捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药相关lncRNA的转录组学测序与分析

分析捻转血矛线虫敏感株和耐药株中长链非编码RNA (Long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,探讨lncRNA与捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药机制的关联性,为捻转血矛线虫耐药机理提供依据。文中对捻转血矛线虫敏感株和耐药株进行cDNA测序文库构建,使用Illumina HiSeq 4000平台进行双端测序,筛选出差异的lncRNA,基于顺式调控(cis)和反式调控(trans)对差异显著的lncRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行过Gene Ontology (GO)功能注释和KEGG Pathway富集分析,利用FPKM法估计lncRNA和mRNA的表达水平。结果表明,敏感株和耐药株候选lncRNA分别为6 377和6 356个,两个文库中筛选出168个差异显著的lncRNA,其中在敏感株中表达上调有92个,表达下调76个。筛选得到的差异显著lncRNA候选靶基因416个,这些基因共注释到641条GO terms和92条信号通路;其中富集到耐药性相关的通路有药物代谢-其他酶、药物代谢-细胞色素P450、细胞色素P450对异生素的代谢等。综上表明,部分lncRNA介导的靶基因与捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药性相关,lncRNA在捻转血矛线虫耐药性中具有潜在的重要的调节作用。探究了对于敏感虫株和耐药虫株中lncRNA的表达谱,发现了敏感虫株和耐药虫株中差异表达的lncRNA,有助于找出捻转血矛线虫如何抵抗丙硫咪唑的发生机制,为探讨捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药机制提供科学的依据。     

lncRNA作为竞争性内源RNA在非小细胞肺癌中的作用

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)参与肿瘤的多种生理、病理进程.研究表明,lncRNA可通过与微小RNA (microRNA, mi RNA)反应元件相互作用,并与其他RNA分子形成竞争性内源RNA (competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,参与基因的表达调控.lncRNA以ceRNA方式参与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的发生发展过程,为揭示NSCLC的分子机理开拓了新的思路,也为NSCLC的治疗提供新的靶点.本文在课题组前期发现NSCLC相关ceRNA基础上,主要讨论lncRNA作为ceRNA在NSCLC中高表达、低表达及治疗相关方面的作用.     

长链非编码RNA在白血病发生发展中的调控机制研究进展

长链非编码RNA (Long noncoding RNA,lncRNA) 是一类长度大于200 nt且不具备蛋白编码能力或仅编码微肽的RNA分子。LncRNA参与调控细胞增殖、分化和凋亡等生物学过程,与多种恶性血液病的发生、复发及转移密切相关。文章结合最新研究报道,对lncRNA在白血病发生过程中异常表达的功能、调控机制和潜在临床应用方面进行综述。概括了lncRNA可以通过表观遗传修饰、核糖体RNA转录、竞争性结合miRNA,以及参与糖代谢途径、活化肿瘤相关信号通路等多种方式调控白血病的发生发展及化疗中产生的多药耐药性。这些机制研究为深入了解白血病的发病机理、发现新的预后标志物和潜在的治疗靶标,为解决临床上治疗白血病所面临的患者耐药性的产生和治疗后复发等难题提供了新的参考依据。     

长非编码RNA作为ceRNA分子在乳腺癌中的调控机制

乳腺癌是全球女性最常见的异质性恶性肿瘤，分为多种亚型，不同亚型的临床治疗方式和效果不同。多项研究表明长非编码RNA(lncRNA)在乳腺癌的进展中起着关键作用，其中由lncRNA-miRNA-mRNA相互作用形成的ceRNA网络是RNA分子间的一种新调节机制。LncRNA通过该网络广泛参与乳腺癌的增殖、迁移、凋亡等多种生物学过程，可作为诊断和治疗的分子靶点。该文重点阐述了lncRNA介导的ceRNA调控机制，系统总结了lncRNA相关ceRNA网络在调控不同乳腺癌亚型的增殖、迁移和耐药性中的研究进展，旨在为乳腺癌的精准治疗和lncRNA研究提供新见解。     

