长爪沙鼠的遗传多样性分析

利用17个微卫星DNA标记对Z:ZCLA长爪沙鼠封闭群、野生群和近交系进行遗传多样性分析, 评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果表明：在Z:ZCLA封闭群和野生群中共有9个微卫星DNA标记获得稳定的结果, 分别为AF200940、AF200941、AF200942、AF200945、AF200946、AF200947、D11Mit128、PKC和 SCN, 共检测到41个等位基因, 每个基因的等位基因数从1～7不等, 片段大小在120～283 bp之间, 所有位点的平均期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)值分别为0.5032和0.4656, Z:ZCLA封闭群和野生群9个微卫星位点平均有效等位基因数分别为2.78和2.89, 平均基因杂合度分别为0.3704和 0.3893, 平均多态信息含量分别为0.3256和0.3344, 两个群体都表现为中度多态, Z:ZCLA封闭群较野生群稍低; 在3个近交系中共有8个位点获得稳定的扩增结果, 分别为AF200941、AF200942、AF200945、AF200946、AF200947、D11Mit128、PKC和 SCN, 共检测到11个等位基因, 片段大小在140~241 bp之间, 其中5个位点在群体内表现为单态纯合, 3个位点在群体内表现为单态杂合, 所有位点在群体内和群体间均呈单态性, 表明这3个长爪沙鼠品系基本符合近交系的要求, 微卫星标记技术适用于近交系长爪沙鼠的遗传检测。     

微卫星DNA与生化标记分析对长爪沙鼠群体遗传分析的比较

目的比较生化标记和微卫星DNA标记方法对长爪沙鼠群体遗传分析的可靠性。方法应用27个生化位点和13个微卫星DNA位点,采用已建立的生化标记和微卫星DNA标记分析方法对国内2个长爪沙鼠群体进行遗传分析,计算并比较两种方法测得的各群体遗传参数。结果生化基因位点中有13个位点在整体中呈现遗传多态性,多态率为48.1%;微卫星位点中有11个位点在整体中表现出多态性,多态率均为84.6%。两种方法测得的平均有效等位基因数趋于一致,微卫星DNA的多态位点百分率和平均杂合度均明显高于生化标记方法。但生化标记和微卫星DNA检测对两个长爪沙鼠群体的遗传多样性差异反映一致,所反映的群体平衡状况也基本一致。结论生化标记分析和微卫星DNA方法均可较好地反映长爪沙鼠群体遗传结构。     

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

Z:ZCLA长爪沙鼠微卫星标记的遗传多态性研究

通过对9个微卫星座位的扩增,研究了Z：ZCLA长爪沙鼠的遗传多态性。结果表明,Z：ZCLA长爪沙鼠在其中1个位点上只有一个等位基因,在其它位点上均有2～4个等位基因,平均等位基因数2．6个。平均杂合度0．4684,平均多态信息量0．4166,平均有效等位基因数2．1756。全群基因纯合度从0．1111～0．5555,平均0．3389,提示目前本群遗传多样性水平处于中度多态。     

三个野生群体日本囊对虾遗传多样性的SSR分析

为了解野生种群日本囊对虾遗传分化和改良遗传育种,用SSR技术对福建厦门(XM)、广东湛江(ZJ)、广西北海(BH)3个地区野生日本囊对虾进行遗传多样性的研究。采用了10对微卫星引物对3个野生种群进行分析,10个微卫星位点在3个种群中均表现为高度的多态性,每个位点平均检测到3.87个等位基因;平均多态信息含量为0.5893;3个群体的观测杂合度分别为0.6243、0.5704、0.4661,全部群体观测杂合度平均为0.5536;期望杂合度分别为0.7193、0.6189、0.6226,全部群体平均期望杂合度为0.6536。这说明3个野生种群在10个微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。基于Nei's遗传距离的聚类分析显示厦门群体和湛江群体的遗传距离较近。     

用19个生化基因位点研究普通级Z:ZCLA长爪沙鼠的遗传多样性

目的调查Z:ZCLA长爪沙鼠原种群普通级长爪沙鼠的遗传多样性。方法用本实验室自行建立的长爪沙鼠19个生化基因位点的乙酸纤维素膜电泳技术并结合基本群体遗传学指标研究了普通级Z:ZCLA长爪沙鼠100个家系的遗传多态性。结果Z:ZCLA长爪沙鼠在Es-1、Car-2、Hbb、Gpi-1、Cs-1、Ce-2I、dh-l、Mod-1呈单态,在Es-2、Es-3、Es-4、Es-6、Es-8、Es-9、Es-10、pd-1、gm-1、Trf、Akp-1个位点上呈现多态性,等位基因从2~4个不等,平均等位基因数3.0,平均杂合度0.512,平均多态信息量0.455。结论提示目前本群遗传多样性水平处于中度多态。     

