四个DNA片段在山茶属分子系统学研究中的应用

选取山茶属14个组中的10组21种植物对目前常用于属内种间的4个DNA片段（ITS、waxy、trnL-F、rpL16）进行序列测定。结果表明：（1）来自叶绿体基因组的2个片段（trnL-F、rpL16）其PCR扩增和测序都很容易,但两者的进化速率都非常慢,序列矩阵只有很少信息位点（trnL-F含9个,rpL16为20个）,不能提供必要的系统发育信息。（2）来自核基因组的ITS片段其PCR产物比较容易获得,但其序列的测定存在较多问题。（3）waxy是来自核基因组的另一个片段,其PCR扩增因受模板DNA的数量和质量的影响很大而有一定难度,但其进化速率较快,序列矩阵具有较多信息位点（92个）,并且在山茶属是单拷贝,这对于解决山茶属这类具有许多近缘物种的类群的系统关系有重要价值。基于tsnL-F、rpL16和waxy三组数据所建分子系统树支持山茶属为一单系,但属下系统由于取样等原因有待进一步研究。     

DNA序列在蕨类分子系统学研究中的应用

在分子系统学研究中,目的基因或者基因片段的选择是最关键的一步,由于进化速率的差异,不同的DNA序列适用于不同分类阶元的系统发育研究.本文综述了目前蕨类分子系统发育研究中常用的DNA序列分析,它们分别来自叶绿体基因组、核基因组和线粒体基因组,着重阐明叶绿体基因在蕨类分子系统学研究中的应用.本文还简要介绍了分子系统学研究中常见的问题及解决方法(如内类群和外类群的选择.适宜DNA片段的选择策略),总结了目前蕨类植物分子系统学研究所取得的进展和研究现状,展望了当今国际蕨类分子系统学的研究趋势.     

DNA序列在苔藓分子系统学研究中的应用

DNA是遗传信息的载体,直接对DNA核苷酸排列顺序的分析和比较是研究苔藓分子系统学的最彻底和最理想的方法。本文综述了DNA序列(叶绿体基因组、核基因组和线粒体基因组)在苔藓分子系统学中的应用,探讨了基因片段的选择策略。并提出只有将分子数据和传统分类学取得的研究成果结合起来,构建最合理的系统树,才能更好地推动苔藓分子系统学的发展。     

DNA 序列在蕨类分子系统学研究中的应用

在分子系统学研究中, 目的基因或者基因片段的选择是最关键的一步, 由于进化速率的差异, 不同的DNA序列适用于不同分类阶元的系统发育研究。本文综述了目前蕨类分子系统发育研究中常用的DNA序列分析, 它们分别来自叶绿体基因组、核基因组和线粒体基因组, 着重阐明叶绿体基因在蕨类分子系统学研究中的应用。本文还简要介绍了分子系统学研究中常见的问题及解决方法(如内类群和外类群的选择, 适宜DNA片段的选择策略), 总结了目前蕨类植物分子系统学研究所取得的进展和研究现状, 展望了当今国际蕨类分子系统学的研究趋势。     

DNA分子系统学在爬行动物中的应用

爬行动物因其在脊椎动物中具有承上启下的作用,对其进行系统学研究,了解它们的进化关系显得尤为重要。本文ＤＮＡ杂交、ＤＮＡ指纹、ＲＦＬＰ、ＲＡＰＤ及测序等五个方面对爬行动物的ＤＮＡ分子系统学研究工作进行了综述,对其中的一些问题进行了讨论。     

国产堇菜属的分子系统学研究

利用基于ITS序列的分子系统学对国产堇菜属(Viola L.)进行了系统发育重建,选择Hybanthus concolor和鳞隔堇(Scyphellandra pierrei)作为外类群,对国产堇菜属植物54种1亚种共66个序列进行分析。分子系统树中获得强烈支持的中国堇菜属属下组级分类群有Sect.Viola、Sect.Diffusae、Sect.Bilobatae、Sect.Vaginatae。Subgen.Melanium与Sect.Viola和Sect.Trigonocarpae聚在一起,说明它们的亲缘关系较近,但Sect.Trigonocarpae支获得的支持率较低。分子系统树证实了Subgen.Dischidium与Subgen.Chamaemelanium的近缘关系,但不支持根据距的长短将Subgen.Dischidium划分为Sect.Longicalcaratae和Sect.Brevicalcaratae的处理。而Pinnatae类群应该作为Sect.Adnatae下的一个亚组处理。根据分子系统发育和形态学特征对V.lucens、V.magnifica、V.dissecta、V.yunnanensis等的分类地位进行了重新评价。     

