复合探针实时荧光PCR检测细菌耐药基因blaNDM-1方法的建立

目的:建立一种检测编码新德里金属β内酰胺酶1(NDM-1)的细菌耐药基因blaNDM-1的复合探针实时荧光PCR方法。方法:基于复合探针技术原理,以blaNDM-1基因作为待检靶基因建立检测方法,对PCR扩增体系中镁离子浓度、PCR退火温度等进行优化,并对检测的灵敏性、特异性、重复性等进行评价。结果:优化了最佳反应体系和扩增条件;以灵敏度质控品进行灵敏度实验,最低检测限可达2拷贝/体系;非耐药性菌株的检测结果均为阴性;批间批内变异系数均小于5%;只有产NDM-1的鲍曼不动杆菌检测为阳性,其他377株临床分离菌和阴性对照均无响应。结论:建立了检测含blaNDM-1基因的菌株的方法,具有很好的灵敏性、特异性和重复性。     

多重实时PCR检测产毒素性霍乱弧菌和副溶血弧菌

设计引物和探针,优化多重实时PCR条件,以同时检测霍乱弧菌霍乱毒素基因ctxA、副溶血弧菌种特异性基因gyrB和耐热肠毒素基因tdh。该多重实时PCR方法检测产毒素性的O1群(3株)和O139群(44株)霍乱弧菌菌株、不产毒素的O1群(12株)和O139群(6株)及非O1非O139群(7株)霍乱弧菌菌株的ctxA,阳性和阴性结果与普通PCR检测结果100%符合;检测副溶血弧菌种特异性gyrB,116株副溶血弧菌均阳性,而9株其它细菌和72株霍乱弧菌均阴性;检测tdh的阳性和阴性结果也与普通PCR结果完全一致。另外还建立了检测副溶血弧菌菌株trh1和trh2的单重实时PCR方法。     

荧光定量PCR法检测副溶血弧菌tlh和tdh基因的表达差异

副溶血弧菌是广泛存在于近海区域,盐湖和海产品中的食源性致病菌,会引起大规模的食物中毒。TLH(不耐热溶血毒素)和TDH(耐热直接溶血毒素)是副溶血弧菌最主要的毒力基因,通过比较毒力基因的表达量可以间接比较同种菌株在不同应激条件下以及不同菌株之间的毒力差异。本文以在不同条件下培养的3株Vp为材料,分别提取其总RNA,以16S rRNA为内标基因,运用荧光定量PCR技术检测副溶血弧菌TLH和TDH基因在不同应激条件下的表达差异。结果表明:不同菌株和同种菌株在不同应激条件下tlh、tdh基因表达差异均显著;tlh的最适表达条件分别为5%盐度和20°C;tdh的最适表达条件分别为1%盐度和25°C。运用SPSS软件对实验结果进行统计学分析表明:菌株对tlh表达的影响大于盐度大于温度;菌株对tdh表达的影响大于温度大于盐度。     

多重聚合酶链反应检测猪链球菌7种主要毒力因子

目的 建立2个分开的多重聚合酶链反应(PCR)体系,以及对猪链球菌7种主要毒力因子的检测。方法 根据猪链球菌7种主要毒力因子mrp、epf、sly、gdh、gapdh、orf2和fbps的基因序列,设计和合成7对特异性引物,通过对它们在2个分开反应体系PCRⅠ和PCRⅡ中的组合和优化,建立猪链球菌7种主要毒力因子的2组多重PCR检测方法,并对实验室的29株背景明确的猪链球菌保存菌株进行检测。结果 29株猪链球菌菌株的检测结果和菌株的背景情况一致,阳性、阴性对照均成立。结论 此猪链球菌7种主要毒力因子的2组分开体系的多重PCR检测方法,特异性和敏感性均好,可用于快速诊断以及猪链球菌毒力因子的分子流行病调查。     

