中华鲟（Acipenser sinensis）mtDNA个体间的长度变异与个体内的长？…

用ＰＣＲ技术扩增中华鲟线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）控制区时,发现中华鲟天然群体现人存在个体间和个体内的ｍｔＤＮＡ长度变异现象。ＤＮＡ测序表明,长度变异发生在ｍｔＤＮＡ Ｄ－ｌｏｏｐ靠近ｔＲＡＮ＾ｐｒｏ的位置,由长约８２碱基对（ｂｐ）的重复序列串联形成的。     

中华鲟(Acipenser sinensis)间的长度变异与个体内的长度异质性

用PCR技术扩增中华鲟（Acipensersinensis）线粒体DNA（mtDNA）控制区（D－loop）时,发现中华鲟天然群体内存在个体间和个体内的mtDNA长度变异现象。DNA测序表明,长度变异发生在mtDNAryloop靠近tRANpro的位置,由长约82碱基对（bp）的重复序列串联形成的。由个体内mtDNA长度变异造成的异质性个体比例为57.4％,非异质性（同质性）个体的比例为426％。非异质性个体间的mtDNA的大小也不一样,存在长度变异。在非异质性个体中,有2、3、4、5个串联重复序列形成的4种分子类型的情况,其重复序列出现的频率从高到低的循序是3→2→4→5。在异质性个体中,同一个体由2种不同分子组合的异质体最普通,占77.78％3种不同分子组合的频率次之,占18.520。4种不同分子组合的异质体比例最少,占3．70％。没有发现由5种不同分子组合的异质体。对所有异质体混合分析表明,各种类型的重复序列出现的比例与非异质体的类似,即分子大小（含重复序列数）从高到低的顺序为3→2→4→5→1。对47尾中华鲟的个体内和个体间的遗传多样性指数分析发现,有65．3％遗传变异表现在群体内的个体间,有347％的遗传变异表现在个体内。由mtDNA长度异质性造成的个体内的多样性是中华鳍物种遗传多样性的另一途径。     

云南汉族群体FIBRA、DHFRP2、ACTBP2基因座多态性及其法医学应用

采用Amp-FLP分型方法,调查云南汉族群体FIBRA、DHFRP2、ACTBP2基因座的遗传多态性,并将其应用于法医学实践。200份EDTA抗凝血采自昆明地区无血缘关系汉族个体,采用酚—氯仿法提取DNA;法医物证实际检案及亲子鉴定检材取自昆明医学院法医系物证教研室检案,各种动物血痕取自动物中心,采用酚—氯仿法或Chelex法提取DNA,PCR扩增,非变 性聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,硝酸银染色分型。结果表明,FIBRA、DHFRP2、ACTBP2基因座分别观察到15、7、13个等位基因,基因型数分别是57、25、61。3个STR基因座的杂合度（H）分别为：0.8940、0.8174、0.9130;多态信息容量（PIC）分别是:0.8908、0.8045、0.9117;个人识别力（Dp）分别是：0.9733、0.9416、0.9772;非父排除率（Epp）分别是：0.7994、0.6542、0.8348,基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。20个家系调查结果表明,3个基因组均符合孟德尔遗传规律。 Genetic Polymorphism of FIBRA,DHFRP2 and ACTBP2 and Their Forensic Application in Yunnan Han Population JING Qiang,NIE Sheng-jie Department of Forensic Medicine,Kunming Medical College,Yunnan Province 650031,China Abstract:To investigate the genetic polymorphism of FIBRA,DHFRP2 and ACTBP2 in Yunnan Han population as well as their application in forensic science,EDTA-blood specimens were collected from 200 healthy individuals.The DNA were extracted either by the Chloro form,phenol method or by the Chelex-100 method.The PCR products were analyzed by PAG vertical electrophoresis,following by silver staining.All gene frequencies,discrimination power (DP),exclusion of paternity probability (EPP),heterozygosity (H),polymorphisms information content (PIC),matching probability (PM) as well as the Hardy-Weinberg test were calculated.The obtained data are beneficial in the understanding of population genetics of the three STR loci in Yunnan Han population and the results suggest that these loci are valuable genetic markers for paternity testing and personal identification in forensic science practice. Key words：short tandem repeat; Amp-FLP; genetic polymorphism     

