人α-卫星DNA特异性片段的体外扩增

本研究依据α-卫星DNA序列,经计算机辅助PCR引物分析和设计软件处理,10对引物,从中优选出5对,进行引物内聚体、二聚体分析,选出最优引物1对,用DNA合成仪合成:引物Ⅰ:5′-ATTAGCCAACTGTTTCC-CTGC-3′,合成浓度2.145/μg/μl;引物Ⅱ:5′-GTCTTGCTTCTTTCAAAGCGC-3′,合成浓度3.135μg/μl;设计扩增长度157 bp。PCR反     

土壤微生物RAPD分析体系的优化研究

采用正交实验设计,对影响土壤微生物RAPD扩增体系的Mg2+、dNTP浓度及引物浓度进行了研究,同时对退火温度、延伸时间及循环次数进行摸索。结果表明,适宜土壤微生物PCR扩增反应在25μl体积中进行,包括7ng土壤微生物DNA样品、20pm随机引物l、.5uTaq酶、3.0mmol.L-1Mg-CL2和0.2mmol.L-1dNTP。PCR扩增反应进程如下:94℃3min,使土壤DNA变性;然后再进行39个循环,每个循环包括94℃1min,37℃40s,72℃90s,结束后72℃延伸7min。     

Newleaf-YTM转基因马铃薯PCR检测鉴定方法的建立

建立了商业化种植的NewLeaf-Y^tm转基因马铃薯的筛选检测和鉴定的PCR方法。该方法根据马铃薯自身patatin基因作为内源特异参照基因扩增216bp片段,检查模板DNA提取的质量,避免了假阴性结果,同时扩增FMV35启动子基因225bp片段和PVY-CP基因161bp片段,PCR反应循环参数是94℃2min;94℃40s,55℃60s,72℃60s,35次循环;之后72℃延伸5 min。本实验中的F-PRIMER(pvy01-5)/r-primer(PVY01-3)引物是针对商业化种植的NewLeaf-y^tm转基因马铃薯PV-CP抗病毒基因而设计的,具有很强的特异性,可以达到对NewLeaf-Y^tm转基因马铃薯鉴定的目的。     

濒危药用植物厚朴ISSR引物筛选及反应条件的优化

以厚朴DNA为模板,利用正交试验分别对影响厚朴ISSR-PCR反应的Taq酶浓度、dNTP浓度、引物浓度、Mg~(2+)浓度、模板DNA浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定不同引物的最佳退火温度和循环次数,最终确定厚朴最佳反应体系及扩增条件为:25μl 体系,其中包括1.5 mmol·L~(-1) MgCl_2,0.3 μmol·L~(-1)引物,0.04 U·μl~(-1)Taq 酶,0.2 mmol·L~(-1) dNTP,4 ng·μl~(-1)模板DNA,1 × Buffer;扩增程序:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,50℃～60℃(退火温度随引物不同而定)退火45 s,72℃延伸90 s,共40个循环,然后72℃延伸8 min,4℃终止反应.此外,还利用优化的反应体系成功筛选出21条ISSR引物,并利用部分引物对厚朴个体进行了遗传多样性分析.     

高质量人体粪便细菌16S rDNA V3区扩增方法

[目的]为获得应用于二代测序的高质量16S r DNA V3区PCR产物。[方法]以从人体粪便中提取微生物总DNA为模板,通过梯度PCR和touchdown PCR技术确定了循环条件,并通过调整反应体系中的相关浓度参数以使扩增结果得到优化。[结果]最终确定的循环条件为预变性95℃3 min,变性95℃30 s,退火69℃~62℃每个循环退火温度降0.5℃,退火时间30 s,延伸72℃60 s,共15个循环;变性95℃30 s,退火62℃30 s,延伸72℃60 s,共15个循环,最后72℃延伸5 min。反应体系为:在50μL体系中DNA模板量10~25 ng,pfu酶0.25~0.5 U,正反向引物均为0.06~0.1μmol/L,d NTPs浓度0.2~0.4 mmol/L,Mg2+浓度2~2.5 mmol/L。[结论]梯度PCR与touchdown PCR相结合可快速确定最佳的退火温度以及循环条件,通过调整反应体系中浓度参数可以解决扩增中一些问题。     

