荧光定量PCR检测结核分枝杆菌Meta分析

目的系统评价荧光定量PCR(FQ-PCR)方法检测结核分枝杆菌的效果。方法按照系统评价的要求检索CBM、VIP、CNKI以及万方数据库等,获得20篇符合纳入标准的文献,对其进行Meta分析,并评价Meta分析结果的稳定性和发表偏倚。结果 FQ-PCR对照涂片染色、培养鉴定以及总数据的异质性检验P0.00001,采用随机效应模型进行Meta分析,其余的采用固定效应模型分析。FQ-PCR与涂片染色、培养鉴定、抗体检测等的总体效应Z值分别为7.76、5.00和7.34,P值均小于0.00001,差异具有统计学意义。总数据分析结果的合并OR=2.78,95%CI为1.93-4.01,总体效应检验,Z=5.49,P0.00001,差异具有统计学意义,固定效应模型OR值和95%CI(2.52[2.35-2.70])与随机效应模型比较接近,剔除小样本报道后的合并OR=2.93,95%CI为1.98-4.31,与剔除前的结果也比较接近。结论从现有的临床证据来看,FQ-PCR是检测结核分枝杆菌的有效方法,可推广应用与临床结核病辅助检测。     

猕猴巨细胞病毒(RhCMV)nested PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立猴巨细胞(RhCMV)病毒的nested PCR检测方法,并初步应用。方法根据GenBank中报道的RhCMV全基因序列,针对其中的保守区域Rh85设计两对引物进行nested PCR反应,利用此方法对20份猕猴全血标本进行检测,将检测到的猕猴阳性标本扩增片段进行克隆测序。结果利用保守区域Rh85设计的引物可对人HCMV阳性对照进行扩增。用此方法检测的20份猕猴全血标本,出现2例阳性。其中一例扩增片段经纯化、回收克隆测序后用BLAST软件进行同源性对比,与GenBank中报道的RhCMV序列基本相同。结论建立了从猴全血中直接检测猴RhCMV病毒DNA的敏感、特异的nested PCR方法。     

建立液相芯片方法检测鉴别结核分枝杆菌复合群、鸟分枝杆菌与副结核分枝杆菌

运用液相芯片技术原理,以分枝杆菌菌种(群)特异基因序列IS6110、IS1081、IS1245和F57为目标基因,设计筛选4套扩增引物和杂交探针,建立同时检测鉴别结核分枝杆菌复合群、鸟分枝杆菌和副结核分枝杆菌的四重液相基因芯片检测方法。对13种共54株分枝杆菌菌株以及23种常见微生物样品的检测结果显示,四重液相芯片方法可特异检测鉴别目标菌种(群),与其它分枝杆菌菌种或微生物无非特异交叉反应;检测敏感性达2.1×101-2.5×102基因拷贝或0.06-0.74 fg DNA;组内检测变异系数和组间检测变异系数均<10%。采用四重液相芯片方法从临床结核疑似人痰样和牛组织样品中检出结核致病菌,检出率分别达75.6%(99/131)和94.9%(37/39),显著高于培养法(38.9%和53.8%)。对副结核疑似临床样品的检测试验结果显示,四重液相芯片方法与荧光PCR方法的阳性符合率为83%(24/29)。对四重混合模板的检测试验结果显示该液相芯片方法可鉴别不同菌种混合感染。四重液相芯片方法的检测周期<1 d,其中对纯化DNA模板的检测时间可在2-3 h内完成。     

人结核分枝杆菌特异性核酸探针制备及结核病PCR检测技术的初步临…

采用人结核分枝杆菌染色体ＤＮＡ为模板,选择位于插入片段ＩＳ６１１０中８８４￣８６５和５６８￣５８８碱基对处的两个片段为引物,扩增出３１７ｂｐ的特异性片段,将共克隆进ｐＵＣ１９载体,酶切酶谱分析和ＤＮＡ序列测定证实为目的片段。     

