湖光微生物饲料添加剂研究：I.菌种来源及鉴定

湖光微五物饲料添加剂系采用我所从武汉东湖水体分离培养和筛选的光合细菌株制备的。我们对其中懈含的光合细菌菌株分类鉴定结果表明,它们分隶属于红假单胞菌属和红螺菌属,主要为沼泽红假单胞菌和深红红螺菌。并就有关分类问题作了讨论。     

湖光微生物饲料添加剂研究Ⅰ．菌种来源及鉴定

湖光微生物饲料添加剂系采用我所从武汉东湖水体分离培养和筛选的光合细菌菌株制备的。我们对其中包含的光合细菌菌株分类鉴定结果表明,它们分别隶属于红假单胞菌属（Ｒｋｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）和红螺菌属（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｌｌｕｍ）,主要为沼泽红假单胞菌（Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏ－ｍｏｎａｓｐａｌｕｓｔｒｉｓｖａｎＮｉｅｌ）和深红红螺菌（ＲｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍｒｕｂｒｕｍＭｏｌｉｓｃｈ）。并就有关分类问题作了讨论。     

光合细菌对土壤主要微生物类群的影响试验分析

目的:探讨光合细菌对土壤主要微生物类群的影响。方法:采用红螺菌科拟球形红假单胞菌X3与有机肥料对特定地块的土壤样品微生物类群活性进行定量分析。结果表明,光合细菌和有机肥对所测定的微生物类群均有明显促进作用(P<0.05),有机肥作用大于光合细菌。结论:光合细菌能通过调节土壤的微生物类群活性,促进土壤物质转化和循环,提高土壤肥力,从而为植物生长创造了良好的环境。     

阳宗海和滇池中紫色非硫细菌数量和种群结构的比较

在2002年平水期对高原湖泊阳宗海和滇池中的紫色非硫细菌(PNSB)数量和种群结构进行了比较研究。对两湖中的各因子进行t检验,发现各因子和PNSB数量都有极显著差异,富营养化湖泊滇池中的PNSB数量远远多于贫营养化湖泊阳宗海;两湖中PNSB的优势种是红假单胞菌属,也有少数的红螺菌属。两湖种群结构的区别是滇池有红微菌,而阳宗海有大量红细菌。     

锡林河流域潜在不产氧光合细菌陆向分异特征及影响因素

【目的】为探明锡林河流域潜在不产氧光合细菌（anoxygenic photosynthetic bacteria,AnPB）的陆向分异特征及影响因素。【方法】本研究沿着陆向梯度依次采集水生湍流带、缓流带、滞流带、水偏湿生样带、湿偏旱生样带、旱生样带土壤样品。基于文献建立AnPB在科水平的数据库,运用16S rRNA基因高通量测序筛选科水平潜在AnPB类群及其组成丰度的陆向分异,运用皮尔逊相关性及冗余分析等研究土壤理化因子对潜在AnPB陆向分异的影响。【结果】紫色硫细菌（外硫红螺菌科）和紫色非硫细菌（红杆菌科、红环菌科、醋酸杆菌科、丛毛单胞菌科、全噬菌科）主要分布在水生及水偏湿生生境,其相对丰度与湿度呈显著（P<0.05）或极显著（P<0.01）正相关关系;紫色非硫细菌（红螺菌科、慢生根瘤菌科、生丝微菌科、红菌科）、芽单胞菌科、酸杆菌科、绿色非硫细菌（蔷薇菌科）等主要分布在湿偏旱生和旱生环境中,其相对丰度与盐度和全氮含量呈显著（P<0.05）或极显著（P<0.01）正相关关系;多元回归树分析显示,盐度、湿度、全氮对潜在AnPB陆向分异的总解释度分别为62.39%、...     

