实验6 核酸的印迹法杂交

一、印迹法转移核酸 1.瑟慎印迹转移(Southern Blot) (1)按实验要求用某一限制性内切酶消化DNA样品。一般情况下,每微克DNA用3—10单位酶(质粒,噬菌体DNA等每微克3个单位酶,哺乳类DNA每微克8—10单位),37℃下保温5小时或过夜即可完全消化。     

实验12 cDNA文库的简易构建法

一、合成cDNA单链 1.按照实验3的操作程序,从哺乳类细胞中抽提poly(A)~+mRNA。 2.建立合成cDNA单链的反应系统:50mM Tris·HCI pH8.3(42℃时测定pH值);10mM MgCl_2;10mM DTT;4mM焦磷酸钠;1.25mM dGTP;1.25mM dATP;1.25mM TTP;0.5mM dCTP;15—20μCi α-~32P-dCTP(3000 Ci/mmol);100微克/毫升oligo(dT_12-18);150微克/毫升 Poly(A)~+mRNA;3000单位/毫升反转录酶,用水调节至最终体积为20或40微升。43℃保温30分钟。     

一种简单实用的适于大、小质粒的DNA提取方法

以Birabolm和Doly的质粒提取方法为基础,用醋酸铵取代醋酸钠,沉淀染色体DNA和RNA,用异丙醇取代乙醇沉淀质粒DNA,降低了质粒DNA标本中蛋白质和RNA的含量,减少了标本体积。并发现在质粒DNA标本中加入冷异丙醇或冷乙醇后,在-70℃、-20℃、-10℃、4℃和室温下作用,对质粒DNA的回收量无明显影响,在质粒DNA标本中加入冷异丙醇后,在4℃作用0、10、20和30分钟,对质粒DNA的回收量无明显影响。用该方法提取的质粒DNA可直接用于限制性内切酶消化。用该方法提取大肠埃希氏菌     

DNA重组技术(Ⅰ) 小量快速提取质粒DNA方法

质粒DNA的提取是最基础的DNA重组技术。国内外已经发展了许多方法用于批量提取质粒DNA。这些方法都可以获得满意的效果。这里介绍两种小量快速提取质粒DNA的方法,可用于重组子筛选及酶切分析。 (一)碱裂解法 1.将过夜培养的菌液1.5ml转移到小离心管内,15.000r/min离心30sec,弃去上清,将离心管倒置尽量除去培养液。 2.将沉淀的菌体再悬于100ml冰冷的溶液A中(50mM葡萄糖,25mM Tris pH8.0,10mM EDTA),不必要加入溶菌酶。 3.向A液中加入新配制的溶液B200μl(0.2N NaOH,1％SDS),迅速倒置几次,混合两溶液,放在冰浴上3—5分钟。 4.再加入150μl溶液C(5M醋酸钠60ml,冰醋酸11.5ml,蒸馏水28.5ml)混均后冰浴3～5分钟。     

实验8 质粒DNA的提取

一、氯化铯超速离心提取法 1.在LB培养基(10克蛋白胨,5克酵母膏,10克氯化钠,15克琼脂粉,溶解于水后,用1N NaOH调节pH至中性,加水至1,000毫升,高压蒸汽灭菌)上划线接种含有待抽提的质粒的细菌。37℃培养过夜。如果质粒上带有抗性基因,则在培养基内加入相应的抗菌素,例如20微克氨苄青霉素/毫升,12.5—15微克四环素/毫升。 2.挑出单菌落接种在10毫升LB培养液(除不加琼脂粉外,成份与LB培养液相同)中,37℃培养过夜。     

可转化人工染色体(TAC)文库载体DNA的制备

对可转化人工染色体(TAC)pYLTAC747NH/sacB文库载体DNA的制备条件进行了较系统的模索和研究.结果表明,该文库载体经碱裂解法提取、QIAGEN Plasmid Mini kit纯化后,可获得较纯净的载体DNA.对其闭环载体DNA分别用不同酶量的Hinid Ⅲ酶切处理,经琼脂糖凝胶电泳检测得出其最佳Hind Ⅲ完全酶切条件为2 U Hind Ⅲ/μg闭环载体DNA、37℃酶切30 min;分别用0.5 MBU和1 MBU HK脱磷酶/μg对其线性载体DNA进行脱磷处理,经电泳和载体自连产物电转化检测表明其适宜的完全脱磷条件为1 MBU HK脱磷酶/μg线性载体DNA,30℃脱磷1 h;将所制备的线性载体DNA与λ DNA/Hind Ⅲ酶切片段进行连接,连接产物转化频率较高,其电转化大肠杆菌DH10B感受态细胞频率可达到9.6×10s.     

