用垂直凝胶脉冲电泳分离染色体DNA

脉冲电场凝胶电泳(PFGE)是近几年发展起来的一种分离高分子DNA片段(50—10000kb)的有效方法。包括正交场,六边形场,反向场和垂直胶脉冲电泳。本文改进了垂直胶脉冲电场(TAFE)的条件,使酵母DCo4染色体电泳核型从11条带提高到14条。利用TAFE鉴定了蛋白酶消化法和TLS法制备的人基因A,其分子长度主要分布在200—450kb。     

人基因组YAC分子克隆库的构建及DMD基因YAC克隆的筛选

以pYAC4为载体,以正常人白细胞和含4条X染色体的细胞株GM1414为DNA源构建成人基因组YAC(Yeast Artificial Chromosome,酵母人工染色体)分子克隆库,已得到原始克隆近2万个,插入DNA片段长度在400—1000kb,从其中选出一组YAC克隆,它们含有DMD基因全部DNA顺序。     

小鼠的克隆着丝粒(SFA)DNA的鉴定

着丝粒是真核染色体上的重要细胞器,是真核染色体作为基因载体行使其遗传功能的关键结构.着丝粒DNA首先是从酵母中分离克隆并被用以构建酵母人工染色体.鉴于真核有丝分裂机制研究和构建高等动物人工染色体研究的需要,从分离和检定过的小鼠着丝粒DNA库中筛选出了6#着丝粒DNA(SFADNA),并用荧光原位杂交法(FISH)对其进行了在染色体上的定位检定.用缺口平移法和PCR法分别标记了SFA DNA和SFA DNA中的小鼠寡份卫星DNA作为探针,分别与小鼠腹水癌细胞和小鼠L929细胞进行原位杂交;并用荧光抗体显示杂交信号的位置.结果,SFA DNA在两种细胞的中期染色体上的杂交信号都位于亚末端的初级缢痕处,表现为单一粗大的斑块.寡份卫星DNA在两种细胞的中期染色体上的杂交信号亦都位于亚末端的初级缢痕处,但极大多数的斑点均表现为成对的细小斑点.初级缢痕正是染色体着丝粒所在的特征性部位.故以上结果说明定位于该部位的克隆的6#SFA DNA,和其中的小鼠寡份卫星DNA都来源于小鼠着丝粒DNA.     

德巴利汉逊酵母的两个变种及其相关种的脉冲电泳核型比较分析

摘要:用CHEF(钳位均匀电场)脉冲电泳系统分析了德巴利汉逊酵母的两个变种及两个相关种的脉冲电泳核型。对每个分类群的染色体条数,染色体DNA的分子量大小范围及整个基因组大小作出了估算,结果如下:Debaryomyces hansenii(Zopf) Lodder et Kreger-van Rij var. hansenii具有6-7条染色体,分子量范围为1.2-2.6(个别3.5)Mb,整个基因组大小为I 0.6-14.9Mb;D. hansenii var. fabryi (Ota) Nakase et Suzuki具有7条染色体,分子量范围为0.7-2.4M b,整个基因组大小为12.0-12.7Mb;D. nepalensis Goto et Sugiyama具有6-8条染色体,分子量范围为(个别0.2)1.1-2.7Mb,整个基因组大小为10.6-11.0Mb;Candida saitoana Nakase et Suzuki具有10-11条染色体,分子量范围为0.6-3.6Mb,整个基因组大小为18.1-18.9Mb.本研究表明C. saitoana与上述德巴利酵母属的三个分类群在脉冲电泳核型上具有明显差异,而后三者之间在染色体DNA带型上却没有发现有价值的区别之处.     

