黏菌化学成分的研究进展

文中回顾及总结了黏菌化学成分的研究进展。迄今为止已从4个目共27种黏菌中分离得到脂肪酸、氨基酸、生物碱、萘醌、芳香族化合物、萜类化合物、酯类化合物及它们的衍生物等近百种化学成分,其中某些成分表现出重要的生物活性。研究表明黏菌不仅已经逐渐成为天然产物的重要研究对象,而且有望成为获得天然活性物质的新资源,这对于黏菌的开发利用具有重要意义。     

魔幻世界的精灵——黏菌家族

正每当你走近大自然,走进森林,那夹杂着泥土芳香的气息,那树叶随风摆动的婆娑声,那山泉水拍击着岩石的叮咚声,那鸟儿嬉戏的啁啾声……会瞬间把你拽进这大自然的生物家族。而在这里,每个家族都有着自己精细的分工,都在认真地执行着自己的任务。细细观察落下的一片树叶或倒下的一棵腐木,你会发现一群魔幻的精灵——黏菌,生物世界里的一个微小的家族。它们那柔弱但有力量的身躯,冲破时间和空间的束缚,寻找自己的一     

黏菌——地球生命物质的小小魔法师

正最初认识黏菌是在实验室的资料图片中。还记得我的导师王琦教授为了让我对这个我完全陌生的生物体感兴趣,她把书柜中多年积累的带有黏菌彩色图片的文献资料全部拿给我看,我翻阅着,也惊艳着!图片中它小巧亮丽、多姿多彩的精致身影一下子吸引了我的眼球,我感叹于大自然的鬼斧神工,这样米粒儿大小的生物体,居然也能呈现出这样的美丽!也就从那一刻起,我与黏菌结下了不解之缘!因为要做实验,这几年一到     

肌动蛋白基因和β-微管蛋白基因用于真黏菌系统发育的可行性研究

真黏菌是一类独特的菌物。目前对其进行的系统发育研究主要是基于形态特征,分子水平的系统发育研究上小亚基核糖体RNA基因和蛋白质合成延长因子基因研究相对较多。为了扩充能有效地进行真黏菌系统发育研究的基因资源,探讨了肌动蛋白基因和β-微管蛋白基因用于真黏菌系统发育的可行性。共获得14个基因序列,肌动蛋白基因和β-微管蛋白基因各7个。在GenBank中除多头绒泡菌Physarum polycephalum外并无其他真黏菌的肌动蛋白基因和β-微管蛋白基因序列,研究获得的14个基因序列为真黏菌基因的新序列。系统发育分析表明,肌动蛋白基因能够有效地将无丝菌目、团毛菌目、绒泡菌目和发网菌目区分为4个分支,其中发网菌目为一个独立的进化支,支持了根据子实体发育所认识的真黏菌纲内部具有两条进化路线的观点,因此显示出肌动蛋白基因对于真黏菌系统发育研究的重要价值。     

生命条形码与生命之树

生命条形码和生命之树的研究与应用在近十年内备受关注,成为生命科学研究领域的两个热点。本文综述了生命条形码和生命之树的概念来源、研究现状、面临问题与解决方案,并对其发展前景进行了展望。生命之树概念的形成有着悠久的历史渊源,DNA条形码的提出和实施则只有十年的历史,两者均得益于测序技术和生物信息技术的蓬勃发展;但两者的目的不同,生命条形码技术旨在实现对物种的快速鉴定,而生命之树研究的主要目的则是重建生命世界的起源和进化历史以及各生物类群之间的亲缘关系,因此应根据两者不同的目标任务而采取相应的发展思路和顶层设计。本文针对目前生命条形码和生命之树研究领域遇到的瓶颈和问题进行了阐述,并提出了相应的解决方案。最后,作者建议我国学者抓住机遇．与多个领域的学者和工程技术人员广泛合作,推动DNA条形码鉴定技术和生命之树理论研究的快速发展。     

生命之树及其应用

生命之树的概念由达尔文在1859年提出, 用以反映分类群的亲缘关系和进化历史。近30年来, 随着建树性状种类的多样化、数据量的快速增长以及建树方法的不断发展和完善, 生命之树的规模越来越大, 可信度也越来越高。分子生物学、生态学、基因组学、生物信息学及计算机科学等的快速发展, 使得生命之树成为开展学科间交叉研究的桥梁, 其用途日益广泛。本文综述了生命之树研究的历史和现状, 介绍了生命之树在以下几个方面的应用: (1)通过构建不同尺度的生命之树, 理解生物类群间的系统发育关系; (2)通过时间估算和地理分布区重建, 推测现存生物的起源和地理分布格局及其成因; (3)基于时间树, 结合生态、环境因子及关键创新性状, 探讨生物的多样化进程和成因; (4)揭示生物多样性的来源和格局, 预测生物多样性动态变化, 并提出相应的保护策略。最后, 本文评估了生命之树在目前海量数据情况下遇到的序列比对困难、基因树冲突、“流浪类群”干扰等建树难题, 并指出了构建“超大树”的发展趋势。     

绒泡菌目黏菌的ITS1-5.8S-ITS2二级结构的比较分析

为探讨核糖体DNA转录间隔区(r DNA ITS)的RNA二级结构在黏菌系统发育研究中的作用,以黏菌ITS通用引物PHYS4和PHYS5对绒泡菌目5属8种黏菌的r DNA ITS进行扩增和测序,利用RNA structure构建了ITS区的RNA二级结构模型。结果表明:ITS1在绒泡菌目黏菌中不能形成一个紧实的结构,但大部分物种都具有一段稳定的螺旋结构,可能对r RNA的成熟具有作用;5.8S r RNA的二级结构相似,由4个螺旋组成,主要为两种类型;基于5.8S r RNA和28S r RNA相互作用构建的ITS2的二级结构模型显示,它由一个封闭的多分支环和至少4个主要的螺旋组成,其中螺旋IV结构相对比较保守。由于ITS区的二级结构相比核苷酸序列更加保守,因此深入地分析其二级结构有助于认识其结构与进化的关系。     

植物生命之树重建的现状、问题和对策建议

生命之树的概念源自1859年达尔文的《物种起源》, 但利用分子数据重建植物生命之树的研究则在20世纪90年代才开始兴起。近年来, 随着测序技术、分析方法和计算能力的快速发展, 植物生命之树重建研究取得了显著成果。本文首先概述了当前以及未来很长一段时间内植物生命之树重建工作的重点, 包括植物属级和种级水平的系统发育研究、植物系统发育基因组学研究、分子和形态数据联合分析、包括灭绝与现存植物类群的生命之树重建, 以及超大植物生命之树重建等5个方面; 然后简要概括国内植物生命之树重建研究的现状, 指出了我国在植物生命之树重建领域发展中所存在的问题, 并从“类群研究体系、学科评价体系、国家顶层设计, 以及拓展国际合作”等方面对学科未来的发展提出了一些对策建议。