RNA化学标记技术

RNA是维持细胞生命活动最重要的基础物质之一,越来越多的证据表明它在细胞的生长发育中起重要的调控作用,成为生命科学中兴起的热点.然而,RNA存在时间短且不稳定的特点,造成RNA研究的困难.RNA的空间分布、转录调控机制以及RNA和其他生物大分子的相互作用都需要有效的标记分析方法.随着化学生物学的发展,越来越多的RNA化...     

一种高效经济的高质量植物RNA提取方法

建立了一种高效经济的植物RNA提取方法.在提取缓冲液中加入蔗糖、氯化钾和镁离子以提供对RNA分子的保护.破碎后的细胞于提取缓冲液中裂解后,用酚/氯仿变性并去除内源RNA酶和其他蛋白质,而后用pH 5.6 的NaAc沉淀RNA.用该方法提取RNA的得率较高,经电泳检测,RNA的完整性很好.RNA印迹分析和RT-PCR也都得到很好的结果.该方法还使实验成本大大降低.     

从血液中提取总RNA的一种快速高效方法

血液中含有大量的RNA酶 ,可引起RNA的降解 .防止RNA酶的降解 ,是保证所得RNA片段完整的关键 .目前提取RNA的方法较多 ,但有些方法尚不能完全防止RNA降解 .将TRIZOL方法稍加改进 ,将TRIZOL与异硫氰酸胍联用提取血液淋巴细胞总RNA .琼脂糖凝胶电泳结果表明 ,其 2 8SRNA与 18SRNA的比值为 2∶1,优于单独使用其中任何一种试剂者 .此方法同样适用于从其它细胞中提取RNA .     

RBPMS不同剪接体的真核表达和亚细胞定位

目的：构建具有多种剪接形式的RNA结合蛋白（RBPMS）基因的真核表达载体,并在真核细胞中表达,确定不同形式的RBPMS在细胞中的定位。方法：采用PCR技术从人卵巢cDNA文库中扩增RBPMS基因的几种完整编码序列（命名为RBPl～RBP4）,克隆到带绿色荧光蛋白标签的pEGFP-C1表达载体上,转染人胚肾细胞293T,Western印迹鉴定RBPMS的表达,并利用激光共聚焦显微镜观察RBPMS不同剪接体在细胞中的定位。结果：限制性内切酶分析和DNA序列测定表明构建的重组表达载体正确,Western印迹实验证明RBP1～RBP4表达成功。通过激光共聚焦显微镜观察,RBP1／4围绕胞核在核膜的周围呈聚集状分布;RBP2则在细胞质和细胞核中均有分布,但会出现斑点状聚集;RBP3呈半月状紧密分布在细胞核周围;RBPMS中的RNA识别基序缺失后,这种现象消失,与空载体对照类似,在细胞核和细胞质中均有分布。结论：构建并表达了RBPMS基因的真核表达载体,RBPMS不同剪接体及RNA识别基序缺失后具有不同的亚细胞分布模式,提示具有不同的功能。     

鸡端粒酶RNA基因的克隆

本研究采用扩增条件优化的PCR扩增技术,以MDCC-MSBl细胞基因组DNA为模板扩增出鸡端粒酶RNA(chicken telomerase RNA,chTR)全长基因,克隆到pMD18-T载体中,经酶切鉴定和PCR鉴定后测定序列.序列分析表明所克隆的鸡端粒酶RNA基因全长465 bp,其中模板区的11个核苷(5'-CUAACCCUAAU-3')合成端粒亚单位(TTAGGG)n.chTR基因的克隆为进一步研究chTR在马立克氏病发病过程中的作用以及马立克氏病的发病机制提供可能的序列基础.     

“观察DNA、RNA在细胞中的分布”实验的探究

在“观察DNA、RNA在细胞中的分布”的实验课上,学生对实验操作方法提出质疑,并提出一系列问题.教师对学生的问题进行引导,并创设问题情境,探究出观察DNA、RNA在细胞中的分布的适宜的操作过程.通过本实验,不仅使学生体验了科学探究的乐趣,还掌握了科学探究的一般方法.     

从棉铃虫体中提取总RNA的一种有效方法

昆虫组织细胞中含有大量的RNA酶 ,在提取其RNA时 ,防止RNA酶的降解 ,是保证所得RNA片段完整的关键。目前提取动物组织细胞总RNA的方法主要采用“异硫氰酸胍 酚 氯仿抽提”一步法操作 ,但从昆虫组织细胞中提取RNA尚无明确的方法。本实验根据昆虫组织细胞中RNA的分子结合其它蛋白等次生物质的特性不同 ,适当的调整该方法 ,从棉铃虫中提取到了完整、无降解、纯度高的RNA ,适用于Northern杂交和cDNA合成等分子生物学操作     