Bergey氏对细菌门的分类(续)

2.代谢硫破的细菌 硫杆菌属口汤iobacill,’,),硫化裂片菌属(Sulfolob“,), 硫小杆菌属(T为iobaet,,iu。),大单胞菌属(Macro- 。ooa,),旦日硫菌属(T乃10,“l,,,),硫螺菌属(T人10- J户‘ra)。 3.沉淀铁和镁载化物的细菌 梢铁曰科(Sideroeapsaeeae):鞘铁菌(51女roea娜a),瑙 里氏臼属(Na,’ ma,,扮lla),储菌属(oehrobi,‘。),铁 珠日属(sid行ococou,)。,十三.分:产生甲烧的细, 甲杭杆日科(Methanobacteriaeeae):甲烷杆菌属(M。- t汤‘,o吞‘c扮r‘um),甲烷八盈菌(M,t八aoo了arei”a),甲 挑珠菌属(阶动aoococc“,)。,十二分:革兰氏阳性球. …     

红色无硫光合细菌在自然水体中的生态分布及开发利用的研究

红色无硫细菌(purple nonsulfur bacteria)是一种光能异养菌,调查发现在池塘、湖泊及海岸带等自然水域的沉淀污泥中均有分布,特别是在高浓度有机废水的排水沟渠的活性污泥中含有约10~2～10~4活细胞/克,因而推想废水中的有机成分在溶氧量极低的条件下是促成该菌在活性污泥中大量出现的重要因子,它们的主要类群是红螺菌属(Rhodospirillum)及红单胞菌属(Rhodopseudomonas)等兼性厌氧菌,能在有光无氧或有氧无光的     

采伐剩余物管理对杉木人工林土壤nosZ型反硝化细菌群落多样性的影响

反硝化细菌是土壤氧化亚氮(N₂O)排放的关键因子。以杉木人工林为研究对象,设置4种采伐剩余物处理方式(RF:对照;RB:火烧;MT:粉碎;NR:移除),采用高通量测序技术,以nosZ为标记基因,测定了自2018年9月—2020年9月,2年期间土壤nosZ型反硝化细菌群落的组成和丰度。研究结果显示,4种采伐剩余物处理中的土壤nosZ型反硝化细菌90%以上来自变形菌门,优势菌属包括固氮螺菌属、中慢生根瘤菌属、动胶菌属、伯克霍尔德菌属、嗜酸菌属、慢生根瘤菌属、假单胞菌属、固氮弧菌属以及无色杆菌属;样本间差异物种的显著性分析表明,在处理完成半年时,火烧相较于对照于β-变形菌纲水平显著增加了nosZ基因丰度;在处理完成一年时,火烧分别于红螺菌目、红螺菌科、固氮螺菌属水平显著高于粉碎;粉碎相较于移除在处理完成一年时,于γ-变形菌纲和产碱菌科水平显著增加了nosZ基因丰度;在处理完成两年时,粉碎处理的nosZ基因丰度在变形菌门水平显著高于对照和火烧。α多样性数据显示,处理完成一年时,粉碎处理相较于对照和移除显著增加了Shannon和Simpson指数;处理完成两年时,粉碎和火烧...     

光合细菌的分离鉴定及对养殖水的净化研究

水质的恶化是影响水生生物存活率和产量的主要障碍 ,因此如何净化水质已成为养殖技术的难点和研究热点。从养虾池底泥分离得到 4株光合细菌 (PSB) ,经初步鉴定分别为纤细红螺菌、球形红假单胞菌和沼泽红假单胞菌 ;将其混合培养后处理养虾池水 ,结果表明 ,PSB可以有效分解底泥中污染物 ,去除水体中的COD、氨氮 (第 4dCOD去除率为 72 .5 9% ,氨氮去除率达 89.2 % ) ,养殖池PSB的使用量以 1mg/L为宜。     