猕猴逆转录病毒多重套式PCR检测方法的建立

分别针对编码STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒膜蛋白的env基因进行引物设计,通过优化、调整PCR条件,建立一种能同时检测猕猴STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒的多重PCR方法,用于猕猴种群逆转录病毒的常规监测。结果显示多重套式PCR产物片段大小与预期结果一致,进一步测序证实为目的产物,说明建立的多重套式PCR方法能同时检测出猕猴体内可能存在的STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒。这种方法具有灵敏度高、特异性强、省时、试剂用量少和检测费用低等优点,因此可以作为一种新方法用于猕猴种群逆转录病毒的定性监测。     

新型Taq Man-MGB探针在结核分枝杆菌实时PCR检测中的应用

为建立一种比现有方法敏感、准确性高、重复性好的结核分枝杆菌DNA定性定量检测方法 ,以TaqMan探针技术为基础 ,运用TaqMan MGB探针 ,实时检测临床标本中的结核分枝杆菌DNA .用来自临床标本的DNA及克隆于载体的IS6 1 1 0序列检测所建立方法的有效性 .结果显示 ,所建立方法的最低检测限度为 1个基因拷贝 反应 ,在每反应 1 0 0 ～ 1 0 8拷贝范围内 ,Ct 值同DNA量的对数呈线性关系 .同一模板不同时间或同一时间不同管内扩增 ,所得Ct 值恒定 .用该方法检测 37例结核分枝杆菌培养阳性的痰液标本 ,敏感度为 1 0 0 % ;用该方法检测 1 6例TB系列阴性参考品 ,特异性为1 0 0 % .结果表明 ,所建立的方法是用于结核分枝杆菌定性定量检测较理想的方法     

人结核分枝杆菌特异性核酸探针制备及结核病PCR检测技术的初步临床应用

采用人结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis TB)染色体DNA为模板,选择位于插入片段IS6110中884～865和568～588碱基对处的两个片段为引物,扩增出317bp的特异性片段．将其克隆进pUCl9载体。酶切图谱分析和DNA序列测定证实为目的片段。该片段经DIG标记,分别与11种分枝杆菌DNA进行Southern杂交,结果证明只与人型复合分枝杆菌发生杂交反应。利用该对引物建立的PcR检测拄术对74份结核病痰液标本进行检测,并与临床细菌快速培养结果相比较,发现48份临床阳性均为PcR阳性,在26份临床阴性标本中亦发现11份PCR检测阳性。将标本PCR产物与克隆探针进行杂交,显示两者结果完全一致。说明PCR检测体系结果可靠,其灵敏度明显高于目前临床所采用的方法,可作为一种常规技术用于结核病的临床检测。     

应用PCR技术检测结核分枝杆菌的临床分析

采用聚合酶链反应（Ｐｏｌｙｍｅｒａｎｓｅ Ｃｈｉａｎ Ｒｅａｔｉｏｎ,即ＰＣＲ）技术检测结核分枝杆菌Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ,一年多来共检测了１００例结核（肺、肾结核）患者的痰和尿液标本,结果ＰＣＲ检出阳性率为８１％,对照用储菌涂片抗酸染色法,阳性率为５８％,用常规培养法阳性率为２０％。而对５０例非结核患者的痰和尿液标本的检测,ＰＣＲ法仍有６％的阳性率,而用涂片或常规培     

用PCR方法定向突变结核分枝杆菌glmU基因

目的:结核分枝杆茵glmU基因是分枝杆菌生长必需基因,其编码产物具有乙酰基转移酶活性和尿嘧啶转移酶活性,参与细胞壁前体物UDP-乙酰葡糖胺(UDP-GlcNAc)的生物合成,研究其空间结构可以定向设计酶抑制剂.方法:利用PCR方法定向突变结核分枝杆菌glmO基因,并用大肠杆菌BL21(DE3)高表达m-GlmU蛋白.结果:获得了定向突变的结核分枝杆菌glmU基因,m-glmU.纯化的m-GlmU蛋白仍具有乙酰基转移酶活性和尿嘧啶核苷转移酶活性.结论:纯化的m-GlmU蛋白为进一步研究其稳定性、测定其空间结构提供了物质基础.     

