印度块菌(Tuber indicum)菌根促生细菌的研究

【目的】筛选对印度块菌菌根量和菌根苗长势有促进作用的菌根促生细菌(Mycorrhization helper bacteria,MHB)。【方法】选择华山松为宿主植物,自块菌菌根根际土壤中分离得到的11种细菌为供试菌株,将印度块菌菌剂与不同浓度的细菌混合于特定基质中后接种于华山松上,并通过对印度块菌与华山松形成的菌根数、华山松的株高和地径三方面的统计与分析,确认MHB。【结果】Pseudomonas sp. JCM 5481 (P143)、Streptomyces sp. EN31 (S191)、Variovorax paradoxus (V633)在浓度为2.4×109 CFU/mL时对印度块菌菌根数、株高和地径均有极显著促进作用(P<0.01);Pseudomonas chlororaphis (P11)、Pseudomonas corrugate (P127)在浓度为0.8×109 CFU/mL时对印度块菌菌根数、株高和地径均有显著促进作用(P<0.05)。4种假单胞菌浓度梯度的设置显示了不同菌株适宜的浓度不同。【结论】实验获得5种MHB,并表明细菌浓度是获得MHB的一个重要影响因素。     

用传统分离培养法和高通量测序技术分析印度块菌子囊果内细菌的群落结构

块菌是重要的经济真菌, 在其生长发育过程中, 细菌扮演了重要角色。本文利用传统分离培养方法和高通量测序技术分析了印度块菌(Tuber indicum)子囊果内细菌的群落结构。共分离得到细菌532株, 根据物种累积曲线, 选取其中的112株细菌进行了16S rRNA基因序列分析, 共鉴定出4属40种, 其中假单胞菌属(Pseudomonas)菌株占所测菌株数的80%, 不动杆菌属(Acinetobacter)占12.5%, 链霉菌属(Streptomyces)占5%, 贪噬菌属(Variovorax)占2.5%。通过对印度块菌子囊果16S rRNA基因的V1-V3区高通量测序分析, 共获得细菌序列9,862条, 分属于7门43属220种, 其中变形菌门、拟杆菌门和放线菌门的物种占总物种数的99.7%, 是印度块菌子囊果内的优势细菌。黄杆菌属(Flavobacterium)、壤霉菌属(Agromyces)、微杆菌属(Microbacterium)、剑菌属(Ensifer)和寡养食单胞菌属(Stenotrophomonas)的物种数占总物种的86.3%, 是印度块菌子囊果内细菌的优势属。研究结果表明, 采用胰蛋白大豆培养基仅分离得到印度块菌子囊果内少数细菌物种, 而采用高通量测序技术分析发现, 印度块菌子囊果内细菌物种种类丰富, 群落结构复杂。     

雅鲁藏布江下游沿岸湿地建群种植物根际土壤细菌群落结构和多样性特征

了解雅鲁藏布江大峡谷沿岸不同植被根际土壤细菌群落结构和多样性特征对于揭示该区植被与土壤的相互作用具有重要科学意义。采用Illumina Miseq高通量测序技术,研究了雅鲁藏布江沿岸自然分布和生长的艾草Artemisia argyi H. Lév.&Vaniot、白刺花Sophora davidii(Franch)、八宝Hylotelephium erythrostictum(Miq.)H. Ohba、黄刺玫Rosa xanthina Lindl4种典型植被根际土壤细菌群落结构和多样性,并结合植物根际土壤养分含量进行相关性分析。雅鲁藏布江沿岸4种植物根际土壤中共有28门、84纲、156目、262科、599属土壤细菌,其中变形菌门、酸杆菌门、放线菌门是雅鲁藏布江岸边植物根际土壤的优势菌群,相对丰度较高,其次为拟杆菌门、芽单胞菌门、疣微菌门。在门水平上,4种植物根际土壤细菌的群落结构组成表现为黄刺玫和艾草相似,而八宝和另外三种植物相差较大。土壤细菌OTUs(操作分类单元)数和Chaol均以艾草为最高,其值分别是6695和8000.02,以白刺花为最低,其值分别是4563和5113....     