水葫芦根际细菌群落结构多样性分析

【目的】了解水葫芦根际细菌群落结构。【方法】运用末端限制性片段长度多态性(Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)技术分析富营养化水体中水葫芦根际和水葫芦近、远水样的细菌群落特征及多样性,结合克隆文库技术和培养法分析根际的细菌种群类型。【结果】同一时期水葫芦根际细菌多样性(Shannon-Weiner指数H′或Simpson指数D)更高,水葫芦近水样次之,远水样最小。10月份的细菌多样性高于5月份的。通过水葫芦根际细菌的克隆文库可知变形杆菌门(Proteobacteria)是水葫芦根际细菌的主要类群,占总群体的65.1%,包括噬菌弧菌(Bacteriovorax sp.)、Dechloromonas sp.、Leptothrix sp.、红螺菌科(Rhodospirillaceae)、Rhodoferax sp.和红环菌科(Rhodocyclaceae)等。T-RFLP图谱显示159 bp为最大优势菌,247 bp为第二大优势菌,对照克隆文库及培养结果分析247 bp属于γ-Proteobacteria,159 bp为不动杆菌(Acinetobacter sp.)。【结论】水葫芦根际细菌的群落结构丰富,不同时段水葫芦根际细菌的丰度略有变化,主要类群为变形杆菌门。     

库木塔格沙漠土壤细菌多样性及具有群体感应抑制活性放线菌筛选

【背景】群体感应抑制剂(quorum sensing inhibitor,QSI)作为抗生素潜在替代品,可有效降低致病菌传染性和毒性。沙漠土壤蕴藏着丰富的放线菌资源,是挖掘群体感应抑制剂的重要来源。【目的】解析库木塔格沙漠土壤细菌群落多样性,筛选并挖掘群体感应抑制活性放线菌资源。【方法】采用Illumina Nova Seq高通量测序技术揭示库木塔格沙漠土壤细菌群落组成,利用可培养方法进行土壤放线菌分离和鉴定;选用紫色杆菌CV026模型筛选群体感应抑制活性放线菌,并对其功能特性进行初步评价。【结果】Illumina Nova Seq高通量测序结果显示,样品土壤细菌涉及23门96目150属,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria,61%)、放线菌门(Actinobacteria,28%),其中分枝杆菌属(Mycobacterium)为放线菌门最优势菌属(87.3%),其次为红球菌属(Rhodococcus,6.8%)和丙酸杆菌属(Cutibacterium,0.9%)。可培养方法共分离到108株放线菌,归属9科10属,其中优势菌属为链霉菌属(Streptomyces),占65....     

腐败变质鸡蛋内容物细菌群落多样性分析

为研究腐败变质鸡蛋内容物细菌群落,本研究以蛋白液化(J)、发臭(JC)的鸡蛋为样品,鸡蛋内容物细菌基因组DNA为模板进行16S rDNA(V4+V5)区域Miseq测序、多样性指数分析及物种组成分析。结果表明,J样品和JC样品分别得到了42 550条和38 477条高质量序列,可归为19个操作分类单元(OTU),分属于2门、14科、19属、23种;多样性指数分析表明J样品的细菌丰度小于JC样品,而群落多样性高于JC样品。两样品的优势菌群均为变形菌门(Proteobacteria)肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)和莫拉菌科(Moraxellaceae)不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)假单胞菌属(Pseudomonas)细菌以及厚壁菌门(Firmicutes)芽孢杆菌科(Bacillaceae)芽孢杆菌属(Bacillus)和肉杆菌科(Carnobacteriaceae)肉杆菌属(Carnobacterium)的细菌;其中,J样品中芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度最大(40.10%),但在种水平上未分类;而JC样品中主要是柠檬酸杆菌属(Citrobacter)相对丰度最大(81.23%),多为吉伦氏柠檬酸杆菌(Citrobacter gillenii)、埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)和肠球菌属(Enterococcus)等序列极少,丰度很低;在种水平上23个种中,有14个种为未分类或未培养,同一个种分属于不同OTU。本研究得出,腐败变质鸡蛋内容物细菌种群复杂,其菌群组成及丰度能对鸡蛋腐败变质造成影响,为进一步研究鸡蛋主要腐败菌及其控制提供了参考。     

