真核生物核酸外切体(exosome)的研究进展

RNA的加工和降解是调控基因时空表达的重要步骤,在调节生物体的生长和发育过程中起着至关重要的作用.几乎所有的RNA都是从一条长的前体加工处理而来,形成成熟的RNA发挥功能,之后进行降解.RNA的降解需要5′-3′核酸外切酶、3′-5′核酸外切酶及核酸内切酶的参与.在真核细胞中,部分3′-5′核酸外切酶所进行的RNA降解依赖于一种称为核酸外切体(exosome)的复合物.该复合物由9个核心蛋白亚基组成,已有的证据表明,其广泛参与了动物、酵母及植物体中多种RNA的加工和降解过程.本文综述了真核生物中核酸外切体的研究进展,讨论了该复合体在RNA加工降解过程中的作用机制.     

米曲霉在产脱氨酶过程中的超微结构动态

腺苷酸脱氨酶(AMP deaminase,EC 3.5.4.6)催化5′-腺苷酸脱氨生成5′-肌苷酸。核酸经5′-磷酸二酯酶降解后,用AMP催化其中5′-腺苷酸使其生成5′-脱苷酸。产脱氨酶高活力米曲霉菌株(Aspergillus oryzae)AS3.800,在制作麸麯过程中,当米曲霉分生孢子颜色由浅黄变为绿色时,酶活力下降。现对培养1.5、2、2.5及3天的麸麯进行了电镜观察与脱氨酶     

真核生物和原核生物mRNA 5′至3′方向的降解机制

RNA降解是基因表达调节的重要途径,影响很多生命活动。近来,m RNA降解机制有了很多新发现,如真核生物中发现了一种m RNA末端尿苷化介导的脱帽机制,和一条不依赖exosome的3′→5′的m RNA降解途径。虽然真核生物与原核生物m RNA降解途径非常相似,通常都有3种:内切降解、5′→3′外切降解和3′→5′外切降解等,但两者m RNA降解途径之间也存在很多差异,如5′→3′方向的外切降解是真核生物m RNA最重要的降解途径之一,但其在细菌中作用非常弱,且只在革兰氏阳性菌中发现。m RNA降解的研究不仅深化了人们对这一过程的认识,而且有助于新型药物的研发,以防御寄生虫、病毒或治疗人类疾病(如癌症)等。文章主要综述了真核生物和原核生物m RNA 5′→3′方向的降解机制,并对其应用前景进行了展望。     

植物中XRN家族的研究进展

XRN家族是一类5′-3′核酸外切酶家族,主要参与rRNA的成熟加工以及特异mRNA的降解过程,在动物、植物以及微生物的生长发育过程中起着重要的作用.对XRN家族在植物生长发育过程中的功能进行了综述,XRN家族在植物中主要参与rRNA加工过程、miRNA途径、外源mRNA降解过程以及乙烯信号通路.     

米曲霉在产脱氨酶过程中的超微结构动态

腺苷酸脱氨酶(AMP deaminase,EC 3.5.4.6)催化5′一腺苷酸脱氨生成5′一肌苷酸。核酸经5′-磷酸二酯酶降解后,用AMP催化其中5′一腺苷酸使其生成5′一脱苷酸。产脱氨酶高活力米曲霉菌株(Aspergillus oryzae)AS3.800,在制作麸麯过程中,当米曲霉分生孢子颜色由浅黄变为绿色时,酶活力下降。现对培养1.5、2、2.5及3天的麸麯进行了电镜观察与脱氨酶活性测定,希望能找到米曲霉菌体发育过程与产酶之间的相关性。     

pppA2′p5′A2′p5′A保护病毒感染细胞的普遍性

pppA2′p5′A2′p5′A(简称2′-5′P_3A_3)是干扰素作用于细胞后诱导产生的物质。干扰素的作用机理很复杂,其中之一是2′-5′寡聚腺苷酸合成酶的活力增加,此酶以ATP为底物合成2′-5′P_3A_3及其同系物2′-5′P_3An。但2′-5′P_3A_3或2′-5′P_3A_n本身是否具有抗病毒作用,干扰素的抗病毒作用是否通过2′-5′P_3A_3或2′-5′P_3A_n而进行,这是一个很     

真核生物细胞中的无义介导mRNA降解机制

真核生物细胞具有不同的机制用于监视转录本的准确性以保证翻译产物的完整性与正确性．无义介导mRNA降解(NMD)的作用对象主要是由于编码氨基酸的密码子突变为终止密码子,而使翻译提前终止的无义mRNA,其降解方式是直接进行5′端脱帽和5′→3′方向的水解。     

