香蕉枯萎菌基因组DNA提取方法的研究

以香蕉枯萎菌菌株为试验材料,在SDS～CTAB法和高盐沉淀法等基础上加以改进,对两种提纯香蕉枯萎菌基因组DNA的方法进行了比较研究。结果表明：高盐沉淀法是适合于香蕉枯萎菌基因组DNA提取的方法。该方法提取的DNA OD260／OD280的比值为1．841,DNA产量为0．81mgDNA／g菌丝体。基因组DNA经琼脂糖凝胶电泳得到一条带型较宽且清晰的DNA谱带,基本无DNA碎带;将提取的DNA直接用于PCR扩增,得到带多而且清晰、整齐、基本无拖尾的RAPD图谱。     

CTAB法提取野野村菌基因组DNA

针对用常规方法难以提取野野村菌基因组DNA的问题,通过选用添加甘氨酸的不同培养基和不同培养时间获得的菌丝体,采用液氮研磨结合CTAB法提取野野村菌DNA,电泳检测及计算OD260/OD280值。结果表明,在添加0.3%甘氨酸的麦芽汁-酵母膏(YE)培养基中振荡培养培养3d的菌丝体适合于DNA提取,用CTAB法获得的基因组DNA,长度约为20kb,且OD260/OD280在1.8左右,达到基因组DNA-DNA杂交的要求。     

不同方法保存的蜜蜂基因组DNA提取的比较

目的:找出适合DNA提取的昆虫标本保存方法。方法:用几种常用的昆虫标本保存方法对蜜蜂处理不同时间后,用蛋白酶K法对其基因组DNA进行提取和纯化,然后对提取产物做琼脂糖凝胶电泳及紫外吸收分析。结果:75%乙醇及冻存处理材料的基因组DNA得率较高,为7.13～8.85μg/g,电泳条带较亮;甲醛处理材料的基因组DNA得率较低,为1.50～3.21μg/g。结论:用75%乙醇及冻存处理蜜蜂较适合于其基因组DNA的提取,不宜用甲醛。     

一种适于PCR反应的快速提取食用菌基因组DNA的方法

目的:建立一种以食用菌菌丝体和子实体为原材料的快速提取其基因组DNA的方法,从而提高基因组DNA的提取效率,为食用菌分子生物学提供便利.方法:分别以平菇黑平王的菌丝体和子实体为材料,快速提取其基因组DNA,并以此为模板进行ITS序列扩增.结果:采用方法提取的基因组DNA结构完整,无明显拖尾现象,浓度大约为10ng/μl,以此为模板能够获得预期的ITS条带.结论:该方法具有简便、快速、经济、无污染等优点,提取的基因组DNA适用于PCR反应等分子生物学研究,提高了提取效率,可作为高通量的提取方法.     

高粱基因组DNA提取方法的比较与优化

目的：比较CTAB法和高盐低pH法提取高粱总DNA效果,进一步优化建立高盐低pH值法提取高粱基因组DNA的方法。方法：采用CTAB法、高盐低pH法对高粱叶片DNA进行提取,并从电泳结果、纯度、得率三方面进行比较研究。通过提取缓冲液中SDS浓度的优化,不同组织器官的DNA提取纯化以及不同沉淀方法的优化,比较不同方法对高粱基因组DNA提取的影响。结果：高盐低pH法DNA平均得率为689.36μg/g,略小于CTAB法的718.26μg/g,但其A260/A230平均值为1.854,比CTAB法的2.164更接近标准要求。高盐低pH法提取高粱基因组DNA的适宜条件确定如下：提取液中含有2%SDS、2%PVP、2%β-巯基乙醇;水浴时间30min;沉淀方法采用0.7体积异丙醇室温沉淀的沉淀方法。结论：综合考虑高盐低pH法是提取高粱基因组DNA的最佳方法。     

黑翅土白蚁基因组DNA提取方法的优化

目的 为快速地提取到质量较好的黑翅土白蚁基因组DNA进行白蚁种群多样性的研究,对基因组DNA提取方法进行了比较与改进.方法 先初步采取CTAB法与蛋白酶K法对黑翅土白蚁基因组DNA的提取方法进行比较,再利用正交设计法对蛋白酶K法中裂解液、蛋白酶、RNA酶及作用时间4个因素进行优化.结果 蛋白酶K法获得的基因组DNA的质量与产量稍优于CTAB法;较佳的提取步骤组合为:裂解液150 μL,蛋白酶K 6μL,作用时间1h,RNA酶可不添加.结论 采用优化后的方法获得的基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到了清晰、稳定的扩增谱带,完全可用于相关后续实验.     