大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化

为了解大豆根际细菌群落结构多样性及根际细菌群落结构的变化,该研究以大豆苗期和成熟期的根际土壤为材料,采用Illumina高通量测序技术测定细菌16S rRNA V3+V4区序列,探究大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化。对原始数据进行拼接、过滤、去除嵌合体序列和聚类分析等数据处理,并对OTU进行分类学注释。在此基础上运用ANOVA分析物种组成变化,Alpha多样性指数研究细菌多样性变化。结果表明:细菌丰富度和多样性在不同生育期有显著变化,其中成熟期土壤中的细菌丰富度和多样性指数均明显高于苗期; 变形菌、放线菌、酸杆菌是大豆根际的优势菌门,其含量在不同生育期也有显著变化; 假诺卡氏菌属、糖丝菌属、鞘氨醇单胞菌属是大豆根际的优势菌属,这些菌属中的部分菌群属于根际促生菌,具有潜在的促生效应。这些结果证实大豆的生育期对根际土壤细菌群落结构有重要影响。     

呼和浩特市大青山白桦根际土壤细菌群落结构研究

采用高通量测序技术对天然次生林生态系统演替过程中先锋树种白桦的根际土壤细菌多样性及群落结构进行了分析。研究结果表明:白桦根际土壤细菌隶属于28门、90纲、126目、213科、286属,在3个采样地中排名前8的优势细菌门的相对丰度均大于1%,分别为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。各样地中前3个门的相对丰度之和均在60%以上。对白桦根际土壤细菌的α多样性指数、门水平的聚类热图以及PCoA聚类结果的分析表明,3个采样地中,小井沟(B2)和哈达门森林公园(C2)白桦根际土壤细菌的物种组成更为接近,与井儿梁(A2)的物种组成有一定差异;且小井沟和哈达门森林公园的物种多样性及丰度(ACE指数)显著高于井儿梁,表明细菌对不同环境的适应能力有明显差异。对细菌群落结构与土壤理化性质的RDA分析及相关性分析表明,环境因子对白桦根际土壤细菌的影响顺序为:全氮TN酸碱度pH含水量WC速效钾AK硝态氮NN铵态氮AN有机质OM有效磷EP,其中,TN、pH和WC是白桦根际土壤优势细菌的主要影响因子。研究结果为深入认识森林生态系统中根际土壤细菌的群落结构和影响因子提供了理论依据。     

不同栽培模式对山丹丹根际土壤细菌群落多样性的影响研究

采集陕西子长市高柏山示范基地山丹丹根际土壤, 利用高通量测序技术, 分析其细菌群落的多样性及其影响因素。结果表明: 共获得细菌有效序列575510条, 包含30门90纲147目242科391属。优势菌门为放线菌门(Actinobacteria, 38.56%-46.12%)、变形菌门(Proteobacteria, 16.67%-26.55%)、绿弯菌门(Chloroflexi, 9.45%-18.57%)、酸杆菌门(Acidobacteria, 2.96%-5.26%)和拟杆菌门(Bacteroidetes, 2.04%-5.76%)。优势菌纲为放线菌纲(Actinobacteria, 32.44%-38.52%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria, 15.47%-25.89%)、酸杆菌纲(Acidimicrobiia, 2.39%-7.59%)、热微菌纲(Thermomicrobia, 3.43%-5.55%)和氯酸杆菌纲(Chloracidobacteria, 2.14%-4.29%)。冗余分析显示在属水平上, 环境因子可以解释61.86%的细菌群落差异。有机质、速效钾和有效磷是影响山丹丹根际土壤细菌群落组成产生差异的主要环境因素。研究表明, 山丹丹根际土壤细菌群落多样性丰富, 栽培模式会影响山丹丹根际土壤细菌群落组成产生差异。该研究可为山丹丹菌种资源的进一步开发提供参考。     

