幽门螺杆菌的RFLP分型的研究

建立敏感度高、重复性好的基因分型方法,对探讨幽门螺杆菌（ＨＰ）感染的传染源、传播途径及复发原因具有重要意义。本文综合介绍了ＨＰ的限制性酶切片段长度多态性（ＲＦＬＰ）分型方法的类型、原理、优缺点及取得的主要进展。研究表明,ＨＰ感染的复发主要是由于同一菌株的复发,而不是新菌株的重新感染。     

淋球菌AFLP基因分型的初步研究

采用扩增片段长度多态性技术(AFLP)对奈瑟氏淋球菌菌株进行基因分型研究。以EcoRI和MesI酶切26株淋球菌临床分离株基因组,并进行AFLP分析。同一地区的淋球菌分离株之间存在相当大的DNA多态性。AFLP是鉴别淋球菌临床分离株有用而敏感的基因分型技术,有助于了解流行淋球菌菌株的来源、流行菌株之间的克隆相关性,以及抗生素耐药性菌株的传播情况。     

军团菌分子分型及其流行病学调查中应用

在军团病爆发流行时,为了解环境水源和病人标本中分离的军团菌株的遗传关系,需要对分离的军团菌进行分型和分类,以确定军团病发生、传播和流行之间的关系。对目前用于军团菌分型的4种常用分子分型技术:随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)、脉冲场凝胶电泳(Pulsed-FieldGel Electrophoresis,PFGE)、扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)、核酸测序分型(sequence-based typing,SBT)及其分型的分辨能力、重复性、符合率和实用性作了比较分析与探讨。     

烧伤病房MRSA医院感染暴发的PFGE分型研究

利用表型分型和基因分型的方法解析医院感染常见致病菌——耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)造成医院感染暴发的可能传播途径。本实验对某医院烧伤科、ICU、肿瘤科病房内从患者和环境分离的19株MRSA,进行了16种抗生素的耐药性实验和全基因组稀有位点限制性内切酶酶切脉冲凝胶电泳(PFGE)分析,并聚类分析归纳了菌株之间的相关性。结果发现在19株MRSA中有11株属于同一个菌种A型,在这些菌株中,有8株属于相同的克隆亚型A1型,分别来自烧伤科和ICU患者以及烧伤科医生、护士的手。4株属于B型,均分离自同一烧伤病房。这暗示该医院可能存在MRSA(A型)院内感染的暴发,并且存在B型流行的潜在危险。MRSA很有可能通过医护工作人员的手及鼻腔等媒介在患者间传播。因此,加强医护人员的感染控制观念,利用灵敏、可靠且分辨率强的分型技术加强MRSA感染监控至关重要。     

应用全基因组PCR扫描方法进行猪链球菌 基因组结构的比较分析

2005年, 在中国四川局部地区爆发人感染猪链球菌疫情, 因其感染人数多, 病死率高引起关注, 为了确定该致病菌是否发生变异, 通过应用全基因组PCR扫描方法(WGPScaning)、多位点序列分型技术(MLST)以及毒力相关基因的序列测定, 比较分别来自本次疫情中的病人和病猪、以前流行期间感染的病人分离的菌株以及网上公布的来自欧洲的猪链球菌基因组序列, 结果显示各菌株的基因组结构相似, 毒力相关基因没有差异, 所有菌株都属于ST1序列群, 说明本次引起四川疫情的菌株未发生明显的基因组结构的改变.     

应用全基因组PCR扫描方法进行猪链球菌 基因组结构的比较分析

2005年, 在中国四川局部地区爆发人感染猪链球菌疫情, 因其感染人数多, 病死率高引起关注, 为了确定该致病菌是否发生变异, 通过应用全基因组PCR扫描方法(WGPScaning)、多位点序列分型技术(MLST)以及毒力相关基因的序列测定, 比较分别来自本次疫情中的病人和病猪、以前流行期间感染的病人分离的菌株以及网上公布的来自欧洲的猪链球菌基因组序列, 结果显示各菌株的基因组结构相似, 毒力相关基因没有差异, 所有菌株都属于ST1序列群, 说明本次引起四川疫情的菌株未发生明显的基因组结构的改变.     

