丙型肝炎病毒基因分型及core蛋白区的分子演化分析

目前有多种方法对丙型肝炎病毒进行基因分型,但尚无一个“金标准”．为确定丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域,从GenBank中筛选出15条对各成熟肽区域有注释,来源于不同国家地区的丙型肝炎病毒全基因组序列,分别对5′UTR区、core区、E1区、E2区及NS5B区建系统进化树．结果发现,以5′UTR区建树基因分型不完全正确,而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异．计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较,结果发现,NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株间的演化关系．同时分析各序列的core区的分子演化,为发明针对core区的新的PCR-RFLP基因分型方法提供新思路．     

用生物信息学方法确定丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域

从Genbank中筛选出15条对各成熟肽区域有分别对5'UTR区,core区,E1区,E2区及NS5B区建系统进化树.结果发现以5'UTR区建树,基因分型不完全正确而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异.计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较.结果发现NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株的演化关系.用生物信息学方法,比较丙型肝炎病毒的5个常用的基因分型区域,确定NS5B区为丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域.     

用系统进化树重建方法确定HCV基因分型的最佳区域

从系统进化树重建原理出发,比较了HCV常用的几个基因分型区域的分型效果,包括5′UTR、core、E1、E2和NS5B区,探讨最能代替全基因组基因分型的区域.结果发现以5′UTR区建树,基因分型不完全正确而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异.计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较,结果发现NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株的演化关系.确定NS5B区为丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域.     

丙型肝炎病毒非结构蛋白5B的研究进展

已知丙型肝炎病毒非结构蛋白(NS5B)具有RNA依赖的RNA聚合酶的功能,负责病毒基因组的复制。通过体外表达及晶体衍射分析,目前对NS5B的三维结构已有了清晰的描述,对顺B催化该病毒基因组复制的分子机制也有了初步了解;对RNA聚合酶抑制物的研究将为人工设计特异性的抗该病毒药物奠定扎实基础。     

丙肝病毒融合抗原基因NS3-C定点整合入衣藻 叶绿体基因组的研究

用PCR方法从丙型肝炎病毒(HCV) cDNA文库中克隆了两段DNA片段,即HC基因组非结构NS3区抗原基因(约0.7 kb)和核心抗原C区抗原基因(约0.6 kb)的cDNA片段。在两段cDNA间加入连接肽Ser-Pro-Gly-Ser的密码子序列,构建成融合抗原基因NS3-C。将该融合基因与衣藻叶绿体基因atpA的启动子和rbcL基因的3'末端连接,得到丙肝病毒融合抗原基因NS3-C表达盒,再将该表达盒与选择标记基因aadA表达盒和衣藻叶绿体基因组同源片段连接,构建成衣藻叶绿体转化载体pSS6。基因枪法转化衣藻叶绿体,经壮观霉素筛选获得转化再生的单藻落,对转基因衣藻的PCR和Southern杂交分析表明,融合抗原基因NS3-C已整合到衣藻叶绿体基因组中。 Abstract:　Two DNA fragments encoding the nucleocapsid (C) region protein and the non-structural region 3 (NS3) protein of hepatitis C virus(HCV) were amplified from cDNA library by using PCR method. The 5' terminal of C cDNA fragment was linked up with the 3' terminal of NS3 cDNA fragment by a oligonucleotide linker Ser-Pro-Gly-Ser to form a chimeric gene NS3-C, which was placed under the control of the chloroplast atpA promoter and rbcL 3' region of Chlamydomonas reinhardtii to construct the chimeric gene NS3-C cassette. Then the NS3-C cassette was linked with selectable gene aadA cassette and the chloroplast homologous fragments of Chlamydomonas reinhardtii to generate transformation vector pSS6. Chloroplasts of Chlamydomonas reinhardtii were transformed by particle bombardment. Plastid transformants were selected by their resistance to 100 mg/L of spectinomycin. PCR and Southern hybridization analysis showed that the chimeric gene NS3-C had been integrated into chloroplast genome of Chlamydomonas reinhardtii.     

丙型肝炎病毒基因组结构及功能

丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）是单股正链的RNA 病毒,全长为9.6 kb,包括1个大的开放阅读框（ORF）和两侧的5′,3′非编码区（UTRs）.核糖体通过进入HCV 5′UTR 端的内部核糖体进入位点（IRES）,将HCV基因组翻译成1个聚蛋白前体.前体聚蛋白被宿主和病毒的蛋白酶共同切割成为若干个具有独立功能的HCV蛋白,根据功能的不同分别命名为C、E1、E2、p7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A 和NS5B,它们不但在HCV的生活史中发挥着重要的作用,也影响着宿主细胞的信号传导、凋亡及物质代谢等一系列生化过程.近年来,随着HCV体外细胞摸型的不断发展,其病毒分子生物学方面的研究取得了很大的进展.本文从基因组结构及其编码的蛋白功能等方面阐述了HCV病毒的研究进展,为致病机理的研究及抗HCV药物的开发和疫苗研制等提供理论基础.     

