基于ISSR标记的猕猴桃品种 遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用ISSR标记对中华猕猴桃(Actinidia chinensis Planch.)、美味猕猴桃〔A.chinensis var.deliciosa(A.Chev.)A.Chev.〕、软枣猕猴桃〔A.arguta(Sieb.et Zucc.)Planch.ex Miq.〕和毛花猕猴桃(A.eriantha Benth.)的32个样本进行了遗传多样性分析,并以ISSR标记为基础构建了DNA指纹图谱.结果表明:筛选的10个多态性高且条带清晰的引物共扩增出200个条带(位点),其中,多态性位点195个,多态性位点百分率(PPL)达97.50%;各引物的多态性信息含量(PIC)以及供试样本的观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's多样性指数(I)的总均值分别为0.9080、1.9800、1.3569、0.2255和0.3613,4个猕猴桃种间的遗传分化系数(Gst)为0.4146,基因流(Nm)为0.7059,且32个样本间的Na、Ne、H和I值差异极显著(P<0.001).供试32个样本间的遗传相似系数(GS)为0.5650~0.9650,平均值为0.7164;基于GS值进行UPGMA聚类分析,在GS值为0.76处将32个样本分为4组,基本对应供试的4个猕猴桃种类,其中,第Ⅰ组的大多数样本属于美味猕猴桃品种,第Ⅱ组的样本均属于中华猕猴桃品种,第Ⅲ组的样本属于毛花猕猴桃品种,第Ⅳ组的样本均属于软枣猕猴桃品种.分子方差分析结果表明:4个猕猴桃的种间变异占总变异的40.84%,种内变异占总变异的59.16%.研究结果表明:供试的猕猴桃品种间遗传分化程度较高,基因交流频率较低,且总遗传变异的近60%存在于种内,说明供试的猕猴桃品种具有较丰富的遗传多样性.另外,根据10个ISSR引物的扩增结果,筛选出引物UBC818、UBC824、UBC854和UBC895扩增的15个多态性位点构建的DNA指纹图谱可用于供试32个猕猴桃样本的鉴定.     

红阳猕猴桃及其杂交后代的ISSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

本文采用ISSR标记分析红阳(HY)及其杂交后代共14份材料的遗传多样性,并构建其ISSR指纹图谱。结果表明:从100条ISSR随机引物中筛选出7条引物,在14个供试材料中扩增出92条多态性条带,遗传相似系数在0.308~0.904之间;在相似系数水平为0.607时,可将所有供试材料聚为三类。本研究构建的指纹图谱可有效鉴别供试材料,为今后猕猴桃育种和杂交亲本的选择提供依据。     

云杉矮槲寄生遗传多样性的ISSR分析

为探究云杉矮槲寄生(Arceuthobium sichuanense)的遗传多样性及其与不同寄主选择压力和地理分布的关系,采用ISSR分子标记方法,对青海、甘肃、四川等地区5种寄主上的100份云杉矮槲寄生样本进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:(1)10条引物共扩增出130个条带,其中多态性条带129条,多态位点百分率(PPB)为99.23%。(2)物种水平上的Nei’s遗传多样性指数(He)和Shannon信息指数(I)分别为0.313 9和0.476 5,表明云杉矮槲寄生物种水平的遗传多样性较高,但群体间的基因流(Nm=0.528 7)较弱,可能会加速群体间的遗传分化(Gst=0.486)。(3)UPGMA聚类结果显示,来自甘肃、青海的样本聚为一组,表现出较高的相似性,而四川的样本独立聚类;不同寄主来源的聚类结果显示,寄生于鳞皮云杉(Picea asperata)与川西云杉(P.likiangensis var.balfouriana)的样本聚为一类,而寄生于青海云杉(P.crassifolia)、青杄(P.wilsonii)和紫果云杉(P.purpurea)的样本聚为一类,表明地理隔离和寄主选择压力对云杉矮槲寄生的遗传分化起到了重要作用。     