PCR技术检测食源性致病菌的研究进展

食源性致病菌的检测技术是食源性疾病预防与控制的关键环节。PCR是近年来广泛应用于食源性致病菌快速检测的方法之一。在食源性致病菌中,用于PCR检测的靶基因包括各种毒力基因、酶基因及特异性鉴别基因。这些靶基因的发现推动了食源性致病菌PCR快速检测的发展。     

肺炎链球菌cps操纵子的启动子序列点突变可导致细菌荚膜缺失

摘要:【目的】明确肺炎链球菌荚膜多糖合成操纵子的启动子序列出现的点突变313713 T→C是否可导致细菌荚膜缺失。【方法】Western blot检测肺炎链球菌突变株SPY1 (NC_008533.1 313713 T→C)荚膜多糖含量;实时定量荧光PCR分析荚膜多糖合成基因cps2A、cps2B、cps2C以及cps2D的表达量;构建重组质粒pEVP3-cps promoterD39和pEVP3-cps promoterSPY1,分别转化D39和SPY1菌株,通过β-半乳糖苷酶活性检测来验证转入的启动子序列对细菌荚膜合成的影响,并通过电镜观察荚膜结构和荚膜肿胀试验进一步验证。【结果】肺炎链球菌SPY1 的荚膜多糖含量较野生型显著下降,其相关基因cps2A、cps2B、cps2C以及cps2D的表达量较野生型D39均显著降低;与D39-pEVP3-cps promoterD39对比,D39-pEVP3-cps promoterSPY1的β-半乳糖苷酶活性下降了76%,与SPY1-pEVP3-cps promoterD39相比,SPY1-pEVP3-cps promoterSPY1的β-半乳糖苷酶活性下降了约79%;电镜结果显示,重组SPY1-pEVP3-cps promoterD39荚膜可恢复至野生型水平,并且重组D39-pEVP3-cps promoterSPY1 (NC_008533.1 313713 T→C)荚膜肿胀试验呈阴性。【结论】荚膜多糖合成操纵子的启动子序列点突变313713 T→C可导致荚膜多糖合成基因表达显著下调,从而引起菌株SPY1的荚膜显著减少甚至缺失。     

2006-2008年深圳市食源性病例和外环境的副溶血性弧菌分离株分型特征比较

[目的]比较深圳市食源性病例和外环境中分离的副溶血性弧菌在血清分布、毒力基因携带情况和分子分型方面的特征.[方法]血清凝集法检测菌株血清型,多重PCR检测毒力基因tdh和trh基因携带情况,脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析基因分型特征.[结果]98株食源性病例分离株的主要血清型为O3∶K6(40.8%)、O1∶KUT(7...     

禽致病性大肠杆菌毒力基因多重PCR方法的建立和应用

【目的】建立禽致病性大肠杆菌(Avian pathogenic Escherichia coli,APEC)黏附相关基因、侵袭及毒素相关基因、抗血清存活相关基因及铁转运相关基因的多重PCR方法,实现禽致病性大肠杆菌毒力基因的简便、快速检测。【方法】根据GenBank公布的基因序列,设计合成18对特异性引物,通过条件优化,建立四组多重PCR体系,并通过模板倍比稀释检测各组多重PCR的灵敏性。利用多重PCR检测100株APEC毒力基因的分布,验证多重PCR方法的可行性。【结果】根据PCR扩增片段大小判定,上述四组多重PCR体系均能同时扩增出该组中的各个毒力基因,且灵敏度分别为:103CFU、103CFU、105CFU、105CFU细菌和1ng、1ng、10ng、10ng DNA。100株APEC的毒力因子检测结果显示,多重PCR和单基因PCR结果一致。【结论】建立的四组多重PCR方法能够简便、快速地检测禽致病性大肠杆菌的毒力基因,可用于毒力基因的鉴定以及流行病学调查。     