丙型肝炎病毒

<正>1989年,美国Chiron公司在世界上率先克隆了引起非甲非乙型肝炎的丙型肝炎病毒(HCV)的基因片段,并由此开发了C100-3抗体检测系统。1990年,冈本等人发现HCV结构基因中含有5＇非编码区(5＇noncoding region),从而使HCV的基因组成、分子生物学活性及免疫化学方面的抗原决定基等研究迅速进展,从临床及基础研究两方面逐渐搞清楚了其全貌。本文仅简述用PCR法诊断HCV基因组的过程。     

丙型肝炎病毒中国株非结构蛋白2～3部分基因cDNA克隆序列分析及表达

丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)是输血后和许多社区获得性非甲非乙肝炎的主要致 病因子.HCV为单股正链RNA病毒,其基因组长约9.5Kb,编码区含一个大开放读码框架, 编码3010-3033氨基酸残基的多蛋白前体,经宿主蛋白酶和病毒蛋白酶加工成具有生物 学功 能的成熟蛋白.HCV各区域的分布顺序是:C-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4A-NS4B-NS5A- NS5 B[1].本文我们应用RT-PCR方法从HCV患者血清中扩增编码病毒蛋白酶的非结构蛋 白(NS2-NS3)部分基因,对其核苷酸序列进行了分析,并在大肠杆菌中获得了良好表达.     

表达丙型肝炎病毒NS3抗原的重组腺病毒构建及体外表达

为探索研制丙型肝炎疫苗的新途径,以期获得防治丙型肝炎的重组腺病毒减毒活疫苗,我们构建了表达丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus ,HCV)非结构蛋白3(non structural protein 3,NS3)抗原的重组腺病毒RAd NS3,并检测其在体外表达。应用PCR从真核表达质粒pRC/NS3 中扩增编码HCV NS3 蛋白(329-935aa)的基因片段,定向克隆到重组腺病毒AdEasy-1系统的穿梭质粒pAdTrack CMV上,采用细菌内同源重组"两步转化法"构建携带HCV NS3基因的重组腺病毒基因组质粒pAd HCV NS3,转染293 细胞,成功包装出重组腺病毒RAd NS3,利用它有效地感染人肝癌细胞株HepG2,经RT PCR及免疫印迹等不同方法检测表明,被感染细胞能表达HCVNS3蛋白,为后续进行重组腺病毒在动物体内诱导抗HCV免疫应答能力的研究奠定了基础。     

HCV NS5A蛋白结构及生物学功能的研究进展

丙型肝炎是丙型肝炎病毒(HCV)感染引起的,是导致肝硬化和肝癌的主要病因。HCV感染已成为严重危害人类健康的社会公共卫生问题。HCV非结构蛋白5A是近年来HCV抑制剂研究的重要靶点及热点,本文对NS5A的三个结构域以及各个结构域在丙肝病毒复制、病毒颗粒组装及释放方面的生物学功能的研究进展进行了综述,为NS5A抑制剂作用机制的研究提供了广泛的思路,有利于对NS5A抑制剂的研制。     

表达丙型肝炎病毒NS3抗原的重组腺病毒构建及体外表达

为探索研制丙型肝炎疫苗的新途径,以期获得防治丙型肝炎的重组腺病毒减毒活疫苗,我们构建了表达丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus ,HCV)非结构蛋白3(non-structural protein 3,NS3)抗原的重组腺病毒RAd-NS3,并检测其在体外表达.应用PCR从真核表达质粒pRC/NS3中扩增编码HCV NS3 蛋白(329-935aa)的基因片段,定向克隆到重组腺病毒AdEasy-1系统的穿梭质粒pAdTrack-CMV上,采用细菌内同源重组"两步转化法"构建携带HCV NS3基因的重组腺病毒基因组质粒pAd-HCV NS3,转染293细胞,成功包装出重组腺病毒RAd-NS3,利用它有效地感染人肝癌细胞株HepG2,经RT-PCR及免疫印迹等不同方法检测表明,被感染细胞能表达HCV NS3蛋白,为后续进行重组腺病毒在动物体内诱导抗HCV免疫应答能力的研究奠定了基础.     

丙型肝炎病毒NS5A蛋白的生物学调节作用

丙型肝炎病毒(HCV)是一种正链RNA病毒,基因的编码产物包括10余种结构和非结构蛋白等.NS5A是HCV编码的一种非结构蛋白,在酪蛋白激酶Ⅱ(CK Ⅱ)的催化作用下发生磷酸化修饰.在某些情况下,HCV NS5A的变异与干扰素(IFN)治疗的敏感性有关.NS5A与双链RNA蛋白激酶(PKR)之间的结合不仅与IFN的敏感性有关,而且与感染HCV的细胞发生恶性转化的过程有关.与正常细胞恶性转化有关的机制,还包括NS5A对生长因子受体结合蛋白(Grb2)?接头蛋白、细胞周期及细胞增殖的调节等环节.     

