蛋白质表面氨基酸特性研究进展

分布在蛋白质分子表面的暴露于溶剂的氨基酸所具有的一些特性对蛋白质的折叠和聚合过程、蛋白质一蛋白质相互作用以及蛋白质的功能具有重要影响。本文分析了蛋白质表面氨基酸在疏水性、保守性、静电势及结构方面的一些特性,阐述了近年来国际上利用这些特性对蛋白质一蛋白质相互作用界面进行预测的方法,最后介绍了几款预测蛋白质表面氨基酸的软件。     

蛋白质相互作用研究进展

蛋白质行使功能时,需要与其他蛋白质或者其他分子相互作用才能完成.在蛋白质相互作用水平上研究蛋白质对理解蛋白质功能、疾病与进化具有重要的意义.就蛋白质相互作用的预测、常用的蛋白质相互作用数据库以及蛋白质相互作用网络的研究进行了介绍.     

蛋白质相互作用的生物信息学研究进展

生命过程的分子基础在于生物分子之间的相互作用,其中蛋白质分子之间的相互作用占有极其重要的地位。研究蛋白质相互作用对于理解生命的真谛、探讨致病微生物的致病机理,以及研究新药提高人们的健康水平具有重要的作用。用生物信息学的方法研究蛋白质的相互作用已经取得了许多重要的成果,但也有很多问题还需解决。本文从蛋白质相互作用的数据库、预测方法、可预测蛋白质相互作用的网上服务、蛋白质相互作用网络等几方面,对蛋白质相互作用的生物信息学研究成果及其存在的问题做了概述。     

蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究进展

蛋白质-蛋白质相互作用在细胞活动和生命过程中扮演着非常重要的角色。基因调节、免疫应答、信号转导、细胞组装等等都离不开蛋白质-蛋白质的相互作用。近几年,靶向蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究也逐渐成为研究的热点;但是蛋白质复合物相互作用界面的一些特点和性质,如相互作用界面较大、结合界面较为平坦等,使蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究充满了挑战。本文主要总结了蛋白质-蛋白质相互作用界面的一些性质和特点,分析了界面特性与其抑制剂设计的关系,并讨论了蛋白质-蛋白质相互作用的理论预测方法及其抑制剂的类型和特点,最后又通过实例说明了如何进行蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂的设计。     

电导法研究表面活性剂与蛋白质的相互作用

较系统地研究了溶液中离子型表面活性剂与蛋白质相互作用时电导率的变化,并根据实验现象,得出表面活性剂与蛋白质作用的两种模式－疏水作用模式和电荷作用模式。表面活性剂采用疏水作用模式与蛋白质结合时,蛋白质的二硫键逐一断裂,三级结构逐渐打开,电导率曲线出现一些小“平台”,采用电荷作用模式吸附蛋白质时,首先形成疏水复合体,产生白色浑浊,随离子型表面活性剂浓度的增加,疏水复合体转变成亲水复合体,白色浑浊     

蛋白质-蛋白质界面热点残基预测及其在线工具

蛋白质-蛋白质结合热点是界面中对结合自由能有着显著贡献的一小簇残基。捕捉和揭示这类热点残基可以加深对蛋白质间相互作用机制的理解,为蛋白质工程和药物设计提供指导。但实验技术费时费力且代价昂贵。计算工具可用于辅助和补充实验上的尝试。该文较详细、系统地介绍了蛋白质界面热点的特性、计算预测的策略与技术,并应用实例进一步说明这些方法学的特征;还介绍了界面热点的数据库和一些主要的在线预测工具,旨在为设计、挑选和应用这类工具解决特定问题的研究人员提供指南。     

蛋白质氨基酸网络研究进展

氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如:度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在蛋白质折叠以及蛋白质分子对接问题中的应用。最后,分析了氨基酸网络研究目前存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。     

蛋白质氨基酸网络研究进展

氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如：度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在蛋白质折叠以及蛋白质分子对接问题中的应用。最后,分析了氨基酸网络研究目前存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。     

计算方法在蛋白质相互作用研究中的应用

计算方法在蛋白质相互作用研究的各个阶段扮演了一个重要的角色。对此,作者将从以下几个方面对计算方法在蛋白质相互作用及相互作用网络研究中的应用做一个概述：蛋白质相互作用数据库及其发展;数据挖掘方法在蛋白质相互作用数据收集和整合中的应用;高通量方法实验结果的验证;根据蛋白质相互作用网络预测和推断未知蛋白质的功能;蛋白质相互作用的预测。     

海南产螺旋藻粉蛋白质氨基酸

采用Tecator自动定氮仪和Waters PICO-TAG氨基酸自动分析仪测定了海南螺旋藻粉中蛋白质含量和17种氨基酸含量。结果显示海南螺旋藻粉中蛋白质含量达63.3%,总氨基酸含量达60.88%,其中必需氨基酸含量超过40%,比例平衡,符合FA0标准,可与国外产品媲美。     

Analysis of Protein Three-Dimension Structure Using Amino Acids Depths

The issue of amino acid depth in proteins gives important insights to our understanding of protein’s three-dimensional structure. There has already been much research done in mathematical and statistical sciences regarding the general definitions, properties and algorithms describing the particle depth of spatially extended systems. We constructed a method of calculating the amino acids depths and applied it to a set of 527 protein structures. We propose the introduction of amino acid depth tendency factors for three-dimensional structures of proteins. The depth tendency factors relate not only to the hydrophobicity indices but also to the electrostatic charge. We found a relationship between the protein size and the number of residues using the distance between the deepest residue and surface residues. We made a prediction regarding the number of residues on the surface of a protein, the deepest amino acid, and the average depth, all of which are fitted well to a linear functional relationship with the length of the protein. Finally, we have predicted the depths of multiple peptides in protein’s three-dimension structure. Electronic supplementary material The online version of this article () contains supplementary material, which is available to authorized users.     