热带假丝酵母79线粒体DNA的研究

本文报道了热带假丝酵母线粒体DNA的分离纯化、性质和酶切图。此线粒体DNA用电镜观察有线状、开环状和闭环状三种形状;在氯化铯中浮力密度为1.691g/cm~3;解链温度为80.0℃。限制性内切酶EcoRⅠ、BamHⅠ和PstⅠ在此线粒体DNA上分别有6、5和3个切点。根据酶切片段计算分子量为22.97×10~6道尔顿。同时,用双酶切方法得到此线粒体DNA的内切酶图谱。     

水稻叶绿体基因文库的构建和精细限制图谱的制作

水稻幼叶在加有高浓度抗坏血酸的缓冲液中匀浆,以获得完整的叶绿体,从中分离到ctDNA得率高达100μg/100g叶,纯度足以用于限制性核酸内切酶分析。ctDNA经Mbo I部分酶解得到的片段克隆到载体pcos 2 EMBL的Bam HI位点,重组DNA经体外包装后感染宿主菌,筛选表型Tc~5Km~R的重组子,通过计数克隆有效率达5×10~4重组菌落/1微克插入DNA。用λ-末端酶对重组环状双链DNA在cos位点切成线性分子,产生两个(ON-L及ON-R)可供标记和杂交的末端,线性Cosmid DNA经限制酶部分消化,凝胶电泳分离,干燥凝胶放射自显影,得到了6种限制性核酸内切酶的限制图谱。水稻ctDNA全长为129.5kb,在ctDNA上Pvu Ⅱ、Sal Ⅰ、Pst Ⅰ、Hind Ⅲ、Eco RI及Bam HI的切点分别为11、12、17、37、67和44个,1R A和B为21.7kb,LSC为73.7kb,SSC为12.4kb。     

棉铃虫核多角体病毒DNA的限制性内切酶酶解图谱和电镜观察

棉铃虫核多角体病毒(NPV)加入0.01 Mna₂CO₃—0.05 MNaCl溶解后,用水饱和苯酚-SDS提取NPV DNA。电镜观察证明NPV DNA为非均一性环状结构分子。测量了28个分子的长度,其中15个分子长度为27±5μm,相当分子量为(73±13)×10⁶道尔顿,其余的是较大和较小的分子。限制性内切酶XbaⅠ,XhoⅠ BamHⅠ,EcoRⅠ,BgⅠ Ⅱ分别把NPV DNA酶解为20,9,10,18和11个限制性片段。由片段总和法计算得平均分子量是73.3×10⁶道尔顿。     

MAPPING重组噬菌体中插入片段的“分/合”策略

随着胚胎干细胞基因打靶技术不断推广应用,如何有效地从小鼠基因组DNA文库中筛选得到基因组DNA并进行结构分析(如限制性内切酶酶切图谱分析,即mapping等)已成为一个被普遍关心的问题.设计应用了“分/合”的策略,即先对重组噬菌体插入片段制备一套亚克隆,在对亚克隆进行详细的mapping的基础上,再对完整的大分子噬菌体DNA进行酶切分析,将两者相结合,可以分析得到完整的酶切图谱.应用此策略,简便准确地对所克隆的含有小鼠凝血因子IX基因组DNA的大分子插入片段进行了限制性内切酶酶切图谱分析,结果得到了DNA印迹等的验证.     

鲤鱼、鲫鱼肌细胞线粒体DNA的限制性内切酶酶切图谱比较

鲤鱼肌细胞线粒体DNA经限制性内切酶Bam HI和Eco RI酶切后,皆被切成3个片段;鲫鱼肌细胞线粒体DNA经上述两种限制性内切酶酶切后,皆被切成2个片段。通过琼脂糖凝胶电泳对这些片段进行测定,并分别画出它们的酶切图谱。鲤鱼肌细胞线粒体DNA的分子量约为10.50×10~6道尔顿,有16.99千碱基对;鲫鱼肌细胞线粒体DNA的分子量约为9.40×10~6道尔顿,有15.21千碱基对。     

分子生物学技术讲座（二）——分子克隆中所用的酶

限制性内切酶及其它DNA与RNA修饰酶是分子克隆技术的基本工具。1限制性内切醉和DNA甲基化酶限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性内切酶识别序列的特定的DNA序列或附近的序列,并在此切割DNA双链。它可以分成3类：Ⅰ类和Ⅲ类在同一蛋白分子中兼有修饰（甲基化）作用及依赖于ATP的限制（切割）活性。Ⅰ类酶结合于识别序列,但随机切割DNA;Ⅲ类酶能在识别序列位点切割DNA。在分子克隆中1类和皿类酶都不常用。D类限制一修饰系统限制性内切醇和修饰（甲基化）酶不在同一蛋白分子中,限制性内切酶能专一地切割识别序列,并不依…     

中国昆明(KM)小鼠线粒体DNA限制性内切酶图谱的研究

线粒体DNA的限制性内切酶图谱在不同的种系及亚种间存在多态性。我们分别用五种限制性内切酶BamHⅠ、EcoRⅡ、HidⅢ、PstⅠ、MspⅠ对60只中国KM小鼠(雌雄各半)的线粒体DNA进行了酶切电泳分析,结果未发现多态性,且这五种限制性内切酶图谱均与BALB/c小鼠相同。这表明中国KM小鼠与绝大多数实验小鼠一样,均起源于欧州的野鼠M.m.domesticu。未见到KM小鼠经其它亚种野鼠母系遗传污染的迹象。     