草鱼TRAP-PCR反应体系的建立

目的:通过优化草鱼TRAP-PCR反应体系,将新型分子标记-靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)引用到草鱼遗传多样性研究中。方法:以草鱼DNA为材料,分析了模板DNA、Mg2 、dNTPs、引物浓度,以及循环参数、退火温度对TRAP-PCR扩增结果的影响。结果:确立了稳定性强、重复性好的草鱼TRAP-PCR最佳反应体系和扩增参数:在25μl的PCR反应体系中,含约50ng模板DNA,1UTaq酶,1×PCR缓冲液,2.0mmol/L MgCl2,4种dNTPs各0.2mmol/L,固定引物与随机引物各15pmol;首先使模板在94℃变性3min;然后94℃变性1min,38℃退火1min,72℃延伸lmin进行5个循环;接着94℃变性45s,55℃退火45s,72℃延伸lmin再进行35个循环,最后72℃延伸7min。结论:TRAP-PCR反应体系稳定可靠,该新型分子标记可应用于草鱼遗传多样性研究中。     

正交设计优化绿竹ISSR-PCR体系和引物筛选

旨在建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序,并筛选适于绿竹ISSR-PCR分析的高多态性引物。以绿竹基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用正交试验方法,对d NTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA用量设计5因素4水平试验,采用极差分析法和方差分析法对试验结果进行分析。并对退火温度和循环次数进行筛选,建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序。并利用优化后的体系对100条ISSR引物进行筛选。最终确定的最佳反应体系为:20μL的扩增体系中,d NTPs浓度为0.2 mmol/L,Mg~(2+)浓度为2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶浓度为1.5 U,引物浓度为0.4μmol/L,DNA浓度为60 ng,10×PCR Buffer体积为2μL、剩下用灭菌ddH_2O补全。各因素影响大小依次是:Mg~(2+)d NTPs模板DNATaq DNA聚合酶引物。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,(根据引物的退火温度)复性30 s,72℃延伸90 s,循环38次,72℃延伸10 min,4℃保存。以此体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出14条扩增条带清晰、多态性较高、重复性好的引物。     

小桐子ISSR-PCR体系的优化

采用正交试验设计方法.建立了小桐子ISSR-PCR反应体系和扩增程序.结果表明,在20μl反应体系中含有1×PCR缓冲液、200μmol/L dNTP、0.5μmol/L引物、2.0mmol/L MgCl2、0.5U Tag DNA聚合酶和90ng模板DNA最适用于小桐子ISSR-PCK扩增.适宜的扩增程序为94℃ 7min;94℃ 1min,44℃～56℃(退火温度随引物不同而定)45s,72℃ 1min,35个循环;72℃7min;4℃保存.     

正交设计优化玉米SSR-PCR反应体系的研究

为建立适宜玉米SSR-PCR的反应体系和扩增程序,利用正交设计L16(45)表,对反应体系的模板DNA、dNTPs、Primers、Taq DNA聚合酶的浓度进行4因素4水平优化筛选和扩增程序的优化,确立了最优反应体系和扩增程序.即在10 μL体系中,模板DNA 20 ng,1×PCR buffer,dNTPs 62.5 pmol/μL,Primers0.25 pmol/μL,Taq DNA polymerase 0.5 U.反应程序为:94℃预变性5 min:94℃变性45 s,60℃退火45 s,72℃延伸1 min,32个循环;72℃延伸5 min,4℃保存.使用300对SSR引物对重组近交系的两亲本扩增,筛选出条带清晰,有差异的引物94对,用于基因连锁图谱构建和QTL定位.     

均匀设计优化建兰ISSR-PCR体系

采用均匀设计,对影响建兰ISSR-PCR体系的引物、Mg^2＋、dNTP和Taq DNA聚合酶浓度等进行4因素5水平和4因素3水平两轮优化,建立了适合于建兰ISSR-PCR的反应体系：在20μL反应体系中,舍引物0．25μmol／L、Mg^2＋ 2．5mmol／L,dNTP0．2mmol／L、Taq DNA聚合酶1.5U和模板DNA40ng．在此基础上对扩增程序中的循环次数和退火温度,以及ISSR引物进行筛选．筛选获得的扩增程序为：94℃预变性5min;接着进行32个循环：94℃变性35S,52～56℃退火45S,72℃延伸90s;循环结束后,72℃延伸10min．同时筛选得到14个扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物．     