蛋白质折叠速率预测研究进展

蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一。近年来,该领域的研究取得了很大的进展,提出了许多经验参数,例如:接触序、长程序、总接触距离、链拓扑参数、二级结构含量、有效长度、螺旋参数、n-阶接触距离等。这些参数都和蛋白质的折叠速率有很好的相关性,基于这些参数的各种预测方法所得到的预测结果也与实验数据较好地吻合。     

条件必需氨基酸对放射损伤大鼠血浆蛋白的影响

观察条件必需氨基酸对放射损伤大鼠血浆蛋白的影响。以雄性Wistar大鼠 6 9只 ,普通饲料喂养 6天 ,随机分成A、B、C、D四组 ,A、B、C组各 2 0只、D组 9只。A、B、C三组动物均接受 6 .5Gy的γ线全身照射 ,D组动物不照射。照射后在A组饲料中添加 3%精氨酸 +5 %牛磺酸 +1%谷氨酰胺 ;B组饲料中添加与A组等氮量的甘氨酸 (10 .91% ) ;C组及D组仍喂普通饲料。照射后 7及 14天测血浆总蛋白、白蛋白、前白蛋白、纤维结合蛋白。结果显示A组在饲料摄入量、体重及血浆总蛋白、白蛋白、前白蛋白、纤维结合蛋白水平等方面均优于B组及C组。提示饲料中增加条件必需氨基酸含量可以改善进食 ,促进体重恢复及蛋白质合成 ,进而提高受照大鼠应激能力     

由铬革屑制备可溶性蛋白及氨基酸的研究

成品铬革屑中蛋白质含量在 70 %以上 ,处理成小颗粒后与水、Ca(OH) 2 按 1∶4 0∶0 .4的比例混合 ,90℃反应 5h ,可溶性蛋白转化率近 6 0 % ,且在升温后加入Ca(OH) 2 有利于退鞣。以 6mol/L盐酸水解皮革蛋白粉制备复合氨基酸 ,水解 14h ,水解液以HD -I树脂脱色 ,氨基酸损失较少 ,且动态脱色效率明显高于静态脱色 ,采用 717树脂脱酸可获得pH4 .5 - 5的复合氨基酸溶液 ,总得率为 6 0 .1%。     

Relationship Between Amino Acid Properties and Protein Stability: Buried Mutations

In order to understand the mechanism of protein stability and to develop a simple method for predicting mutation-induced stability changes, we analyzed the relationship between stability changes caused by buried mutations and changes in 48 amino acid properties. As expected from the importance of hydrophobicity, properties reflecting hydrophobicity are strongly correlated with the stability of proteins. We found that subgroup classification based on secondary structure increased correlations significantly, and mutations within -strand segments correlated better than did those in -helical segments, which may result from stronger hydrophobicity of the -strands. Multiple regression analyses incorporating combinations of three properties from among all possible combinations of the 48 properties increased the correlation coefficient to 0.88 and by an average of 13% for all data sets. Analyzing the stability of tryptophan synthase mutants with Glu49 replaced by all other residues except Arg revealed that combining buriedness, solvent-accessible surface area for denatured protein, and unfolding Gibbs free energy change increased the correlation to 0.95. Consideration of sequence and structural information (neighboring residues in sequence and in space) did not significantly strengthen the correlations in buried mutations, suggesting that nonspecific interactions dominate in the interior of proteins.     

苜蓿盐适应愈伤组织中蛋白质性质和组分的变化

通过一步筛选获得1.0％NaCl适应愈伤组织。在盐适应愈伤组织中水溶性蛋白和稀碱提取蛋白含量增加,而脂溶性蛋白含量没有明显变化。盐适应愈伤组织水溶性蛋白热稳定性下降;总蛋白抗脱水能力增强。盐适应愈伤组织水溶性蛋白在K~ 存在时,262nm吸收峰增高。盐适应愈伤组织蛋白氨基酸组成发生变化,其中最为明显的是Tyr摩尔百分数增加。Lys摩尔百分数减少。 盐适应愈伤组织中24kD蛋白含量明显增加。应用IEF-,NEPHGE-和native-PAGE-SDS-PAGE三种双向电泳方法同时证明在盐适应愈伤组织蛋白组分与非适应愈伤组织有明显差别。     

支链氨基酸在运动中的作用研究进展

支链氨基酸(BCAAs)由亮氨酸、异亮氨酸和缬氨酸组成,是人体重要的必需氨基酸,参与人体多种生理活动。本文在大量查阅相关文献的基础上,就支链氨基酸在运动中的作用进行述评。支链氨基酸在运动中能够为机体提供能量,通过参与糖代谢过程而维持糖原含量;可调节蛋白质的代谢过程,抑制蛋白质降解并促进合成代谢;抑制自由基和乳酸的产生并加快其廓清速率,保护细胞膜与线粒体的生物功能,减缓抑制性神经递质的生成与集聚。在对抗运动性疲劳、提高运动能力和削弱延迟性肌肉酸痛方面有巨大影响。但关于长期补充支链氨基酸的毒副作用、不良效应等问题,仍有待进一步研究与探索。