三种小型猪线粒体DNA控制区的比较研究

目的分析五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪线粒体DNA控制区碱基序列,比较研究不同猪种的遗传标志。方法应用PCR技术分别对这三种小型猪的血液总DNA样品中线粒体DNA D-loop区进行扩增,测序比对。结果猪的线粒体DNA D-loop区分三个区域。I区（靠近5’端区域）704bp,五指山小型猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点中归纳出3个单倍体,而巴马小型猪在此区有9个变异位点,通过9个变异位点归纳出4个单倍体,贵州香猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点归纳出3个单倍体。Ⅱ区（串联重复序列区）,五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪序列相同。Ⅲ区（靠近3’端区域）三种小型猪的序列几乎相同。结论五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪三种小型猪之间线粒体DNA碱基序列变异位点较少,五指山小型猪和巴马小型猪亲缘关系较近。     

西藏小型猪的线粒体DNA控制区分析

目的研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪的亲缘关系。方法扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪进行比较。结果西藏小型猪线粒体DNAD-loop区分三个区域。串联重复序列区处于中间位置,包含有15～29个10 bp的重复片段,分为A、B两种类型。D-loop 3′端340 bp,与国内其他猪的序列相同比较保守;5′端704 bp,共有22个变异位点。由22个变异位点中归纳出25个单倍型,其中有两种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%。根据三个转换位点：305、500、691,将西藏小型猪分成了两组,几乎与串联重复序列所分的A、B两组类型相对应。与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5′端变异位点较少,分别只有4种和2种单倍型,串联重复区也只有一个类型。结论西藏小型猪可能有两个母系祖先并且与我国西南地区的品种猪有较近的亲缘关系;不同的串联重复片段类型和5′端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。     

巴马小型猪与贵州小型香猪遗传多样性的RAPD分析

RAPD analysis was performed with 31 selected single primers to study genetic diversity of two strains of miniature pigs, The percentages of polymorphisic loic in or between two strains of miniature pigs were 30.9%, 29.2% and 25.7% respectively, and the average genetic distances in and between two strains of miniature pigs were 0.120, 0.072, and 0.067 respectively. These results suggested that genetic diversity and genetic variability were poorer in and between two strains of miniature pigs than ordinary breeds' pigs.     

扬子鳄饲养种群线粒体DNA控制区的序列多态性

扬子鳄(Alligator sinensis)是中国特有的珍稀爬行动物,至2000年,野生扬子鳄的个体数已不足150条,作为保护这一物种的措施之一,先后于80年代初建起了2个养殖场,现人工繁殖的扬子鳄总数已达9000余条。为揭示扬子鳄种群遗传多样性,从两个饲养种群中采集了42个个体的样品,其中宣州样品33个(xZSP),长兴样品9个(CxSP),用PCR方法扩增mtDNA控制区,扩增产物纯化后直接用ABI310全自动遗传分析仪荧光标记测序,得到其中39个个体的血DNA控制区5’端462bP的序列。经比对发现,39个个体间的5’端mtDNA控制区没有任何变异位点,共享一种单元型,提示扬子鳄饲养种群的遗传多样性非常贫乏,造成这一结果的主要原因是近50年来,扬子鳄种群衰退和数量迅速减少导致的遗传多样性丢失,其次是人工繁殖的群体同时受到始创者数量较少产生的瓶颈效应影响。针对扬子鳄遗传多样性的现状,作者最后就这一濒危动物遗传多样性的保护对策提出3点建议。     

贵州小型香猪基因组DNA的AFLP检测研究

报道了AFLP标记在研究贵州小型香猪遗传多性方面的应用和该品系猪个体基因组DNA的AFLP扩增结果,分析了贵州小型香猪的群体遗传结构。实验应用10条AFLP引物,用PstⅠ酶切,对17头猪基因组DNA进行AFLP反应,共获得116个AFLP标记,单引物获得的标记数在2－22间,贵州小型香猪群体相似系数AFLP研究结果为0．866（0．760－0．967）,该研究为贵州小型香猪的遗传稳定性提供了相关的参数,准确评价尚待和其它品种猪对研究后确定。     

中国三种实验用小型猪mtDNA D-l00P多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop的多态性,建立各品种品系猪的遗传标记,为各品种品系猪的鉴别提供依据.应用PCR对西双版纳近交系小耳猪、广西巴马小型猪、贵州小型香猪和长白猪血液总DNA样品中mtDNA D-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态.PCR扩增其mtDNA D-lcop 5′端227 bp高变区域,应用PCR-SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态.结果显示:3种小型猪之间未见酶切长度多态、单链构象多态和序列多态;与长白猪之间表现出单链构象多态和序列多态.本研究认为:3种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其在母系起源和进化上的一致性,亲源关系很近,应用PCR-RFLP、PCR-SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为3种实验用小型猪品种品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异.     