LncRNA00067110通过靶向Cabyr调控B16-F10细胞增殖、凋亡和黑色素生成

长非编码RNA(lncRNA)是一类转录长度大于200个核苷酸的非编码RNA。现已证明,多个lncRNA是潜在的癌症治疗靶点。LncRNA00067110是从小鼠黑色素瘤B16-F10细胞和正常黑色素细胞转录物组图谱中发现的差异表达基因。为研究lncRNA00067110是否调控B16-F10细胞的增殖、凋亡和黑色素生成,本文通过LncTar预测和双荧光酶活性验证了钙结合酪氨酸磷酸化调节蛋白(Cabyr) 和lncRNA00067110存在靶向关系。通过构建lncRNA00067110的过表达载体,转染B16-F10细胞,经过对B16-F10细胞的转录图谱分析,并对细胞增殖、凋亡和黑色素生成的表型以及相关基因表达变化进行了检测。结果显示,lncRNA00067110靶向Cabyr,在过表达lncRNA00067110的B16细胞中,17个基因呈差异表达。其中,Cabyr的表达被上调,细胞增殖相关基因MEK/ERK/MNK/CREB和黑色素生成相关基因TYR家族成员及CREB的mRNA和蛋白质水平显著被下调,凋亡相关基因AKT和Bcl-2的mRNA水平和蛋白质丰度被上调。进一步通过细胞增殖和凋亡的表型的变化验证了lncRNA00067110的功能。结果提示,lncRNA00067110通过靶向Cabyr,调控相关基因表达,从而抑制B16-F10细胞的增殖和黑色素生成,并诱导黑色素瘤细胞的凋亡,可能成为治疗和抑制黑色素瘤的新的靶点。     

长链非编码RNA在气道炎症性疾病中的作用

气道炎症性疾病是以异常增强的气道炎症、气道阻塞和气道重塑为特征的疾病,主要包括哮喘和慢性阻塞性肺病等。近年来,气道炎症性疾病的发病率逐年上升,给全球医疗卫生事业造成巨大负担,然而其发病机制尚未完全阐明,亟需寻找治疗气道炎症性疾病的分子靶点。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在气道炎症性疾病中表达失调,充当关键的调控分子,影响气道炎症性疾病的发生与进展。异常表达的lncRNA有望成为气道炎症性疾病的生物标志物和治疗靶点。本文就lncRNA在气道炎症性疾病中的作用进行综述。     

反义长链非编码RNA与基因表达调控

反义长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类与其它转录物序列互补的内源性lncRNA。它们通过转录抑制、染色质重塑、核内RNA-RNA相互作用和胞浆RNA-RNA相互作用等机制,在转录及转录后水平调控靶基因的表达。反义lncRNA参与了X染色体失活、基因组印记及一些疾病的发生和发展过程,有希望成为疾病治疗的新靶点。     

长链非编码RNA在调控EMT及肿瘤侵袭转移中的作用

上皮–间充质转化(EMT)是指在某些因素的作用下,上皮细胞失去极性,细胞紧密连接性丧失,转变成具有迁移能力的间充质细胞的生物学过程。EMT在肿瘤的侵袭转移过程中发挥着重要的作用。长链非编码RNA(lncRNA)在许多癌症中异常表达,在肿瘤的发生发展中发挥了重要的作用, lncRNA亦参与肿瘤侵袭转移,近年来越来越多的研究发现, lncRNA参与调控EMT进程,进而影响肿瘤的侵袭转移,逐渐成为临床肿瘤诊断及治疗的潜在靶点。该文将对lncRNA在调控EMT及肿瘤侵袭转移中的作用机制及相关临床治疗研究进行综述。     

LncRNA作为ceRNA调控肿瘤的发生发展

长链非编码RNA(lncRNA)是长度大于200 bp,不编码蛋白质的内源性RNA分子.近年来的研究表明,lncRNA可以作为一种竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)吸附miRNA,参与靶基因的表达调控,从而在肿瘤的发生发展中发挥重要的作用.本文从lncRNA作为ceRNA发挥生物学功能这一角度,概述了相关lncRNA在肿瘤发生发展中的作用及机制.揭秘lncRNA与miRNA在肿瘤发生中的相互作用,将为肿瘤的诊断和治疗提供新思路.     