适合于胞质基因组扩增的红麻成熟叶片DNA提取改良方法

为了从成熟红麻叶片中提取高质量、高产量的基因组DNA,针对红麻成熟叶片中多糖、多酚含量较高的特性,利用改良CTAB法及改良SDS法分别提取红麻品种福红952成熟叶基因组DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计测定进行DNA质量检测。结果表明:改良CTAB法提取的基因组DNA电泳时点样孔干净,条带整齐无拖带,OD260/OD280为1.9左右,产率可达1.84μg/g,其质量、产量都高于改良SDS法,所提取的DNA可用于红麻RAPD分子标记、线粒体DNA、叶绿体DNA通用引物PCR扩增。改良CTAB法是提取成熟红麻叶片DNA的有效方法,并且可用于红麻分子标记及胞质基因组学研究。     

磁珠法快速提取基因组DNA的实验研究

针对临床标本基因组DNA的提取方法缺乏广泛适用性,提取步骤繁琐,需要进行离心操作,并且提取过程中会用到苯酚、氯仿等有机试剂,会对操作人员有一定的危害性等不足,本研究拟建立一种适用于临床标本的基因组DNA快速提取方法。在传统的基因组DNA提取试剂和方法的基础上,本研究采用二氧化硅修饰的超顺磁珠设计了一种基因组DNA快速提取方法;探讨磁珠用量、裂解液p H、盐酸胍浓度等因素对基因组DNA提取效率的影响并采用凝胶电泳实验进行验证。当磁珠用量在50~100μg/100 mg样品,裂解液p H约为6,盐酸胍的浓度为6 mol/L时基因组DNA提取效果好、效率高,且磁珠的用量与吸附表面积成正比,但达到一定用量后不会增加提取量,对于100 mg肺组织,适宜的磁珠用量为80μg。此基因组DNA提取方法高效省时,简便快捷,性价比高,适用临床大量样本基因组DNA提取。     

香鱼基因组DNA提取方法的优化

为获得高质量的基因组DNA,分别采用传统酚-氯仿法、高盐法、试剂盒法和改进酚氯仿法提取香鱼肌肉基因组DNA。琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,改进酚氯仿法提取的基因组DNA电泳条带整齐明亮且无降解。紫外分光度计测定DNA浓度和纯度,结果表明,改进酚氯仿法提取的鱼类基因组DNA浓度约为300μg/mL,A260/A280为1.80-1.86。用改进的酚氯仿法提取的DNA进行AFLP分析,扩增结果稳定,电泳条带清晰。综上所述,改进酚氯仿法能够获得高质量DNA,且可以用于进一步的分子生物学研究。     

一种从鱼类肌肉组织中提取基因组DNA的简易方法

以泰山螭霖鱼、黄河鲤鱼、东平湖鲫鱼为材料,采用改进的酚-氯仿抽提法和蛋白酶K消化法提取基因组DNA,并对其进行紫外分光光度、琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳、微卫星PCR扩增等方法的鉴定。结果表明,本方法提取的鱼类基因组DNA浓度为0．9-3．25μg／μL,D260nm/D280nm值为1．79-1．87,电泳条带整齐明亮,适合微卫星PCR扩增。因此,本方法能够从鱼类肌肉组织中获得较为纯净的基因组DNA,适于进一步的分子生物学研究之用。     

几种全长cDNA文库构建方法比较

全长cDNA文库是高效、大规模获得基因全序列信息的一条有效途径,尤其是对基因组庞大,近期内尚不能进行全基因组测序的生物来说,是一条开展功能基因组研究的重要途径。本文对几种全长cDNA文库的构建方法进行了概述,针对各种方法的原理及优缺点做了分析、比较,并结合本实验室的结果,重点介绍了Cap-trapper法在小麦全长cDNA文库中的应用及文库中全长基因比例判定方法。     

小麦网腥黑粉菌冬孢子总DNA提取方法比较

目的：研究提取不同时期小麦网腥黑粉菌冬孢子总DNA的最佳方法。方法：应用改良过的四种方法（CTAB法、SDS-CTAB法、SDS法和尿素法）对小麦网腥黑粉菌冬孢子总DNA进行提取。结果：提取当年小麦网腥黑粉菌冬孢子DNA,纯度（OD260/OD280）：CTAB法〉SDS-CTAB法〉SDS法〉尿素法=1.876〉1.7815〉1.7789〉1.6095;产率（μg/g）：SDS-CTAB法〉SDS法〉尿素法〉CTAB法=796.25〉664〉306〉291.5。提取15年的小麦网腥黑粉菌冬孢子DNA,纯度（OD260/OD280）：CTAB法〉SDS-CTAB法〉SDS法〉尿素法=1.91795〉1.8876〉1.65985〉1.55925;产率（μg/g）：尿素法〉CTAB法〉SDS法〉SDS-CTAB法=1529.25〉799〉687.25〉372.5。结论：SDS-CTAB法是提取当年小麦网腥黑粉菌冬孢子DNA的最佳方法。CTAB法是提取15年的小麦网腥黑粉菌冬孢子DNA的最佳方法。     