正交试验优化八角ISSR-PCR反应体系

利用正交试验设计研究Taq DNA聚合酶、DNA模板、引物(UBC 886)、dNTP、Mg2+浓度5个因素对云南八角ISSR-PCR反应的影响,建立其最佳反应体系。结果表明:25μL的反应体系中5个因子的最佳水平为:Mg2+3 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、DNA模板0.016 ng、引物0.8μmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L。PCR最佳反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,46℃退火45 s,72℃延伸1 min,40次循环;72℃最后延伸7 min,4℃保存。     

增强UV-B辐射对小麦幼苗基因组DNA的影响及RAPD分析体系的建立

采用改进的CTAB法提取小麦总基因组DNA,并以之为模板对RAPD反应体系中的一些重要参数进行梯度试验,建立了一套适合本研究的最佳反应体系。即25μL反应体系:模板DNA 20 ng、引物浓度0.5μmol/L、dNTPs浓度200μmol/L、Taq酶0.750 U。反应程序:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,38℃退火30 s,72℃延伸30 s,30个循环,72℃延伸10min,4℃保存。此外,利用扩增结果稳定的引物对正常光照组及增强UV-B辐射处理组的小麦DNA进行RAPD分析。结果表明,增强UV-B辐射处理组的DNA,经引物S22、S40扩增后分别出现了分子量为2 144 bp和2 082 bp的差异条带,这能否从一定程度上揭示UV-B对植物造成损伤的分子生物学机制,还有待进一步的研究。     

杨梅RAPD-PCR体系的正交优化研究

以杨梅DNA为模板,对影响杨梅RAPD-PCR扩增的重要参数进行了优化试验,以期建立杨梅RAPD反应的最佳体系。通过采用正交试验设计的方法,对杨梅RAPD-PCR条件进行了优化,结果表明最佳的杨梅RAPD-PCR的反应体系(20μl)中含有1×buffer,1.0U TaqDNA聚合酶,3.0mmol/L MgCl2,0.30mmol/L dNTPs,1.5μmol/L引物和模板DNA 30-40ng。适宜的扩增条件为94℃预变性3min,再进入38个PCR循环(94℃变性30s,38℃退火30s,72℃延伸90s),72℃延伸7min,4℃保存。     

黑籽南瓜ISSR-PCR反应体系的正交设计优化

以云南个旧黑籽南瓜叶片基因组DNA为模板,固定反应程序,采用L_(16)(4~5)正交试验设计的方法,对影响ISSR-PCR反应的五因素(dNTPs,Mg~(2+),引物,Taq DNA聚合酶,模板DNA)在四个水平上进行优化试验。研究建立起了适于云南黑籽南瓜ISSR-PCR的最佳反应体系:25μl反应体系中含10×buffer 2.5μl、0.15mmol/L dNTPs、2.5mmol/L Mg2+、0.40μmol/L引物、1.5U Taq DNA聚合酶、DNA模板15ng。扩增程序为:95℃预变性5min,94℃变性45s,52℃退火45s,72℃延伸90s,进行35个循环,最后72℃延伸7min。该优化体系的建立为今后用ISSR标记技术进行黑籽南瓜种质资源的分类鉴定和遗传多样性研究奠定了基础。     

特异性单引物PCR

建立特异性单引物PCR,并用于筛选基因克隆重组子。根据α－globin的一段序列设计引物,按照设计好的特性单引物PCR扩增条有α－globin的重组质粒PLNSX－aglobin,具体扩增条件如下：（1）97℃5min变性后,94℃30s,70℃2min30s,30个循环,制备单链模板;（2）94℃1min,12℃5min,16℃3min,18℃3min,20℃3min,22℃3min,25℃1min,30℃3min,37℃3min,72℃6min,低温条件下引物3′端4－5个碱基与所扩单链模板退火配对,扩增得到一系列不同起始位点但同一序列末端长短一的核酸片段;（3）以上述所得片段为模版进行如下条件的扩增：94℃30min,70℃2min,70℃2min,72℃2min,每个循环增加1s）,45个循环。结果,特异性单引物PCR能够从pLNSX－αglobin上扩增出特异带,可有效用于筛选基因克隆重组子。     