透明质酸生产菌溶血素S基因缺失突变菌株的构建及其特性北大核心CSCD

【目的】马链球菌兽疫亚种是工业上生产透明质酸的主要菌种,该菌能产生引起宿主细胞溶血的链球菌溶血素S(streptolysin S,SLS)毒素,因而其产品的安全性一直是人们所担心的问题。本实验的目的就是通过基因敲除的方法构建不产SLS的透明质酸生产工程菌,同时探讨溶血素sag A基因缺失对菌株透明质酸合成和其他毒力因子的影响。【方法】利用温度敏感/自杀性质粒p JR700载体系统,构建马链球菌兽疫亚种sag A基因缺失突变株;通过PCR扩增,溶血平板和SLS含量测定等方法确定sag A基因缺失;采用分光光度、SDS-PAGE和细胞毒性试验等分析方法,对野生菌株和sag A基因缺失突变菌株透明质酸含量、透明质酸分子量、溶血素Hylc、透明质酸分解酶、甘油醛-3-磷酸脱氢酶和菌体表面蛋白等相关毒力因子进行对比研究。【结果】获得了透明质酸产量提高30%而溶血活性极低的马链球菌兽疫亚种sag A基因缺失突变株。该突变株与野生菌株相比较,透明质酸分解酶活性增加而透明质酸相对分子量降低,此外,与毒力相关的表面蛋白含量、溶血素Hylc和甘油醛-3-磷酸脱氢酶活性也显著降低。细胞毒性实验结果表明,野生菌株与sag A基因缺失突变菌株的培养物上清液,对细胞活性的影响存在显著差异。【结论】在马链球菌兽疫亚种中sag A不仅是表达溶血素SLS的基因,同时sag A基因对菌株透明质酸合成、透明质酸分解酶、菌体表面蛋白、溶血素Hylc和甘油醛-3-磷酸脱氢酶等都具有调节作用。     

肺炎链球菌自溶素和溶血素基因的PCR法鉴定

肺炎链球菌是一种致病率和致死率很高的病原菌 ,若无丰富临床检测经验从临床标准中分离鉴定此菌较困难 ,本实验以寡核苷酸引物YH1 YH2、YH7 YH8分别扩增肺炎链球菌自溶素和溶血素基因的 35 4bp和 30 7bp的DNA片段 ,通过改变各种反应条件 ,建立了这两种病原因子基因的PCR检测方法。用此方法对 2 0株肺炎链球菌标准菌株及 7株对照菌株进行了鉴定 ;其扩增产物分别经限制性内切酶TthHB81和和AccI进行酶切以确认扩增产物是否正确 ;用酚 氯仿抽提纯化的全细胞DNA对PCR方法的检测灵敏度进行了测定 ;并利用此方法对 2 8份临床标本分离物进行了鉴定。结果　所有 2 0株肺炎链球菌均可分别用引物YH1 YH2、YH7 YH8扩增出 35 4bp和 30 7bp的DNA片段 ,而对照菌株均呈阴性 ;自溶素及溶血素基因的扩增产物分别经限制性内切酶TthHB81和AccI消化后产生的片段和预期的完全一致 ;两对产物均可从 10fg的全细胞DNA中扩增出目的DNA片段。所建立的两套PCR系统对 2 8份临床标本分离物进行鉴定 ,其中PCR阳性的 15份分离物经生化学特性检查被鉴定为肺炎链球菌。本试验所建立的两套PCR检测系统具有特异性强 ,灵敏度高及操作简单等优点 ,均可用于肺炎链球菌的鉴定。     