快速方法检测结核分枝杆菌耐药基因突变

快速准确地鉴定结核分枝杆菌与结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药基因突变的快速检测,对结核病人的诊断与治疗具有重要指导意义。本次根据结核分枝杆菌标准株H37RV序列,利用覆盖rpoB、katG、inhA基因突变区的系列寡核苷酸探针,并检测临床样品中结核分枝杆菌的基因突变情况,以此来判断耐药结果,并对其进行方法学评价。     

弓形虫（Toxoplasma gondii）的PCR检测方法在笼养猕猴群中的应用

目的建立快速、灵敏、特异及检测结果易判断的PCR方法,并应用于大规模猕猴种群的弓形虫常规检测中。同时比较巢式PCR和单一PCR的一致性。方法根据弓形虫保守基因p30（SAG1）设计了内、外两对进行巢式PCR扩增以及B1基因设计一对引物进行单一PCR扩增,将DNA样本进行10倍倍比稀释,以检测巢式PCR反应的灵敏度;并对医学生物学研究所自繁猕猴共150只进行了弓形虫检测。结果巢式PCR检测法检测限度可达10^-3ng/uL,而且方法特异。两种PCR法检测结果基本一致,其中巢式PCR检测阳性率（10％）稍高于单一PCR检测阳性率（8．67％）。结论巢式PCR和一次PCR方法都可应用于猕猴弓形虫的常规检测中,并提示巢式PCR比单一PCR更敏感、检出率更高。     

猴副流感病毒SV5 PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立检测SV5的PCR方法并加以初步应用。方法根据GenBank中报道的SV5序列,针对其中的SH基因设计引物进行PCR反应,扩增产物进行测序并用BLAST软件进行同源性比对,同时利用限制性内切酶的酶切反应以证实此PCR反应的特异性。在此基础上设计巢式PCR提高此方法的灵敏度。利用此方法对20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本进行检测。结果利用设计的引物扩增出的序列测序结果证实与报道的SV5SH基因相对位置的序列一致。AccⅢ限制性内切酶可对PCR产物进行特异性酶切。巢式PCR比一次PCR的敏感度有所提高。用此方法检测的20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本结果为阴性。结论初步建立了检测SV5病毒的PCR方法,排除实验室用20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本SV5的污染。     

猴腺病毒（SAdV）PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立SAdV特异的PCR检测方法并研究实验猴群和猴源性生物制品中SAdV感染或污染情况。方法比对分析多株SAdV序列,设计SAdV特异引物,优化PCR实验条件,建立的PCR方法经验证后检测实验猴群和猴源性生物制品,阳性产物测序并构建进化树。结果经特异性和敏感性鉴定,在设计的5对引物中确定一对最佳引物,可以区分SAdV和MAD,ICH,CELO且可以检测到的最小DNA量为47.9 pg/mL。PCR方法检测实验猴群,阳性率49.2%,测序及进化分析表明,SAdV感染型别呈广泛基因多样性。主要分布在G亚属和以SAdV-49为代表的分支。结论经测序验证,PCR检测方法具有很好准确性,初步应用表明我国实验猴群中SAdV高度流行,应加强实验猴群及相关生物制品中SAdV的监测,避免人类感染SAdV的潜在风险。     

猴血中SFV病毒基因PCR检测方法的建立及应用

针对猴泡沫病毒SFV（Simian Foany Virus）多聚酶区（pol区）设计两对引物,以猴血DNA为模板者嵌套式PCR扩增,得到500bp左右基因片段,克隆进入pUC-19载体,经测序鉴定为SFV465bp的pol区基因片段,将此段序列与SFV各型425bp的pol区基因片段进行同源性比较,它与SFV－1型的同源性最高,为92.00%。在此基础上,用这两对引物对158例猴血DNA进行检测,阳性54例,阳性率为34.2%,发现猴群中有较高的SFV病毒的感染。     