可溶性核糖核酸的研究 Ⅲ.酵母可溶性核糖核酸中抗碱二核苷酸的分离与鉴定

利用Tomlinson和Tener的DEAE-纤维素柱层析方法,我们从酵母SRNA的碱水解产物分得抗碱二核苷酸的层析峰。将抗碱二核苷酸混合物用大肠杆菌碱性磷酸单酯酶处理后,纸层析分离可得到四个部分,分别称A_1,A_2,A_3及A_4。经鉴定A_1为2′-O-甲基鸟便嘌呤核苷-3′-磷酸-5′-鸟便嘌呤核苷(G'pG),A_2主要为2′-O-甲基胞嘧啶核苷-3′-磷酸-5′-鸟便嘌呤核苷(C'pG,纯度约为87%),A_3则至少合2′-O-甲基胞嘧啶核苷-3′-磷酸-5′-腺嘌呤核苷(C'pA)和2′-O-甲基鸟便嘌呤核苷-3′-磷酸-5′-腺嘌呤核苷(G'pA),A_4较为复杂,未最后鉴定。因此酵母SRNA中至少含有下列四种抗碱二核苷酸:2′-O-甲基鸟便嘌呤核苷-3′-磷酸-5′-鸟便嘌呤核苷酸(G'pGp),2′-O-甲基胞嘧啶核苷-3′-磷酸-5′-鸟便嘌呤核苷酸(C'pGp),2′-O-甲基胞嘧啶核苷-3′-磷酸-5′-腺嘌呤核苷酸(C'pAp)及2′-O-甲基鸟便嘌呤核苷-3′-磷酸-5′-腺嘌呤核苷酸(G'pAp)。除此以外,还得到核苷二磷酸的层析峰,其中主要为鸟便嘌呤核苷-2′(3′),5′-二磷酸,只有少量的腺嘌呤核苷-2′(3′),5′-二磷酸。     

幼龄小白鼠全脑5SrRNA的全核苷酸序列测定

<正> 5S rRNA是一种稳定的独立小分子,在原核和真核细胞中都牢固地结合在核糖体的大亚基上。它在蛋白质生物合成过程中具有重要作用。微生物、大鼠肝细胞及某些植物细胞5S rRNA的一级结构都已经测定,脑细胞5SrRNA的一级结构尚未见报道。因此,我们对幼龄小鼠全脑5S rRNA的序列进行了分析。我们用辜祥荣等人的方法分离和纯化5S rRNA,5S rRNA3′-末端标记参照Peattie的方法(2)。3′-末端标记5S rRNA的序列分析用化学降解-凝胶直读法及特异RNa8e降解直     

2′—5′寡聚腺苷酸衍生物的研究——Ⅰ.以2′-5′寡聚腺苷酸作为T_4-RNA连接酶的供体和受体合成其衍生物的方法

在干扰素的功能表达中,2′-5′寡聚腺苷酸是一类重要的媒介物。本文研究了T_4-RNA连接酶的专一性及其用于2′-5′寡聚腺苷酸衍生物合成的可能性。1980年,我们曾发现2′-5′寡聚腺苷酸可以作为RNA连接酶的受体。本文对此作了进一步的研究,证实了T_4-RNA连接酶可以将pNp(N=A,G,C,U)、pCpUpC、pCpm_2~2G等供体连到2′-5′P_3A_3受体上去,生成各种相应产物。2′-5′磷酸二酯键连接的寡核苷酸能否作为T_4-RNA连接酶的供体,有人估计不大可能。本文也证实了T_4-RNA连接酶能将供体pA~(2′)p~(5′)A连接到CpUpC、UpCpCpA、Cpm′IpψpG等受体上面去。从而说明T_4-RNA连接酶也可使用2′-5′磷酸二酯键连接的寡核苷酸作为供体。应用T_4-RNA连接酶,可以合成既含有2′-5′又含有3′-5′磷酸二酯键的寡核苷酸。本工作还证明A~(2′)p~(5′)A也可以作为T_4-多核苷酸激酶的底物。     

干扰素的功能表达机理——Ⅹ、pppA_(2′p5′)A_(2′p5′)A抗病毒作用的条件

本工作说明pppA2′p5′A2′p5′A(2′-5′p_3A_3)能使Lpa小鼠细胞对新城鸡瘟病毒或水泡性口腔炎病毒的攻击起一定的保护作用,进一步支持2′-5′p_3A_3抗病毒作用的普遍性。本文还证明在无Ca~(++)存在下,2′-5′p_3A_3于病毒攻击前数小时处理细胞,也能得到抗病毒效果。     

