芹菜(Apium graveolens L.)叶细胞质5SrRNA的序列测定

应用Gupta等和Tanaka等建立的RNA序列双向直读技术,并辅以部分酶解法、化学法等,测定了芹菜叶细胞质的5SrRNA的全序列:与菠菜和蕃茄细胞质已知5SrRNA序列进行了比较,发现它们之间在序列上有高度的保守性。     

建立蛋白质序列的同源性

蛋白质序列同源性比较是研究蛋白质结构、功能与进化的基础。分子生物学家依靠计算机程序进行序列对准此较。本文主要综述计算机介导的序列比较的基本原理和评价序列类似之显著性水准的方法,并介绍多序列同时比较的方法。     

蛋白质结构型的识别方法

给出了α型、β型、α/β型、多域型蛋白质二级结构主序列六联体的分布规律.提出了根据蛋白质二级结构主序列对蛋白质结构型进行识别(分类)的方法.以蛋白质二级结构主序列三联体为参数,利用Mahalanobis距离方法对上述4种结构型的蛋白质进行识别,分类的总体准确率为81%;以二级结构主序列中六联体的频数构成蛋白质结构的多样性源,利用多样性增量极小化对上述4种结构型进行识别,分类的总体准确率为83%. 同时也给出了对紧结构域的识别途径.     

麦芽四糖淀粉酶的晶体培养及初步衍射研究

麦芽四糖淀粉酶是水解方式独特、其产物又具有较广泛应用价值的一种淀粉酶。应用悬滴汽相扩散法,用从产碱菌发酵培养液分离纯化得到的麦芽四糖淀粉酶成功地培养出了质量较好的单晶体。测得该种晶体属正交晶系,空间群为Ｐ２１２１２１,晶胞参数ａ＝４６．６Ａ。,ｂ＝６５．８Ａ。,ｃ＝１７０．９Ａ。,一个不对称单位含一个麦芽四糖淀粉酶分子。用ＭａｒＲｅｓｅａｒｃｈＩＰ面探测器收集了一套分辨率高于２．７Ａ。的衍射强度数据。     

用离散量预测蛋白质的结构型

基于蛋白质的结构类型决定了它的二级结构序列的概念,用二级结构序列参数Nα,Nβ,Nβaβ,N(βαβ）构成离散源,并计算离散量D（Xα）,D（Xβ）,D（Xα＋β）,利用离散增量预测蛋白质的结构类型,它是由这个蛋白质的离散量D（Xn）与四个标准离散D（Xα）,D（Xβ）,D（Xα／β）,D（Xα＋β）之间离散增量的最小值所决定的,预测结果表明,准确率分别达到84．8％（标准集）和83．3％（检验集）。     

禽流感病毒分离株NS基因同源性及等位基因类型分析

目的　克隆测定国内具有代表性的禽流感病毒 (AIV)的非结构 (NS)蛋白基因核苷酸序列 ,分析其同源性和等位基因类型 ,为进一步探索禽流感NS蛋白抗体监测方法奠定基础。方法　经RT PCR扩增了国内 3株H9N2、2株H5N1、2株H7N2亚型AIV分离株的NS蛋白基因 ,并把扩增的基因片段克隆到pGEM T载体中测序 ,将测序结果与GenBank中的核苷酸序列进行同源性比较 ,绘制基因进化树。结果　经测序获得了各AIV分离株NS基因的完整编码序列。同源性分析表明 ,3株H9亚型AIV的NS基因之间的同源性为 96 %～ 98% ;两株H5亚型AIVNS基因同源性为 91 6 % ;两株H7亚型AIV的NS基因同源性为 98 9%。H5和H9亚型分离株的NS基因之间的同源性均高于 90 % ;而H7N2亚型分离株与其它两种亚型分离株的NS基因同源性约为 6 0 %～ 70 %。在AIVNS基因系统发育进化树中 ,H5、H9亚型分离株都处于等位基因A群内 ;3株H9亚型分离株的进化关系较近 ,与香港、广东的部分H5N1病毒株起源相同 ,而 2株H5病毒的NS基因则处于不同分枝内 ;2株H7亚型分离株的NS基因都处于等位基因B群内 ,进化关系较近。结论　这 7株国内AIV分离株的NS基因之间的同源性差异较大 ,约为 6 0 %～ 99% ,且包括A、B两种类型的等位基因     