石油污染土壤强化修复前后细菌多样性变化研究

采用高通量测序技术,对石油污染土壤及石油降解菌强化修复土壤的细菌群落多样性进行了分析。发现污染前后各组间在门水平和属水平上变化显著,污染前细菌多样性丰富,包括34门675属,主要优势菌群依次为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)等。优势菌属依次为芽单胞菌属(Gemmatimonas)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、节杆菌属(Arthrobacter)等。石油污染110 d后土壤细菌类群多样性降低,分布在29门507属,细菌优势门变化不显著等,优势菌属依次为鞘氨醇单胞菌属、假单胞菌属(Pseudomonas)、GP6、芽单胞菌属、GP4、微小杆菌属(Exiguobacterium)、寡养单胞菌(Stenotrophomonas)和类诺卡氏菌属(Nocardioides)。添加铜绿假单胞菌1217、红平红球菌KB1和混合菌剂的三个强化修复组细菌分别分布在31门471属、32门474属和29门473属,在细菌组成上差异不显著,在丰度上差异显著。鞘氨醇单胞菌属、假单胞菌属、芽单胞菌属和类诺卡氏菌属细菌是主要的石油污染物降解菌。     

浅谈硝化细菌及其在自然界的意义

硝化细菌简介硝化细菌(如,Ntrifying baeteria),是1889年维诺格拉得斯基第一次分离出来的化能自养菌,是一类具有硝化作用,能将土壤中的氨或胺盐转化成亚硝酸盐及硝酸盐的细菌。 1.硝化细菌的种类硝化细菌包括亚硝酸细菌和硝酸细菌两个生理类群,属独立的硝化杆菌科(Nitrobacteraceae)。 (1)把氨氧化成亚硝酸的细菌是亚硝酸细菌,分两类六个属:一类是有菌胶团的两个属,即亚硝化囊菌属(Nitrosocyotis)和亚硝化     

种植菠菜和生菜对土壤可培养细菌多样性的影响

为了研究种植生菜和菠菜对土壤可培养细菌多样性的影响,了解这两种蔬菜种植对土壤可培养细菌的改变情况,利用R2A培养基,分离细菌菌株,基于16S rRNA基因比对的系统发育分析对菌株进行初步鉴定。种植生菜的土样分离到109株细菌,这109株细菌主要分属4个门,19科,23属。种植菠菜的土壤样品共分离得到126株细菌,主要分属3个门,16科,21属。门水平上,种植生菜的土壤中优势菌为厚壁菌门(Firmicutes,39.4%),放线菌门(Actinobacteria,33.9%)和变形菌门(Proteobacteria,24.8%);种植菠菜的土壤样本中优势菌为放线菌门(64.3%),厚壁菌门(27%)和变形菌门(8.7%)。在属水平上,两类土样分离得到的菌株类别和数量的差异更大。     

大莲湖池杉林湿地土壤可培养细菌的分离与鉴定

采用牛肉膏蛋白胨培养基培养,从大莲湖池杉林土壤中共分离得到20个菌落形态不同的菌株。通过对这些菌株的形态、培养特征、生理生化特征的研究以及16S rDNA序列分析,初步确定这些菌株分别属于假单胞菌属(Pseudomonas)、芽胞杆菌属(Bacillus)、红球菌属(Rhodococcus)、北里孢菌属(Kitasatosporia)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacte-rium)和丛毛单胞菌属(Comamonas)等9个属细菌。其中芽胞杆菌属和不动杆菌属细菌是优势菌,分离到的红球菌属、北里孢菌属、鞘氨醇杆菌属和丛毛单胞菌属细菌在国内湿地土壤中报道较少。     

海洋滩涂沉积物环境中几类主要细菌的动态分布

目的研究宁波市宁海县贝类养殖滩涂中异养细菌、反硝化细菌、氨化细菌和硫酸还原菌等几类细菌的动态分布及异养细菌的菌群组成。方法异养细菌的计数采用平板菌落计数法;反硝化细菌、氨化细菌和硫酸还原菌的计数采用MPN法;并参照Oliver提供的海洋细菌鉴定检索图、《海洋调查规范》和《一般细菌常用鉴定方法》提供的图式将分离到的细菌鉴定至属。结果滩涂沉积物环境中异养细菌的数量波动在8.00×103~7.60×104CFU/g(湿重),反硝化细菌的数量变动在5.00×102~5.00×104个/g(湿重),氨化细菌的数量变动在3.00×105~5.00×107个/g(湿重),硫酸还原菌的数量分布在9.00×104~9.00×106个/g(湿重),温度的变化对这几类细菌的数量分布没有直接的影响。所分离的细菌经过鉴定,可归于15个属与肠杆菌科的部分属,其中肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的部分属、梭状芽胞杆菌属(Clostridium)、芽胞杆菌属(Bacillus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、发光杆菌属(Photobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)等为优势菌属。沉积物中氨化细菌、反硝化细菌和硫酸还原菌的检出率均为100%,且含量很高。结论经过多年不间歇的养殖后,宁海贝类养殖滩涂已经不同程度地受到了污染,应尽快调整养殖容量并对养殖环境进行重新布局。     

