SARS-CoV-2 Omicron变异株荧光定量PCR鉴别方法的建立及应用

开发和评价一种用于鉴别Omicron变异株的荧光定量PCR方法。我们针对Omicron变异株S基因的两个特异性突变位点开发了一种基于荧光定量PCR的Omicron变异株分型方法（Omicron RT-qPCR）。通过测试临床样本来评价方法的特异性,通过标准品评价方法的灵敏度。Omicron RT-qPCR分型方法显示能够可靠地区分Omicron变异株和“野生型” SARS-CoV-2及Alpha、Beta、Delta变异株及甲型流感病毒。选取68例新冠疑似样本,全基因组测序（Whole genome sequencing,WGS）结果显示44例为Omicron变异株,Omicron RT-qPCR分型结果均为阳性;11例为Delta变异株,Omicron RT-qPCR分型结果均为阴性;另外,通过WGS分析未能成功分型的7例样本,通过Omicron RT-qPCR分型方法成功鉴定为Omicron BA.1和BA.2变异株。我们开发的Omicron RT-qPCR分型方法可以在普通的PCR检测实验室应用,为我国疾控系统和医疗机构及时监测SARS-CoV-2 Omicron变异株的传播提供...     

SARS-CoV-2毒株S蛋白突变及其影响的生物信息学分析

2019年12月,由SARS-CoV-2感染引起新型冠状病毒肺炎在武汉暴发。世界卫生组织(WHO)于2020年3月11日宣布新冠肺炎疫情已构成全球性大流行,给世界各国造成了巨大的人员伤亡和经济损失。SARS-CoV-2的S蛋白是核衣壳表面的刺突蛋白,介导病毒与细胞受体结合及膜融合,是疫苗、治疗性抗体的研发以及临床诊断的关键靶点。为了分析SARS-CoV-2表面S蛋白的突变情况,我们以武汉分离株Wuhan-Hu-1(GenBank登录号:MN908947.3)为标准株,利用生物信息学方法,对SARS-CoV-2 S蛋白的突变位点及其对蛋白质结构和功能的影响进行分析。截至2020年4月17日,GenBank数据库中有1 002株SARS-CoV-2毒株,其中仅有12株病毒S蛋白氨基酸序列发生了突变。其中一些突变可影响S蛋白的理化性质和二级结构。R408I位氨基酸位于受体结合结构域(RBD)内且位于蛋白表面,突变可能会影响RBD结构。48、74、181、221、655位突变氨基酸位于预测的B细胞线性表位内,其中74、181、655位氨基酸突变对B细胞线性表位结构和性质产生较大影响。分离自人、...     

SARS-CoV-2 S蛋白:研究进展与挑战

SARS-CoV-2是一种新暴发的能在人际之间快速传播并造成大流行的病原体。冠状病毒表面的刺突蛋白(S)在决定病毒宿主特异性、致病性和种间传播方面有着重要影响,亦是研发SARS-CoV-2疫苗的最重要抗原蛋白和开发抗病毒药物的重要靶点,因此,S蛋白是SARS-CoV-2暴发后研究最多的SARS-CoV-2蛋白。本文就SARSCoV-2 S蛋白的最新研究进展进行综述,并就目前研究面临的问题和挑战加以讨论。     

新冠病毒变异株的流行现状及其生物学特征

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）疫情在全球持续传播,至今已经演化出多种新冠病毒变异株。关切变异株（Variants of Concern,VOCs）和关注变异株（Variants of Interest,VOIs）具有不同的生物学特性、传播力和致病力,现有疫苗对不同变异株的保护作用以及检测试剂的效能成为公共卫生的关注点。应该建立全球的监测体系,不断跟进变异株对检测效力、疫苗效能及药物作用的影响,及时对防控策略进行调整。     