猪链球菌2型强毒株S.suis 05ZY和弱毒株S.suis 1940的比较转录谱分析

目的:比较猪链球菌2型强毒株S.suis 05ZY和弱毒株S.suis 1940毒力相关基因转录水平的差异,为进一步研究强毒株S.suis 05ZY毒力增强的原因提供实验基础。方法:分别提取S.suis 05ZY和S.suis 1940的RNA,反转录成cDNA并纯化,用Cy5或Cy3标记,与猪链球菌全基因组DNA芯片进行杂交,扫描芯片进行数据分析,比较二者在转录水平上的差异基因。结果:编码溶血素、精氨酸氨基肽酶的基因分别上调4.4和6.0倍,参与荚膜多糖合成的相关基因cps2H、cps2I、cps2J和一些可能的毒力相关基因ofs、dpr、SSU05₀196、SSU05₀272、SSU05₁408-1409均发生转录水平的上调。结论:溶血素、荚膜多糖、精氨酸氨基肽酶及一些可能的毒力因子在转录水平的上调很可能与S.suis 05ZY的毒力增强有关。     

多种食源性致病菌检测的多重PCR 方法的研究

目的:利用多重PCR技术,建立可以同时检测多种食源性致病菌的多重PCR方法。方法:分别选择沙门氏菌invA基因,志贺氏菌的ipaH基因,单核细胞增生李斯特氏菌的hlyA基因,大肠杆菌O157:H7的eaeA基因,副溶血弧菌的toxR基因,设计多重PCR引物,建立多重PCR检测体系,并对该体系进行特异性和灵敏度实验。结果:通过对19株菌株进行实验,所有的目标菌株均为阳性,而其余菌株为阴性。对多重PCR体系的灵敏度进行考察,沙门菌的灵敏度为5000 CFU/mL;志贺氏菌的灵敏度为5500CFU/mL;单核细胞增生李斯特氏菌的灵敏度为5200 CFU/mL;O157:H7的灵敏度为5000CFU/mL;副溶血弧菌的灵敏度为6300CFU/mL。结论:建立的多重PCR体系能实现多种致病菌同时检测。     

一种减毒肺炎链球菌溶血素突变体的构建与表达

目的使用重叠PCR方法构建构建△Al46Ply突变体,原核可溶性表达△Al46Ply蛋白,并明确其毒力变化情况;分析肺炎链球菌溶血素（pneumolysin,Ply）在不同血清型肺炎链球菌（streptococcus pneumoniae,SPN）中的表达情况。方法以SPND39型基因组DNA为模板设计合成构建突变体pry基因所需引物;利用重叠PCR方法扩增合成△Al46ply突变体。通过溶血实验分析其溶血活性,利用中和试验验证△A146Ply诱导产生的特异性抗体中和野生Ply毒素溶血能力,并利用Western印迹检测5株不同血清型肺炎链球菌流行菌株中Ply蛋白表达情况。结果突变体基因测序结果显示,Plyl46位密码子GCT3个碱基被缺失,△Al46ply突变体构建成功,并实现了△Al46Ply的可溶性表达,得到纯度〉90％的重组蛋白。△A146Ply蛋白浓度为100000ng／ml亦未表现出溶血活性。△Al46Ply蛋白诱导产生的特异性抗体能够中和野生Ply毒素的溶血活性。Western印迹结果显示,△Al46Ply诱导产生的多克隆抗体可与国内临床常见4株肺炎链球菌有交叉反应。结论△Al46Ply蛋白是一种安全的肺炎链球菌疫苗候选分子,可刺激机体产生具有中和作用的特异性抗体。     

宁波地区环境中副溶血弧菌血清学及毒力相关基因研究

目的 了解宁波地区环境来源海产品中副溶血弧菌血清学特点及毒力相关基因分布。方法 采集并分离2013年6‒10月宁波地区海产品中副溶血弧菌,对其进行O、K抗原血清学分型;并采用PCR或多重PCR的方法来检测溶血素基因（tlh、tdh、trh）、大流行群遗传标志基因（toxRS/new、orf8）和Ⅲ型分泌系统（T3SS1、T3SS2α、T3SS2β）基因。结果 从海产品样本中分离鉴定到44株副溶血弧菌的菌株,分属于20种血清型,型别多样,未见优势血清型;溶血素基因检测发现3株tdh+trh-致病性菌株,遗传标志基因检测发现1株tdh+trh-toxRS/new+大流行株,其血清型为O3:K6型;Ⅲ型分泌系统基因检测发现T3SS1基因存在于所有的副溶血弧菌菌株中,而T3SS2α基因则主要分布在tdh+的菌株中。结论 宁波地区环境中副溶血弧菌致病性菌株和大流行株的检出,说明该地区具有潜在的食源性疾病爆发的风险。     