微小RNA和长链非编码RNA介导的昼夜节律调控

非编码RNA(ncRNA)是生物体细胞内一类重要的调控分子,其介导的昼夜节律调控日益受到研究者的重视。本文主要以黑腹果蝇Drosophila melanogaster和哺乳动物的相关研究为背景,阐述了微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)对昼夜节律的调控。miRNA介导的昼夜节律调控包括:生物体内(尤其是钟神经元中)具有节律性表达的miRNA;输入系统和miRNA存在相互调控,这主要是通过光照这个授时因子起作用;miRNA可直接调控核心振荡器,还可以调控其他基因而间接影响到核心振荡器;miRNA对输出系统的调控主要集中在代谢取食节律、运动节律、睡眠节律等。昼夜节律可调控lncRNA的表达,同时lncRNA也可调控昼夜节律,且lncRNA对基因调控范围广,作用机制复杂,这些都具有广阔的研究前景。本文将有助于进一步深入研究ncRNA对昼夜节律的调控。     

反义lncRNA在NSCLC中的作用及机制

非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)在我国发病率和死亡率非常高,严重威胁着公众健康。由于缺乏敏感有效的早期诊断指标、易复发、易产生耐药性等因素,NSCLC的临床治疗效果一直不佳,导致患者预后差及生存率低。反义长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达与NSCLC发生发展密切相关,在NSCLC的增殖、凋亡、侵袭、迁移、上皮-间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)和耐药等方面均发挥着重要作用,已成为近年来的研究热点。本文探讨反义lncRNA在NSCLC发生发展过程中的功能及具体调控机制,旨在为NSCLC患者提供更有效的治疗理论参考。     

长链非编码RNA的作用机制

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一大类不编码蛋白质或者编码微肽的RNA转录本。研究表明,lncRNA通过不同的作用机制在表观遗传学、转录、转录后水平调控基因的表达,且其功能异常与多种疾病的发生发展密切相关。了解lncRNA的作用机制,有利于进一步解析lncRNA的生物学功能,并为lncRNA的相关研究提供思路。此外,lncRNA研究中存在的问题也值得探讨。     

中华蜜蜂6日龄幼虫响应蜜蜂球囊菌侵染的长链非编码RNA应答研究

【目的】本研究旨在探究长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)在中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫应答蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)侵染过程中的差异表达谱及调控作用。【方法】利用链特异性cDNA建库的RNA-seq技术对未被侵染及球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行深度测序。通过相关生物信息学软件分析lncRNA的结构特征和表达谱。筛选并分析差异表达lncRNA (differentially expressed lncRNA,DElncRNA)的顺式(cis)作用及竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA)调控网络。采用RT-qPCR验证测序数据及DElncRNA差异变化趋势的可靠性。【结果】AcCK和AcT共预测出642个已知lncRNA和487个新lncRNA。与蛋白编码基因相比,上述中蜂lncRNA外显子数更少、长度更短且表达量更低。43个antisenselncRNA与40个正义链mRNA之间互补配对。AcCK和AcT比...     

长链非编码RNA在哺乳动物精子发生中的功能研究进展

长链非编码RNA(lncRNA)一般是指大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码,以RNA形式在表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等多个层面上调控基因的表达水平。哺乳动物精子发生是一个精细调控的过程,通过雄性生殖细胞分裂和分化形成成熟精子,且精子发生受到不同阶段特异性基因表达的严格调控,而特异性基因表达又受到大量lncRNAs的调控。虽然lncRNA作为一类重要的基因表达调控因子广泛参与各类生物个体发育进程和疾病的发生,但是精子发生相关lncRNAs的报道并不多,且其生物学功能的研究有待进一步深入。因此,本文对lncRNA的起源、作用机制和在精子发生过程中调控作用的研究进展进行了总结分析。     

家猪长链非编码RNA的组织特异性表达及其对肉质的影响

长链非编码RNA(lncRNA)是一类无法编码蛋白且长度大于200 nt的RNA,lncRNA可参与生物体内多种调控与代谢过程，且在多种生物体内呈现出组织特异性的表达模式。然而，lncRNA在家猪Sus scrofa domestica体内的组织特异性表达模式和功能机制尚不明确。肌肉内脂肪（IMF）是影响猪肉品质的重要因素之一，IMF的沉积受多种机制的调控，而lncRNA对IMF的影响还有待深入研究。本研究利用GEO数据库中家猪RNA-seq数据，通过生物信息学方法共筛选23 678个lncRNA，包括14 309个新鉴定的lncRNA，其中1 218个被鉴定为组织特异性lncRNA(TS lncRNA)。与mRNA相比，lncRNA具有长度较短、表达量更低和外显子数量更少等特点。通过顺式作用与反式作用分别预测了TS lncRNA的潜在作用位点，并通过GO和KEGG分析进行功能注释，发现TS lncRNA的功能总体上与其所属组织或器官的功能相关。此外，发现了潜在影响家猪IMF含量的lncRNA MSTRG. 7256.5，并对其进行了RNA干扰与过表达实验，结果表明MSTRG. 725...     