不同植茶年限茶树根际土壤细菌多样性及群落结构研究

运用传统培养法和高通量测序技术研究不同植茶年限(5年、10年、20年)茶树根际土壤细菌的多样性、结构和组成,并分析茶树土壤理化性质与细菌群落的相关性,为改善茶树的土壤和提高茶树产量提供参考。结果表明:两种方法均指出不同植茶年限下的根际细菌群落结构存在显著性差异,5年和10年茶树细菌多样性显著高于20年茶树细菌;培养法得出厚壁菌门(Firmicutes)和芽孢杆菌属(Bacillus)为优势门属,高通量测序技术得出酸杆菌门(Acidobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和Candidatus_Udaeobacter属为优势门属;总氮(TN)、总钾(TK)、总磷(TP)、pH是影响茶树细菌群落的关键理化因子;随着植茶年限增加,要采取措施防止土壤酸化,适当增施氮肥和磷肥。     

四川攀枝花地区印度块菌菌根根际土壤内可培养放线菌功能多样性

以四川攀枝花地区印度块菌菌根根际土壤为对象, 利用4种放线菌分离培养基筛选其中的放线菌, 采用基于16S rRNA 基因的PCR-RFLP方法结合传统的形态学观察进行鉴定。通过测定各分离菌株摇瓶培养发酵液中酶活性或代谢产物获取各菌株降解碳水化合物以及产促生剂的能力, 采用平板对峙法测定各菌株抗病原真菌活性。结果共分离得到125株放线菌, 经形态学观察去重复得到57株(W1-W57), 经多样性分析将其归于3个属的23个种, 其中以链霉菌属最多(91.3%), 功能分析表明: 有23株、17株、15株和18株放线菌能分别降解1,3-β-葡聚糖、几丁质、纤维素和果胶, 其中有47.8%、26.1%和26.1%的菌株能同时降解4、3和2类碳水化合物; 有19株、3株和2株放线菌分别能产含铁载体、IAA和ACC脱氨酶, 其中有21.7%、56.6%和21.7%的菌株能分别产生3、2和1种根际促生剂; 有10株放线菌表现出对不止一种病源真菌的拮抗能力, 其中菌株W2和W19对4种病源真菌同时具有拮抗活性, 且这2株菌对4种病源真菌抑菌能力比其他菌强; 同时获得了包括W2、W3、W17、W19、W20、W34、W36和W54等在内的多功能高活性菌株, 该研究表明四川攀枝花地区印度块菌菌根土壤内含丰富的多功能放线菌。所获结果可为我国印度块菌人工种植新技术的开发提供新思路。     

蒙古沙冬青根际土壤细菌群落组成及多样性与生态因子相关性研究

蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）是中国西北荒漠唯一的常绿阔叶灌木,耐干旱、抗逆性强,在水土和荒漠化防治方面发挥着重要作用。为了探究蒙古沙冬青根际微生物多样性与生态因子互作机制,采用高通量测序技术测定了26个自然种群根际土壤细菌多样性;利用冗余分析（Redundancy analysis,RDA）探讨了根际细菌群落组成和多样性与生态因子之间的关系。结果表明：蒙古沙冬青根际土壤细菌隶属于15门、43纲、68目、123科、185属;主要优势细菌群为蓝菌门（Cyanobacteria）65.74%、变形菌门（Proteobacteria）21.72%、放线菌门（Actinobacteria）6.28%（相对丰度>2%）;优势菌纲为α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）17.48%、放线菌纲（Actinobacteria）4.76%、γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）3.28%。RDA分析显示：生态因子能够解释蒙古沙冬青根际土壤细菌群落多样性52.69%的方差,其中年均降雨量（F=12.8,P=0.002）、纬度（F=5.1,P=0.016）、太阳辐射（F=5,P=0.02）是影响土壤细菌多样性的主要因素。研究结果可为深入认识荒漠生态系统中根际土壤细菌的群落结构和影响因素提供理论依据。     

普洱地区茶叶内生细菌与根际土壤细菌群落结构分析

[目的]茶叶内生细菌、根际土壤细菌在普洱茶的发酵中起着重要的作用,还可以促进茶树生长,诱导茶树抗病性.研究其群落结构组成及相互关系可为微生物资源开发利用提供理论依据.[方法]本研究以普洱地区茶树叶片和根际土壤为材料,采用高通量测序技术,对茶叶及根际土壤细菌的16S核糖体RNA基因(16S rRNA)进行测序,比较分析茶...     