PFGE在真菌基因研究中的应用

IPFGE与连锁群从酿酒酵母脉冲电场电泳研究到医学上重要酵母类真菌的分类,人们已逐渐建立了参数随菌种各异的PFGE电泳条件,以适于不同大小染色体的分离,获得了一系列酵母类及丝状真菌,包括四大纲以及非典型真菌的染色体核型及基因组大小（表1）,并利用已知基因探针进行染色体连锁群的定位。1987年,Sndth等l’吩离得到了粟酒裂殖酵母的3条巨大染色体,使PFGE的分辨能力达到Tgmb,极大促进了该菌株的基因图谱工作的进展。紧接着,他们又得到了假丝酵母类具有种特异性的电泳核型,并成为分子流行病学中酵母类致病真菌的分型依据。…     

染色体特异DNA文库的构建与鉴定

为构建人类21号染色体特异DNA文库, 以应用于人类遗传疾病的鉴定和研究, 文章采用循环温度梯度法溶解释放微分离的人外周血细胞21号染色体DNA, 将其进行简并寡核苷酸引物PCR(Degenerate oligo nucleotide primer-PCR, DOP-PCR)扩增后, 利用100~500 bp和500~2 000 bp分段回收纯化的两种不同片段大小的DOP-PCR产物构建染色体特异DNA文库, 并分别采用荧光原位杂交(Florescence in situ hybridization, FISH)和斑点杂交对DOP-PCR产物的来源和随机取样的文库克隆进行检测以评估所构建DNA文库的特异性。结果表明: 循环温度梯度法能有效溶解释放微分离的21号染色体DNA; 通过对DOP-PCR产物的分段回收纯化和克隆, 增加了大片段DNA的连接效率; 利用FISH技术和斑点杂交双重鉴定实验证明了文库的特异性, 从而构建了21号染色体特异的DNA文库, 并建立了构建染色体特异DNA文库及检测其特异性的方法, 为21号染色相关遗传疾病的鉴定和研究奠定了基础。     

黑曲霉糖化酶高产菌株的糖化酶结构基因的分离及其序列分析

从糖化酶高产菌株(Aspergills niger)T21中分离出染色体DNA.Southern印跡分析表明糖化酶结构基因位于约2.5kb的EcoRⅠ-EcoRV片段中.该染色体DNA经EcorⅠ、EcoRⅤ完全酶切后,用琼脂糖凝胶电泳分离,回收2.0—3.0kb的片段,与载体pBR322连接后转化宿主菌大肠杆菌DH5,获得转化子.通过原位杂交,从转化子中筛选出4个阳性克隆.阳性克隆的进一步酶切鉴定及序列分析表明,黑曲霉T21糖化酶结构基因大小为2.3kb,含有4个内含子.     

水稻核基因组DNA的YAC克隆和鉴定

将EcoRI部分消化的水稻(Oryza sativa L.)细胞核高分子量DNA电泳分部,回收大于200kb的片段,与内切酶消化过的酵母人工染色体(YAC)双质粒载体pJs97。pJS98DNA连接,转化酵母YPH252感受态原生质球,用ura^-,TrP^-双选择培养基直接筛选转化子,已获得2 000多个克隆。转化子DNA的southern杂交显示插入片段在200～820kb范围。     

小麦蓝矮植原体染色体DNA的分离

[目的]分离小麦蓝矮(WBD)植原体染色体DNA,并建立WBD植原体染色体分离纯化体系.[方法]采用差速离心和脉冲电泳(PFGE)方法富集纯化WBD植原体染色体DNA,并通过PCR和Southern blot进行检测验证,实时荧光定量PCR方法对分离纯化效果进行定量检测.[结果]脉冲电泳凝胶中出现一条大小约为650 kb的条带,经PCR检测和Southern blot分析表明该条带为WBD植原体的染色体DNA.实时荧光定量PCR检测结果表明采用差速离心与脉冲电泳结合的方法可以将WBD植原体基因组的相对拷贝数提高436.5倍.[结论]采用差速离心与脉冲电泳法结合可以有效地从感染WBD长春花中分离到纯的WBD植原体染色体DNA,WBD植原体染色体DNA大小约为650 kb.     