2′-5′寡聚腺苷酸衍生物的研究——Ⅱ.pppA~(2′)p~(5′)A~(2′)p~(5′)A~(3′)p~(5′)Cp的合成及生物活性的观察

本文研究了以T_4RNA连接酶为工具,合成pppA2p~(5′)A~(2′)p~(5′)A~(3′)p~(5′)Cp(2′-5′P_3A_3-Cp)的条件,建立了分离产物的方法,连接得率可达83.1%,获得了紫外水平的量。初步研究了它的一些性质。2′-5′P_3A_3-Cp的分子结构与2′-5′P_3A_3不同,但在体外它也能抑制蛋白质的生物合成,有抗病毒等生物作用,它激活巨噬细胞的能力比2′-5′P_3A_3强。说明将pCp加到2′-5′P_3A_3的3′末端对其生物活性并无大的影响。     

靶向敲除β-珠蛋白基因座控制区增强子HS2对K562细胞转录组的影响

人类β-地中海贫血的发病机制与β-样珠蛋白基因异常表达息息相关。人类β-样珠蛋白基因以5′-ε-Gγ-Aγ-δ-β-3′的顺序排列于β-珠蛋白基因座,受5′LCR (locus control region)中5个超敏位点(hypersensitive site,HS)5′HS5～5′HS1和3′HS1调控。其中5′HS2是最重要的增强子,能产生增强子RNA(enhancerRNA)并调控ε-globin、γ-globin和β-globin的表达。为了进一步探究K562细胞中增强子5′HS2的功能,本研究首先通过染色质构象捕获技术在人慢性髓原白血病K562细胞中探测到5′HS2介导的染色质相互作用集中在以包含CTCF(CCCTC-bindingfactor)位点的3′HS1和5′HS5为边界的拓扑结构域中,5′HS2在三维空间上与HBE1、HBG2和HBG1启动子区域相互靠近。其次运用CRISPRDNA片段编辑技术在K562细胞系中删除了增强子5′HS2。最后通过RNA-seq和CUT&Tag (cleavage under target&tagmentation)实验...     

3′-poly(A)~-病毒RNA的大分子cDNA的合成和克隆

为了合成3′端无poly(A)的病毒RNA(登革热病毒Ⅱ)的3′区的长的cDNA,我们用RNA连接酶,把3′端被pCp封闭了的poly(A)<50bp连在病毒RNA的3′端,构成一个病毒RNA-poly(A)-pCp型模板,可用oligo(dT_(10-12))作引物,再用Watson和Jackson(1985)的RNase H代替硷降解法来合成cDNA。结果获得了≥5kb的cDNA。重组克隆的鉴定证明这个大分子cDNA确是病毒RNA 3′区的拷贝。这将有利于对这类RNA病毒基因组的结构-功能分析和对病毒cDNA拷贝的感染性的研究。     

千里香化学成分研究CSCD

研究千里香的化学成分。采用硅胶、ODS、Sephadex LH-20、制备液相等多种色谱分离技术进行分离纯化,通过波谱数据分析进行结构鉴定。从千里香70%乙醇提取物中分离得到26个化合物,分别鉴定为千里香脂素(1)、8-去甲基川陈皮素(2)、ficusal(3)、lariciresinol-4′-monomethy ether(4)、(±)-5′-methoxy-4′-O-methyllariciresinol(5)、diospyrosin(6)、(-)-9′-O-E-feruloyl-lyoniresinol(7)、7-O-methylphellodenol-B(8)、欧芹烯酮酚甲醚(9)、3,4′-二羟基-3′,5′-二甲氧基苯丙酮(10)、4′-羟基-5,7-二甲氧基二氢黄酮(11)、5-羟基-6,7,3′,4′-四甲氧基二氢黄酮(12)、4′-羟基-5,7,3′-三甲氧基二氢黄酮(13)、5,7,3′,4′,5′-五甲氧基二氢黄酮(14)、2′,4-二羟基-3′,4′,6′-三甲氧基查尔酮(15)、2′,3-二羟基-4,4′,6′-三甲氧基查尔酮(16)、楝叶吴萸素B(17)、2′-羟基-3,4,5,4′,6′-五甲氧基查尔酮(18)、2′-羟基-3,4,4′,6′-四甲氧基查尔酮(19)、5,8-二羟基-6,7,3′,4′-四甲氧基黄酮(20)、3′-羟基-5,6,7,8,4′,5′-六甲氧基黄酮(21)、5,3′,5′-三羟基-7,4′-二甲氧基黄酮(22)、5,7,3′-三羟基-8,4′-二甲氧基黄酮(23)、3′-羟基-5,6,7,4′-四甲氧基黄酮(24)、5,7,3′,4′,5′-五甲氧基黄酮(25)、5-羟基-6,7,8,3′,4′-五甲氧基黄酮(26),其中化合物1、2为新化合物,化合物3~8、10~13、15、16、20~24为首次从九里香属植物中分离得到,化合物17为首次从千里香中分离得到。     