2021年2月深圳市六株境外输入的SARS-CoV-2基因组特征分析

为了解深圳境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的遗传特征,本研究对2021年2月六株境外输入的SARS-CoV-2毒株进行了高通量测序与基因组序列分析.测序获得的六株SARS-CoV-2毒株基因组长度分别为29 450 nt、28 936 nt﹑28 875 nt、29 855 nt、29 146 nt 和29 528 nt.根据"Pango lineages"分型法,三个来自肯尼亚、南非和柬埔寨的毒株属于B.1.1.7系(VOC-202012/01),一个来自美国的毒株属于B.1.2系(美国谱系),两个来自南非和肯尼亚的毒株属于B.1.351系(20H/501Y.V2).与武汉毒株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,B.1.1.7系毒株的刺突蛋白(S)中发现了多达10个氨基酸的变异,B.1.2系毒株的S蛋白仅发现一个氨基酸的变异,B.1.351系毒株的S蛋白中发现了多达11个氨基酸的变异.来自柬埔寨的一株B.1.1.7系毒株的S蛋白中发现了三个变异(H69S,V70I与Y144V)与另外两个B.1.1.7系毒株中的变异(H69del,V70del与Y144del)不同.六个毒株在ORF1b上都表现出了 P314L的变异,在S蛋白上都表现出了 D614G的变异.2021年2月深圳输入了传染性更强的B.1.1.7英国变异株和B.1.351南非变异株.境外输入的SARS-CoV-2变异株存在引起本地暴发与流行的风险,需持续对境外输入的SARS-CoV-2毒株进行分子监测.     

SARS-CoV-2 S蛋白结构与功能的生物信息学分析

在以往的研究中发现,冠状病毒的S蛋白对其入侵宿主细胞起着决定性的作用.本研究从美国国立生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)获取SARS-CoV-2 S蛋白基因的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列,利用DNAMAN、DNAstar、Meg...     

SARS-CoV-2 NP和NP-FlaB融合蛋白的免疫原性研究

新型冠状病毒严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染引发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情在全球持续流行,疫苗的研发和推广使用是阻止新冠疫情的关键手段.SARS-CoV-2核衣壳蛋白(NP)作为病毒的主要结构蛋白,是疫苗开发的潜在候选靶点.鞭毛素B(FlaB)可作为免疫佐剂,增强抗原的免疫原性....     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)SNV分型检测技术

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的全球大流行对整个人类社会造成了重大影响,人类面临着财政刺激、金融压力、债务重整等挑战。在特效治疗药物与方法出现之前,大规模的人群筛查隔离成为现在疫情治理的最有效方法。然而,这一次的新冠病毒(SARS-CoV-2)展示出了极高的遗传变异性,截至2022年3月31日统计突变率超过了2.3‰,迄今为止高传染性的新病毒株不断出现,被世界卫生组织正式警告的变异株就达到了7个。因此,在接下来的病毒防控与研究中,不但需要检测SARS-CoV-2,更需要精准、实用的单核苷酸变异(single nucleotide variation, SNV)基因分型技术,特别针对大规模人群筛查中,不仅需要获得SRAS-CoV-2的信息,还需要精准快速区分具有更高传染性与毒性的变异株感染。对病毒的感染和突变机制进行了简要介绍,并着重对现有主要的SARS-CoV-2 SNV分型技术进行了分类综述,希望为新型检测技术的开发提供参考。     

