猪繁殖与呼吸综合征病毒S1株基因组序列测定和分析

应用RT-PCR方法分段扩增出PRRSV上海分离株S1毒株的4条基因大片段,扩增后的产物分别克隆于pCR-XL-TOPO载体鉴定后测序,同时应用RACE方法对S1毒株的3'和5'基因末端进行了成功的扩增并克隆于pMD-18T载体进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSV S1株全基因组cDNA序列.测序结果表明PRRSV S1株基因组全长15441 bp,包含9个开放式阅读框,5'UTR含有189nt,3'端UTR含有181nt,其中包含30nt Poly (A).基因组序列分析结果显示该病毒与ATCC VR-2332和BJ-4分离株的核苷酸同源性分别99.5%和99.6%.与另一国内分离株CH-1a的核苷酸同源性为90.8%.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒S1株基因组序列测定和分析

应用RT-PCR方法分段扩增出PRRSV上海分离株S1毒株的4条基因大片段,扩增后的产物分别克隆于pCR-XL-TOPO载体鉴定后测序,同时应用RACE方法对S1毒株的3′和5′基因末端进行了成功的扩增并克隆于pMD-18T载体进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSVS1株全基因组cDNA序列。测序结果表明PRRSVS1株基因组全长15441bp,包含9个开放式阅读框,5′UTR含有189nt,3′端UTR含有181nt,其中包含30ntPoly(A)。基因组序列分析结果显示该病毒与ATCCVR-2332和BJ-4分离株的核苷酸同源性分别99.5%和99.6%。与另一国内分离株CH-1a的核苷酸同源性为90.8%。     

中国河南株丁型肝炎病毒全基因组的cDNA克隆和序列分析

从我国河南－抗丁型肝炎病毒抗原（ａｎｔｉ－ＨＤＡｇ）及丁型肝炎病毒（ＨＤｖ）ＲＮＡ双阳性的ＨＢｓＡｇ携带者血清中提取ＲＮＡ,采用人工合成的引物进行逆转录和聚合酶链反应（ＰＣＲ）,获得了贯穿ＨＤＶ全基因组的６个相互重叠的ｃＤＮＡ片段。经双脱氧末端终止法进行核苷酸序列分析,得到了长度为１６７４ｂｐ的我国人河南株ＨＤＶｃＤＮＡ全序列。计算机分析表明,该株与我国台湾株（ＨＤＶＩＡ型）、美国－１株（ＨＤＶＩＢ型）、日本－１株（ＨＤＶⅡ型）和秘鲁－１株（ＨＤＶⅢ型）的核苷酸同源性分别为的９４．３％、８６．８％、７５．４％和６６．３％,氨基酸序列的同源性分别为８９．７％、８５．１％、７１．９％和６４．６％,并在核苷酸和推导的ＨＤＡｇ氨基酸序列中分别发现了５个和２个集中保守的区域。这些区域均与ＨＤＶ的某些重要功能密切相关。     

麻疹病毒L4株基因组全序列的测定

将麻疹病毒L4株毒种接种于CEC细胞,传代培养及鉴定合格后,用Trizol法提取总RNA,进行分段RT-PCR扩增,并将PCR产物精制后测序分析。结果表明,成功测出麻疹病毒L4株15894 nt全基因组序列,为了解其基因组结构与生物功能的关系及研究开发麻疹病毒新型疫苗而奠定基础。     

鹅源新城疫病毒ZJ1株全基因组的序列测定

依据GenBank上公布的新城疫病毒(NDV)的基因序列,自行设计了9对引物,运用反转录一聚合酶链反应(RT—PCR)获取覆盖NDV鹅源毒株ZJ1株全基因组的部分重叠片段。病毒RNA的5’及3’端的序列由cT)NA末端快速扩增技术(RACE)获取。整个病毒基因组序列由15192个碱基组成,比GenBank上公布的其它4个NDV毒株Beaudettec、B1、Lasota及Clone-30的全基因组序列长6个核苷酸。这6个核苷酸位于核衣壳蛋白(NP)基因内,相对于NDV毒株Lasota株全基因序列的1647nt～1648nt位。其它10个NDV毒株中的9个毒株也被验证具有此特征,且它们分属于3个不同的基因型。     