意大利蝗痘病毒一些特性研究

电镜观察意大利蝗痘病毒的包涵体大多数为椭圆形,少数为近圆形,大小相差极为悬殊。病毒粒子呈卵圆形,表面桑椹状。病毒粒子髓核呈圆筒状,其纵切面内绳索结构折叠2—3次,横切面可以看到2—3个圆点,侧体也圆筒状,均匀包围在核衣壳外面。DNA经限制性内切酶LoR I酶切产生16个DNA片段,据此求得DNA分子量为135.7×106D。 意大利蝗痘病毒包涵体的裂解释放病毒速度快,在相同条件下比亚洲小车蝗痘病毒包涵体裂解释放病毒粒子快。当温度恒定(37℃),在一定的pH值内(pH 9.0—11.5),随pH值的升高包涵体裂解释放病毒粒子速度加快。当pH值恒定(11.2),在一定的温度范围内(25～40℃),随温度的升高包涵体的裂解释放病毒粒子速度加快。     

林氏果蝇线粒体DNA分析

本文对Tamura(1988)提纯mtDNA的方法进行改进,建立了林氏果蝇Drosophila lini 线粒体DNA大量制备的方法;对采自原产地台湾省的单雌晶系TAW3146.1的线粒体DNA用10种限制性内切酶进行了酶切,得出了林氏果蝇mtDNA的分子量大小为16.3kb;用双酶切法制作了林氏果蝇线粒体DNA酶切图谱,并与属于同一复合种组的D.Kikkawai的酶切图谱进行比较。所用的内切酶有XbaI、AvaI、EcoRV、ScaI、SacI、EcoR I、HindIII、PvuⅡ、BamHI、PstⅡ。     

光敏生物素标记法制备HPV DNA探针

本文将PBR322与HPV重组质粒DNA转化大肠杆菌HB101株,经氨苄青霉素—四环素平板筛选转化成功的菌落,将其扩增、提取质粒DNA,纯化后用限制性内切酶酶切,琼脂糖凝胶电泳区分不同大小的限制性内切片段,并用电洗脱法回收7.9Kb的HPV DNA片段。在高能卤素灯光照下标记光敏生物素制备HPV DNA探针,并检测其特异性和敏感性。结果表明:此探针具有较高敏感性,可达2.5pg;并且具有较强的特异性。     

介绍几种DNA的限制性内切酶图谱分析方法

限制性内切酶图谱(restriction map),又称物理图谱(physical map),是将各种限制性内切酶的切点在DNA上定位,绘制成的图谱(以下简称酶谱)。1968年Meselsen等人首先发现了限制性内切酶,至今已从四百多种菌株中分离了限制酶。1973年,Danna等绘制了SV40的简单图谱。此后各种DNA的酶谱不     

过热处理对人类食管癌细胞及中国仓鼠细胞DNA修补能力的抑制作用

人类食管癌细胞Eca—109在受8,000radγ射线照射前,或照射后,用44℃处理30分钟,会全部抑制掉随后在37℃保温1.5小时内的DNA断链重接修补。照前42℃处理也能起部份的抑制作用,照后42℃处理的抑制程度与照前处理的相同,但似乎在42℃处理的时间内已完成了不受抑部份的修补。中国仓鼠细胞CHO-K_1在紫外线照前受到44℃处理30分钟,同样会全部地抑制掉照后37℃保温3小时内的DNA切除修补;照前用42℃处理,也有部份抑制作用。     

细胞DNA低甲基化是否为化学致癌启动过程的必经途径?

利用限制性内切酶分析技术研究化学致癌物对人羊膜FL细胞新合成DNA甲基化水平的影响,发现弱遗传毒性致癌物5-杂氮胞苷和L-乙硫氨酸可抑制HpaⅡ识别位点的甲基化,但是强诱变剂/致癌剂MNNG和黄曲霉素B_1对同一顺序DNA的甲基化却没有作用。所以抑制哺乳类DNA的胞嘧啶甲基化是部分而非全部致癌剂的特殊致癌启动机制。     

单纯疱疹病毒2型特异性DNA片段的克隆和鉴定

用核酸限制性内切酶BamHI对单纯疱疹病毒2型(HSV—2)的DNA进行酶解,回收位于基因组中的反向重复序列区的Bam HIG片段,然后将其克隆在载体质粒PUC 8的Bam HI切点上,进一步用核酸限制性内切酶Eco RI和KPNI对这一重组质粒联合酶解,移去EcoRI—KPNI小片段,经末端修饰后,将其连接得到新的重组质粒pRC102,它含有一小段HSV—2的DNA序列。以此质粒为探针,分别与HSV—1、HSV—2及细胞DNA进行斑点杂交;与HSV—1和HSV—2酶解后的DNA片段进行Southern转印系交。两组实验结果显示,pRC102质粒DNA只与HSV—2 DNA特异性杂交,其HSV—2的型特异性良好。