幽门螺杆菌感染复发机制的研究进展

本文综述了幽门螺杆菌（ＨＰ）感染复发的主要机制;（１）残留菌复燃,复发多由胃中治疗前同一菌株复燃所致,而有些病人可能带有几株不同的ＨＰ,敏感株被杀死后,耐药株残留引起复发,该菌还能转变为球形菌致病。（２）新菌株再感染,口腔储存库中的ＨＰ可由口进入胃中引起复发;同一家族或配偶带有相同的ＨＰ菌株,可经口一口传播引起再感染,人－人之间也可能经粪－口传播引起再感染。     

结核分枝杆菌进化与致病性的研究

分子流行病学是研究结核分枝杆菌传播和种群进化的有力工具。特别是近年来建立起来的单核苷酸多态性分型方法,能将结核分枝杆菌临床菌株分为三大家族,并且确立其种系发生关系。研究表明,不同进化分支上的结核分枝杆菌在不同的国家和地区流行,不同基因型菌株的致病性和传播力不尽相同。如细胞和动物模型都证明在东亚流行的北京基因型菌株比其他基因型菌株具有更高的毒力,能抑制宿主的免疫反应。本文综述近年来在结核分枝杆菌进化、分型及菌株致病性方面的研究成果。     

全国多中心血流分离近平滑念珠菌药物敏感性和分子流行病学回顾性研究

目的对全国多中心收集的血流感染近平滑念珠菌进行分子流行病学和药物敏感性分析。方法将全国42家医院377例血流感染患者中分离的非重复菌株纳入研究,采用美国临床和实验室标准协会(CLSI)M44-A2纸片扩散法进行氟康唑和伏立康唑敏感性检测,采用微卫星分型方法对所有菌株进行分子流行病学分析。结果 377例患者中,46.2%的患者年龄超过60岁;分别有26.5%、23.9%、21.8%和12.5%的患者分布于外科病房、内科病房、综合ICU和外科ICU病房。377株近平滑念珠菌中,24株(6.4%)对氟康唑耐药,10株(2.7%)对伏立康唑耐药。微卫星分型结果显示,所有菌株共分为172个微卫星型别(microsatellite genotype, MT),125个MT型别各自仅在单个菌株中出现;28家医院内经分析存在65例同家医院内不同患者感染同型别菌株的情况,其中同型别氟康唑耐药株在同家医院内感染不同患者的情况为6例。结论本研究回顾分析全国多中心血流感染近平滑念珠菌的分子流行病学,在多家医院内均发现同型别菌株包括氟康唑耐药菌株分离于不同患者的情况,提示存在近平滑念珠菌院内传播的可能。     

新生儿及产妇感染单核细胞增生李斯特菌分离株的血清型、耐药性及分子特征研究

为探讨广西南宁地区新生儿及产妇感染的单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes, Lm)的血清型、药物敏感性及其分子流行病学特征,本研究回顾性收集2015-2017年广西壮族自治区妇幼保健院新生儿科及产科送检标本中分离的Lm,对其进行体外药物敏感性检测、血清学分型以及多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)分析菌株间的同源性;同时分析患儿及其母亲的临床特征及危险因素。结果显示,广西南宁地区新生儿感染Lm发病率较低,2015-2017年发病率为0.091‰;所有分离的Lm分属4b(83.3%)和1/2a(16.7%)2个血清型;药物敏感性试验结果显示,Lm对青霉素、氨苄西林、复方新诺明及美罗培南均100%敏感,暂未发现耐药菌株;MLST分型共获得2个序列型(sequence types,ST),以ST­1型(83.3%)为主。其中分离自同一新生儿患者(Case 2)外周血(Lm2)、耳拭子(Lm3)及其母亲羊水(Lm4)、宫颈分泌物(Lm5)的4株菌具有相同的血清型、药物敏感性表型以及MLST分型。感染Lm的患儿主要表现为发热、肺炎、发绀、败血症及脑膜炎;而产妇感染则具有非特异性的临床特征。结果提示,广西南宁地区存在的Lm菌株为致病性较强的4b、1/2a血清型菌株;Lm可通过母婴垂直传播引起新生儿感染。因此,临床医师应重视孕产妇及新生儿Lm病原学检查、早期诊断和及时合理地使用抗生素预防、治疗,从而减少Lm引起的母婴感染。     