仙台病毒BB1株6个编码基因的克隆及表达

在仙台病毒BB1株全基因组序列测定的基础上,用反转录和PCR方法获得了核蛋白基因(N),磷蛋白基因(P),神经血凝素基因(HN),基质蛋白基因(M)、融合蛋白基因(F)和聚合酶蛋白基因(L)等6个编码基因全长克隆;测序结果表明,其序列与Genbank中登录的序列(DQ219803)完全一致。为了提供仙台病毒基因组载体拯救和包装所需的反式作用蛋白,将N、P、M、F、HN和L分别克隆到腺病毒穿梭表达载体pDC316上,将它们分别与腺病毒基因组质粒pBHGlox△E1,3Cre共转染HEK293细胞,获得了6种复制缺陷性重组腺病毒Ad5-N、Ad5-P、Ad5-M、Ad5-F、Ad5-HN和Ad5-L。酶切结果表明6种重组腺病毒穿梭质粒构建正确;用PCR方法证明所获得的6种重组腺病毒分别携带了上述6个编码基因;用重组腺病毒感染LLC-MK2细胞后用Western blotting和免疫荧光方法检测到了相应仙台病毒编码基因的表达。本研究为仙台病毒BB1株全长基因组的拼接和病毒载体包装系统组建打下了基础。     

狂犬病病毒aG株全基因组序列测定及遗传稳定性分析

目的探究狂犬病病毒(Rabies virus,RV)aG株全基因组序列特征及遗传稳定性。方法严格按疫苗生产工艺进行传代,提取主种子批、工作种子批及疫苗原液病毒RNA,通过RT-PCR技术扩增全基因组各片段基因,然后分别将其克隆到p GEM-T载体中,并进行序列测定;采用DNAStar软件包对aG株与Gen Bank中4aGV参考株(JN234411)以及18株基因1型RV参考株进行同源性分析。结果 aG株全基因组由11 925个核苷酸组成,共编码3 600个氨基酸。疫苗原液与主种子批全基因组核苷酸和氨基酸同源性均为100%,而工作种子批与主种子批的核苷酸与氨基酸同源性分别为99.97%和99.92%;aG株与4aGV参考株全基因组核苷酸与推导的氨基酸同源性均为99.9%,其与18株基因1型参考株核苷酸与氨基酸序列同源性分别为84.2%~97.6%和93.7%~98.3%;aG株传代病毒与4aGV参考株全基因组氨基酸序列高度保守,且各主要功能区未发生变异。结论狂犬病病毒aG株在实验室长期生产传代过程中,全基因组遗传特性稳定。     

4株SARS冠状病毒基因组5′端序列的分析与比较

利用5′RACE试剂盒对从中国不同地区、不同SARS患者体中分离的SARS—CoV基因组5′端序列进行RT-PCR扩增,并将扩增产物克隆至Teasy vector。扩增片段的序列测定结果表明：所分离的4株SARS—CoV基因组5′端非编码区的核苷酸序列和其他国家和地区报道的序列基本一致,而且所形成二级结构也完全相同,但与已知普通冠状病毒的差别较大。同时发现在依赖于RNA的RNA聚合酶起始密码子上游—197nt处有冠状病毒典型的转录调控核心保守序列5′-CUAAAC-3′。     

J亚群禽白血病病毒蛋鸡分离株SD07LK1全基因组核苷酸序列的比较分析

[目的]分析我国ALV-J蛋鸡分离株的来源和进一步演变趋势.[方法]以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组:DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成9对引物,经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序.[结果]用:DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列.[结论]将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明,ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守,各毒株间对应基因的同源性分别在95.O%以上,env基因的同源性仅为88.6%～94.0%.     

莴苣花叶病毒浙江余杭分离物基因组全序列及其结构分析

测定了莴苣花叶病毒(LMV)浙江余杭分离物基因组全序列.此病毒分离物基因组由10*!080个核苷酸组成,具典型的马铃薯Y病毒科成员基因组结构,与已报道的欧洲、美国和巴西LMV核苷酸同源性为96.7%～98.8%,氨基酸同源性97.8%～99.0%.根据外壳蛋白氨基酸序列和5′端非编码区核苷酸序列分析比较及分子进化树分析,可将全球LMV分为西欧-加利福尼亚、希腊和也门3个类群.LMV有可能起源于加利福尼亚州向西欧,进而向希腊和也门扩展,浙江余杭LMV有可能来源于加利福尼亚州和西欧.     

西瓜花叶病毒中国分离株全基因组核苷酸序列测定

西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)是马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员,主要危害西瓜和甜瓜,引起花叶病。在田间,该病害主要由蚜虫以非持久性方式传播。西瓜和甜瓜花叶病在国内陕西、山东、云南、辽宁、山西、新疆、河南和黑龙江等地广泛发生[1-6]。从20世纪80年代中期开始发生,逐渐上升为普遍发生的主要病害。我国大部分地区因西瓜和甜瓜病毒病造成的损失为30%~50%,甚至会绝产,西瓜花叶病毒已经成为制约西瓜和甜瓜高产稳产最主要的因素之一[7]。到目前为止,多数工作集中在对西瓜和甜瓜病毒病的鉴定,在分子生物学上仅限于对CP基因…     

The Complete Nucleotide Sequence of Odontoglossum Ringspot Virus (Cy-1 Strain) Genomic RNA