TMPRSS2重组蛋白阻断SARS-CoV-2假病毒的感染

为了探究Ⅱ型跨膜丝氨酸蛋白酶(type II transmembrane serine protease, TMPRSS2)重组蛋白阻断严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)侵染宿主的能力,在体外构建假病毒感染细胞的体系,使用SARS-CoV-2 S (spike glycoprotein)蛋白携带水疱性口炎病毒(ΔG-VSV/荧光素酶)感染细胞,利用293F细胞体外纯化酶活及自身剪切位点突变的TMPRSS2重组蛋白,发现纯化的剪切位点R255Q和酶活位点S441A双突变的TMPRSS2重组蛋白,能够有效降低S蛋白与宿主细胞表面TMPRSS2的结合,进而阻断SARS-CoV-2假病毒对Calu3肺癌细胞系的感染。实验结果表明,使用突变的TMPRSS2重组蛋白竞争性结合病毒的刺突蛋白S,同抑制TMPRSS2蛋白酶的活性一样,都能阻断S蛋白的切割活化,抑制病毒与宿主细胞的膜融合,最终达到阻止病毒入侵的目的,这为阻断SARS-CoV-2感染提供了新的潜在靶点和思路。     

SARS-CoV-2入侵细胞的研究进展

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染引发的肺炎疫情已蔓延全球,尽快认清病毒感染规律和致病机制是做好疫情防控的基础。SARS-CoV-2表面的刺突蛋白(Spike,S)识别靶细胞受体并与之结合,诱导病毒与细胞的膜融合,是病毒侵入宿主细胞的第一步,也是预防和治疗病毒感染的关键靶点。大量研究揭示了病毒进入细胞的分子机制,本文将主要对SARS-CoV-2入侵细胞的研究成果进行总结,并简要叙述以该环节为靶点的药物和疫苗研发现状。     

抗SARS-CoV-2 S蛋白IgM单克隆抗体的表达及鉴定

为了寻求SARS-CoV-2 IgM抗体阳性血清质控品的替代品,本研究成功表达纯化出抗SARS-CoV-2 S蛋白IgM单克隆抗体。研究确定了IgM单克隆抗体最佳表达载体为含增强子sp163和信号肽2的组合以及第5d为目的蛋白收获的最佳时间。此外在研究J链的作用时发现转染细胞时不添加J链（nCoV-163-IgM3）的表达量明显高于添加J链（nCoV-163-IgM3 J）时的表达量,J链对蛋白稳定性也无明显影响,且nCoV-163-IgM3和nCoV-163-IgM3 J抗原结合活性之间的差别无统计学意义（P>0.05）,nCoV-163-IgM3和nCoV-163-IgM3 J对本研究所检测的WTS1、Alpha-S1、Beta-S1、Delta-S1、Omicron-S1、BA.2-S1、BF.7-RBD、XBB.1-S1、BQ1.1-S1等九种抗原均有结合活性,只有一株（BA.2.75-RBD）逃逸。纯化后的目的蛋白经还原剂（β-ME）还原后显示重链分子量大小为70kD左右,轻链分子量大小为25kD左右。目的蛋白均可与新型冠状病毒抗体检测试剂盒（胶体金,INNOVITA）...     

SARS-CoV-2（新冠病毒）变异流行株命名系统

SARS-CoV-2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2),又称“新型冠状病毒”或“新冠病毒”,正不断进化和变异,产生了大量的病毒变异株（Variant）,其致病性、宿主适应性和传播性变化显著,给COVID-19(Coronavirus disease-19),又称“新型冠状病毒肺炎”或“新冠肺炎”的防治带来巨大挑战。变异株的命名对COVID-19的分子流行病学调查和防控技术研究起到关键性的辨识作用。本文综述了GISAID、Nextstrain、Pango、TILE和希腊字母5种SARS-CoV-2变异株的命名原则、适用范围和重要的流行变异株,为SARS-CoV-2变异株的监测、研究SARS-CoV-2变异株的进化机制、传播特性及抗原位点设计提供一定的参考。     