一种随机引物联合多特异性DNA片段检测结核分支杆菌的新方法

目的:针对目前结核性疾病实验室诊断的局限性,探索一种更为敏感和特异的结核分枝杆菌DNA检测新方法。方法:选取10株江苏地区流行的结核分支杆菌(MTB)菌株,选取临床其他常见菌株及分枝杆菌菌株作为对照组,分别提取DNA作为随机引物的模板。参考国内、外文献设计12条随机引物,并分别对MTB及对照菌株进行单个引物随机扩增,2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行分离并切胶纯化,通过TA克隆将纯化片段连接到质粒pEASYTM-T5 Zero并进行测序,通过BLAST-nr比对验证是否为MTB DNA片段。按照所确定的MTB片段序列,在其内部设计、合成一对特异性引物。用此特异性引物扩增对应的随机引物扩增产物,获得MTB特异性条带图谱。并将该方法检测的敏感性和特异性与临床上常用的real-time PCR进行比较。结果:经BLAST-nr比对,随机引物IS986F,S535及IS986R扩增的条带与MTB DNA有高度同源性(均为99%)。随机引物IS986F、S535和IS986R分别联合其特异性引物可以检测稀释105倍、105倍和103倍的MTB DNA,其特异性分别为100%、90%和80%。常规real-time PCR可检测出稀释104倍的MTB DNA。结论:随机引物IS986F联合其特异性引物检测结核分枝杆菌的灵敏度和特异性优于S535、IS986R两组,特异性为100%,且灵敏度优于常规real-time PCR法。     

巢式PCR检测食蟹猴和猕猴中SRV和SFV

目的利用巢式PCR方法检测圈养的食蟹猴（Macaca fascicularis）和猕猴（Macaca mulatta）中猴D型逆转录病毒（Simian Type D Retrovirus SRV）和猴泡沫病毒（Simian foamy virus SFV）。方法针对SRV-env和SFV-pol基因的保守区序列设计特异性外引物,然后再设计特异性内引物。将外引物扩增出的片段克隆到PJET1.2blunt载体中作为阳性对照,运用NCBI中BLAST软件比对测序结果。用巢式PCR方法分别检测食蟹猴和猕猴中SRV和SFV。结果发现食蟹猴中SFV感染率为65.2%,SRV感染率为9.5%,猕猴中SFV感染率为60.5%,SRV感染率为12.8%。结论圈养的食蟹猴和猕猴SFV的感染率均较高,SRV感染率很低。     

Detection of Mycobacterium immunogenum by real-time quantitative Taqman PCR

A quantitative real-time 5′-nuclease (Taqman) PCR technique was developed to specifically detect Mycobacterium immunogenum. rpoB-specific primers and Taqman probe were evaluated for detection of M. immunogenum DNA extracted from pure cultures and from industrial metal working fluids (MWFs). Specificity was confirmed and the sensitivity of detection of M. immunogenum genomic DNA was shown to be approximately 9 fg (2 cell equivalents). When tested on industrial metal working fluids from the UK and USA from which no M. immunogenum CFU were recovered, the assay detected between 3.4 × 10¹ and 1.9 × 10⁴ cell equivalents (CE) per ml, and increased the detection rate over culture to 37.5% (12 of 32 samples). This assay provides a specific, sensitive and rapid method for the detection of M. immunogenum and is applicable within industry for the early detection of this human pathogen and to the possible prevention of hypersensitivity pneumonitis (HP) in workers.     

食源性致病菌多重PCR快速检测方法建立与应用

利用PCR技术,建立多组多重食源性致病菌PCR快速检测方法。设计受试菌特异性引物,反应体系中加入多对引物和多种DNA模板,采用正交试验优化PCR反应条件,进行特异性引物的PCR扩增。建立了多组多重食源性致病菌PCR快速检测方法,方法中所检测受试菌株和模拟样品均出现特异性扩增条带,结果与实际相符。所建立多组多重PCR快速检测体系符合设计要求,可以应用于食源性突发公共卫生事件的应急检测和日常样品检测工作。     

环介导等温可视扩增检测牛分枝杆菌方法的建立

目的:建立一种快速简便检测牛分枝杆菌的方法。方法:根据已发表的牛分枝杆菌特殊基因序列,设计并合成6对特异扩增牛分枝杆菌特异性基因片段的引物,通过条件优化,建立针对牛分枝杆菌的环介导等温扩增(LAMP)检测法,测定其特异性和敏感性,并对采集的牛临床样品的DNA分别进行检测。结果:采用该法只检出牛分枝杆菌,检测的最低拷贝数为1×102拷贝/μL。结论:建立的LAMP方法简便、快速、特异性高,可用于临床上牛分枝杆菌的快速检测。