The complete nucleotide sequence of the genomic RNA of odontoglossum ringspot virus Cy-1 strain (ORSV Cy-1) was determined using cloned cDNA. This sequence is 6611 nucleotides long containing four open reading frames, which correspond to 126 K, 183 K, 31 K, and 18 K proteins. Its genomic organization is similar to other tobamoviruses, TMV-V(vulgare), TMV-L (tomato strain), tobacco mild green mosaic virus (TMGMV) and cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV). The 5′ non-coding regions of ORSV Cy-1 is 62 nucleotides. The ORFs encoded a 126 K polypeptide and a 183 K read-through product in which helicase-sequence and polymerase-sequence motifs are found. The ORFs encoding the 126 K and 183 K proteins have 61% and 63% identities with those of TMV-V. The third ORF encoded a 31 K protein homologous to TMV cell-to-cell movement protein. It has 63% identities with that of TMV-V. The fourth ORF encoded an 18 K coat protein. The 5′ non-coding region, which extends from base 1 to 62 has 2 G residues and a ribosome binding site (AUU). The 3′ non-coding region, 414 nucleotides in length, is entirely different from that of other tobamoviruses.     

1株梅花鹿源狂犬病街毒株全基因组测序与分析

对1株梅花鹿源性狂犬病街毒株(DRV)进行全基因组克隆,对全长cDNA进行测序分析.RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3'和5'末端采取3,-RACE和5'-RACE方法,9个重叠基因片段序列拼接得到DRV全基因组cDNA序列,共11 863个核苷酸.DRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异,对已完成全基因组测序的几个基因1型毒株分别进行了N、P、M、G、L基因核苷酸及氨基酸的同源性比较.与其他具有代表性的毒株进行N基因序列比较建立的系统进化树表明,DRV毒株属于基因1型,与中国人用疫苗株3aG同源性最高为94%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为71%.本研究结果可为狂犬病毒各项分子生物学研究提供理论参考.     

番木瓜环斑病毒海南分离株全基因组序列分析

番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)是马铃薯Y病毒属(genus Potyvirus)的成员之一.病毒粒体呈线状,长700～900nm,直径为12.5nm.为单分体正链RNA病毒,由多种蚜虫以非持久方式传播.依寄主范围可划分为P型和W型两种.其中P型株系(PRSV-P)是制约生产的重要病原,除了给番木瓜生产带来严重危害,也会危害葫芦科作物.W型株系(PRSV-W)是危害葫芦科作物的主要病原,虽然和PRSV-P型株系血清学反应密切相关,但不侵染番木瓜.     

中国19个狂犬病病毒街毒分离株N基因的序列分析

测定了30年来从不同动物中分离的19个中国狂犬病病毒街毒株N基因的部分核酸序列,并对其核苷酸差异做了比较分析.可将中国狂犬病病毒街毒株分为4个组群,各组间的同源性为83.45%～88.62%.除广西地区分离的狂犬病病毒街毒株彼此差异较大外,其余街毒株的地理分布与其N基因核酸序列差异的距离是密切相关的,基本上可按其地理分布分为东、西二大组.     

Characterization and Complete Nucleotide Sequence of Two Isolates of Tomato mosaic virus

Two virus isolates, designated S1 and TL, were obtained from tomato and camellia root in China, respectively, and their host ranges, symptomatology, serological reactions and complete nucleotide sequences were determined. Isolate TL systemically infected Chenopodium amaranticolor causing leaf chlorosis, but the isolate S1 induced only local necrotic lesions. The complete nucleotide sequences of S1 and TL were determined and consisted of 6384 and 6383 nucleotides (Genbank accessions AJ132845 and AJ417701 ), respectively. Sequence analysis revealed that both isolates have the highest nucleotide sequence identity (over 92%) with Tomato mosaic virus (ToMV), but less (80%) with other tobamoviruses. Phylogenetic analyses based on the amino acid sequences of 30‐kD and 17.5‐kD proteins also indicated that both the isolates form a cluster with the isolates of ToMV. These data suggest that S1 and TL are isolates of ToMV. The possible reasons that TL infected C. amaranticolor systemically but S1 induced only local necrotic lesions are discussed.     

Isolation and Complete Nucleotide Sequence of the Measles Virus IMB-1 Strain in China

The complete nucleotide sequence of the measles virus strain IMB-1,which was isolated in China,was determined.As in other measles viruses,its genome is 15,894 nucleotides in length and encodes six proteins.The full-length nucleotide sequence of the IMB-1 isolate differed from vaccine strains (including wild-type Edmonston strain) by 4%-5% at the nucleotide sequence level.This isolate has amino acid variations over the full genome,including in the hemagglutinin and fusion genes.This report is the first to de...