Genomic Bacterial Artificial Chromosome Library of the Japanese Flounder Paralichthys olivaceus

We have constructed a genomic bacterial artificial chromosome (BAC) library from homozygous cloned Japanese flounder Paralichthys olivaceus using the pBAC-lac vector. This BAC library consists of about 49,100 clones and is deposited in 128 microtiter plates with 384 wells. The average size of inserted DNA was calculated to be 165 kb. The BAC library was determined to cover 9 times the Japanese flounder haploid genome. The Japanese flounder genomic BAC library will be useful for gene isolation as well as quantitative trait loci (QTL) analysis. Received March 1, 2000; accepted May 29, 2000.     

人乳头瘤病毒6型L1基因的克隆及蛋白表达

目的：在大肠杆菌中表达经密码子优化的人乳头瘤病毒6型（HPV6）L1的融合蛋白。方法：PCR方法扩增HPV6 L1,基因,测序及序列比对后,对基因进行密码子优化并合成优化后的基因HPV6mLI,将其克隆入原核表达载体pGEX4T-1,IPTG诱导融合蛋白在大肠杆菌BL21（DE3）中表达,SDS-PAGE鉴定表达产物。结果：酶切和测序结果证实HPV6 mL1基因的原核表达载体构建正确;以1mmol／L IPTG于37℃诱导4h,蛋白以包涵体形式表达;表达产物的相对分子质量与预期值一致,为80000。结论：获得大肠杆菌表达的HPV6L1蛋白,为其结构功能研究和疫苗研发提供了基础。     

人类第五染色体5q13.3带区一新基因的分子克隆初报

人类第五染色体５ｑ１３．３带区是毛发样白血病、ｒｅｆａｃｔｏｒｙ白血病、骨髓增生不良综合征、卵巢癌、肺癌等恶性肿瘤的共同畸变区域,表明该区域可能存在一个或多个同恶性肿瘤发生有关的基因（癌基因或抑癌基因）．克隆这些有关基因并进一步鉴定,对于阐明恶性肿瘤的发病机理,进而应用于基因治疗具有重要的理论和实践意义．本文报道位于该区域的一个新基因的ｃＤＮＡ克隆及在人体不同组织表达的初步结果．     

苋菜IRT1基因克隆、序列及表达分析

通过对镉超积累苋菜品种天星米铁转运蛋白基因( IRT1)的克隆、序列及表达分析,旨在为植物修复镉污染土壤奠定基础.依据同源克隆原理,通过RACE技术克隆苋菜IRT1基因及生物信息学方法分析基因序列结构和功能,Northern杂交研究基因表达.苋菜IRT1基因cDNA全长1135 bp,包含完整的阅读框,编码322个氨基酸.苋菜IRT1蛋白与已知铁转运蛋白相似性在53.70％-63.04％,具有铁转运蛋白典型的功能结构特征,即N端含有1个信号肽、氨基酸序列上具有完整的ZIP家族功能结构域( Pfam:Zip)和7个跨膜结构域(TMs).苋菜IRT1蛋白还具有1个COG0428超级家族(转运二价金属离子功能)、2个蛋白激酶C磷酸化位点和2个酪蛋白Ⅱ磷酸化位点.低铁胁迫时苋菜根中IRT1基因表达量增加,加镉处理没有改变IRT1基因表达量.因此,推断苋菜IRT1基因是ZIP家族的一员,具有转运二价金属离子功能,将基因在GenBank中注册,序列号为:GU363501,命名为AmIRT1.     

睾丸生精细胞凋亡相关基因TSARG1与Mtsarg1的分子克隆及Mtsarg1基因的表达谱分析

从已获得的在隐睾和正常睾丸对照中表达量有明显差异的EST片段（GenBank登录号：BE644538）出发,利用生物信息学和实验技术,克隆了小鼠睾丸生精细胞凋亡相关新基因Mtsarg1及相应的人类新基因TSARG1,Gen-Bank登录号分别为AF399971和AY032925。小鼠Mtsargl与人类TSARGl基因在氨基酸水平有55％的一致性和61％相似性,与其他已知蛋白质无明显同源性。小鼠10种组织的RT-PCR分析结果表明,Mtsargl基因在睾丸中高表达,在附睾中呈微弱表达,在其他组织不表达,提示Mtsargl和TSARGl基因在生精细胞凋亡或精子发生中具有潜在的重要作用。     

养殖牙鲆淋巴囊肿病病原的研究

近几年我国海水养殖鱼发生病毒性传染病,病鱼鳍、鳃及体表皮肤出现乳头瘤样赘生物。将发病牙鲆（Ｐａｒａｌｉｃｈｔｈｙｓ ｏｌｉｖａｃｅｕｓ）表皮瘤组织进行超薄切片,电镜下在病变组织明显肥大的细胞胞浆内一球状病毒,呈二十面体对称,具包膜,直径约２１０ｎｍ。根据虹彩病毒主要衣壳蛋白（ｍａｊｏｒ ｃａｐｓｉｄ ｐｒｏｓｅｉｎ,ＭＣＰ）基因中间保守区序列设计简并引物,应用ＰＣＲ方法从病变组织中扩增出长６３６ｂ     

Cloning,Heterologous Expression,and Enzymatic Characterization of Cathepsin L from Starfish (Asterina pectinifera)

Methyl esters of 3-epi-GA₃ and 3-epi-GA₁ were efficiently prepared from methyl esters of GA₃ and GA₁ respectively, by highly selective epimerization of the 3-hydroxyl function with a base in a low-polar aprotic medium.     