四种提取芸芥基因组DNA方法的比较

以芸芥为材料 ,分别用CTAB法、SDS法、尿素法、NaOH法四种方法对芸芥基因组DNA进行了提取 ;并用紫外光分光光度计法、琼脂糖电泳法和RAPD分析法对所提取的DNA进行检测 ,将它们在DNA的产量、质量和耗时、耗费等方面的优缺点进行比较 ,以便在实际工作中根据不同的试验条件选取最合适的提取方法。通过四种方法的比较 ,研究认为尿素法是芸芥基因组DNA的最佳提取方法。     

A comparison of four methods for measuring roots of field crops in three contrasting soils

Rooting measurements have been made at different growth stages for sugar beets (1987) and for cereals (1988) on three different sites using four different root measurement techniques: (a) the core method where roots were extracted and root length is directly measured, (b) the core-break method where the visible roots were counted on the faces of a broken soil column, (c) the trench profile wall method where the number of visible roots were counted and the root length density was estimated on a profile wall, and (d) the monolith method where the roots were extracted from monoliths dug out from a profile wall. The calibration curves between the field methods and the extraction methods were not linear, and regression coefficients differed significantly between different sites, crops and between fields with different agronomic management, e.g. irrigation and liquid manure application. Differences between growth stages were comparably low compared with those found between locations. Root length densities obtained with the trench profile method were on average 10-fold lower in the sand brown earth, 6-fold lower in the vertisol and 4 times lower in the cambisol compared to data obtained with the core method. It is therefore concluded that the core-break method and the trench profile wall method deliver no reliable data for comparing rooting intensities between different soils and between different crops if they are not calibrated with an extraction method for each site and crop.     

呼肠孤病毒科的系统发育分析

运用邻接法(neibor-joining,NJ)、最大似然法(maximum likehood,ML)对国际病毒分类委员会(Intemational Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)第八次报告中所有已报道的呼肠孤病毒科外层衣壳蛋白序列进行了系统发育分析.结果表明:两种方法构建的系统树拓扑结构基本一致,尽管部分分支略有差异,但都能够反映出科内各属的系统发育关系,分析结果支持了该科的分类地位.同时还比较两种建树方法的异同点,并对建树产生的差异原因作了探讨.     

A numerical study of oxygen diffusion in a spherical cell with the Michaelis-Menten oxygen uptake kinetics

A numerical method is presented for the solution of reaction diffusion systems in biology. The method is used to re-examine the oxygen diffusion in a spherical cell with the Michaelis-Menten oxygen uptake kinetics.     

三种提取苹果绵蚜基因组DNA方法的比较

参考国内外昆虫基因组DNA提取的常用方法,选取KAc法、氯仿-异戊醇法和盐析法3种方法对苹果绵蚜(Eriosoma lanigerum)基因组DNA进行提取.通过基因组DNA直接琼脂糖凝胶电泳、SSR引物扩增产物的琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,对3种方法所提基因组DNA的质量进行了比较,并综合分析了提取所需时间及所用试剂的毒性大小等.结果表明,盐析法操作程序较简便快捷,节时省工,可得较好质量的DNA样本,且对试验操作人员无伤害,是一种值得推广应用的基因组DNA提取方法.     

鄂西北产鱼腥草提取物体外抗氧化性的四种化学方法评价

采用α-脱氧核糖法、邻苯三酚自氧化法、DPPH法、铁氰化钾还原法等4种国内外常用的体外抗氧化活性检测方法,对鄂西北产鱼腥草石油醚提取物、无水乙醇提取物、乙酸乙酯提取物、三氯甲烷提取物的抗氧化性进行化学评价,结果表明鱼腥草提取物具有一定抗氧化性,其浓度与其抗氧化活性强弱顺序一致。     

康氏木霉基因组DNA提取方法的比较研究

采用3种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:冷冻研磨CTAB法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度也较高,但是价格昂贵,饱和酚抽提法提取的DNA浓度不高,且易有降解现象,不适合分子生物学操作的要求。     

灭蚊真菌一贵阳腐霉对植物的安全性试验

The aim of this study is to investigate whether Pythium guiyangense,a mosquito-killing fungus isolated in Guiyang,Guizhou Province of China in 1994,is pathogenic to plants.Six common crops,Cucumis sativa,Lycopersicon esculentum,Capsicum annuum,Nicotiana tabacum,Brassica campestris and Oryza sativa were used as subjects for test.Zoospores of the fungus were used to infect the plants with soil inoculation method,caudex injection method and foliage spray method.Both positive control(using P.aphanidermatum)and negative control(using sterile water)were set up in all the experiments.The results showed that no infection was found on the tested plants in soil inoculation experiments.In caudex injection test,callus grew around the wounded tissue in most of the plants.Brownish rottenness could be found only in the injected wounds in a few plants,probably caused by saprophytic bacteria or other fungi,and the germ-carrying plants grew normally.No abnormal appearance was found on the six crops in foliage spray test.It was demonstrated that P guiyangense could hardly infect plants in nature,and was a safe and promising agent for mosquito biological control.