鲤TRAP分子标记反应体系的建立与优化

针对鲤(Cyprinus carpio)这一主要水产养殖品种设计了靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)分子标记的反应体系,对影响TRAP反应体系的各参数,包括Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、模板DNA和引物浓度进行了优化,建立了适合鲤的、稳定、可重复的TRAP-PCR反应体系。在15μlPCR反应体系中,Mg2+浓度为1.5mmol/L、dNTPs浓度为0.35mmol/L、两个随机引物浓度均为3pmol/L、固定引物浓度为10pmol/L、含DNA模板60ng、TaqDNA聚合酶1.0U。鲤的TRAP反应程序为:94℃4min,1个循环;94℃45s,35℃45s,72℃1min,5个循环;94℃45s,53℃45s,72℃1min,35个循环;72℃10min,1个循环。这一优化体系的建立为今后进行鲤群体遗传多样性、种质鉴定、遗传连锁图谱及亲缘关系分析等方面的研究提供了新的分子标记。     

竹黄菌基因组RAPD分子标记体系的建立

目的：建立随机引物扩增多态性DNA（RAPD）分子标记体系,为研究华东地区不同地理居群竹黄菌Shiraia bambusicola的遗传多样性奠定基础。方法：应用SDS法提取竹黄菌基因组DNA,并优化影响RAPD反应的条件因素。结果：竹黄RAPD的最佳反应体系为：25μlPCR反应体积,10×PCR缓冲液2.5μl,1.0UTaq酶,50ng模板DNA,2mmol/LMg2＋,0.2mmol/LdNTPs,0.4μmol/L随机引物。PCR循环程序为：94℃预变性4min,然后,94℃变性1min,38℃退火70s,72℃延伸90s,40次循环,最后72℃延伸6min,12℃保存。结论：建立了竹黄菌Shiraia bambusicola的最佳RAPD分子标记体系,可获得良好的竹黄菌RAPD指纹图谱。     

鸡随机扩增多态性DNA最优化体系探讨

以鸡基因组DNA为模板,对RAPD反应程序中一些重要参数进行摸索和优化实验,建立了随机扩增多态性DNA分析反应体系。即反应体积为25μl,Mg^2 浓度为3．0mM,dNTP浓度为0．1mM,模板DNA最为100mg,随机引物浓度为0．3μmol,Tap酶2．0单位;反应循环过程为92℃变性30s,36℃复性40s,72℃延伸1min,共40个循环。该体系可有效地应用于鸡遗传育种研究中,重复性好。     

改良法克隆淋球菌特征核酸片段

目的：采用改良法克隆淋球菌特征核酸片段300bp到pBS.sk中,作为淋球菌检测试剂盒的阳性标本来源。方法：采用PCR扩增淋球菌特征核酸片段300bp,扩增条件：94℃30s,55℃1min,72℃1min,35个循环,另外用SmalI酶切,pBS,sk,与PCR产物采用改良法平端连接：连接温度14℃,72h,连接反应体积15μl,加10u SamlⅠ防止pBS.sk自连,连接完成后取5μl连接液转化200μlCaCl2制备的感受态受体菌JM109,用碱法提取重组子质粒,电泳比较质粒大小,PCR初筛,最后双酶切鉴定。结果：经过电泳比较质粒大小,PCR初筛,最后双酶切鉴定。结果：经过电泳比较质粒大小,PCR初筛,最后双酶切鉴定,得到5个克隆重组子。     

莴苣属蔬菜资源SRAP标记PCR体系的构建与优化

以莴苣为材料研究了影响SRAP标记PCR结果的因素,包括Mg^2＋、dNTP、引物、Taq酶的浓度以及退火温度等,建立了适用于莴苣属蔬菜SRAP分析的PCR反应体系：在20μl反应体系中,模板DNA为50ng,Mg^2＋浓度为2．0mmol／L,dNTP浓度为0．2mmol／L,引物浓度为0．75μmol／L,Taq酶用量为1U。适宜的扩增程序为94℃5min;94℃1min,35℃1min,72℃1min,5个循环;94℃1min,51℃lmin,72℃1min,30个循环;72℃7min。对体系的验证结果表明本研究建立的莴苣SRAP体系重复性好、分辨率高、多态性丰富,在莴苣属蔬菜种盾资源评价、分子标记辅助选择言种等骞方面躲有专耍作用。