西藏小型猪线粒体DNA控制区变异类型及其血液指标比较研究

目的分析实验用西藏小型猪线粒体DNA控制区碱基序列变异分化类型,比较血液生理生化指标的差异,为实验动物新品种的培育奠定分子遗传学基础。方法采集59头西藏小型猪血液,分别进行全基因组DNA提取、线粒体DNA控制区的扩增、测序并分类,同时进行血液生理生化指标的测定和比较研究。结果根据串联重复区重复片段的变化,西藏小型猪线粒体DNA控制区分为A、B两种类型,分别占57.6%和42.4%,几乎与5′端序列在305、500和691的3个主要转换位点的变化相对应。     

中国三种实验用小型猪线粒体DNAD-loop多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA（mtDNA）D-loop的多态性,建立各品种品系猪的遗传标记,为各品种、品系猪的鉴别提供依据。应用PCR技术分别对西双版纳近交系小耳猪、广西巴马小型猪、贵州小型香猪和长白猪的血液总DNA样品中mtDNAD-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态。PCR扩增其mtDNAD-loop5′端227bp高变区域,应用PCR?SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态。结果显示：三种小型猪之间未见酶切长度多态、单链构象多态和序列多态。与长白猪之间表现出单链构象多态和序列多态。本研究认为：三种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其亲源关系很近,在母系起源和进化上有一致性,应用PCR RFLP、PCR SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为三种实验用小型猪品种、品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异。 Abstract：the present study is to analyze the polymorphism of the mtDNA D-loop in three breeds of laboratory miniature pigs in China , and to establish its cytoplasmic DNA markers to distinguish among them . The polymorphism of mtDNA D-loop and its 5′-end high variable regions were detected by PCR-RFLP , PCR-SSCP and PCR-direct sequencing on Xishuangbanna Small-ear inbred pig, Guizhou miniature Xiang pig , Guangxi Bama miniature pig and Landrace.There was no polymorphism obtained among or within three breeds of Chinese laboratory miniature pigs besides Landrace. It is concluded that the polymorphism of mtDNA D-loop within the three breeds of Chinese laboratory miniature pigs is poor , These methods cannot be used to distinguish among them , but it can be used to distinguish them from Landrace.     

中国三种实验用小型猪mtDNA D—loop多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA（mtDNA)D-loop的多态性,建立各品种系猪的遗传标记,为各品种品系猪的鉴别提供依据,应用PCR对西双版纳近交系小耳猪,广西巴马小型猪,贵州小型香猪和长白猪血液总DNA样品中mtDNA D-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态,PCR扩增其mtDNA D－loop5‘端227bp高变区域,应用PCR－SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态结果显示,3种小型猪之间未见酶切长度多态,单链构象多态和序列多态,与长白猪之间表现出单链的构象多态和序列多态,本研究认为：3种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其在母系起源和进化上的一致性,亲源关系很近,应用PCR－PFLP,PCR－SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为3种实验用小型猪品种品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异。     

贵州小型香猪和广西巴马小型猪微卫星位点的遗传学分析

利用35个微卫星位点对贵州小型香猪,广西巴马小型猪的封闭群进行了遗传检测,计算出两个小型猪品系个体样本微卫星位点的平均杂合度,多态信息含量（PIC）、有效等效基因数及品系间的遗传距离。结果表明两个品系的小型猪平均杂合度和PIC均较低,有效等效基因数与实测等位基因数较接近,也表明两品系均有稳定的遗传;两者的遗传距离表明贵州小型香猪和广西巴马小型猪亲缘关系较近,同时表明两者已分别成为两个猛增的封闭群动物。     

红腹锦鸡线粒体DNA控制区结构和遗传变异研究

红腹锦鸡(Chrysolophus pictus)是中国特有珍稀鸟类,仅见于中国中部和西部的山地,为国家二级重点保护动物.采用聚合酶链式反应和直接测序的方法测定了采自湖南新宁县和龙山县的28只红腹锦鸡线粒体DNA控制区序列.在获得的1 123 bp的碱基序列中,碱基含量为T 32.79%、C 26.07%、A 26.62%和G14.52%,共检测出20个多态性核苷酸变异位点,其中简约信息位点11个.对比其它已报导的雉类控制区结构,对红腹锦鸡控制区结构进行了分析,识别了其高变Ⅰ区、中间保守Ⅱ区和保守Ⅲ区,找到了与终止相关的序列TAS以及保守序列(F、E、D、C).28个样本共发现11种单倍型,其中单倍型hap1和hap2的比例很高.新宁种群的遗传多样性比龙山种群的高,两个种群存在基因流较频繁,未出现明显遗传分化.     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼(Anabarilius grahami)DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列(930bp)。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3)。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群(中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心)及两个自然地理种群(江川县明星鱼洞、江川县牛摩村)进行了遗传多样性分析。结果显示:两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼（Anabarilius grahami）DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列（930 bp）。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列（CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3）。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群（中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心）及两个自然地理种群（江川县明星鱼洞、江川县牛摩村）进行了遗传多样性分析。结果显示：两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