副溶血弧菌海产品和临床分离株的表型及溶血素相关基因分析

副溶血弧菌是(Vibrio parahaemolyticus)常见的食源性病原菌,可污染多种水产品,并引起人的食物中毒,其致病性与溶血素密切相关,如直接耐热溶血素(TDH)、TDH-相关溶血素(TRH)、不耐热溶血素(TLH)。用PCR方法对分离自浙江省部分地区的副溶血弧菌临床和海产品分离株的3种溶血素基因进行检测。结果表明,所有副溶血弧菌菌株均可检测到tlh基因;11株临床分离株均检测到tdh基因,而42株水产品分离株中只有1株检出tdh基因,携带tdh的分离株神奈川试验(KP)均为阳性。所有分离菌株中均未检测到trh基因以及其尿素酶试验呈阴性,由此可知trh基因可能与尿素酶基因连锁。副溶血弧菌分离株中致病性相关毒力因子TDH的阳性率极低,然而副溶血弧菌性食物中毒发生率较高,它们之间的关系及其发病机制还有待深入研究。     

2013‒2015年杭州地区急性腹泻患者来源 副溶血弧菌毒力基因及耐药性调查

摘要：目的 对2013?2015年杭州地区腹泻患者副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）毒力基因的携带和耐药进行调查研究。方法 可疑菌株用全自动细菌鉴定仪（VITEK2 Compact,生物梅里埃,法国）进行鉴定,用PCR方法检测其8种毒力基因,用纸片扩散法检测13种抗生素的敏感性。结果 120株副溶血弧菌中,tdh+或trh+的致病菌株占95.0%（114株）,tdh-且trh-的非致病株占5.0%（6株）。所有120株副溶血弧菌均含有T3SS1基因,T3SS2α基因主要存在于tdh+/trh-的菌株中,T3SS2β存在于trh+的菌株中,2株tdh-的菌株首次检出T3SS2α基因。本研究中大流行菌株占64.2%（77株）,非大流行菌株占35.8%（43株）。多达65.8%的副溶血弧菌对氨苄西林耐药,而90.0%以上的副溶血弧菌对其他抗生素包括喹诺酮类、第三代头孢菌素类、氨基糖苷类、四环素类和磺胺类抗菌药物较敏感。结论 杭州地区腹泻来源的副溶血弧菌多为大流行菌株,对常见抗菌药物敏感性高,但耐药率有所上升,要加强监测并引起临床重视。     

clpE基因缺失对肺炎链球菌毒力的影响

【目的】 探索clpE基因缺失对肺炎链球菌毒力的影响。【方法】 用长臂同源多聚酶链式反应(LFH-PCR)方法失活clpE基因,用PCR、测序鉴定缺失菌株,通过动物实验观察clpE基因缺失株毒力改变情况, 同时用细胞实验比较clpE基因缺失株和野生菌对宿主细胞的粘附和侵袭能力,最后用实时荧光定量PCR分析自溶素(major autolysin A,lytA)、表面黏附素A(pneumococcal surface adhesion A,psaA)、溶血素(pneumolysin,ply)、肺炎球菌表面蛋白A（pneumococcal surface protein A, pspA)和神经氨酸酶（neuraminidase, nanA）的表达。 【结果】小鼠毒力实验表明野生菌株半数致死时间54h,而缺失株半数致死时间为21d,两者比较有统计学差异（P<0 .0l）;缺失菌在对宿主细胞的粘附能力明显低于野生菌株（P<0.05）。实时荧光定量PCR显示clpE缺失株的五个毒力因子mRNA表达水平均低于野生菌,两者比较有统计学差异（P<0. 05）;【结论】ClpE通过调控肺炎链球菌多种毒力因子表达,而影响其毒力。     