奶牛乳铁蛋白基因5′侧翼区PCR-SSCP多态性分析

采用PCR-SSCP技术,对奶牛乳铁蛋白基因5′侧翼区1122bp序列进行多态性分析.在该区所划分的5个亚片段上,发现Blf 5′-1(227bp),Blf 5′-3(175bp)和Blf 5′-5(293bp)3个DNA片段存在多态.进一步对这3个片段进行测序分析,在Blf 5′-1序列中,发现位于转录起始位点上游-926和-915位分别有G→A及T→G点突变;在Blf 5′-3片段中,-478位存在G的插入;Blf 5′-5位点上,发生-28位的C颠换为A和 33位的G颠换为C两处突变.利用TFSEARCH (ver.1.3)软件对乳铁蛋白基因5′侧翼区潜在调控元件及蛋白质结合位点进行了预测,结果显示5′侧翼区的突变引起了蛋白质结合因子的变化.     

木质素降解条件下黄孢原毛平革菌lip基因转录调控序列的筛选与鉴定

用DNA-蛋白质体外结合实验和凝胶迁移率变动分析技术筛选黄孢原毛平革菌（Phanerochaete chrysosporium）木质素过氧化物酶基因lipA、lipC、lipF的5′-端调控区内能与该菌在木质素降解条件下形成的蛋白特异结合的顺式作用元件。结果表明,来自lipC、lipF基因的5′-端片段LG2P3(396 bp)和 LG6S1-2（738 bp）能特异结合培养于Kirk低氮培养基中的菌丝体蛋白;而来自于lipF基因的5′-端的LG6S2 (226 bp) DNA片段能特异结合培养于天然冷杉木片中的菌丝体蛋白。对这些片段的DNA序列分析表明,它们均存在各种顺式作用元件,由此推测它们可能是被一些木质素过氧化物酶基因转录调控相关的蛋白质所结合的序列。     

腺苷及其类似物对猪血小板肌动蛋白聚合的抑制作用及可能机理

凝血酶和ADP刺激血小板肌动蛋白的聚合,腺苷、5′-氯-5′-脱氧腺苷及2′-脱氧腺苷抑制凝血酶和(或)ADP诱导的肌动蛋白聚合;腺苷和5′-氯-5′-脱氧腺苷对磷脂酰肌醇的磷酸化有抑制作用,且呈剂量效应关系;腺苷对凝血酶刺激的血小板中肌醇二磷酸的生成有抑制作用。本实验提示腺苷及其类似物对肌动蛋白聚合的抑制作用可能与它们对肌醇磷脂转换的抑制有关。     

酵母丙氨酸tRNA的纯化、半分子制备及其末端鉴定

本文报道了用DEAE-葡聚糖凝胶A-25柱层析纯化酵母丙氨酸tRNA的方法,纯化的tRNA,按接受丙氨酸的活力计算,其纯度达60～70%。经核糖核酸酶T_1(RNase T_1)限制性降解(tRNA与RNase T_1的比率为1毫克/15单位,0℃,4分钟),柱层析,制备了tRNA的两个半分子。用萤光标记法,[~3H]标记法,测得5′半分子的3′末端为鸟苷酸;用[~(32)P]标记法测得3′半分子的5′末端为胞苷酸。因此,RNase T_1限制性降解丙氨酸tRNA的切点在反密码子的G—C键之间。     

酵母丙氨酸tRNA的纯化、半分子制备及其末端鉴定

本文报道了用DEAE-葡聚糖凝胶A-25柱层析纯化酵母丙氨酸tRNA 的方法,纯化的tRNA,按接受丙氨酸的活力计算,其纯度达60～70%。经核糖核酸酶T_1(RNase T_1)限制性降解(tRNA 与RNase T_1的比率为1毫克/15单位,0℃,4分钟),柱层析,制备了tRNA 的两个半分子。用萤光标记法,[~3H]标记法,测得5′半分子的3′末端为鸟苷酸;用[~(32)P]标记法测得3′半分子的5′末端为胞苷酸。因此,RNase T_1限制性降解丙氨酸tRNA 的切点在反密码子的G—C 键之间。