脱腺苷酸酶与RNA代谢调控

真核细胞中，RNA 3’端poly(A)或oligo(A)的特异性水解被称为脱腺苷酸化（deadenylation）。脱腺苷酸化的执行者被称为脱腺苷酸酶（deadenylase）。绝大多数真核细胞中都存在多种脱腺苷酸酶，其中CCR4-NOT复合体和PAN2-PAN3复合体负责细胞中大多数mRNA的非特异性降解，PARN和PNLDC1等参与了特定子集mRNA的降解和多种非编码RNA的生物合成。作为RNA水平的重要调控者之一，脱腺苷酸酶参与了几乎所有细胞生命活动和多种重要生理和病理过程。在真核细胞中，脱腺苷酸酶的分子调控机制可能是：细胞中的大量RNA结合蛋白是RNA命运调控的中心分子，一方面根据RNA的状态或细胞需求识别特定的靶标RNA子集，另一方面招募特定脱腺苷酸酶，对特定子集RNA的3’端进行降解或修剪，从而调控RNA的最终命运。细胞中十余种脱腺苷酸酶同工酶、上千种RNA结合蛋白以及多种多样的翻译后修饰构成了复杂的动态分子调控网络，帮助细胞在生长、增殖、分化、应激、死亡等重要生命活动中精确维持RNA稳态或快速转换基因表达谱。     

抑制Dicer基因对shRNA功能发挥的影响

本文将Dicer基因的RNA酶Ⅲ结构域作为靶区,设计并构建了两个抗Dicer基因的小发夹样RNA(shRNA)表达载体,将其转染2215、结肠癌TC细胞和基因组中整合有绿色荧光蛋白基因(GFP)的HepG2 A9细胞,通过RT-PCR评价RNA干扰抑制Dicer基因表达的效率;当HepG2 A9细胞Dicer基因表达被上述RNA干扰抑制时,再转染抗GFP的shRNA表达载体,通过RT-PCR和荧光显微镜观察GFP表达水平.结果显示,在不同细胞系中,这两个抗Dicer基因shRNA表达载体,均能明显抑制Dicer基因的表达;当Dicer基因受抑时,后续转染抗GFP的shRNA表达载体不能有效抑制GFP的表达.结果表明,抗Dicer基因shRNA表达载体,能够明显抑制Dicer基因的表达;shRNA表达载体的功能发挥需要Dicer酶的直接参与.     

代谢酶与RNA相互作用的研究进展

细胞代谢重编程对维持细胞稳态、细胞生长与增殖等细胞过程发挥着重要作用,并广泛参与恶性转化等病理过程。随着高通量分子检测技术的发展,人们发现有些代谢酶不仅能通过催化细胞内各种生化反应参与细胞代谢调控,同时还能结合RNA分子。这些代谢酶不具备经典的RNA结合域。已有研究显示它们可能通过一种负反馈机制调控其结合mRNA的运输、稳定性或翻译,从而将基因表达调控与细胞代谢联系起来。除此之外,酶的代谢产物也可能参与RNA与代谢酶相互作用的调控。重点从近年来发现的具备RNA结合能力的代谢酶、代谢酶与RNA的相互作用方式、RNA结合蛋白的鉴定与验证、代谢调控机制以及这些代谢酶与RNA相互作用如何调控复杂的细胞活动和疾病的发生发展过程进行综述。     

Qβ噬菌体RNA复制酶基因的克隆及在大肠杆菌中的表达

构建了带有Qβ噬菌体RNA复制酶cDNA基因的重组表达质粒pKK-Rep,采用电泳分析的方法考察了不同浓度的IPTG、不同的葡萄糖浓度对pKK-Rep在E.coli JM109中表达RNA复制酶蛋白的影响。结果表明,0.01mmol/L IPTG可以有效诱导pKK-Rep表达RNA复制酶蛋白,但表达的RNA复制酶蛋白大多数为不溶性蛋白。在培养基中添加0.02%的葡萄糖对该RNA复制酶蛋白的组成型表达无明显的影响,但当葡萄糖浓度增加至0.04%-1.0%时,这种组成型表达量显著降低。采用MDV－poly( )RNA作为模板来体外检测可溶性表达蛋白的活性,结果表明其具有体外特异扩增RNA模板的活性。     

非编码RNA与相分离

相分离是细胞内无膜细胞器动态组装的主要驱动力,参与多种生物学过程,成为近年来生命科学领域的研究热点.已有研究发现两类非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)与相分离密切相关,其中微小RNA(microRNA,miRNA)的加工受相分离的调节,并通过相分离诱导基因沉默.另一类长链非编码RNA(long n...     

小分子RNA在植物叶发育中的调控作用

叶发育是叶原基细胞有序的分裂、生长和分化的过程,受到植物激素和多个转录因子的严格调控.近年的研究表明,在叶片发育的过程中,小分子RNA是基因调控网络的重要组分.小分子RNA通过对其中一些转录因子的抑制作用,影响其表达水平和空间分布,维持叶的正常发育.本综述介绍了小分子RNA及其靶基因调控模块在叶片发生、 叶片形状、叶子极性发育和叶子衰老等过程中的调控作用,并展望了未来研究中新方向.     

