR failed to detect some other avian NDV, which may not originate from chicken. This multiplex RT‐PCR technique is simple and easy to perform. It could be applied not only to determine the origin of NDV, but also may be used diagnostically in molecular epidemiological analysis of ND and for prediction of pathotypes of NDV isolates.     

西尼罗病毒的RT-PCR检测与鉴定

建立西尼罗病毒敏感、特异、快速的RT-PCR检测方法用于实验室诊断和流行病学监测。采用一步RT-PCR和套式PCR法对西尼罗病毒感染的乳鼠脑和细胞培养上清进行扩增,并对扩增产物进行序列测定。两种方法均可分别从两种组织中扩增出与预期大小相一致的片段,套式PCR法比一步RT-PCR法更为敏感,该扩增片段与西尼罗病毒埃及Eg101株相应序列的同源性为99％。