幽门螺杆菌PFGE基因分型方法的研究进展

幽门螺杆菌是引起人类消化性溃疡、胃腺癌和黏膜相关淋巴组织淋巴瘤等的主要原因,在世界各地人群中感染率高达50%以上。关于幽门螺杆菌感染还有很多问题没有解决,其中包括幽门螺杆菌定植和传播机制。幽门螺杆菌可以定植在人胃肠的不同部位,是否存在多克隆定植还不明确。幽门螺杆菌感染是人与人之间的传播,传播途径可能是通过口-口、粪-口或胃-口,传播方式可能以家庭内传播为主,其具体传播途径和方式尚无定论。幽门螺杆菌基因分型技术对定植类型和传播方式的研究有重要意义。幽门螺杆菌基因分型有多种技术,包括随机扩增多态性DNA技术(RAPD),扩增片段长度多态性分析(AFLP),多位点测序分型(MLST)等,这些技术可能都不是幽门螺杆菌基因分型的合适方法。本文分析了幽门螺杆菌基因分型方法现状,重点阐述了幽门螺杆菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)基因分型技术应用进展,探讨其揭示幽门螺杆菌定植和传播之谜的可能。     

孢子丝菌复合体分子分型研究进展

孢子丝菌复合体属于双相真菌,全球分布,可引起人类及动物的慢性深部感染。不同地域的菌株在致病力、传播途径及药物敏感性等方面均存在差异。孢子丝菌病作为一种人兽共患病,其发病率逐年上升,出现多次暴发流行。分子分型不仅是明确感染源和传播途径、预防和控制疾病流行的有力手段,同时有助于了解孢子丝菌基因型与表型的相关性,在研究其致病机制以及临床诊治过程中都具有十分重要的意义。本文对孢子丝菌的分子分型方法的研究进行综述。     

应用噬菌体肽库筛选能封阻霍乱噬菌体VP1转染菌细胞的寡肽

噬菌体感染细菌首先要吸附于细菌表面受体 ,从目前报道的细菌与噬菌体相互作用的研究中发现 ,这些受体包括细菌细胞外膜上的蛋白、糖脂结构和鞭毛等。霍乱弧菌是霍乱的病原体 ,高守一等 (副霍乱资料汇编 ,1 984,2 37～ 2 4 5 .)从国内分离并选择出 5株噬菌体 (VP1～VP5 ) ,根据霍乱弧菌菌株对噬菌体的敏感性不同 ,将埃尔托型霍乱弧菌分为 32个噬菌体型。结合生物学分型方法 ,可区分埃尔托型霍乱弧菌的两类不同菌株 (流行株和非流行株 )和不同菌型。对各种来源的菌株进行分型 ,可作为一种追溯传染来源、传播途径和分析流行形式的流行病学研…     

1型CRISPR位点间区序列分析在嗜热链球菌菌株分型中的应用

为了建立适用于嗜热链球菌菌株资源多样性调查的菌株分型方法,尝试将1型CRISPR位点间区序列分析用于嗜热链球菌的菌株分型,并与常用ERIC-PCR指纹图谱方法进行了比较。结果表明,1型CRISPR位点间区序列分析可以把30株从三个不同样品中分离的嗜热链球菌分成三种差异明显的类型:不同类型菌株之间没有相同的间区序列;而同一类型菌株之间,间区序列的组成和排列则基本一致,并且上述分型的结果与用ERIC-PCR指纹图谱技术获得的结果完全一致。因此,1型CRISPR位点间区序列分析是嗜热链球菌分型鉴定的可靠方法,并适用于大量菌株的分型鉴定和多样性调查。     

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子流行病学研究

了解我院患者耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的分子流行病学特点,为临床抗感染治疗提供依据。收集2007年1月~2008年9月我院分离的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌共54株,采用PCR进行SCCmec基因分型、葡萄球菌A蛋白（SPA）分型,并检测杀白细胞毒素（PVL）基因,同时应用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行同源性分析。54株MRSA菌株SCCmec基因分型为SCCmecⅡ型17株,SCCmecⅢ型33株,SCCmecⅣ型2株,SCCmecⅤ型2株;SPA基因分型将28株归属为t030,9株为t002,8株为t037,5株为t570,2株为t437,t163和t796各1株;PVL毒素检测只有2株SCCmecⅣ型菌株阳性;PFGE证实院内MRSA感染主要为2种克隆株传播,同时还有其他型别出现。本院MRSA流行传播的SCCmec基因型主要以Ⅲ型占优势,同时发现有携带PVL毒素的CA-MRSA分离株流行,应引起密切关注。     