降香黄檀不同混交林土壤细菌多样性差异分析

为探讨降香黄檀不同混交林土壤细菌的多样性及其与土壤性质的关系,应用高通量测序技术,比较降香黄檀(Dalbergia odorifera T.Chen)分别与奥氏黄檀(Dalbergia oliveri)、大果紫檀(Pterocarpus macarocarpus)、檀香(Santalum album L.)和母生(Homalium hainanense Gagnep.)混交的4种模式土壤细菌多样性,并结合土壤的理化、酶活进行了相关性分析。结果表明,14种混交林土壤的理化、酶活均存在差异。其中降香黄檀与檀香混交林土壤的含水量、有机质、全氮、有效钾和脲酶含量最高,分别为:5.24%、27.5 g/kg、0.85 mg/g、37.46 mg/kg和0.32 mg/kg,降香黄檀与大果紫檀混交林土壤的p H、有效磷和多酚氧化酶含量最高,分别为:4.48、6.04 mg/kg、4.19 mg/kg。2通过高通量测序表明四种混交模式土壤细菌的丰富度为:降香黄檀×檀香降香黄檀×大果紫檀降香黄檀×奥氏黄檀降香黄檀×母生,土壤细菌多样性为:降香黄檀×大果紫檀降香黄檀×奥氏黄檀降香黄檀×檀香降香黄檀×母生。其中,变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、绿弯菌门和厚壁菌门为4种混交模式中的主要菌群。3经冗余分析和相关性分析表明,影响降香黄檀混交林土壤细菌群落结构和细菌多样性的主要土壤理化因子为:p H值、脲酶、多酚氧化酶和有机质。     

少花蒺藜草入侵对根际土壤磷细菌群落多样性的影响

[目的]入侵植物少花蒺藜草在磷元素受限的贫瘠沙质土壤中能够快速生长和种群扩张,形成单一优势群落。本文解析了少花蒺藜草在磷胁迫条件下对磷素的高效利用机制,以期为揭示其入侵机理提供理论依据。[方法]设置少花蒺藜草、冰草、狗尾草和空白对照4个处理,通过高通量测序技术,从土壤解磷微生物的角度分析各处理间土壤中解磷细菌的组成差异。[结果]少花蒺藜草入侵显著提高了土壤磷酸酶的活性和土壤解磷菌的群落多样性。PCA与UPGMA聚类结果表明,少花蒺藜草与狗尾草根际磷细菌物种组成相似性最大。LEfSe多级物种差异判别分析结果表明,少花蒺藜草根际显著富集且与其他处理有显著性差异的解磷菌类群为α-变形菌、链霉菌,其在少花蒺藜草对磷的吸收中可能起较为重要的作用。变形菌门、浮霉菌门和放线菌门与少花蒺藜草根际土壤中的全磷含量呈显著正相关,放线菌门与少花蒺藜草根际土速效磷含量有紧密联系。[结论]少花蒺藜草通过改变入侵地根际土壤的解磷菌群落结构间接影响根际土壤的磷素环境,从而利于自身生长。     

黔中地区马尾松林土壤细菌群落结构特征研究

揭示黔中地区马尾松林土壤细菌群落组成结构特征.选取黔中地区花溪区的久安乡(HX_JA)、长顺县广顺农场(CS_GS)、白云区长坡岭公园(BY_CPL)和花溪区贵州大学西校区(HX_GD)的马尾松成熟林为调查对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对土壤16S rRNA进行基因测序,经典统计学方法、约束排序分...     