稀有鮈鲫近交系微卫星多态性分析

利用17对微卫星引物对稀有鮈鲫（Gobiocypris rarus）野生群体和近交系F20和F22进行了遗传分析。结果表明在野生群体中17个微卫星位点均为多态位点,但在F20中仅有6个多态位点,F22中则仅有4个多态位点。在野生群体中共检测到64个等位基因,F20、F22分别为26、21个。近交系的平均基因纯合率均较高,其中F20为86.18%,F22达91.96%,而野生群体平均基因纯合率为46.84%。近交系平均杂合度和平均多态信息含量均较野生群体低。在近交系F20和F22中,群体间遗传相似性指数最大,其遗传距离最小,说明二者之间的亲缘关系最近。HAN系遗传多样性明显降低,已具有较高的遗传纯度。     

栖息条件对中华蜜蜂遗传多样性的影响

为了评估不同栖息条件对中华蜜蜂(简称中蜂)种群遗传多样性的影响,本研究运用微卫星标记的方法,对皖南山区4个不同采样点120个中华蜜蜂群体的2400只工蜂样本进行了分析.结果表明:与天然林野生中蜂群相比,单一茶树种植结构下,皖南中蜂群的等位基因数、平均期望杂合度和多态信息含量的差异均不显著;人工驯养中蜂群的等位基因数、多态信息含量差异显著,平均期望杂合度差异不显著;2006年采集的野生中蜂群与天然林野生中蜂群的等位基因数、平均期望杂合度和多态信息含量均差异显著.各种群间存在极显著的遗传分化,平均分化系数为0.32.说明皖南地区茶树单一化种植不会影响中蜂的遗传结构与资源保护.     

三峡库区5 个鲢群体遗传变异的微卫星分析

研究利用10 个高度多态的微卫星标记对三峡水库秭归、巫山、云阳、忠县、木洞等5 个库区鲢(Hypophthalmichthys molitrix)的野生群体进行了遗传多样性分析。检测到161 个等位基因, 群体共有等位基因84 个, 每个微卫星位点的等位基因数729 不等。平均观测杂合度Ho 为0.7840.846, 平均期望杂合度He 为0.8280.847, 平均多态信息含量PIC 为0.7970.817。Fst 值为-0.0010.009, 表明5 个鲢群体间没有遗传分化。Hardy-Weinberg 平衡检验表明巫山、云阳、木洞群体在一些位点上偏离遗传平衡。Bottleneck 分析显示长江三峡库区江段的鲢群体可能在历史上经历了遗传瓶颈。5 个群体间的遗传相似系数为0.8910.950, 遗传距离为 0.0500.115, 根据 Nei's 遗传距离所绘制的聚类图, 表明鲢群体间的遗传距离与其地理距离基本一致。贝叶斯分析结果也证实三峡库区5 个鲢群体可视为一个类群。尽管没有检测到遗传分化, 数据清晰地表明三峡库区的鲢群体仍有很高的遗传多样性, 研究结果为三峡地区和长江上游的鲢种质资源保护和种群评估提供了参考。       

Genetic structure and diversity of natural and domesticated populations of Citrus medica L. in the Eastern Himalayan region of Northeast India

Citron (Citrus medica L.) is a medicinally important species of citrus native to India and occurs in natural forests and home gardens in the foothills of the eastern Himalayan region of northeast India. The wild populations of citron in the region have undergone rapid decline due to natural and anthropogenic disturbances and most of the remaining individuals of citron are found in fragmented natural forests and home gardens in the region. In order to assess the genetic structure and diversity of citron in wild and domesticated populations, we analyzed 219 individuals of C. medica collected from four wild and eight domesticated populations using microsatellite markers. The genetic analysis based on five polymorphic microsatellite loci revealed an average of 13.40 allele per locus. The mean observed and expected heterozygosity values ranged between 0.220–0.540 and 0.438–0.733 respectively among the wild and domesticated populations. Domesticated populations showed close genetic relationships as compared to wild populations and pairwise Nei's genetic distance ranged from 0.062 to 2.091 among wild and domesticated populations. Analysis of molecular variance (AMOVA) showed higher genetic diversity among‐ than within populations. The analysis of population structure revealed five groups. Mixed ancestry of few individuals of different populations revealed exchange of genetic materials among farmers in the region. Citron populations in the region show high genetic variation. The knowledge gained through this study is invaluable for devising genetically sound strategies for conservation of citron genetic resources in the region.     