鲍曼不动杆菌IRS-PCR基因分型研究

目的 用低频限制性位点聚合酶链反应(IRS-PCR)对鲍曼不动杆菌进行基因分型,分析基因型与鲍曼不动杆菌耐药谱的关系,并初步探讨其在分子流行病学中的作用.方法 随机收集2008年8月至2009年8月临床分离的73株鲍曼不动杆菌,采用K-B法进行药物敏感试验确定鲍曼不动杆菌耐药谱;同时利用IRS-PCR对此73株鲍曼不动杆菌进行基因分型;并分析IRS-PCR分型与鲍曼不动耐药谱的关系;结合IRS-PCR分型结果与73株鲍曼不动杆菌感染病例的临床资料,分析在此时间段鲍曼不动杆菌在我院流行感染的情况.结果 药物敏感试验将73株鲍曼不动杆菌菌株分为A1(19株全耐药型)和A2 ～ A31(54株耐药谱型)31个药敏谱.IRS-PCR法将其分为A～W共23个基因型,其中A、C、B、D和E型为5种优势菌株,分别为14、11、10、8和6株.对比研究发现A1型菌株(15/19)主要集中在基因型A、C、D内,而基因型B包含A15型耐药菌株9株(69.2％),基因型E包含A3型耐药菌株3株(42.9％).A基因型在院内特别是ICU中心引起2次爆发流行,而C和D型主要在呼吸内科引起感染.结论 IRS-PCR基因分型与药敏分型有较高的一致性,且IRS-PCR基因分型在早期发现和预防感染暴发流行方面优于药敏分型.     

用全基因组测序评价VNTR分型在泛耐药结核分枝杆菌传播中的应用

近年来,随着技术的进步、测序成本的降低,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究。本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)分型判断泛耐药结核分枝杆菌(extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis,XDR-TB)传播及成簇特征的准确性。对2003-2009年重庆市肺科医院诊断的55例XDR-TB菌株分别进行9＋3个位点的VNTR分型和WGS分析,分别构建系统进化树,并比较两种方法判断成簇的一致性与差异。VNTR分型方法鉴定出45个基因型,其中39株为单一基因型,16株(29.1%)分别归入6个基因簇。规定菌株间差异不超过12个SNP即为成簇,WGS将20株(36.4%)分为5个簇。两种方法判断成簇的一致性为 63.6%。与WGS相比,VNTR分型的灵敏度为 40.0%,特异度为 77.1%。相比于WGS,VNTR分型特异度较高,但仅凭其结果可能会错误估计XDR-TB的传播性。因此,规定菌株间相差不超过12个SNP即有近期传播关系是否适用于XDR-TB,有待进一步研究。     

多位点数目可变串联重复序列在结核分枝杆菌分子流行病学中的应用进展

结核分枝杆菌基因分型VNTR-MIRU方法是近年来结核病分子流行病学研究的热点,已广泛应用于TB流行病学研究的各个领域,包括调查爆发流行,追踪传染源,调查优势菌株以及传播机制等方面.VNTR-MIRU分型方法简单快速,是一种有效的结核分枝杆菌基因型分型方法.     

大肠埃希菌耐药性及其基因同源性分析

目的 研究临床分离的大肠埃希菌对常用抗生索的耐药性及其基因分型,了解其耐药性趋势与传播流行情况,为临床合理治疗大肠埃希菌引起的感染提供参考依据。方法 采用常规鉴定技术鉴定细菌;采用K—B纸片扩散法测定77株大肠埃希菌对19种药物的耐药性;K—B法鉴定产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）;通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）法对其进行基因分型以确定菌株之间的亲缘关系;FINGERPRINT Ⅱ软件进行细菌基因指纹图谱分析。结果 大肠埃希菌对青霉素类、喹诺酮类药物和氨曲南的耐药性明显增高,亚胺培南和美罗培南是大肠埃希菌感染患者的首选药物;经ESBLs确证试验,ESBLs阳性率为28．60％（22／77）;产ESBLs大肠埃希菌经PFGE指纹图谱分析,除第62株和第70株相似性系数为78．27％外,其余相似度均低于70．0％;ESBLs大肠埃希菌阴性株中除少数几对菌株相似性系数较高外,其余呈散在分布,且电泳带存有6条以上的不同条带,为流行病学无关的不同克隆。结论 大肠埃希菌对常用抗生索耐药性明显增高,且呈多重耐药趋势;该研究尚不能证明存在大肠埃希菌爆发性流行感染,提示可能存在院内感染大肠埃希菌的优势克隆;PFGE基因分型方法是耐药性与流行状况分析的有效手段。     

铜绿假单胞菌分型研究进展

铜绿假单胞菌（特别是多重耐药菌株）是引起医院内感染,甚至大规模暴发流行的重要条件致病菌,本文对铜绿假单胞菌流行病学研究常用的两种分型方法（表型分型法及基因分型法）的研究现况和进展进行了简要介绍。