大山雀两亚种基因指纹图的比较研究

寡核苷酸基因指纹探针LZF-I对大山雀青藏亚种(Parus major tibetanus)和华北亚种(P.m.artatus)随机个体进行了基因指纹图的比较检测,结果如下：(1)P.m.tibetanus个体在2.3 kb处均有一条杂交谱带,而P.m.artatus个体的共有谱带则位于4.8 kb处。不同的共有等位基因,是区别两亚种的遗传标记之一。(2)P.m.tibetanus和P.m.artatus随机个体的平均谱带数分别是14.65条和19.30条;个体间基因指纹图的相似系数分别是0.18和0.13;P.m.tibetanus和P.m.artatus个体之间基因指纹图的相似系数是0.09。结果表明：P.m.artatus群体内的遗传变异性高于P.m.tibetanus群体,且两亚种之间的变异性高于两亚种内部的变异性。(3)LZF-I探针在P.m.tibetanus随机个体检测中的鉴别几率为2.04×10^-12,在P.m.artatus则高达9.8×10^-17。表明两亚种的基因指纹图均具有个体特异性,且P.m.artatus群体基因组的多态性较P.m.tibetanus强。 该结果为开展对大山雀种内分化的基因多样性和近缘种之间的遗传差异性,以及P.m.artatus分类学地位的最终确立的研究,提供了分子遗传学资料。     

一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用

二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用．虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异．许多遗传疾病是由短串联重复序列的长度扩张导致的,尤其是亨廷顿病等多种神经系统疾病．然而,现在几乎没有工具能够利用二代测序检测长度大于测序读长的短串联重复序列变异．为了突破这一限制,我们开发了一个全新的方法,该方法基于双末端二代测序辨识短串联重复序列长度变异,并可估计其扩张长度,将其应用于一项基于全外显子组测序的运动神经元疾病临床研究中,成功地鉴定出致病的短串联重复序列长度扩张．该方法首次原创性地利用测序读长覆盖深度特征来解决短串联重复序列变异检测问题,在人类遗传疾病研究中具有广泛的应用价值,并且对于其他二代测序分析方法的开发具有启发性意义．     

马尾松和黄山松两个核基因位点的群体遗传多样性和种间分化

利用两个核基因座位C3H和GI, 对重叠分布于中国东南部的两个松属(Pinus)物种马尾松(P. massoniana)和黄山松(P. hwangshanensis)的22个群体88个个体进行了遗传多样性和种间分化模式研究。在这两个核基因座位上, 两种植物都表现出较低的核苷酸多样性水平(马尾松π_sil = 0.001 71; 黄山松π_sil = 0.003 40), 但是马尾松要显著低于黄山松; 在种内分化水平上, 马尾松的种内遗传分化也明显低于黄山松(马尾松F_ST = 0.059; 黄山松F_ST = 0.339)。这可能是由于黄山松的海拔分布高于马尾松, 而高海拔分布使黄山松的分布区域更加片段化, 促使其形成较高的种内遗传多样性和遗传分化。分子变异分析(AMOVA)发现, 两物种基于两个核基因座位的种间差异为48.86%, 而GI基因座位上的种间差异明显高于C3H座位(GI: 77.24%, C3H: 20.48%), 同时, 基因谱系显示两物种的共享单倍型仅在C3H座位上存在。结合这两个基因的功能, 推测GI基因可能在物种形成过程中受到了一定的选择压力, 因为GI基因参与调控植物的开花时间, 而C3H与木质素表达水平的调控有关。不同的选择压力使得GI的进化速度相对较快, 从而加速了黄山松和马尾松的物种分化。     

基于Cytb和ITS1基因的两种不同体型湘华鲮遗传差异研究

研究采用Cytb和ITS1基因序列作为分子标记对平背型和高背型湘华鲮的遗传差异进行分析。研究结果表明,基于Cytb与ITS1基因序列,高背型和平背型湘华鲮在碱基组成上均表现出偏向性,且呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。遗传距离分析和NJ系统树构建的结果表明,两种不同体型湘华鲮遗传分化程度低,未达到种群分化的水平。综上所述,高背型和平背型属于同一个种群。研究结果丰富了湘华鲮分子生物学数据,为湘华鲮种质资源保护及产业发展提供了理论依据。     

中国人α珠蛋白基因3’HVR多态分布的研究

本文以3’HVR为探针,对来自全国17省市的51名无血缘关系的健康人进行P vuⅡ限制性片段长度的多态分析,发现3’HVR在片段大小的变异范围及基因频率的分布均有中国人的特点。结果表明,纯合子占15.7%,杂合子占84 .3%,102个等位基因共有34个长度不同的等位片段,大小从2.0-7.0kb之间呈连续分布, 主要分布在2.0-2.5kb及4.0-6.0kb,频率分别为0.43和0.34。并与刘国仰、余裕炉等的资料进行综合比较,初步揭示了中国人群中3’HVR的多态特点。 Abstract: 51 unrelated Chinese individuals from 17 different provinces and cities were typed for PvuII restiction fragment length polymorphism with the probe 3’HVR.The frequencies of homozygotes and heterozygotes were estimated as 15.7% and 84.3%,34 distinguishable allele sizes showed a continue distribution from 2.0-7.0kb.The main alleles of 2.0-2.5kb and 4.0-6.0kb gave the gene frequencies of 0.43 and 0.34 respectively.The preliminary characteristics of 3’HVR locus in Chinese population were revealed.