樗蚕丝腺5SrRNA的核苷酸顺序

本文用凝胶直读法、末端鉴定法等相配合,测定了樗蚕(Philosamia cynthia)絲腺5SrRNA的核苷酸顺序:AGACAACGUCCAUACCACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAACGUCGGGCGCGGUCAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAACACCGCGUGCUGUUGGCUU比较了樗蚕、蓖麻蚕、柞蚕、家蚕、果蝇等5SrRNA结构差异,在分子水平上探讨了昆虫的分化。     

Recent applications of Hidden Markov Models in computational biology

This paper examines recent developments and applications of Hidden Markov Models (HMMs) to various problems in computational biology, including multiple sequence alignment, homology detection, protein sequences classification, and genomic annotation.     

不同栽培条件辣椒疫霉菌ITS序列同源性分析

由疫霉菌引起的辣椒疫病是辣椒生产上的主要病害。明确设施栽培辣椒土传病害和露地栽培条件下辣椒疫病疫霉病菌基因序列和同源性,为制定病害防治措施提供依据。通过病菌形态观察、ITS基因序列测定与同源性分析开展研究。由疫霉菌侵染的辣椒病害在设施和露地不同栽培形式下发生部位略有不同,但在病菌形态上表现一致,ITS基因序列同源性极高,达到了99%以上。设施土传病害和露地栽培条件下辣椒疫病菌属于同一种,均为辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian)。     

基因功能注释的计算方法

对未知功能的基因进行注释的通常的方法是依据序列同源性分析。近年来,出现了多种不基于序列同源性的基因注释的计算方法,这些方法不依赖于核酸或蛋白质序列的相似性,所能预测的基因的功能属性也有所扩展,如,能够预测基因间相互作用关系。这些方法有效地减少实验材料、时间消耗。该文综述了几种这样的计算方法,包括原理、方法评估及存在的问题。     

粘虫核型多角体病毒基因组3.3kb片段的序列测定和分析

本文测定了粘虫核多角体病毒的一个长３３３６ｂｐ的大片段,该片段包括了３个完整的开放阅读框（ＯＲＦ２、ＯＲＦ３、ＯＲＦ４）和两个不完整的开放阅读框（ＯＲＦ１、ＯＲＦ５）。与ＡｃＮＰＶ比较发现,ＯＲＦ１编码重蛋白与Ｐ９４同源,ＯＲＦ３、ＯＲＦ４、ＯＲＦ５分别与ＡｃＮＰＶ的ＯＲＦ６０、ＯＲＦ５９、ＯＲＦ５７同源。且转录方向一致。ＯＲＦ２则是ＬｓＮＰＶ的特有基因。分析结果表明,ＬｓＮＰＶ基因组上基因的组织     

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明,分离自宁夏沙坡头 地区的12株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了DNA同源性和群内中心菌株1 6SrDNA全序列分析。12个菌株的G+C mol%在56.4～62.2范围内;群内DNA同源性为72.3% ～9.5%,大于70%,属种内水平;中心株N220的16SrDNA全序列与参比菌株的序列比较,从 模拟系统发育树看出,它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的16SrDNA序列同源性在94.8%～99 .2%的相似性水平上构成一个分支,看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。     

α—淀粉酶成熟蛋白N—端氨基酸序列变化对蛋白分泌的影响

从地衣芽孢杆菌（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）构建的重组质粒ｐＡｍｙ４１３,经过定点诱变,在α－淀粉酶基因的２７１位引入Ｇ取代原来的Ａ,构建成突变型质粒ｐＡｍｙ４１３Ｃ。成熟的α－淀粉酶氨基酸由＋２Ａｓｎ变为＋３Ａｓｐ,其产量是野生型的２．０２－２．５７倍;Ｎ－端氮基酸序列分析发现：信号肽酶Ｉ的切割位点前移了一个氨基酸,即ＡｌａＡｌａ－＋３Ａｓｐ;二级结构分析发现：在自由能为－５１．７ｋｃａｌ时,突变型与野生型的ｍＲＮＡ都形成１４个环状结构,区别在于２７１位的Ｇ不再与２１１位的Ｕ配对,形成Ｇ突出;蛋白质二级结构分析发现：３３－３７氨基酸的转角结构减少了１个氨基酸,这个氦基酸参与形成α－螺旋;这些空间结构和荷电氮基酸的变化有利于蛋白质的分泌。     

蛋白质结构型的定义和识别

提出紧结构域的概念,由二级结构序列中一段或几段连续的α螺旋和β折叠构成的空间紧密堆集的最大折叠体称为紧结构域.利用3种紧结构域（α域,β域和α/β域）定义球蛋白的5种结构型：α型蛋白,β型蛋白,α/β型蛋白,多域蛋白和ζ型蛋白.将1 261个代表性的蛋白质(1 022家族)进行分类,并和SCOP库的分类做了比较.进行了删去序列冗余的分析.在此基础上提出结构型的预测方案,成功率在82%～85%.     