一个新的人类睾丸特异基因的cDNA克隆和表达分析

运用“数据库消减杂交”(DigitalDifferentialDisplay)方法筛选人类睾丸特异表达新基因 ,获得了有差异显示的代表新基因的克隆重叠群 ,挑选其中一个克隆重叠群HS .12 9794进行多组织RT PCR ,初步证实该重叠群在人睾丸中有高表达。然后从包含该重叠群的IMAGE克隆出发 ,采用生物信息学的方法快速克隆了一个人类新基因的全长cDNA序列 ,其全长 2 4 30bp ,开放阅读框为 6 76～ 12 4 8bp ,定位于 3p2 1 1,编码由 190个氨基酸组成 ,分子量为 2 0 4 17 8Da ,等电点为 5 2 3的一个偏酸性蛋白质 ,该蛋白与已知蛋白质无明显同源性。克隆实验验证该基因阅读框完全正确 ,半定量RT PCR进一步显示该基因在人不同发育时期的睾丸及精子细胞中有表达 ,推测其可能与精子生成相关 ,暂命名为SRG5 (TestisSpermatogenesisRelatedGene 5 ,SRG5 ) (GenBank登录号 :AY2 2 1117)。SRG5基因的成功克隆表明 ,“数据库消减杂交”与实验验证相结合的技术路线是一种快捷高效的发现更多人类功能新基因的新策略。     

Isolation and characterization of new microsatellite markers from the Japanese flounder (Paralichthys olivaceus)

The isolation and characterization of eight polymorphic microsatellite loci from a Japanese flounder partial genomic library are reported. The eight markers isolated in this study were highly polymorphic and their positions on the linkage genome map of the Japanese flounder were determined. Therefore, they are useful for ecological studies of wild populations. These markers are more effective than other markers with no information of chromosomal locations.     

布鲁氏菌L7/L12蛋白的基因克隆与原核表达

本研究对羊布鲁氏菌L7/L12蛋白进行了表达和纯化。首先从布鲁氏菌M5基因组中克隆L7/L12目的基因片段,连接至pMD-19T载体,转化入E.coli DH5α感受态细胞,PCR鉴定及测序鉴定正确后对其进行双酶切,构建重组质粒pGEX-6P-1-L7/L12并利用E.coli BL21(DE3)进行诱导表达。羊布鲁氏菌L7/L12基因片段大小为375 bp。SDS-PAGE检测蛋白大小为13 kD,与预测值相符。Western blotting方法检测其免疫学特性。实验结果表明,成功构建了pGEX-6P-1-L7/L12原核表达载体,并在大肠杆菌中成功表达了L7/L12重组蛋白,Western blotting法检测其具有免疫反应。本实验为下一步研究蛋白功能及布鲁氏菌新型疫苗的研制提供了实验基础。     

Development of 52 new polymorphic microsatellite markers for the olive flounder, Paralichthys olivaceus

We characterized 52 new microsatellite markers isolated from (GT)(n) and (CT)(n) microsatellite-enriched genomic libraries of the olive flounder (Paralichthys olivaceus). All markers were polymorphic, with eight to 30 (mean 15.1) alleles detected in 30 individuals from a single natural population. Observed heterozygosity ranged from 0.20 to 1.0. Segregation analysis within a mapping family revealed non-amplifying null alleles at six loci. These results indicate that these new microsatellite markers will be useful for population genetic, parentage, and genome mapping studies.     

A set of polymorphic trinucleotide and tetranucleotide microsatellite markers for the Japanese flounder (Paralichthys olivaceus)

We have developed the first set of trinucleotide and tetranucleotide markers for the Japanese flounder, Paralichthys olivaceus. One hundred and sixty-seven polymorphic trinucleotide and tetranucleotide microsatellites were isolated using clones derived from two libraries. Of almost 200,000 clones analysed, 0.5% presented trinucleotide or tetranucleotide repeat regions. Among the trinucleotide repeats analysed in this study, the most frequent one was (CAG)(n) and the most common tetranucleotide repeat was (GATA)(n). The position of the new markers in the genetic linkage map was determined. Markers were evenly distributed along the P. olivaceus linkage groups, without distinction between the kinds of repeats and library of origin. The markers isolated in this study contribute significantly to the genetic linkage map of the Japanese flounder.     