河南大豆遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记技术对10个大豆品种进行遗传多样性分析.从44条随机引物中筛选出8个多态性引物,共扩增出89条带,其中有55条为多态性条带,多态性比率为61.8%,条带大小为220~1 500 bp,平均每个引物可扩增出11条带.Shannon多样性指数评价结果表明,平均多样性指数为0.286 5,观察等位基因数和有效等位基因数分别为1.618和1.300 8;统计分析结果表明,10个品种间的相似系数为0.60~0.75,平均相似系数为0.69;聚类分析结果表明,10个大豆品种可聚成2组:第一组包括豫豆15、豫豆11、豫豆24、周豆12和周豆11;第二组包括豫豆22、周豆13、豫豆6、中作98-3和豫豆26;主成分分析结果支持聚类分析结果.本研究为大豆品种鉴定和种质资源利用奠定了基础.     

金花茶遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记对金花茶的4个自然分布居群的126份样品的遗传多样性水平进行了研究。用12条引物,共检测到105个清晰的扩增位点,其中多态性位点79个,多态位点百分率(PPB)为75．24％。采用POPGENE软件进行分析,结果表明：居群总的Nei’s基因多样性指数为0．2302,Shannon信息多态性指数为0．3502,金花茶总的遗传多样性水平较高。但金花茶居群内的遗传多样性相对较低。基因分化系数为0．5752,遗传变异主要存在于居群间。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,结果4个居群的样品各自聚在一起,而金花茶两间断分布区区内的居群又各自聚在一起。金花茶4个居群间的遗传距离与地理距离呈显著的正相关(r=0．68261,P=1．0000)。     

三个地理群体赤眼鳟遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对丹江口水库、青龙湖（河南）和宿鸭湖3个野生赤眼鳟群体90个个体的遗传多样性进行分析。10个ISSR引物共获得96个扩增位点,其中多态位点69个,多态位点比例为71．88％。3个群体的多态位点比例分别为68．13％、64．77％和63．22％,遗传距离分别为0．1885、0．1724和0．1711,Nei基因多样性分别为0．1509、0．1397和0．1385,Shannon信息指数分别为0．2575、0．2403和0．2372。3个群体上述指标差异均不显著（P〉0．05）。丹江口水库与青龙湖群体遗传距离最远（0．1581）,丹江口水库与宿鸭湖群体次之（0．1429）,青龙湖和宿鸭湖群体最近（0．1344）。UPGMA聚类结果为青龙湖与宿鸭湖群体先聚在一起,其次是丹江口水库群体。结果表明：3个赤眼鳟群体的遗传多样性均较丰富,但群体间地理遗传分化差异并不明显。     

用ISSR标记技术分析山药品种遗传多样性

利用ISSR标记技术对28个山药品种的遗传多样性进行分析。结果表明,从44条ISSR引物中可筛选出7条能够扩增出清晰、稳定条带的引物;这7条ISSR引物对28个山药品种扩增条带间存在较大差异,多态性条带比率为83．01％,Shannon多样性指数为0．3191;构建的分子树状图将28个山药品种划分为4组：第一组含有日本白、花山药和日本园3个品种;第二组为小叶山药;第三组为嵩野1号;其余23个品种归入第四组。而且主成分分析结果支持上述的聚类分析结果。这为利用ISSR标记技术鉴定山药品种,为有效地利用山药种质资源提供了依据。     

30个枣树种质资源遗传多样性的ISSR分析

取30个枣树品种进行ISSR分子标记分析,其扩增条带分别进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,以期获得不同产地品种之间的遗传多态性。从100条选择扩增的ISSR引物中筛选出17条扩增清晰、重复性和稳定性好的引物,选取其中8条扩增条带多态性强的引物进行遗传聚类分析。结果表明：（1）1％琼脂糖凝胶电泳和5％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增总条带数分别为72和127条,其中多态性条带分别为51条和113条,多态性条带比率（PPB）分别为70．8％和88．9％。（2）基于UPGMA软件对30个品种的遗传差异性分析表明,8个ISSR引物可以将枣树品种之间遗传差异明显区分开来。两种电泳检测方法相比较,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测可获得较为精细的枣树品种间遗传图谱。其遗传相似系数范围在0．56～1．00之间,以0．62为最低遗传相似系数,可将30个枣树品种分成3个大类,6个亚类,为进一步研究枣树品种间分类、起源进化关系和分子辅助育种奠定基础。     