温度胁迫对日本鳗草(Zostera japonica)叶际可培养细菌的影响

叶际微生物对海草的生理代谢和生态功能具有重要意义,目前全球温度升高对日本鳗草叶际微生物的影响还不明确。本研究在实验室条件下通过梯度升温(26、28、30和32℃)胁迫实验,利用培养分离、RFLP分型、测序和系统发育分析等手段,研究了温度升高对日本鳗草叶际可培养细菌的影响。随着温度的升高,叶际可培养细菌的数量先增加后降低,32℃数量最多。共分类获得363株菌株,分为24个OTU,均来自α和γ-变形菌纲,未发现所有温度梯度共有的OTU。海单胞菌(Marinomonas)为最优势的类群,其在28℃相对丰度最高,达到86.8%;假单胞菌(Pseudomonas)和Thalassospira属细菌随温度升高锐减;海杆菌属(Marinobacter)和弧菌(Vibrio)在30℃被富集;而32℃时,红螺菌科(Rhodobacteraceae)和玫瑰杆菌(Ruegeria)激增。26和32℃细菌的多样性和均匀度较高,28℃最低。     

饲养方式对藏猪结肠消化酶活性、菌群结构及短链脂肪酸含量的影响

【目的】为探究饲养方式对藏猪结肠消化酶活性、菌群结构和短链脂肪酸含量的影响。【方法】研究分别选取5头相同月龄的放养藏猪和舍饲藏猪。屠宰采集结肠粪便样品,分别利用酶联免疫吸附法(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)试剂盒、高通量测序技术和气相色谱仪测定放养藏猪和舍饲藏猪结肠消化酶活性、菌群结构和短链脂肪酸含量。【结果】同一月龄下,放养藏猪的日增重显著低于舍饲藏猪(P<0.05)。放养藏猪结肠中纤维素酶和半纤维素酶的活性均显著高于舍饲藏猪(P<0.05);2种饲养方式藏猪结肠的6种α多样性指数均无显著差异(P>0.05),且主成分分析(principal component analysis, PCA)得到放养藏猪和舍饲藏猪结肠菌群存在一定的相似性。在门和科分类水平上,相较于舍饲藏猪,放养藏猪结肠中疣微菌门、黄杆菌科、月形单胞菌科、浮霉状菌科和伊格尔兹氏菌科的相对丰度显著升高,而链球菌科、韦荣氏球菌科、假单胞菌科、红环菌科、红螺菌科、乳杆菌科、理研菌科和巴斯德氏菌科的相对丰度显著降低(P<0.05);在属和种分类水平上,...     

康氏菌科海洋细菌的系统发育与代谢潜能研究进展

康氏菌科(Kangillaceae)是海洋螺杆菌目(Oceanosprillales)下的科级分类单元,包含康氏菌属(Kangiella)、异康氏菌属(Aliikangiella)和Pleionea三个属。在康氏菌属高度精简的基因组中存在异常丰富的胞外蛋白酶编码基因,暗示此类海洋细菌对海洋颗粒有机物中的蛋白质成分降解具有重要贡献。鉴于已分离鉴定的康氏菌属模式菌株专一性利用蛋白类营养物质,我们建议将该属译为"食朊菌属"。本文将结合本实验室的研究进展,对康氏菌科细菌的分离培养过程、系统发育关系、代谢特点和潜在生态功能进行综述,为研究此类海洋细菌的生理生态功能提供思路。