酿酒酵母A364a第Ⅴ号染色体基因库的构建及ARS的克隆

利用脉冲梯度电泳(PFGE)分离酿酒酵母A364aV号染色体DNA,克隆在酵母的整合型载体YIp5中,得到染色体专一的基因库。从该基因库克隆的16类ARS,接近估计的酵母Ⅴ号染色体复制子数目,基本覆盖Ⅴ号染色体。同源性分析发现酵母Ⅴ号染色体的绝大部分ARS之间不具同源性或存在极低的同源性。     

人工转录因子促进外源基因在CHO细胞中的高效表达

以酵母转录因子GAL4中1-147位氨基酸序列为构建人工转录因子的DNA结合结构域,单纯疱疹病毒转录激活子VP16中12肽(DALDDFDLDMLG)的4个串联重复作为人工转录因子的功能结构域,用SV40的核定位序列(NLS)将两部分连接起来,构建了人工转录因子GVP4并将其克隆进入表达载体pcDNA3·1/Hygro( )中。将不同长度的人工转录因子结合序列构建在外源基因表达载体pcDNA3·1( )启动子CMV的上游,分别连接外源基因EGFP和tPA。用表达人工转录因子和外源基因的载体共转染CHO细胞,EGFP和tPA在含不同数量人工转录因子结合位点表达载体pcDNA3·1( )转染的CHO细胞中的表达水平呈现不同程度的提高。其中,以引入10个人工转录因子结合位点的表达载体的效果最明显,EGFP和t-PA的表达效率均提高2~3倍。结果表明,人工转录因子能有效地促进外源基因在哺乳动物细胞中的表达。     

农业其它

861653 酵母中自主复制的玉米染色体DNA顺序[会,英]/Berlani,R.E.…∥J.CellBiochem.-1985,suppl 9C.-251[译自DBA,1985,4(15),85-07591]用在酵母(Saccharomyces cerevisiae)     

一种多拷贝毕赤酵母表达载体的构建及人脑源性神经营养因子的表达

利用PCR技术扩增出pPIC9K载体的HIS4 Kan序列片段 ,与pPICZα重组 ,构建结合了两个载体特点的适合体外构建多拷贝基因表达盒的毕赤酵母表达载体pPICZα1,改造后的载体含HIS4 Kan序列 ,能整合到酵母染色体上 ,具有筛选方便、外源基因多拷贝组建迅速、蛋白产物分泌表达和易纯化等优点。将人脑源性神经营养因子(hBDNF)的cDNA(35 7bp)克隆入载体pPICZα1,利用同尾酶BglⅡ、BamHⅠ不可逆连接方式 ,分别构建含有 1、2、3、6个拷贝hBDNF表达盒的重组表达载体 ,电击法转化毕赤酵母GS115菌株 ,用G4 18和Zeocin筛选转化子 ,筛选到的阳性转化子用 0 5 %甲醇诱导 ,获得分泌型表达。表达产物类似于天然神经营养因子单体大小、分子量约 14kD。多拷贝hBDNF表达盒的表达水平亦高于单拷贝hBDNF表达盒 ,ELISA和Westernblot检测表明 :表达的蛋白能与鸡抗人脑源性神经营养因子抗体特异结合 ,证实该表达蛋白具有hBDNF的免疫原性     

交变脉冲电场凝胶电泳分离染色体DNA分子

交变脉冲电场凝胶电泳是一种可用来分离染色体大分子DNA的新的凝胶电泳方法。通过交替采用两个不同方向的不均匀电场,使DNA分子在挤过凝胶筛孔时不断改变方向,从而获得大分子DNA的高分辨率电泳。本文报道用自行设计的交变电场电泳仪进行脉冲电场凝胶电泳分离酵母染色体DNA,可分成11个条带。用自身连接的lDNA作为分子量标准物,可分出14个条带。     

基因库构建

922884直接偏选含YAC克隆的cosmid文库〔英〕/Bax“-ndale,5.…/Nueleio Aeids Res一i。。1,1。 (25)一6651〔译自DBA,1992,11(4),92-01865〕 介绍了直接筛选含人类人造染色体(HAC)的cosmid基因文库的方法。从48XXXX人类细胞系的酵母人造染色体(YAC)基因文库中分离出重叠YAC克隆〔YGAS(41okb)和YGAio(4‘okb)〕,置于亨廷顿舞蹈病基因4 p16。3候选区内在紫外光下(36Onm)从凝胶上的酵母染色体带中切下HAC带。用(a一‘ZP)一dGTP和一dATP对D NA进行随机引物标记。通过与人切变胎盘DNA预杂交,从探针和经流式分拣的人第4染色…     