广东省五节芒遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对广东省内分布的能源植物五节芒(Miscanthus floridulus)13个野生居群共215个个体的遗传多样性进行了研究.9个ISSR引物共扩增到了81个位点,其中76个是多态性位点.结果表明,广东五节芒的遗传多样性水平很高,物种水平上,多态位点百分率(PPB)为93.83％,Nei's...     

小苍兰种质遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR(Inter Simple Sequence Repeat)分子标记对12份小苍兰(Freesia refracta)种质进行了遗传多样性分析研究。从34条ISSR引物中筛选出了12条适宜的引物。这12条引物中每条引物可扩增出5~11条DNA片段,共扩增了96个条带,其中多态性片段62条,平均每条引物可产生5.2条多态性片段,多态性条带比率(PPB)为64.6%。经NTSYS-pc分析,12份小苍兰种质间的遗传距离(GD)的变化范围为0.123~0.907,平均为0.442。根据Nei’s相似系数建立了UPGMA聚类图,在相似系数为0.56时,可将紫色花系的小苍兰种质与其它种质分开,形成两个组。结果表明,ISSR分子标记可有效地分析小苍兰种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为小苍兰的杂交育种和新品种保护提供理论基础。     

茄子耐盐种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记,研究了14份耐盐茄子种质资源的遗传多样性,结果表明,2种标记均能揭示材料间较高的遗传多样性,其中ISSR标记多态性略高于SRAP标记。在SRAP分析中,每对引物组合可扩增出8-15条DNA片段,平均为12．12条：26对SRAP引物组合共扩增出315条DNA片段,其中263条具有多态性,多态性比率为83．49％;材料间遗传相似系数变化范围为0．212～0．923,平均值为0．755。在ISSR分析中,每个引物可获得5～16条DNA片段,平均为10．87条;15个ISSR引物共扩增出163条DNA片段,其中141条具有多态性,多态性比率为86．50％;材料间遗传相似系数变幅为0．333-0．957,平均值为0．736。聚类分析表明,2种标记都能将供试材料完全区分开来,聚类结果具有一定的相似性,但也存在明显差异。Mantel相关分析表明,SRAP分析与ISSR分析的相关性达到极显著性水平（r=0．904,P〈0．01）。     

中国桑树选育品种ISSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

利用ISSR标记构建了24个选育桑品种的指纹图谱,用3种独立的方法（特殊的标记;特异的谱带类型;不同引物提供的谱带类型组合）可以有效地鉴别桑树选育品种,证明ISSR标记在桑树品种的鉴别方面是一个有效的工具和方法。17个ISSR引物共扩增出80条带,40条带具有多态性,占50．0％。24份选育桑树品种间平均遗传相似系数、Nei’S基因多样性（gene diversity）和Shannon’S信息指数分别为0．8731,0．1210和0．1942。桑树选育品种间的遗传多样性较低,说明中国选育桑品种间遗传距离较小,亲缘关系较近,。遗传基础较狭窄。UPGMA法聚类和PCA分析都清楚地显示了24个桑树选育品种的亲缘关系,聚类结果与桑树品种的系谱基本一致。     

不同品种牡丹ISSR遗传多样性分析

旨在为牡丹的合理利用及其资源管理奠定基础。对洛阳地区35个品种的牡丹进行遗传多样性分析。利用改良的CTAB法和ISSR-PCR来提取DNA以及进行DNA扩增,从UBC公布的220条ISSR引物中最后筛选出了12条扩增条带清晰的引物。筛选后总共获得了130条清晰的扩增条带,多态性条带的占比为96.1%。统计条带之后,使用popgene32分析得出35种牡丹的平均Shannon信息指数H=0.465 9,平均Nei’s基因多样性指数He=0.294 5,说明35个牡丹品种遗传多样性丰富。利用NTSYSpc-2.10e分析软件进行聚类分析后,将洛阳的35个牡丹品种分为5大类。实验中的35种牡丹在进行分类时并不一定按照花色进行分类,只有在亲缘关系较近时才会聚在一起。     