环状RNA调控TBK1表达影响肿瘤发生发展

TANK结合酶1(TANK-bindingkinase 1,TBK1)是一种丝氨酸/苏氨酸激酶,在机体先天免疫调节、细胞选择性自噬、细胞凋亡、细胞再生中发挥重要作用,与肿瘤的发生密切相关.环状RNA(circle RNA,circRNA)是新型的闭合环状非编码RNA,其生物功能及与肿瘤的联系受到国内外学者广泛关注.近年...     

microRNA的研究进展

在多细胞生物的基因组中都存在一类非编码RNA基因,能够产生长度约为22个核苷酸的小分子RNA,称为microRNA（miRNA）,具有调节其他基因表达活性的功能。miRNA的发现,为我们理解复杂的基因调节网络开辟了新的空间。本文概述了miRNA的产生过程、转录抑制机理、研究并预测miRNA的方法等。     

狼疮La蛋白的分子生物学研究进展

狼疮La蛋白,又叫La核糖核蛋白、La自身抗原或干燥综合征B型抗原,是原发性干燥综合征的特异性自身抗原之一。La蛋白拥有多种结构和运输元件,可定位于不同的亚细胞部位与RNA相互作用。通常I丑蛋白主要存在于细胞核内,作为RNA聚合酶Ⅲ的转录因子,与RNA聚合酶Ⅲ转录新生产物结合,调节其转录终止,在转录后发挥分子伴侣作用,稳定RNA前体并促进其正确折叠,帮助其进行加工处理。La蛋白还可以与一类拥有内部核糖体进入位点的细胞内mRNA和病毒RNA结合,调节这类RNA的表达翻译;也可在细胞凋亡时被颗粒酶B酶解,产生特异性酶解片段,诱导特异性抗La自身抗体和干燥综合征的生成。我们就I丑蛋白的分子生物学方面的近期研究进展进行综述。     

细胞RNA影像解析技术的研究进展

RNA具有独特的三维结构和种类繁多的生物学功能,广泛参与细胞的各类生命活动,与多种疾病的发生与发展密切相关.长期以来,科学家们一直在追求可以对细胞中RNA的丰度和分布进行解析的技术.该文将对多种细胞RNA影像解析技术的研究进展进行介绍,并将对最有希望成为活细胞RNA理想标记成像技术的荧光RNA进行重点介绍,包括它的种类...     

RNA空间编码探析

RNA空间结构同线性结构一样包含着重要的生物信息。RNA空间编码蕴含了RNA功能信息。RNA空间编码具有简并性、通用性、动态性、重叠性、间隔性和方向性等性质。本文对RNA空间编码的概念和性质进行了初步探讨。     

MCF-7细胞在亚多层中细胞膜极性的变化

人乳腺癌细胞株MCF-7细胞于微孔滤膜上经较长时间培养后形成亚多层。表层细胞保持了单层MCF-7细胞所具有的形态学极性与膜极性特征。免疫酶细胞化学技术显示,97.5%的细胞表达了表面乳脂球膜抗原MAM-6,并且该抗原呈顶面极性分布。深层细胞没有面向培养液的游离面,缺乏形态学极性特征,仅??12.9%的细胞表达表面MAM-6,且呈无极性随机分布。深层细胞胞质的MAM-6免疫染色强度大于表层细胞。本研究结果提示,非对称性空间环境(由液相空间与固相空间构成)对于MCF-7细胞的膜极性的建立是必需的。     

乙酰肝素酶siRNA对人膀胱癌T24细胞株侵袭能力的影响

目的:观察乙酰肝素酶(Heparanase,HPSE)小干扰R N A(small-interfering RNA,siRNA)对人膀胱癌细胞株侵袭力的影响.方法:体外化学合成一段乙酰肝素酶特异性小干扰RNA(siRNA)序列,以阳离子脂质体介导将不同浓度的siRNA转染至膀胱癌细胞系T24细胞中,应用逆转录—聚合酶链反应(RT-PCR)法检测转染前后T24细胞中HPSE mRNA表达,采用transwell小室侵袭试验测定肿瘤细胞的体外侵袭力.结果:转染HPSE siRNA可以显著降低T24细胞中的HPSE mRNA表达,HPA siRNA处理细胞48小时,与对照组相比,各有效浓度的HPSE siRNA可显著抑制T24细胞的体外侵袭能力(P＜0.05).结论:以siRNA阻遏乙酰肝素酶在膀胱癌细胞中表达可以成功地抑制膀胱癌细胞侵袭能力,通过应用RNA干扰技术等方法抑制乙酰肝素酶活性可能可以应用于临床治疗膀胱癌.