块菌(松露)宿主可培养内生菌群落结构与多样性研究

探究四川凉山彝族自治州块菌主产区华山松内生菌群的结构及多样性。在会东县选取4个点(新田乡、新云乡、淌塘镇、雪山乡)的块菌宿主华山松的根、茎、叶为实验材料,通过不同培养基分离样品根、茎、叶的内生细菌、真菌、放线菌,DNA分子鉴定分离菌株的种属,最终分离得到细菌46株,其中欧文氏菌属(Erwinia)5株,沙门氏菌属(Salmonell)1株,杆菌属(Bacillus)22株,葡萄球菌属(Staphylococcus)2株,假单胞菌属(Pseudomonas)2株,类芽胞杆菌属(Paenibacillus)2株,布丘氏菌属(Buttiauxella)2株,肠杆菌属(Enterobacte)3株,爱文氏菌属(Ewingella)1株,泛菌属(Rahnella)1株,拉恩氏菌属(Rahnella Izard)2株,其他属3株;真菌19株,均为子囊菌门(Ascomycota),其中青霉属(Penicillium)4株,疱霉属(Phoma)1株,子囊菌门未知菌1株,篮状菌属(Cladosporium)1株,分枝孢子菌属(Sydowia)1株,曲霉属(Aspergillus)1株,其他属10株;放线菌33株,为链霉菌属(Streptomyces)22株,短小杆菌属(Curtobacterium)2株,短杆菌属(Brevibacterium)1株,其他属8株。研究结果表明,来自不同地点、不同植株部位、不同培养基分离得到的块菌宿主华山松内生菌有差异,证实微生物在土壤、块菌、宿主植物之间有着复杂的相互作用,为块菌的人工栽培提供参考。     

Competition between Tuber melanosporum and other ectomycorrhizal fungi under two irrigation regimes

A glasshouse experiment was conducted to simulate the competition between artificially introduced Tuber melanosporum (Vitt.) and other symbionts, occurring on outplanted truffle-producing trees. Hazel (Corylus avellana L.) seedlings, previously inoculated with Tuber melanosporum, were rapidly infected with the competing truffle Tuber brumale (Vitt.), added to the soil as spores. Coexistence of both species on the root system was observed. Tuber melanosporum survived and continued to spread. Tuber brumale, which is naturally present in many truffle-orchard soils, protects the roots from other ectomycorrhizal symbionts. Although high water content is unfavourable for the development of T. melanosporum in the absence of other Tube species, Tuber brumale stimulates the development of T. melanosporum under these conditions.     

巨菌草不同生长时期对砒砂岩地区土壤理化性质及细菌群落结构的影响

[目的]揭示巨菌草种植前及其不同生长时期对砒砂岩地区土壤基本理化性质及细菌群落结构的影响,为更好应用巨菌草改良砒砂岩地区土壤提供理论依据。[方法]运用Illumina MiSeq高通量测序技术,在门、属水平上比较砒砂岩地区巨菌草不同生长时期对土壤细菌结构及多样性的影响。[结果]巨菌草种植后,三块样地的含水量在巨菌草分蘖期最低,在成熟期达到最高,土壤有机含量有所增加,土壤pH值变化不明显。细菌菌群结构：各样地的土壤细菌在巨菌草种植前及其生长的四个时期,门水平上的优势菌群均为放线菌门（Actinobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）;在属水平上,含量最高的是未分类（unidentified）的细菌。Alpha多样性及群落组成丰度分析表明,三块样地种植巨菌草后,其细菌多样性和物种丰度均比种植前高,农田地土壤细菌多样性和物种丰度在巨菌草拔节期达到峰值,在分蘖期土壤细菌数量最大,比种植前土壤细菌数量高出8倍多,达2.09×10⁷ CFU/g干土,山顶地土壤细菌多样性和物种丰度在巨菌草分蘖期达到峰值,河滩地土壤细菌多样性在巨菌草苗期达到峰值,其丰富度在拔节期达到最大。[结论]砒砂岩地区土壤细菌群落结构在巨菌草不同生长时期相似,巨菌草能明显促进砒砂岩地区土壤细菌菌群多样性和丰富度,能有效提高土壤有机质含量,但砒砂岩地区各样地土壤细菌多样性、数量和有机质含量达到峰值的时期不同。     