基于叶绿体四个DNA 片段联合分析探讨山茶属长柄山茶组、金花茶组和超长柄茶组的系统位置与亲缘关系

为探讨山茶属茶亚属 (Camellia subgenThea) 中长柄山茶组 (sectLongipedicellata)、金花茶组 (sectChrysantha)和超长柄茶组 (sectLongissima) 的系统位置和亲缘关系,本研究选取了该属4个亚属11组28个种及2个外类群的材料,对这些材料的叶绿体4个DNA片段 (rpl16、psbA trnH、trnL F和rpl32 trnL) 进行了测序,运用邻接法 (neighbor joining)、最大简约法 (maximum parsimony) 和贝叶斯推断 (Bayesian inference) 对获得的序列进行了联合矩阵分析,并构建基因树。基因树的拓扑结构显示：1) 金花茶组包括3个平行的支系,并且长柄山茶组的模式种长柄山茶 (Camellia longipedicellata) 嵌于其中一个支系,因而金花茶组可能是一个并系或多系类群;2) 长柄山茶与越南分布的金花茶组种类在分子系统树上构成一个单系支,暗示了长柄山茶组和金花茶组之间可能具有紧密的亲缘关系;3) 超长柄茶组不是一个单系类群,该组的河口超长柄茶 (C. hekouensis) 位于系统树的基部,与山茶属其余种构成姐妹群。由于缺乏更广泛取样的分析,超长柄茶在山茶属中的系统位置仍然不明确,超长柄茶组与长柄山茶组的亲缘关系问题也没有得到解决。     

RAPD技术和DNA序列在蝗虫分子系统学研究中的应用

目前常用的蝗虫分类系统都是基于形态学建立起来的,但由于其主观性较强,不同的专家有不同的观点,因此争议较大。DNA序列中含有丰富的生物学信息,记载了生物进化的历史。根据DNA序列中的生物学信息研究蝗虫的系统发育,可为建立理想的蝗虫分类系统提供充足的分子证据。本文综述了RAPD与DNA序列技术在蝗虫分子系统学研究中的应用进展,并对二者在分子系统学研究中存在的问题做了简单介绍。     

DNA序列在植物系统学研究中的应用

植物DNA序列由于进化速率上的差异而适用于不同分类阶元的系统发育研究,因此,针对某一特定的系统学问题选择相应合适的分子片段是分子系统学研究中最为关键的一步。在前人研究的基础上,主要讨论了目前分子系统发育和进化研究中一些常用的DNA序列的适用范围,包括nrDNA的18S基因及ITS等非编码区,cpDNA的编码基因（rbcI、matK、ndhF、atpB）及非编码区序列（rpL16、rpoC1、rps16、trnL-F和trnT-L）和应用较少的mtDNA。研究表明,18S、rbcI等编码基因及mtDNA一般适用于较高分类阶元甚至整个种子植物谱系间的系统发育的探讨,而ITS及cpDNA的非编码区序列等因其较快的进化速率多用于较低分类阶元的系统关系研究。     

核糖体DNA在黏菌分子系统学研究中的应用与发展

文中综述了核糖体基因在黏菌分子系统学研究中应用现状,并就目前黏菌分子系统中存在的问题及发展方向提出了看法。     

纤毛虫分子系统发育学的研究进展

在回顾纤毛虫分子系统发育学产生发展历史的基础上,介绍了随着20年中RFLP、RAPD和DNA序列分析等分子生物学技术作为该学科的主要研究方法在种群遗传多样性与进化、种上阶元系统发育学两方面取得的研究成果和近期研究进展,最后在探讨纤毛虫分子系统发育学存在的一些问题和解决方法的同时,预测了纤毛虫分子系统发育学今后将极大地推动真核生物的起源与进化,内共生等重要生物进化问题的研究。     

犬科的线粒体细胞色素b DNA序列及其分子系统学研究

通过对犬科的赤狐、蓝狐、貉和狼４种的线粒体细胞色素ｂ约３７２ｂｐＤＮＡ片段序列分析,结合ＧｅｎＢａｎｋ中狗、西门豺和非洲野犬３种的该区段ＤＮＡ序列的比较,共发现１１３个核苷酸位点存在变异（约３０％）。ＮＪ法构建的分子系统树显示,非洲野犬最先从犬科动物中分化出来;犬属的我狼、狗和西门豺等３种为系统树上独立的一支,且其分歧的时间较赤狐、蓝狐和貉早;赤狐和蓝狐具有较近的亲缘关系。上述结果与形态的观点基本     

从D环和细胞色素b基因序列探讨懒猴属的分子系统发育关系(英文)

本研究测定了懒猴属(Nycticebus)D环的部分序列和细胞色素b基因的全序列(1140bp),分析了该属物种之间的系统发育进化关系。在DNA水平上,序列分析结果一致地提供了新的分类学证据：支持Rataiszczak和Groves的观点,即N．intermedus只是N．pygmaeus的成体(Ratajszczak,1998;Groves,1971)。对两种序列的数据做了联合及个别分析,获得相似的系统树,支持懒猴属由两个单系群组成：第一群由N．pygmaeus聚成,第二群由N．coucang聚成。该结果也提供了新的分子遗传证据,支持懒猴属由N．coucang和N．pygmaeus两物种组成。     