Construction of Fingerprinting and Genetic Diversity of Mulberry Cultivars in China by ISSR Markers

The ISSR fingerprintings of 24 mulberry cultivars were constructed. Totally 80 bands were produced using 17 primers selected from 20 primers. Of them, 40 bands showed polymorphism. From the bands amplified, there were three independent ways to identify the mulberry varieties, such as unique ISSR markers, unique band patterns and a combination of the band patterns provided by different primers. ISSRs were very effective in differentiating the mulberry varieties. The mean genetic similarity coefficient, the mean Nei's gene diversity (h), and the mean Shannon's Information index (I) of mulberry cultivars were 0.8731, 0.1210, and 0.1942, respectively. This suggests that the genetic diversity of mulberry cultivars was low and the genetic base was narrow. Both UPGMA cluster and PCA (Principal Coordinates Analysis) analysis showed clear genetic relationships among the 24 mulberry cultivars. The major clusters were related to known pedigree relationships.     

黄芩种质资源ISSR遗传多样性的分析及评价

采用ISSR分子标记技术对6个野生或栽培居群共147份黄芩种质进行遗传多样性分析和评价。分析结果表明,51个ISSR引物中筛选出18条扩增条带清晰、重复性好和多态性高的引物,共扩增出485条清晰的条带,其中466条具有多态性,平均多态性位点比率为96.08%,平均Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数分别为0.244 4和0.388 9,等位基因数（Na）和有效等位基因数（Ne）分别为1.993 8和1.383 9,遗传分化指数G_st=0.122 3,遗传一致度（I）和遗传距离（D）分别为0.951 5和0.050 1,说明收集的黄芩种质资源在总体上具有较高的遗传多样性,不同居群间存在一定的遗传分化和基因交流,遗传变异主要存在于居群内。分子聚类结果表明,同一地区的种质并没有按照收集来源完全聚类,可能与种质不同起源或民间栽培引种有关。在DNA分子水平揭示黄芩种质资源的遗传多样性水平,将为进一步黄芩种质资源评价、保存和新品种选育等利用提供依据。     

基于ISSR标记和数量性状的火龙果种质材料遗传多样性分析

为鉴定火龙果种质材料的亲缘关系,筛选优良亲本,提高育种效率,采用ISSR分子标记技术,对25份火龙果种质材料进行遗传背景研究,将植株及果实的20个数量性状数据标准化后,采用欧氏距离计算种质间遗传距离进行比较分析。结果显示,7条ISSR引物共检测到97个位点,其中多态性位点数为93个,多态性条带比例为95.88%。基于分子标记的UPGMA聚类分析,在阈值为0.54处可将25份种质材料分为6大组群,各种质材料的相似系数分布在0.41～0.86之间。20个数量性状的变异系数在12.35%～51.66%之间,Ward法聚类分析在欧式距离为5处,可将25份种质聚为6个组群。两种分类结果并不一致,但均显示出火龙果种质丰富的遗传多样性,可根据分类结果及育种目的筛选适宜亲本。     

观叶福禄桐遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记对9个观叶福禄桐品种进行遗传多样性和亲缘关系分析,从100条引物中筛选出9条稳定、多态性高的引物用于PCR扩增,共获得70条带,其中多态性条带61条,多态百分率为87.14%。聚类结果显示,品种间相似性系数为0.346 9-0.816 3,聚类结果与品种间的地理来源紧密相关,从外观形态上比较,亲缘性较近的叶形和株型相似性较高;观叶福禄桐各品种间基因型差异较小,亲缘关系较近,遗传基础相对较窄。