蛋白质结构型的定义和识别

提出紧结构域的概念,由二级结构序列中一段或几段连续的α螺旋和β折叠构成的空间紧密堆集的最大折叠体称为紧结构域.利用3种紧结构域(α域,β域和α/β域)定义球蛋白的5种结构型:α型蛋白,β型蛋白,α/β型蛋白,多域蛋白和ζ型蛋白.将1 261个代表性的蛋白质(1 022家族)进行分类,并和SCOP库的分类做了比较.进行了删去序列冗余的分析.在此基础上提出结构型的预测方案,成功率在82%～85%.     

西藏根瘤菌新表观群的DNA同源性及16S rDNA全序列分析

在前期数值分类工作的基础上,对7株与Rhizobium关系较密切的分离自西藏部分地区豆科植物Trigonellaspp.和Astragalusspp.的根瘤菌所形成的独立表观群,通过DNA同源性测定及16S rDNA全序列分析进行了分类地位的进一步确定。结果表明:该独立表观群菌株的(G C)mol%为59.5%~63.3%,群内菌株间DNA同源性在74.3%~92.3%之间,中心菌株XZ2-3与相关Rhizobium种之间的DNA同源性在0%~47.4%之间,是不同于Rhizobium内各种的新DNA同源群。另外,16S rDNA全序列分析结果也表明,中心菌株XZ2-3占居Rhizobium系统发育分支中的一个独立亚分支,其与临近R.leguminosarumUSDA2370T和R.etliCFN42T之间的序列相似性分别为96.55%和96.62%。根据国际系统细菌学委员会提出的细菌种属分类标准,该独立表观群构成了一个不同于Rhizobium内各种的新种群。该研究结果丰富了现有根瘤菌分类系统,将为国际上现有Rhizobium的14个种中再增添一个新的分类单元。     

β—淀粉酶的国外研究动态

β-淀粉酶(EC 3.2.1.2.α-1,4-葡萄糖苷键麦芽糖水解酶),最早发现于高等植物中,在大麦、小麦、甘薯和大豆中含量较丰富;多用于饴糖和酿酒工业。近年来,国外科技工作者从微生物中筛选产β-淀粉酶的菌种,以代替植物来源的β-淀粉酶,用来生产麦芽糖和啤酒。多粘芽孢杆菌(Bacillus polymyxa,     

高峰淀粉酶的分子可及性的研究

依据高峰淀粉酶的晶体结构数据对它的分子可及性进行了计算和分析,得到了极性与非极性氨基酸的分布、极性原子与非级性原子对可及性的贡献、催化活性中心裂隙的构象、Ｃ末端结构域空间拓扑等信息。活性部位氨基酸残基的可及性研究结果与酶－底物复合物模型相符。     

P53蛋白质N末端的二级结构预测及其三维构象

以编码Ｐ５３Ｎ末端１２０个残基的ｍＲＮＡ二级结构为基础,结合Ｃｈｏｕ－Ｆａｓｍａｎ蛋白质二级结构预测原则,预测出Ｐ５３蛋白质Ｎ端的９３个残基包含四段α螺旋结构（１４－２６;３８－４６;５１－５６;６８－７０）,没有发现β片层。与四种以多重序列联配为基础的蛋白质二级结构预测方法（准确率均为７３．２０％左右）相对照,结果十分相近。在ＳＧＩ工作站上以此为初始结构建立的三维构象提示,Ｐ５３Ｎ末端前８０个氨基酸肽段呈弧型板块结构,其转录激活区由两段主要螺旋组成,呈上下构形,占据弧型板块的顶部及底部外侧缘。Ｃ端１３个富含脯氨酸肽段则呈弯曲松散状。这些构象与Ｐ５３Ｎ末端的生物功能是相吻合的