不同火烈度对四川泸山林场云南松林土壤有机碳组分的影响

林火通过改变土壤理化性质显著影响土壤固碳能力及土壤有机碳各组分含量。阐明不同火烈度对云南松林土壤有机碳的影响,对于云南松林火后生态系统恢复及土壤碳库管理具有重要意义。以火烧2年后四川泸山林场云南松林0-5、5-10、10-15、15-20cm层土壤为研究对象,根据不同火烈度（未过火、低烈度、中烈度、高烈度）设置3块20m×30m样地,共12块样地,野外采集土壤样品,室内测定土壤全氮、容重等理化性质和土壤有机碳（Soil organic carbon,SOC）、土壤活性有机碳（易氧化有机碳,Readily oxidizable carbon,ROC;颗粒有机碳,Particulate organic carbon,POC;微生物生物量碳,Microbial biomass carbon,MBC;水溶性有机碳,Water-soluble organic carbon,WSOC）,采用方差分析研究不同火烈度下土壤有机碳各组分含量的差异性和变化趋势,并采用相关性分析和冗余分析从土壤理化性质角度探究林火对土壤有机碳的影响机制。研究结果表明：（1）不同火烈度显著影响土壤理化性质,其中土壤全氮、有效磷、阳离子交换量、毛管孔隙度、总孔隙度随火烈度增大而增加,而土壤pH、速效钾、碱解氮、容重随火烈度增大而减少。（2） SOC随火烈度增大而减少,其中5-10cm土层降幅最大为44.79%;4种土壤活性有机碳随火烈度增大而减小,其中0-5cm土层下降幅度最明显,各组分降幅大小依次为ROC （36.31%-61.31%） > POC （30.05%-53.61%） > MBC （20.60%-48.19%） > WSOC （13.47%-29.29%）,不同组分对林火的不同响应显著影响了土壤ROC、POC、WSOC的占比。（3）土壤有机碳及其活性组分与阳离子交换量、毛管孔隙度、总孔隙度、有效磷、碱解氮呈显著正相关（P<0.05）,与容重呈极显著负相关（P<0.01）。火烧后土壤有机碳的变化主要与阳离子交换量、容重、全氮、含水率有关,且阳离子交换量影响最大（解释率为61.7%）。     

蒙古沙冬青及其伴生植物AM真菌物种多样性

于2015年7月在内蒙古乌海、磴口2个样地选取蒙古沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)及其伴生植物为研究对象,分别采集0-20 cm和20-40 cm土层根围土样,利用高通量测序方法分析了不同植物AM真菌群落结构和物种多样性,发掘新物种,为补充和完善AM真菌分类体系提供依据。试验共分离鉴定3纲5目6科9属89个AM真菌OTU,属包括Glomus,Funneliformis,Diversispora,Claroideoglomus,Rhizophagus,Septoglomus,Scutellospora,Ambispora和Paraglomus。与形态学研究结果相比,高通量鉴定结果在属水平上更丰富。同一土层不同样地,蒙古沙冬青AM真菌丰度和多样性指数高于伴生植物;同一土层不同植物,AM真菌丰度和多样性指数表现为磴口高于乌海;同一植物不同样地,AM真菌ACE指数和Chao1指数20-40 cm土层高于0-20 cm土层,Simpson指数和Shannon指数0-20 cm土层高于20-40 cm土层。RDA分析表明,AM真菌ACE指数和Chao1指数与土壤碱解N显著正相关,与酸性磷酸酶显著负相关;Simpson指数和Shannon指数与碱性磷酸酶显著正相关,与pH显著负相关。结果表明,蒙古沙冬青AM真菌物种多样性高于伴生植物,同一样地,寄主植物与土壤深度共同作用对AM真菌群落组成有显著影响。