基于叶绿体TrnL- F序列和联合数据分析木通科的分子系统发育(英文)

基于叶绿体trnL_F序列单独分析以及trnL_F和rbcL序列联合分析重建了木通科的分子系统发育。本研究的系统发育拓扑结构与覃海宁和塔赫他间的族划分系统非常一致。猫儿屎族和串果藤族在系统发育树上位于本科的基部。由分布于南美的勃奎拉藤属和拉氏藤属组成的拉氏藤族得到了trnL_F序列分析 (10 0 % )和联合序列分析 (99% )的很好支持。木通族在两个分析里都得到了 10 0 %的靴带支持率。新建立的长萼木通属在trnL_F树上嵌套在木通属内 ;然而 ,在联合分析的树上 ,它与木通属形成姐妹群并得到很高的支持率。在系统发育上关系密切的 3个属 :牛藤果属、八月瓜属和野木瓜属之间的关系仍未解决。牛藤果与八月瓜在两个分析里都形成姐妹群 ,但支持率低。小花鹰爪枫嵌套在野木瓜属内 ,并与西南野木瓜形成姐妹群。木通族内这 3个属可能都不是单系 ,它们的属间界限和属的界定需要更多的分子和形态数据的进一步研究。     

Molecular phylogenetic analyses of snakeheads (Perciformes: Channidae) using mitochondrial DNA sequences

Mitochondrial DNA sequences of approximately 1.5 kbp including the NADH dehydrogenase subunit 2 (ND2) gene and its flanking gene regions were determined for 20 species from the freshwater fish family Channidae and 3 species from Nandidae, Badidae, and Osphronemidae. Channa orientalis and C. gachua had an approximately 170-bp insertion between the tRNA^Met and ND2 genes, where a 5′-half of the insertion was similar to the 5′-end portion of the ND2 gene and a 3′-half was homologous to the tRNA^Met gene. This insertion may thus have originated from a tandem gene duplication that occurred in a common ancestor of these two sister species. Molecular phylogenetic analyses from different tree-building methods consistently suggested the mutual monophyly of the African and Asian taxa and the existence of several clades within the Asian taxa, some of which correspond to distinct morphological features. Our molecular phylogeny clearly supported multiple independent losses of pelvic fins on Asian lineages in parallel. Divergence time estimation based on some reasonable assumptions without assuming the molecular clock suggested the early Cretaceous divergence of the African and Asian channids. The results thus support an ancient vicariant divergence of the African and Asian channids, rather than the more recent dispersal between African and Eurasian continents.     

分子标记在茶树遗传育种上的应用

综述了近年来分子标记在茶树种质资源和品种鉴别、遗传多样性、遗传演化、遗传稳定性及分子遗传图谱构建等方面的应用 ,并展望了其应用前景。     

基于叶绿体 Trn L-F 序列和联合数据分析木通科的分子系统发育

基于叶绿体 trn L-F 序列单独分析以及 trn L-F 和 rbc L 序列联合分析重建了木通科的分子系统发育.本研究的系统发育拓扑结构与覃海宁和塔赫他间的族划分系统非常一致.猫儿屎族和串果藤族在系统发育树上位于本科的基部.由分布于南美的勃奎拉藤属和拉氏藤属组成的拉氏藤族得到了 trn L-F 序列分析(100%)和联合序列分析(99%)的很好支持.木通族在两个分析里都得到了100%的靴带支持率.新建立的长萼木通属在 trn L-F 树上嵌套在木通属内;然而,在联合分析的树上,它与木通属形成姐妹群并得到很高的支持率.在系统发育上关系密切的3个属: 牛藤果属、八月瓜属和野木瓜属之间的关系仍未解决.牛藤果与八月瓜在两个分析里都形成姐妹群,但支持率低.小花鹰爪枫嵌套在野木瓜属内,并与西南野木瓜形成姐妹群.木通族内这3个属可能都不是单系,它们的属间界限和属的界定需要更多的分子和形态数据的进一步研究.     

Karyological Study on the Endangered Species Camellia azalea (Theaceae)

The chromosome number and karyotype of Camellia azalea were reported here for the first time . The species showed in somatic cells the round prochromosome type of the interphase nuclei and the interstitial type of the prophase chromosomes. It was a diploid , and the karyotype could be formulated as 2n = 2x = 30 = 28m (1SAT ) + 2sm, belonging to Stebbins’1B type. The third, fourth, ninth, tenth, eleventh and twelfth chromosomes had secondary constriction respectively, and one satellite had been found on the fifteenth chromosome. The cytological results supported the suggestion that C. azalea was primitive species in Sect . Camellia of the genus Camellia. A clue on selecting parents was also proposed due to the chromosome numbers and the position in Sect. Camellia.