k-gram方法识别microRNA前体

MicroRNAs(miRNAs)是动植物中较短的参与调控基因表达的功能性非编码RNA序列.第一个miRNA是通过实验手段发现的,然而通过实验手段识别miRNA在技术上仍然具有很大的挑战性和不完整性.因此,miRNA基因识别需要寻求计算方法来弥补实验方法的不足.提出了一个全新的miRNA前体的识别方法.在构造识别模型中,把初级序列和序列二级结构相结合,采用k-gram方法把序列信息映射到高维特征空间中,然后通过特征选取方法提取特征,并用这些特征为miRNA前体的识别构造了基于SVM的识别模型.同时,采用隐马尔可夫模型(HMM)的学习方法进行了比较.实验结果表明,该方法是有效的,可以达到较高的敏感性和特异性.     

k-gram方法识别microRNA前体

MicroRNAs (miRNAs) 是动植物中较短的参与调控基因表达的功能性非编码RNA序列. 第一个miRNA是通过实验手段发现的，然而通过实验手段识别miRNA在技术上仍然具有很大的挑战性和不完整性. 因此，miRNA基因识别需要寻求计算方法来弥补实验方法的不足. 提出了一个全新的miRNA前体的识别方法. 在构造识别模型中，把初级序列和序列二级结构相结合，采用k-gram方法把序列信息映射到高维特征空间中，然后通过特征选取方法提取特征，并用这些特征为miRNA前体的识别构造了基于SVM的识别模型. 同时，采用隐马尔可夫模型(HMM)的学习方法进行了比较. 实验结果表明，该方法是有效的，可以达到较高的敏感性和特异性.     

修正非齐次马尔可夫模型应用的研究

修正非齐次模型是在齐次模型和非齐次模型基础上提出的适用于蛋白质编码区的马尔可夫模型。此模型可以用来分析生物物种进化和基因突变,模型中的马尔可夫度与序列进化水平相关联,转移矩阵与基因突变相关联。本文通过比较7类不同物种-1度马尔可夫链的含量,验证了生物物种进化反映在密码子使用上的特征;通过密码子位点间转移矩阵的计算,分析了基因突变在密码子不同位点上发生的可能性。     

湿地植物生长模型的改进及其动态的计算机模拟分析

湿地植被的恢复与人工调控是恢复生态学研究的热点问题之一,建立湿地大型植物生长的控制模型。能为此提供一种理论模式。在湿地植物群落中,植物种间的相互作用关系较为复杂,在植物生长的不同阶段显现为互利、竞争或相互独立。基于此我们对Shukla提出的湿地植物生长模型进行了改进．建立了一种能够反映种间复杂作用机制(包括互利与竞争)的新模型。以植物的生物量为描述变量,用统计方法确定了模型参数,对实例进行了计算机模拟与数值分析．并研究了植物生长系统的稳定性。结果表明：①新模型能有效地描述湿地植物种间互利或竞争作用．优于只考虑种间竞争作用的Shukla模型;②对植物生长过程的计算机模拟结果和图像显示,在较低生物量水平上．种间显现互利关系;在较高生物量水平上．种间发生竞争作用,竞争的结局为一种植物占优势,而另一种植物趋于灭亡．这些与实际观测结果是一致的;③对系统进行了稳定性分析;④根据数值模拟结果,提出了湿地恢复的人工调控对策与建议。     

NEE观测误差分布类型对陆地生态系统机理模型参数估计的影响——以长白山温带阔叶红松林为例

基于观测数据的陆地生态系统模型参数估计有助于提高模型的模拟和预测能力,降低模拟不确定性.在已有参数估计研究中,涡度相关技术测定的净生态系统碳交换量(NEE)数据的随机误差通常被假设为服从零均值的正态分布.然而近年来已有研究表明NEE数据的随机误差更服从双指数分布.为探讨NEE观测误差分布类型的不同选择对陆地生态系统机理模型参数估计以及碳通量模拟结果造成的差异,以长白山温带阔叶红松林为研究区域,采用马尔可夫链-蒙特卡罗方法,利用2003～2005年测定的NEE数据对陆地生态系统机理模型CEVSA2的敏感参数进行估计,对比分析了两种误差分布类型(正态分布和双指数分布)的参数估计结果以及碳通量模拟的差异.结果表明,基于正态观测误差模拟的总初级生产力和生态系统呼吸的年总量分别比基于双指数观测误差的模拟结果高61～86 g C m-2 a-1和107～116 g C m-2 a-1,导致前者模拟的NEE年总量较后者低29～47 g C m-2 a-1,特别在生长旺季期间有明显低估.在参数估计研究中,不能忽略观测误差的分布类型以及相应的目标函数的选择,它们的不合理设置可能对参数估计以及模拟结果产生较大影响.     

隐马尔科夫过程在生物信息学中的应用

隐马尔科夫过程（hidden markov model,简称HMM）是20世纪70年代提出来的一种统计方法,以前主要用于语音识别。1989年Churchill将其引入计算生物学。目前,HMM是生物信息学中应用比较广泛的一种统计方法,主要用于：线性序列分析、模型分析、基因发现等方面。对HMM进行了简明扼要的描述,并对其在上述几个方面的应用作一概略介绍。     

隐马尔可夫模型-改进的预测蛋白质二级结构方法

引入蛋白质二级结构预测的新方法：隐马尔可夫模型,其中将蛋白质的二级结构分成三类：H(指α-螺旋),E(β-折叠)及O(包括转角,卷曲及其结构)．该方法属于统计方法,但考虑了相邻氮基酸之间的相互作用(体现在状态传输概率)．通过模型的改进及参数的确定后,我们编制了程序HMMPS．用它来预测蛋白质二级结构,具有很高的准确度．其中关于H,F和O的准确率分别达到80．1％．72.0％和63．2％这表明．我们的方法是较为可靠的。     

Globin-like蛋白质折叠类型识别

蛋白质折叠类型识别是蛋白质结构研究的重要内容.以SCOP中的Globin-like折叠为研究对象,选择其中序列同一性小于25%的17个代表性蛋白质为训练集,采用机器和人工结合的办法进行结构比对,产生序列排比,经过训练得到了适合Globin-like折叠的概形隐马尔科夫模型(profile HMM)用于该折叠类型的识别.以Astrall.65中的68057个结构域样本进行检验,识别敏感度为99.64%,特异性100%.在折叠类型水平上,与Pfam和SUPERFAMILY单纯使用序列比对构建的HMM相比,所用模型由多于100个归为一个,仍然保持了很高的识别效果.结果表明:对序列相似度很低但具有相同折叠类型的蛋白质,可以通过引入结构比对的方法建立统一的HMM模型,实现高准确率的折叠类型识别.     

东灵山辽东栎群落演替的连续时间马尔可夫过程研究

采用连续时间马尔可夫方法研究了北京东灵山辽东栎群落的演替过程,在综合考虑影响因子、物种构成和年龄分布等因素的基础上,建立了辽东栎群落演替的马尔可夫模型,模拟出了辽东栎群落演替的主要趋势。     

亲代传递的独立性与传递不平衡的边缘齐性检验

传递不平衡检验其实质是边缘齐性检验,需同时考察家系中两个亲代向受累子代的传递情形．但是,其零假设成立时,同一家系中父亲的传递与母亲的传递并不一定相互独立．本文探讨了父母传递的独立性条件对检验统计量的影响．结果表明,即使父母传递不独立时,边缘齐性检验仍然适合．     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.