11群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因的分子生物学研究

目的利用分子生物学方法,研究7株11群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因(cps loci)。方法根据11群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因设计合成5对特异性引物,以7株肺炎链球菌基因组DNA作为模板进行PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定及基因序列比对,确定其血清型。多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术分析7株11群肺炎链球菌序列型(ST)。采用相邻合并分析(neighbour-joining analysis),根据MLST的7个管家基因和cps基因分别绘制系统发育树。结果根据wcw C、gct和wcj E等3个基因产物确定5株原11A型肺炎链球菌为11A型,无11E型;根据wcwR和gct等2个基因产物确定2株原11B型肺炎链球菌为11B型。获得7株不包括4个合成调控基因(wzg、wzh、wzd和wze)的11群肺炎链球菌cps loci,长度为11～12 kb,11A型具有12个开放式阅读框(ORF),11B型具有11个ORF。5株11A型肺炎链球菌部分cps基因序列差异较大; 2株11B型肺炎链球菌部分cps基因序列相似性高于99%。根据MLST分析发现3种新的ST型。根据MLST的7个管家基因绘制的系统发育树和cps基因绘制的系统发育树差异很大。结论从分子水平上确定了11A和11B血清型。获得了5株11A型和2株11B型肺炎链球菌ST型和部分荚膜多糖合成相关基因(cps loci),完善了11群肺炎链球菌的菌种档案。     

6群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因的分子生物学研究

目的利用分子生物学方法,对25株6群肺炎链球菌荚膜多糖合成相关基因(cps loci)进行研究。方法采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,对25株6群肺炎链球菌进行分型;依据Gen Bank中收录的6群肺炎链球菌cps loci设计合成引物,以25株肺炎链球菌基因组DNA作为模板进行PCR扩增,并对扩增产物进行基因测定及分析;采用相邻合并分析(neighbour-joining analysis),根据MLST的7个管家基因和wciP、wzy、wzx这三个cps loci的代表基因分别绘制出系统发育树。结果根据MLST技术分析发现7株新的ST型菌株。25株6群肺炎链球菌cps loci的G+C含量为35.4%~35.5%,均属于I类;所有6C型wzy基因均有6个碱基的缺失。根据MLST的7个管家基因绘制的系统发育树,并根据cps loci的3个代表基因wciP、wzy和wzx绘制的系统发育树,差异很大。3个代表基因绘制的系统发育树,6C型为进化距离比较远的分枝,6A型和6B型的分枝进化距离相对较近;6D型与6B型在同一分枝内。结论获得了25株6群肺炎链球菌ST型和全长cps loci,完善了6群肺炎链球菌的菌种档案。     

蜡状芽胞杆菌群菌株中部分病原相关因子的检测

对26株蜡状芽胞杆菌群菌株进行了肠毒素基因及其它病原相关因子的检测。PCR结果表明,17株蜡状芽胞杆菌群菌株中含有病原调控因子plcR的同源序列。采用3组溶血肠毒素hbl基因和3组非溶血肠毒素nhe基因特异性引物,分别可从73%的菌株中至少扩增出一个与预期DNA片段大小一致的片段,其中,苏云金芽胞杆菌菌株中溶血素hbl基因和非溶血素nhe基因的阳性检出率为83%。蜡状芽胞杆菌DBt248完全没有溶血活性,而且在溶血素hbl和非溶血素nhe基因的3个亚基以及病原调控因子plcR的PCR检测中均为阴性,有望作为宿主菌用于苏云金芽胞杆菌晶体蛋白的表达和应用。