鼬科动物线粒体DNA控制区结构分析

利用PCR技术获得紫貂(Martes zibellina)和黄喉貂(Martes flavigula)线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的9种鼬科动物相应序列,用ClustalX排序后对控制区结构进行分析,识别出延长终止序列区、中央区和保守序列区3个区域,指出了一个终止相关序列ETAS1及8个保守序列(CSB-F、E、D、C、B、1、2和3),并给出了序列通式,在CSB1和CSB2之间发现不同形式的短重复序列.此外,以狼为外类群,应用邻接法构建鼬科线粒体控制区全序列的系统进化树,结果表明:臭鼬亚科最先从鼬科中分化出来,随后剩余类群分为两大支系,即貂属种类与貂熊聚为一支,并与獾亚科的狗獾形成姐妹群;另一支为水獭亚科的物种与鼬属的林鼬形成姐妹群,再与虎鼬聚在一起,狗獾与貂属的紫貂亲缘关系最近,水獭亚科与鼬属亲缘关系最近.     

鱼类线粒体DNA研究新进展

线粒体DNA是分子生物学研究中的一个热门领域,已成为鱼类进化生物学和群体遗传学研究的重要分子遗传标记。本文对鱼类线粒体DNA分子生物学的最新研究进展进行了较详细的阐述。重点介绍鱼类线粒体DNA全序列的研究进展、组成及特征,鱼类线粒体DNA非编码区结构研究进展,鱼类线粒体DNA多态性及其主要的检测方法;综述了最近有关鱼类线粒体DNA在鱼类系统学、种间杂交渐渗、种群识别、起源和进化、地理分化等研究中的应用情况。     

龙种金鱼和蛋种金鱼线粒体DNA控制区的序列分析

利用PCR技术扩增了红龙睛、墨龙睛、虎头和水泡眼4种金鱼线粒体DNA控制区部分核苷酸序列,长度分别为724、724、720、722bp.测序结果显示,龙种金鱼红龙睛、墨龙睛的线粒体DNA控制区的序列完全相同,同源性为100%;蛋种金鱼虎头、水泡眼的序列相差4个碱基,同源性为99.4%.研究表明,这4个金鱼品种之间的同源性都很高,而同品系金鱼的亲缘关系相对较近.引用Genbank中鲫鱼的序列,构建了金鱼和鲫鱼的NJ分子系统树,从分子水平证实了金鱼起源于鲫鱼.     

近交系小型猪线粒体基因组分析和家猪系统进化关系分析

广西巴马小型猪是长期近交培育而成的实验小型猪,遗传稳定.本研究拟通过线粒体基因组(mitochondrial DNA,mtDNA)分析来了解近交系的遗传背景,并从mtDNA角度进一步认识中国本土猪种的系统进化关系.实验设计29对特异性引物,PCR扩增和产物测序,拼接出广西巴马小型猪近交系7个世代猪的mtDNA序列;用4...     

鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系

采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用ClustalW排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明:鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。     

两个品系普通级和SPF级小型猪部分血液学指标的比较

目的了解不同微生物控制程度（屏障环境和普通环境）对小型猪部分血液学和生化指标的影响。方法分别对10只SPF（无特定病原体）级五指山小型猪、10只普通级五指山小型猪和10只SPF级广西巴马小型猪1、0只普通级广西巴马小型猪测定13项血液学指标和21项血清生化指标。结果普通级小型猪红细胞数（RBC）、血球比积（HCT）、丙氨酸氨基转移酶（ALT）、高密度脂蛋白（HDL-C）低于SPF级小型猪,白细胞数（WBC）、天门冬氨酸转移酶（AST）高于SPF级小型猪（P〈0.05）;且部分指标在不同品种间有差别。结论普通级小型猪和SPF级小型猪部分血液学和血清生化指标等生物学特性存在显著差异。     

基于线粒体DNA控制区基因讨论雉鸡阿拉善亚种分类地位

雉鸡阿拉善亚种的分类地位存在争议.采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序方法讨论雉鸡阿拉善亚种是否确立.共测定了雉鸡12个种群132个样本的线粒体DNA(mtDNA)控制区(control-region)1 078个碱基长度的基因序列,61个变异位点产生68个单倍型.系统发育树和单倍型网络图结果显示,雉鸡阿拉善亚种是单系枝.雉鸡阿拉善亚种与甘肃亚种的分歧时间(0.15 ～0.23百万年)发生在晚更新世,中国西部干旱化、腾格里沙漠的形成以及贺兰山的存在导致分歧形成.结合系统发生树、单倍型网络图、Fst值(P＜0.001)以及基因流(Msohokhotensis to strauchi=0.006,Mstrauchi to sohokhotensis=0.014),雉鸡阿拉善亚种在其分布区内独立进化.