基于lncRNA测序探讨瑞舒伐他汀对糖尿病大鼠心肌损伤的治疗途径和潜在靶点

他汀类药物能为糖尿病心肌病(diabetic cardiomyopathy, DCM)的治疗带来一定的收益,但是其发挥作用的具体分子途径尚不明确。近期研究表明,长非编码lncRNA(long noncoding RNA, lncRNA)的异常表达与DCM的病理发展过程密切相关。为比较经瑞舒伐他汀(rosuvastatin)干预的糖尿病大鼠与常规治疗大鼠的心肌损伤程度差异,探讨瑞舒伐他汀对DCM的治疗途径和潜在靶点,本文提取DCM大鼠心肌组织总RNA,制备lncRNA芯片,筛选出差异表达的lncRNA并进行生物信息学分析。结果显示,与模型组相比,治疗组中表达呈显著差异的靶点基因有770个被上调,884个表达下调,主要与改善代谢紊乱、调节心肌细胞与胶原纤维的比例、减轻心肌损伤与运动负担、预防自主神经及微循环病变、改变生物进食习惯等功能相关;所参与的信号通路则主要富集在感官途径、信号传导、脂质代谢等方面。提示瑞舒伐他汀可通过调节这些lncRNA,参与糖脂能量代谢与离子平衡、抑制心肌纤维化进程、改善高糖毒性对自主神经功能的影响等治疗途径,发挥治疗DCM的作用。     

长链非编码RNA与乳腺癌

在肿瘤发生发展过程中,长链非编码RNA(lncRNA)通过在转录、转录后和表观遗传水平调节靶基因表达而发挥重要作用。在乳腺癌的研究中,大部分lncRNA表现为促癌因子,少部分表现为抑癌因子。lncRNA参与乳腺癌细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和肿瘤干细胞性维持的调控。深入研究lncRNA的作用和分子机制,将为乳腺癌的诊断和治疗提供新靶点和新思路。     

LncRNA13164通过ace-miR-4968-y调节中华蜜蜂幼虫对蜜蜂球囊菌侵染的免疫应答

【目的】长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)可通过竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)等多种方式发挥重要的调控作用,但蜜蜂lncRNA的功能研究至今依然缺失,lncRNA在蜜蜂免疫应答中的作用尚不清楚。本研究旨在揭示中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫响应蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)侵染的免疫应答中lncRNA的调控功能及作用机制。笔者团队前期通过深度测序和生物信息学分析发现,lncRNA13164与ace-miR-4968存在靶向关系且潜在参与在中蜂幼虫对蜜蜂球囊菌侵染的应答。【方法】利用实时荧光定量PCR (real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测蜜蜂球囊菌接种后中蜂幼虫肠道内lncRNA13164的表达谱。采用ILoc-Lnc RNA软件预测lncRNA13164的亚细胞定位。联用RNAhybrid、Miranda和Target Scan软件预测lnc...     

长链非编码RNA调控脂肪发育与代谢研究进展

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一种广泛存在于动植物中、长度大于200个核苷酸且不能编码蛋白的RNA。近年来,随着高通量基因组测序技术的不断发展,研究者们对lncRNA的关注度越来越高,通过对lncRNA的深入研究,证实其在细胞分化、表观遗传、细胞周期调控等众多生命活动中发挥重要作用,并且很多疾病的发生、发展过程都与之相关。借助于高通量测序或芯片技术,已经证实许多lncRNA与脂肪组织的生成、发育和代谢调控有关,在脂肪发育的过程中起着重要的作用。通过对脂肪发育相关lncRNA的研究可以更好地了解脂肪的发育、代谢过程,同时为代谢疾病的临床治疗提供新的方法。基于此,对lncRNA作用模式、调控脂肪发育以及其对肥胖相关代谢疾病的影响等研究展开综述,以期为脂肪发育与代谢研究提供理论指导。     

长链非编码RNA在头颈部肿瘤中的研究进展

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸的、缺少特异完整的开放阅读框、极少有蛋白编码功能的非编码RNA。研究表明lncRNA是参与基因表达的关键调控分子,从表观遗传、转录及转录后等多种水平调控相关靶基因的表达。近年来lncRNA在头颈部疾病中的研究开始受到关注。现就lncRNA在头颈部肿瘤中的研究进展作一综述。