人类锌指结构新基因ZNF18的克隆和表达谱分析

在很多转录因子中发现的锌指结构,被认为在人类心脏的发育和相关疾病的发生过程中发挥重要的作用。本文报道了克隆和表达分析人类新的锌指蛋白基因ZNF18。该基因cDNA长2 767 bp,编码一个有549个氨基酸的蛋白,这一蛋白含有一个SCAN结构域,一个KRAB结构域和5个连续的C2H2型锌指结构域。ZNF18蛋白与小鼠Zfp535有77％的同源性。ZNF18基因定位于人染色体17p12~p13,包含9个外显子和8个内含子。以ZNF18全长编码区为探针进行Northern杂交,结果显示ZNF18在成体小鼠各组织中广泛表达,但在心脏中低丰度表达。整体原位杂交结果显示,ZNF18基因在小鼠胚胎的表达有很高的动态性。ZNF18主要在E7.5小鼠胚胎的胚外组织表达,E8.5出现了胚胎躯干前端表达。ZNF18从E9.0开始在胚胎的心脏和尾部表达,尤其在E10.5胚胎的心脏高丰度表达。这提示ZNF18基因与心脏发育过程可能有密切的关系。     

人DDX36和小鼠Ddx36基因在成年睾丸组织中的表达研究

果蝇是结构基因组学和功能基因组学研究的最为理想的一种模式生物,采用同源克隆的策略,应用生物信息学分析和实验技术相结合的方法分别从人和小鼠中克隆了同源于果蝇MLE蛋白的新基因DDX36和Ddx36。为进一步研究DDX36和Ddx36基因与精子发生的关系,再应用Northrn blotting,RT-PCR和组织原位杂交技术探讨了DDX36和Ddx36基因的表达情况,结果发现人DDX36和小鼠Ddx36基因在成年睾丸组织中高表达。初步证明DDX36和Ddx36基因在精子发生中亦可能发挥重要作用。     

双链RNA病毒诱导的牙鲆胚胎细胞差减cDNA文库的构建

以紫外线灭活的dsRNA病毒草鱼出血病病毒(GCHV)诱导和模拟诱导的牙鲆胚胎细胞为材料,利用抑制性差减杂交(SSH)技术,成功构建了双链RNA病毒诱导的牙鲆胚胎细胞(FEC)差减cDNA文库.以管家基因α-tublin作为差减指标,经检测,该文库差减效率达2 10倍,表明经病毒诱导后某些差异表达基因也得到了相应倍数的富集.将获得的cDNA片段连接到pGEM-T载体,PCR检测显示差减片段在250bp～2 000bp之间.该差减cDNA文库的构建为从分子水平研究牙鲆培养细胞对dsRNA病毒的免疫反应、以及进一步鉴定和克隆差异表达基因打下了坚实基础.     

油菜RbohB基因的克隆及逆境响应表达分析

利用RACE技术从‘陇油6号’油菜中克隆得到一个新的RbohB基因,全长2 694 bp,开放阅读框2 541 bp,编码846个氨基酸。实时荧光定量PCR分析表明RbohB基因表达受低温、高盐、H₂O₂诱导,MAPKK抑制剂U0126预处理12 h再经低温、高盐、H₂O₂诱导,与单独处理结果相比,RbohB基因表达明显降低,表明该基因在油菜适应低温、高盐、H₂O₂胁迫过程中发挥作用,U0126对该基因的转录有抑制作用。NADPH氧化酶活性受H₂O₂处理的诱导,U0126预处理12 h再经H₂O₂处理,与单独H₂O₂处理结果相比,NADPH氧化酶活性明显降低,表明MAPKK抑制剂U0126对该酶活性有抑制作用。     

甘蓝型油菜水苏糖合成酶基因克隆及表达分析

以甘蓝型油菜品种‘德油5号’为试材,采用RT-PCR和RACE方法首次从油菜中获得水苏糖合成酶基因cDNA全长序列,命名为BnSTS,GenBank登录号为HQ285880.1。该cDNA全长3 210bp,包含一个长为2 619bp的开放阅读框,编码873个氨基酸。通过构建原核表达载体,成功表达出预期蛋白。同源性比对结果显示,该基因编码蛋白与拟南芥STS相似性最高为82.08%。荧光定量PCR结果显示,基因表达水平与油菜种子发育过程中水苏糖含量变化具有相关性,与种子脱水耐性的获得具有时间一致性。该基因可能在种子脱水耐性形成机制中具有一定的作用。     

Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in the olive flounder (Paralichthys olivaceus)

We described the isolation and characterization of 27 new microsatellite loci from olive flounder, Paralichthys olivaceus. All loci were found to be polymorphic, and had between five and 22 alleles with observed heterozygosity ranging from 0.161 to 1.0 in 31 individuals examined. These micorsatellite makers are likely to be useful for studies of genome mapping, mating systems and population genetics in this species.