GICA和CLIA联合检测SARS-CoV-2特异性抗体的检测策略研究

评价胶体金免疫层析法(GICA)与化学发光法(CLIA)联合检测对降低新型冠状病毒(SARS-CoV-2)特异性抗体假阳性的效果。收集2020年1月22日至2020年3月5日就诊于川北医学院附属医院及南充市中心医院的19例SARS-CoV-2确诊患者不同时段的血清33份,55例非SARS-CoV-2、其他病原体感染及自身免疫性疾病患者的血清55份,采用GICA和CLIA分别对血清SARS-CoV-2 IgM、IgG进行检测,并对结果进行分析。GCIA检测SARS-CoV-2 IgM、IgG的敏感性分别为100.0%、94.74%,与CLIA(92.86%和100.0%)比较没有差异(P>0.05);GCIA检测SARS-CoV-2 IgM、IgG的特异性分别为70.91%、74.55%,明显低于CLIA的特异性(98.18%和89.09%)(P<0.01);两种方法检测SARS-CoV-2 IgM、IgG结果具有一致性(P<0.001),Kappa值分别为0.434,0.406;ROC曲线分析发现,GCIA检测SARS-CoV-2 IgM、IgG的AUC分别为0.855、0.846,明显低于CLIA(0.955和0.945)(P<0.05)。两种方法联合检测SARS-CoV-2 IgM、IgG的敏感性分别为92.86%、94.74%,特异性分别为100.0%、100.0%;ROC曲线分析显示,联合检测SARS-CoV-2 IgM、IgG的AUC分别为0.964、0.974,高于两种方法的单独检测。GICA和CLIA联合检测能有效提高SARS-CoV-2 IgM和IgG的检测特异性,值得临床推广应用。     

SARS-CoV-2引发缺血性脑卒中的机制研究进展

新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）目前仍在全球肆虐传播,在引发2019新冠肺炎（Corona virus disease 2019,COVID-19）的同时,还能造成感染者中枢神经系统的损伤。缺血性脑卒中是COVID-19相关神经系统损伤常见病之一。本文归纳出SARS-CoV-2进入中枢的途径,以及该病毒是如何通过介导氧化应激反应、肾素-血管紧张素系统的失调、攻击血管内皮细胞、激活NLRP3炎症小体、释放中性粒细胞胞外陷阱、引发细胞因子风暴等一系列分子机制导致缺血性脑卒中的发病,以期为疾病的临床预防和治疗提供一些新的见解和思路。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2 Omicron变异株研究进展

世界卫生组织(World Health Organization, WHO)于2021年11月26日将首次在南非报告的新型冠状病毒 B．1.1.529 变异株列为受关注变种(variant of concern, VOC),并将其命名为奥密克戎(Omicron)。该变异株存在约50个突变,仅在刺突蛋白区域就有至少30个突变,远远超过其他流行株的突变位点数量。根据对突变位点的分析以及初步实验证实,该毒株可能具有极强的传染性以及免疫逃逸能力。Omicron变异株会怎样影响新冠疫情的走向引起了各国的广泛关注,本文将从Omicron变异株的基本特征、检测、致病性、传染性、免疫逃逸等方面进行综述。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的致病过程及疫苗设计策略

2019年12月中国发现了一场由新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndromes coronavirus,SARS-CoV-2)感染引发的肺炎疫情,感染者常伴有发热、干咳、呼吸困难等症状,严重情况下会出现急性呼吸窘迫综合征。SARS-CoV-2的致病过程涉及了跨物种传播,侵染宿主细胞以及与免疫系统相互抗争等多个环节,深入了解这一致病过程对于新型治疗药物的研发及病毒疫苗的设计至关重要。因此,本文对SARS-CoV-2的致病过程进行总结,并讨论了针对该病毒的疫苗设计策略。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)N蛋白C端重组蛋白的原核表达、纯化及应用

通过原核表达系统探究SARS-CoV-2核衣壳(Nucleocapsid,N)蛋白C端重组蛋白表达、纯化的制备方式以及提供有效的重组蛋白用于COVID-19的早期快速诊断.合成N蛋白C端基因序列,构建重组载体,利用原核系统表达重组目的蛋白.利用Ni2+亲和层析和凝胶过滤层析的方法对表达产物进行纯化,SDS-PAGE电泳...