含人抗体恒定区基因的酵母表达质粒的构建

本文主要报告了用以表达人-鼠嵌合抗体基因的酵母表达载体的构建、筛选与鉴定的研究结果.作者利用高度表达的酵母质粒YEP_(51),与含人抗体恒定区基因的pSV_2gptHuG_4两个质粒为材料,构建成可以供表达任何小鼠单克隆抗体的可变区基因,以构成嵌合的人-鼠抗体基因,用酶切回收插入DNA片段、原位和斑点杂交法对重组质粒予以鉴定和筛选,获得了pYEP-H重组的酵母表达载体.     

酿酒酵母染色体DNA样品制备和CHEF分析

等高锁状均匀电场（contolllsclampedhomogeneouselectncfield,CHED电泳技术与分子杂交、酵母人工染色体（yeastartificialchromosome,YAC）等分子生物学技术的有机结合,推动了真菌电泳核型、染色体作图和染色体DNA长度多型性（chromosomalDNAlellgthpolymorphism,CLP...     

脉冲电泳用于确定念珠菌染色体数目和大小的研究

念珠菌(Candida),特别是白念珠菌是临床上最常见的机会致病真菌。欲了解它们的生物学本质及致病的分子机制,首先应清楚其基因组的基本结构。用脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)技术分离了8种念珠菌共187株的染色体DNA,获得各种菌染色体数目和大小的数据。这些数据为深入研究致病酵母的分子生物学特征打下基础,同时也可作为种间基因型分类的可靠依据。     

小鼠的克隆着丝粒（SFA）DNA的鉴定

着丝粒是真核染色体上的重要细胞器,是真核染色体作为基因载体行使其遗传功能的关键结构。着丝粒DNA首先是从酵母中分离克隆并被用以构建酵母人工染色体。鉴于真核有丝分裂机制研究和构建高等动物人工染色体研究的需要,从分离和检定过的小鼠着丝粒DNA库中筛选出6＃着丝粒DNA（SAF DNA）,并用荧光原位杂交法（FISH）对其进行了在染色体上的定位检定。用缺口平移法和PCR法分别标记了SFA DNA和SFA DNA中的小鼠寡份卫星DNA作为探针,分别与小鼠腹水癌细胞和小鼠929细胞进行原位杂交;并用荧光抗体显示杂交信号的位置。结果：SFA DNA在两种细胞的中期染色体上的杂交信号都位于亚末端的初级缢痕处,表现为单一粗大的斑块。寡份卫星DNA在两种细胞的中期染色体上的杂交信号亦都位于亚末端的初级缢痕处,但极大多数的斑点均表现为成对的细小斑点。初级缢痕正是染色体着丝粒所在的物征性部位。故以上结果说明定位于该部位的克隆的6＃SFA DNA,和其中的小鼠寡份卫星DNA都来源于小鼠着丝粒DNA。     

苏云金芽胞杆菌4.0718菌株中杀虫晶体蛋白基因的定位及鉴定

[目的]对苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,简称Bt)4.0718菌株中的杀虫晶体蛋白基因(insecticidal crystal protein gene,简称cry基因)进行定位和鉴定,系统分析高毒力Bt4.0718菌株的杀虫基因背景.[方法]采用脉冲电泳(PFGE)分离Bt 4.0718菌株的基因组DNA,确定该菌株的PFGE图谱和质粒图谱;采用Southern杂交分析该菌株中cry基因的定位,并使用PCR及PCR产物限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法鉴定该菌株染色体和质粒上含有的cry基因类型.[结果]确定了Bt 4.0718菌株的PFGE图谱和质粒图潜,鉴定到Bt4.0718菌株的染色体和质粒上均定位有cry基因,且分别包含crylAa、crylAc、cry2Aa和cry2Ab 4种基因成分.但染色体上含有的cry基因可能不如质粒上含有的cry基因具有完整的开放阅渎框.[结论]首次在Bt 4.0718菌株的染色体上发现有丰富的cry基因,且与质粒上含有的cry基因类型一致.