实验兔三个封闭群微卫星DNA多态性遗传分析

目的 对日本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰兔三个封闭群体开展群体遗传学分析.方法 利用10个微卫星位点,进行Hardy-Weinberg平衡(HWE)检验,统计三个种群的基因频率、观测杂合度、期望杂合度、F值和遗传距离.结果 青紫蓝品种在12L1E11位点,新西兰品种在INRACCDDV0087位点与INRACCDDV0203位点,日本大耳白兔在Sat12位点与INRACCDDV0203,P＜0.05,显著偏离HWE,多数表现为杂合子缺陷;三个群体在Sat13、So144、6L1F10、7L1F1、12L4A1、INRACCDDV0016点上均符合HWE;各位点平均等位基因数5.9,种群整体基因频率差别较大,其范围为0 -0.9060;三个种群的平均观测杂合度为0.6204,平均期望杂合度为0.6178;群体间分化系数(Fst)平均为0.0750,日本大耳白兔和青紫蓝兔遗传距离最近为0.1223,青紫蓝兔与新西兰兔遗传距离最远为0.1934.结论 三个种群的遗传结构均表现出遗传稳定性和均一性,在10个微卫星位点上呈现高度多态性,种群间遗传分化明显.     

应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析

目的检测国内Et本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰白兔的遗传背景及遗传结构,为封闭群兔遗传检测方法建立和标准化提供基础资料。方法应用18个微卫星标记及荧光标记一半自动基因分型技术对三个群体95个个体进行Hardy．Weinberg检测,统计每个位点等位基因频率、杂合度、F值、遗传距离等信息。结果三个种群平均等位基因观测数为3．167、4．556、3．444,平均观测杂合度为0．444、0．5230、0．4976。18个位点平均多态信息含量（PIC）为0．410、0．549、0．470,日本大耳白兔6个位点HWE检验（P〈0．05）,显著偏离Hardy—Weinberg平衡,并在Satl3,INRCCDDV0088位点基因型完全纯和,新西兰白兔和青紫蓝兔分别有2个位点显著偏离Hardy—Weinberg平衡。三个种群遗传距离：青紫蓝兔与新西兰白兔遗传距离最近,为0．124,与日本大耳白兔遗传关系最远,为0．320;新西兰白兔与日本大耳白兔较远,为0：10。结论三个种群有各自不同遗传特征,遗传多样性较高,种群间分化明显。个别位点偏离遗传平衡,推测人工繁育过程中存在一定问题。     

青鱼野生与养殖群体遗传变异的微卫星分析

研究利用自主开发的12个微卫星标记, 对来自于长江水系4个野生群体(湖北石首、湖南湘江、江苏邗江、浙江嘉兴)和1个养殖群体(江苏吴江)青鱼(Mylopharyngodon piceus)进行遗传多样性和遗传结构分析。遗传多样性分析结果显示这12个位点多态信息含量(PIC)介于0.660—0.923, 表明这12个位点均具有高度多态性(PIC>0.5)。5个群体的平均等位基因数(N_a)介于7.917—11.667, 平均有效等位基因数(N_e)介于4.837—6.035; 平均观测杂合度介于0.713—0.861; 平均期望杂合度介于0.749—0.819; 平均多态信息含量介于0.711—0.788, 表明这5个群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离分析结果表明4个野生群体之间遗传距离较近, 养殖群体与这4个野生群体遗传距离均较远。UPGMA系统进化树显示, 湘江群体和石首群体首先聚为一支, 然后与邗江群体和嘉兴群体聚为一支, 最后与吴江养殖群体聚为一支。这12个微卫星位点具有较为丰富的遗传多样性特征, 可以用于青鱼不同群体的种质资源的评估和遗传多样性的分析。     

薇菜SSR分子标记的开发及遗传多样性初步探讨

利用改良FIASCO法(Fast Isolation by AFLP Sequences COntaining repeats)开发出的9对多态性SSR引物评价了薇菜(Osmunda japonica Thunb.)2个野生居群(庐山和恩施)、1个栽培居群(恩施)的遗传多样性和遗传分化水平。结果显示,9个SSR标记在3个薇菜居群中共检测到47个等位基因,每个SSR位点的平均等位基因数为5.222个,观测杂合度和期望杂合度分别为0.000~0.944和0.577~0.834,香农指数为0.962~1.860,表明各SSR位点多态性较高;各居群的平均期望杂合度均大于平均观测杂合度且种内近交系数均为正值,说明3个薇菜居群中都存在非随机交配现象;对各居群的相关遗传多样性参数分析表明,恩施野生居群遗传多样性最高,而其栽培居群最低;庐山野生居群与恩施野生居群间遗传分化系数为0.092,说明两地野生薇菜居群的遗传分化程度较低,AMOVA分析也表明遗传变异主要存在于野生居群内部。     