NS5B与HCV负链RNA 3＇末端特异性结合的分析

NS5B是RNA依赖性RNA聚合酶,在病毒RNA合成过程中起到中心催化酶的作用.在大肠杆菌中表达和提纯了GST-NS5B融合蛋白,应用紫外交联试验(UVcross-linking)检测NS5B与丙型肝炎病毒(HCV)负链RNA3＇末端的结合,确定NS5B是否参与HCV负链RNA3＇末端复制体的形成.NS5B可与HCV负链RNA3＇末端发生结合,这种结合存在量效关系,比与正链RNA3＇UTRX区的结合强约10倍,超大量的非同源性RNA和蛋白质不能竞争抑制NS5B与负链RNA3＇末端的结合,证明这种结合存在特异性.结果提示NS5B是HCV负链RNA3＇末端复制体的成分之一.     

丙型肝炎病毒

本文综述了丙型肝炎病毒的分类学地位,基因组结构,病毒蛋白质,实验室诊断,及传播方式和致病性等内容。强调了丙型肝炎病毒是第一个通过分子生物学发现和鉴定的病毒。     

科学家破译乙肝病毒基因组新编码基因

近日 ,我国科学家在世界上首次成功破译了乙型肝炎病毒 (HBV)基因组新的编码基因 ,从而在对乙型肝炎病毒相关疾病的防治研究方面取得重要进展。这一研究成果是由全军病毒性肝炎防治研究重点实验主任、解放军第 30 2医院首席专家、内科传染病学和生物化学与分子生物学博士生导师成军领导的课题组研究取得的。他们发现的乙型肝炎病毒基因组两个新的编码基因——前 -前 - S基因和前 - X基因 ,改写了医学界 2 5年来认为在乙型肝炎病毒基因组中只有 4个开放读码框架的历史。这一发现表明 ,乙型肝炎病毒基因组中的开放读码框架不是 4个 ,而是 6…     

丙型肝炎病毒NS2-3蛋白酶基因在Sf9昆虫细胞中的表达

丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)为单股正链RNA病毒,其基因组长约9.5kb,5'端和3'端各有一个长约345bp和60bp的非编码区,编码区含一个大开放读码框架,编码3 010aa～3 033aa残基的多蛋白前体.     

丙型肝炎病毒北京株NS3基因的克隆及测序

用ＲＴ－ＰＣＲ方法从北京株丙型肝炎病毒中扩增出ＮＳ３区基因片段,该片段经ｐＧＥＸ－Ｔ载体克隆到大肠杆菌ＤＨ５α菌株中．经自动序列分析仪测出ＮＳ３基因的７２８ｂｐ长的核酸序列．发现在该片段中第３１位核苷酸发生Ａ→Ｔ突变,产生一个终止突变．这表明,丙型肝炎病毒北京株存在一定的变异,产生缺陷型病毒,这类缺陷型病毒的出现可能是丙型肝炎病毒持续性感染的原因之一．     

丙型肝炎病毒基因组C区和NS3区基因cDNA的融合及其在大肠杆菌中的…

通过逆转录－聚合酶链式反应,从中国人丙型肝炎病毒携带者的血清中扩增并克隆到２段ｃＤＮＡ片段,即ＨＣＶ基因组Ｃ区抗原基因Ｃ８３１ｃＤＮＡ片断和ＮＳ３区抗原基因Ｃ３３ｃＤＮＡ片段同Ｃ８３１ｃＤＮＡ片段经连接肽Ｓｅｒ－Ｐｒｏ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ连接成为基因嵌合体Ｃ３３ｃＤＮＡ片段同Ｃ８３１ｃＤＮＡ片段经连接肽Ｓｅｒ－Ｐｒｏ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ连接成为基因嵌合体Ｃ３３ｃ－Ｃ８３１．Ｃ３３ｃ－Ｃ８３１基因嵌合体同温     

国外研究信息

丙型肝炎病毒通过NS5A介导的炎性细胞因子产生紊乱逃避NKG2D依赖的自然杀伤细胞反应了解丙型肝炎病毒(HCV)如何诱导和逃避宿主自然杀伤(NK)细胞介导的免疫反应对设计有效的治疗方案具有重要意义。该研究报道了HCV逃避NK细胞介导反应的一种新策略,即通过降低NKG2D活化受体的表达。该研究表明,慢性HCV感染与肝细胞上NKG2D的配体     

NS5B与HCV负链RNA 3′末端特异性结合的分析

NS5B是RNA依赖性RNA聚合酶，在病毒RNA合成过程中起到中心催化酶的作用，在肠杆菌中表达和提纯了GST－NS5B融合蛋白，应用紫外交联试验（UV cross-linking）检测NS5B与丙型肝炎病毒（HCV）负链RNA3′末端的结合，确定NS5B是否参与HCV负链与HCN负链RNA3′末端复制体的形成。NS5B可与HCV负链RNA3′末端发生结合，这种结合存在量效关系， 比与正链RNA3′UTR X区的结合强约10倍，超大量的非同源性RNA和蛋白质不能竞争抑制S5B与负链RNA3′末端的结合，证明这种结合存在特异性。结果提示NS5B是HCV负链RNA3′末端复制体的成分之一。