用微卫星标记分析皱纹盘鲍群体的遗传变异

利用微卫星标记技术, 对皱纹盘鲍山东长岛和辽宁獐子岛的两个野生群体以及山东崆峒岛一个养殖群体的遗传变异进行了分析。对6个微卫星基因座的多态性进行了评估, 各基因座的多态信息含量(PIC)值均大于0.5, 适合对鲍群体遗传结构的分析。结果表明, 这6个基因座在3个皱纹盘鲍群体中共获得57个等位基因, 等位基因数(A)平均为9.50, 有效等位基因数(N_e)平均为5.8572, 平均杂合度观测值(H_o)和期望值(^H_e)分别为0.6925和0.7966; 两个野生群体的杂合度观测值(H_o)和期望值(H_e)均高于养殖群体。上述结果为保护和利用皱纹盘鲍的遗传多样性提供了依据。     

太湖日本沼虾野生群体遗传结构的微卫星分析

利用8个高度多态性的微卫星位点分析了太湖日本沼虾野生群体的遗传结构.结果表明:在15个群体中至少有3个位点经Bonferroni校正后显示杂合不足,显著偏离了HardyWeinberg平衡;15个群体中观测杂合度均大于0.683,显示出较高的遗传多样性水平,但其波动明显,如太湖东、南部的渡口和陆巷等群体的遗传多样性高于西、北部的华庄和洋渚等群体;突变-漂移平衡分析结果显示,15个群体中部分位点杂合显著过剩,偏离了突变-漂移平衡,且近期曾经历过瓶颈效应,群体数量曾经下降;群体间AMOVA分析表明,太湖日本沼虾群体间遗传分化程度较低(FST=0.011),98.9%的遗传变异来自群体内,1.1%来自群体间,并没有形成显著的遗传结构,在种质资源保护和管理上可视作一个单元;华庄与吴塘门群体间DA遗传距离达到0.206,已接近种间分类界限,故太湖日本沼虾种质资源可持续利用工作仍须深入的研究.     

Low genetic diversity in the bottlenecked population of endangered non-native banteng in northern Australia

Undomesticated (wild) banteng are endangered in their native habitats in Southeast Asia. A potential conservation resource for the species is a large, wild population in Garig Gunak Barlu National Park in northern Australia, descended from 20 individuals that were released from a failed British outpost in 1849. Because of the founding bottleneck, we determined the level of genetic diversity in four subpopulations in the national park using 12 microsatellite loci, and compared this to the genetic diversity of domesticated Asian Bali cattle, wild banteng and other cattle species. We also compared the loss of genetic diversity using plausible genetic data coupled to a stochastic Leslie matrix model constructed from existing demographic data. The 53 Australian banteng sampled had average microsatellite heterozygosity (HE) of 28% compared to 67% for outbred Bos taurus and domesticated Bos javanicus populations. The Australian banteng inbreeding coefficient (F) of 0.58 is high compared to other endangered artiodactyl populations. The 95% confidence bounds for measured heterozygosity overlapped with those predicted from our stochastic Leslie matrix population model. Collectively, these results show that Australian banteng have suffered a loss of genetic diversity and are highly inbred because of the initial population bottleneck and subsequent small population sizes. We conclude that the Australian population is an important hedge against the complete loss of wild banteng, and it can augment threatened populations of banteng in their native range. This study indicates the genetic value of small populations of endangered artiodactyls established ex situ.     

鄱阳湖日本沼虾15个群体遗传多样性的微卫星分析

利用徽卫星分子标记研究鄱阳湖15个日本沼虾(Macrobrachium nipponense野生群体的遗传多样性.结果表明:10个微卫星位点呈高度多态性,共检测到129个多态性位点;每个群体中至少有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,表现出杂合不足;15个日本沼虾群体均表现出较高的遗传多样性,其中大坝外群体和星池群体遗传多样性较高,万户和湖口群体相对较低.瓶颈效应和突变-漂移平衡分析表明,鄱阳湖日本沼虾群体近期没有经历过瓶颈效应,群体数量也没有下降.群体间F统计量及AMOVA分析显示,鄱阳湖日本沼虾群体存在极显著的遗传分化程度(FST=0.04709,P＜O.01).综上所述,鄱阳湖日本沼虾群体具有丰富的遗传多样性,可作为日本沼虾选育的基础群.